genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  9  of  16  ( 1887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1664962--1664988	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
1666594--1666637	22	2.0	23	90	4	72	27	6	18	47	1.73
1666621--1666699	18	4.4	18	68	10	54	41	0	8	49	1.34
1666669--1666730	21	2.9	22	73	21	60	41	1	8	48	1.42
1666621--1666699	36	2.2	36	97	0	149	41	0	8	49	1.34
1666821--1666940	38	3.3	36	78	12	120	42	2	7	47	1.45
1666845--1667194	26	14.2	26	74	16	237	45	2	6	45	1.42
1667040--1667173	23	5.6	22	74	13	72	48	2	5	44	1.37
1666890--1667181	12	23.6	11	70	22	115	46	2	7	44	1.42
1666845--1667197	49	7.1	50	75	12	277	45	2	6	45	1.41
1669338--1669424	30	3.2	29	72	25	98	42	12	0	44	1.42
1669346--1669394	22	2.2	22	96	0	89	38	12	0	48	1.41
1669678--1669730	21	2.8	18	76	17	63	54	7	0	37	1.29
1669679--1669721	21	2.0	21	95	0	77	55	6	0	37	1.27
1669848--1669912	28	2.3	29	82	10	82	46	13	3	36	1.60
1670413--1670469	29	2.0	29	96	0	105	15	29	31	22	1.95
1672176--1672201	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
1676246--1676352	35	3.2	35	60	24	84	35	19	21	23	1.96
1676240--1676371	66	2.0	66	100	0	264	39	19	19	21	1.93
1681064--1681117	28	1.9	28	100	0	108	25	22	22	29	1.99
1683883--1683915	13	2.6	13	90	4	50	78	3	0	18	0.87
1689836--1690126	144	2.0	145	95	4	525	44	10	16	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1691040--1691441	202	2.0	200	99	0	786	38	18	11	31	1.87
1695670--1695730	30	2.0	30	100	0	122	42	3	13	40	1.60
1697272--1697336	21	3.6	17	80	15	53	58	0	3	38	1.14
1697806--1697834	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
1700659--1700685	14	1.9	14	100	0	54	22	14	29	33	1.94
1702194--1702230	20	1.9	20	88	5	58	29	13	2	54	1.53
1715206--1715250	16	2.9	15	77	6	54	42	6	13	37	1.70
1715414--1715468	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
1715454--1715551	33	3.0	33	92	2	155	44	15	7	32	1.73
1721869--1721994	63	2.0	63	98	0	243	25	21	20	32	1.98
1721972--1722507	70	7.8	70	75	6	357	25	23	20	30	1.98
1721972--1722356	138	2.8	139	80	6	372	27	23	18	30	1.98
1727334--1727375	21	2.0	21	85	4	57	35	11	7	45	1.69
1729587--1729684	43	2.3	43	81	1	115	27	22	23	26	1.99
1729655--1729811	43	3.7	43	86	0	215	31	21	20	26	1.98
1729612--1729796	86	2.2	86	81	5	214	28	20	22	28	1.98
1733012--1733308	41	7.2	40	80	4	218	35	18	19	27	1.95
1733012--1733308	82	3.6	82	83	3	317	35	18	19	27	1.95
1733049--1733290	125	1.9	125	87	1	351	35	18	19	27	1.95
1736169--1736228	32	1.9	32	93	3	104	25	16	16	41	1.89
1744461--1744534	3	24.7	3	97	0	139	67	1	0	31	0.99
1746344--1746379	15	2.2	18	85	14	51	16	0	11	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1747484--1747521	17	2.2	18	85	4	51	21	7	0	71	1.11
1749911--1749971	29	2.1	28	85	11	79	44	1	1	52	1.20
1762974--1763068	31	3.1	31	89	1	138	29	8	10	51	1.65
1765249--1765368	60	2.0	62	93	5	208	34	5	18	41	1.74
1779798--1779838	3	13.7	3	90	10	66	63	2	0	34	1.08
1781218--1781255	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1781226--1781273	18	3.0	16	85	11	55	52	0	0	47	1.00
1784306--1784520	117	1.8	117	85	4	299	47	8	14	28	1.74
1788414--1788465	23	2.4	20	77	20	59	30	19	17	32	1.95
1789853--1789917	31	2.1	31	85	5	87	21	20	23	35	1.96
1789876--1789999	30	4.2	30	86	4	128	20	20	25	33	1.97
1789903--1789999	30	3.3	30	90	4	137	21	20	25	31	1.98
1790272--1790307	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1793430--1793487	20	2.7	20	84	10	71	31	18	22	27	1.97
1793962--1794026	31	2.1	31	86	11	89	21	18	21	38	1.93
