genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648904--648947	21	2.1	21	83	8	54	72	9	2	15	1.19
649385--649496	37	3.0	37	90	0	179	27	14	15	42	1.85
650085--650272	83	2.3	83	85	4	245	28	18	21	31	1.97
650304--650630	67	4.8	66	75	12	227	40	12	19	27	1.88
650452--650831	36	10.9	36	78	12	366	40	12	19	27	1.87
650476--650766	101	2.9	101	87	1	429	41	11	19	27	1.86
650691--650764	21	3.9	19	70	21	57	43	10	20	25	1.84
652387--652468	19	4.3	18	75	18	69	1	10	6	81	0.91
652428--652469	18	2.3	18	84	8	59	0	9	7	83	0.81
652387--652468	6	13.0	6	72	22	53	1	10	6	81	0.91
652407--652459	10	5.6	9	78	12	52	1	7	5	84	0.82
655472--655544	27	2.8	25	77	18	69	69	1	8	20	1.21
655472--655556	25	3.4	25	77	18	70	70	1	8	20	1.19
655573--655704	37	3.2	43	78	17	127	64	2	2	31	1.18
656227--656334	37	2.9	38	86	5	159	29	12	14	42	1.83
659192--659234	22	1.9	22	85	4	59	13	4	4	76	1.10
659268--659346	24	3.3	24	82	1	106	11	24	16	48	1.79
660732--660785	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
662316--662363	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
662367--662460	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
662981--663077	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
662979--663084	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663469--664355	128	6.9	128	97	0	1657	32	19	24	23	1.97
664423--664463	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
684770--684839	33	2.1	33	91	0	113	50	21	11	17	1.77
685231--685298	35	1.9	35	84	0	91	45	19	0	35	1.50
688931--688961	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
689705--689782	7	11.3	7	79	2	59	50	34	0	15	1.45
689834--689896	21	3.0	21	73	13	58	47	25	0	26	1.52
689877--689910	14	2.4	14	90	0	50	44	35	0	20	1.52
689855--689909	21	2.6	21	80	5	58	47	29	0	23	1.52
692331--692434	23	4.2	23	72	14	64	24	19	26	29	1.98
692330--692387	29	2.0	29	96	0	107	20	12	31	36	1.89
702956--703010	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
713013--713112	36	2.7	37	84	9	150	29	5	18	48	1.69
713199--713258	27	2.2	27	90	0	93	33	10	26	30	1.89
713127--713412	144	2.0	141	96	2	527	33	8	23	34	1.84
713343--713402	27	2.2	27	87	0	84	33	10	28	28	1.89
713363--713487	45	2.8	45	95	0	214	31	11	32	25	1.91
713408--713486	27	3.3	27	62	29	68	29	12	32	25	1.93
714828--714882	23	2.4	23	87	0	83	30	27	25	16	1.96
716664--716700	19	1.9	19	88	0	56	40	10	2	45	1.53
717025--717067	18	2.4	18	80	0	50	46	25	2	25	1.65
717225--717265	20	2.0	20	90	0	64	19	24	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722632--722683	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
722672--722785	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
722669--722785	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
723302--723368	19	3.5	19	83	2	89	50	23	16	8	1.73
723378--723465	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
723433--723490	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
725545--725611	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
725493--725611	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
726970--727005	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
727165--727325	33	4.9	31	87	6	205	16	21	19	41	1.90
727159--727325	66	2.6	63	86	7	235	17	21	19	41	1.91
729617--729649	12	2.8	12	100	0	66	0	24	0	75	0.80
729828--729881	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
730940--730997	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
731021--731074	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
731003--731073	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
731016--731093	33	2.4	33	91	0	120	12	23	21	42	1.87
731181--731217	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
733086--733153	20	3.5	19	82	6	73	38	22	23	16	1.93
733142--733231	14	5.9	14	76	19	90	47	25	17	8	1.77
733126--733236	32	3.4	32	97	1	204	46	24	18	9	1.79
733265--733322	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733248--733338	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
733323--733377	20	2.8	19	81	8	65	18	23	21	36	1.95
733857--733901	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
735220--735278	20	3.0	20	84	0	64	42	20	18	18	1.90
735759--735872	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
735739--735874	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
735862--735954	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
735801--735935	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
735862--735954	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
741780--741818	6	6.5	6	93	0	60	61	5	33	0	1.18
746711--746770	15	4.0	15	73	20	54	48	11	1	38	1.50
749016--749061	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
749027--749063	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
751916--752021	51	2.1	51	83	3	133	16	25	29	28	1.97
762100--762211	23	4.8	23	87	5	163	29	26	22	21	1.99
762348--762420	15	4.8	15	70	1	56	30	21	12	35	1.90
762390--762421	16	2.0	16	93	0	55	31	21	15	31	1.95
762392--762429	16	2.4	16	86	4	51	31	21	15	31	1.94
764106--764135	13	2.3	13	94	0	51	33	0	0	66	0.92
764860--764900	21	2.0	21	90	9	66	43	0	12	43	1.41
766510--766620	43	2.6	42	88	4	150	28	18	22	30	1.97
770885--770947	32	2.0	32	96	0	117	25	15	17	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772300--772326	14	1.9	14	100	0	54	44	3	14	37	1.63
790801--790857	28	2.0	28	96	0	105	22	17	12	47	1.81
799049--799155	54	2.0	55	83	12	141	41	14	13	31	1.83
799065--799149	26	3.2	26	73	25	79	42	15	12	29	1.84
802743--802782	21	2.0	20	90	5	62	25	2	2	70	1.13
804726--804831	45	2.4	44	90	4	167	42	16	7	33	1.77
810791--811216	41	10.4	40	85	3	496	34	19	19	26	1.96
810791--811216	82	5.2	82	88	2	570	34	19	19	26	1.96
810786--811216	166	2.6	165	87	2	582	35	19	19	25	1.96
812163--812269	31	3.5	31	94	0	187	35	19	2	42	1.66
821146--821179	16	2.1	16	88	0	50	32	2	0	64	1.08
821150--821201	21	2.5	21	80	0	68	26	1	0	71	0.97
821459--821496	8	4.8	8	87	12	60	65	2	0	31	1.06
821458--821511	24	2.3	23	78	12	56	66	5	0	27	1.13
838135--838174	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
844827--844878	26	2.0	26	100	0	104	30	19	11	38	1.87
845883--845930	20	2.6	18	71	12	51	20	22	14	41	1.89
845998--846040	23	1.9	22	90	4	68	41	2	2	53	1.26
855785--855860	35	2.2	35	90	0	116	38	23	1	36	1.64
856256--856503	130	1.9	130	91	0	406	35	14	13	35	1.86
856964--856997	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
857045--857088	22	2.0	22	82	8	54	34	4	4	56	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861905--861947	12	3.6	12	75	12	52	23	16	4	55	1.59
861907--861957	24	2.1	24	96	0	93	17	21	5	54	1.63
867388--867433	23	2.0	23	91	0	74	6	19	19	54	1.66
868256--868290	18	2.0	18	88	5	54	65	5	0	28	1.15
868696--869021	162	2.0	164	96	1	602	31	13	18	37	1.89
869329--869367	20	2.0	20	85	10	53	41	0	2	56	1.13
870627--870654	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
875624--875746	50	2.5	50	77	4	115	16	35	26	21	1.94
876032--876252	111	2.0	110	89	2	336	37	7	9	45	1.65
883764--883805	21	2.0	21	85	0	57	30	4	9	54	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16