1794018--1794110	30	3.1	30	90	1	134	21	20	25	32	1.98
1795283--1795316	13	2.6	13	90	0	50	38	11	5	44	1.65
1797065--1797098	12	2.7	13	90	9	61	47	8	5	38	1.59
1802315--1802339	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1814312--1814357	24	2.0	23	95	4	83	58	17	13	10	1.62
1815464--1815547	39	2.2	39	80	0	96	38	20	20	21	1.94
1817703--1818126	211	2.0	211	95	2	773	27	19	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1818323--1818352	11	2.6	11	94	5	51	16	3	0	80	0.85
1823122--1823271	73	2.1	73	89	0	228	25	20	14	40	1.90
1823122--1823271	37	4.1	36	89	3	219	25	20	14	40	1.90
1824075--1824108	15	2.1	17	89	10	54	47	8	0	44	1.34
1825102--1825144	18	2.4	18	84	7	52	18	2	4	74	1.10
1825116--1825187	19	3.8	19	94	1	101	25	0	0	75	0.81
1825118--1825193	3	24.7	3	84	5	98	26	0	0	73	0.83
1826534--1826592	29	2.0	30	83	9	77	28	6	1	62	1.30
1826687--1826716	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
1826962--1827027	26	2.6	26	76	11	66	34	0	1	63	1.04
1827531--1827628	35	2.7	37	78	15	98	19	3	3	74	1.08
1827532--1827632	13	8.0	12	75	17	73	18	2	2	75	1.06
1827531--1827632	36	2.8	37	80	14	108	19	2	2	74	1.08
1827529--1827644	47	2.4	48	77	20	127	20	2	3	73	1.10
1827529--1827644	8	12.2	10	70	20	56	20	2	3	73	1.10
1829568--1829612	21	2.1	21	95	0	81	13	22	24	40	1.90
1833393--1833547	81	1.9	81	95	0	283	34	10	9	45	1.70
1840010--1840056	14	3.5	14	83	13	55	34	0	4	61	1.15
1840260--1840298	16	2.4	16	91	0	60	25	33	20	20	1.97
1840317--1840419	22	4.7	22	95	0	170	17	46	14	21	1.83
1841070--1841120	22	2.3	22	83	6	68	31	11	1	54	1.47
1842078--1842361	118	2.4	118	88	5	394	30	9	19	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1851735--1852387	137	4.8	136	89	1	907	34	24	15	25	1.95
1852227--1852325	40	2.4	43	75	11	100	37	25	15	22	1.93
1852539--1852585	14	3.5	14	88	11	64	31	0	2	65	1.04
1852539--1852596	26	2.2	26	87	6	82	36	0	1	62	1.06
1852890--1852933	22	2.0	22	86	0	61	18	47	11	22	1.80
1858548--1858589	16	2.4	17	84	15	59	61	0	0	38	0.96
1863754--1863947	37	5.6	36	63	22	101	47	12	12	27	1.77
1863662--1863995	68	5.0	68	83	5	446	48	11	11	28	1.74
1863869--1863977	31	3.3	31	65	14	83	50	11	11	25	1.73
1865257--1865290	5	6.8	5	96	0	50	32	0	47	20	1.51
1867290--1867357	36	1.9	35	84	3	91	4	17	44	33	1.69
1873223--1873303	22	3.7	21	71	12	65	30	23	20	24	1.99
1884658--1884708	26	2.0	26	85	11	70	49	1	15	33	1.56
1888974--1889034	32	1.9	32	93	0	104	36	11	11	40	1.77
1894859--1894932	35	2.1	35	90	5	114	36	28	25	9	1.87
1895014--1895099	23	3.7	22	78	9	91	39	18	13	27	1.89
1900001--1900046	18	2.6	18	82	0	56	26	21	10	41	1.86
1901768--1901827	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
1902338--1902388	15	3.3	15	76	15	50	56	1	1	39	1.22
1902400--1902488	26	3.1	27	72	20	83	55	1	0	43	1.07
1902364--1902511	12	11.8	12	71	23	76	56	2	0	41	1.10
1902363--1902453	20	4.6	20	66	22	57	53	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902331--1902507	57	3.1	58	82	13	215	57	1	0	40	1.13
1902289--1902513	57	3.8	58	76	19	184	57	2	0	39	1.14
1902459--1902519	12	5.2	12	74	18	56	65	1	0	32	1.02
1906579--1906630	25	2.1	25	89	7	79	25	44	11	19	1.84
1906889--1906961	30	2.4	30	88	6	121	20	34	12	32	1.90
1907528--1907560	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1914292--1914332	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
1920278--1920385	51	2.1	50	80	10	112	27	26	26	18	1.98
1924342--1924382	18	2.1	18	86	13	55	58	4	4	31	1.40
1932165--1932204	21	2.0	21	85	5	55	35	2	2	60	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16