genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  10  of  16  ( 1887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1932191--1932244	27	2.1	26	89	6	83	27	11	7	53	1.63
1940622--1941280	221	3.0	221	95	0	1192	37	15	23	22	1.93
1942170--1942216	24	2.0	24	100	0	94	42	23	25	8	1.82
1945503--1945590	21	4.0	21	82	4	95	26	30	26	17	1.97
1945503--1945585	23	3.8	22	84	4	96	25	32	24	18	1.97
1951221--1951273	3	17.7	3	92	7	90	33	0	0	66	0.92
1953816--1953883	33	2.1	33	86	5	93	11	33	27	26	1.91
1965698--1965728	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
1973506--1973536	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
1978692--1978912	64	3.5	64	82	7	227	34	19	18	27	1.95
1979357--1979389	14	2.4	14	100	0	66	48	6	21	24	1.72
1979666--1979879	103	2.1	103	96	0	392	26	14	23	36	1.92
1979886--1980005	47	2.6	47	93	1	197	24	22	22	30	1.99
1979886--1980010	23	5.3	23	75	6	117	24	21	22	31	1.98
1988476--1988518	19	2.3	19	80	4	52	41	11	9	37	1.74
1989993--1990056	2	32.5	2	90	3	103	48	3	0	48	1.17
1991073--1991137	32	2.0	32	93	0	112	23	18	12	46	1.82
1991657--1991703	15	3.3	14	76	11	51	70	0	2	27	0.99
1992454--1992585	58	2.2	58	93	6	230	44	15	15	24	1.85
1992464--1992556	29	3.3	27	69	16	89	43	13	13	29	1.84
1996347--1996444	45	2.1	48	90	5	157	29	12	19	38	1.88
2005855--2006020	7	22.9	7	70	22	55	72	0	17	9	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005856--2006026	15	11.7	15	69	13	92	74	0	16	9	1.07
2005849--2005973	30	4.2	29	77	12	103	73	0	16	9	1.08
2005849--2006022	38	4.8	36	75	16	146	73	0	17	9	1.08
2005849--2006003	23	6.9	22	70	19	72	72	0	18	9	1.11
2005984--2006025	17	2.5	17	88	7	59	83	0	11	4	0.79
2005949--2006026	39	2.1	38	80	9	88	76	0	16	6	0.98
2007298--2007363	32	2.0	34	91	5	109	34	19	19	25	1.96
2007372--2007823	55	8.6	55	81	9	468	29	14	25	30	1.95
2007372--2007768	161	2.5	160	82	9	458	29	14	25	30	1.95
2007372--2007821	106	4.3	106	82	10	402	29	14	24	30	1.95
2017220--2017441	36	6.2	36	90	0	327	32	24	25	18	1.97
2020001--2020047	25	1.9	25	86	4	69	25	12	31	29	1.93
2025367--2025544	3	58.7	3	86	3	241	34	2	1	61	1.19
2026852--2026898	20	2.3	21	78	10	62	25	2	8	63	1.34
2038205--2038284	6	13.3	6	78	19	87	81	0	18	0	0.70
2038209--2038283	5	13.8	5	78	15	62	81	0	18	0	0.69
2038205--2038283	11	7.2	11	81	16	101	81	0	18	0	0.70
2038612--2038654	18	2.6	16	82	13	59	32	6	6	53	1.55
2038619--2038654	18	2.0	18	94	0	63	30	5	8	55	1.52
2039308--2039411	52	2.0	52	92	0	172	25	14	22	37	1.92
2039443--2039598	52	3.0	51	93	3	267	24	15	22	37	1.93
2039278--2039546	135	2.0	135	94	1	468	28	13	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039308--2039733	187	2.3	187	97	0	791	27	13	21	37	1.91
2039495--2039854	135	2.7	135	96	0	652	27	14	21	37	1.92
2039630--2039733	52	2.0	52	94	0	181	25	15	22	37	1.93
2039764--2039904	50	2.8	50	100	0	282	24	14	21	39	1.91
2040419--2041044	113	5.5	113	97	1	1159	36	15	20	27	1.92
2040419--2041044	224	2.8	225	96	2	1148	36	15	20	27	1.92
2041292--2041466	3	57.7	3	86	2	242	34	2	1	61	1.19
2042788--2042834	20	2.3	21	78	10	62	25	2	8	63	1.34
2044854--2044930	9	8.7	9	72	20	56	63	0	0	36	0.95
2045224--2045262	21	1.9	20	84	5	51	25	43	0	30	1.55
2049168--2049237	32	2.2	32	100	0	140	31	17	10	41	1.82
2054231--2054304	23	3.2	23	79	7	87	20	41	1	36	1.61
2055205--2055281	23	3.3	23	87	0	91	36	0	46	16	1.48
2055215--2055277	23	2.7	23	97	0	117	30	0	49	20	1.49
2056338--2056393	23	2.4	23	90	0	94	32	17	10	39	1.84
2060595--2060641	19	2.5	19	96	0	85	34	12	17	36	1.87
2062796--2062840	24	1.9	24	81	4	56	28	2	15	53	1.54
2063176--2063219	22	2.0	21	86	4	61	18	25	31	25	1.97
2064254--2064322	28	2.3	31	87	7	99	31	1	11	55	1.45
2064314--2064348	15	2.2	16	90	5	54	40	2	8	48	1.49
2066139--2066171	14	2.2	16	89	10	52	30	6	0	63	1.18
2066092--2066264	15	11.7	14	69	22	74	25	5	2	66	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071570--2071679	29	3.8	29	86	7	152	18	20	14	47	1.83
2071570--2071679	58	1.9	58	88	3	168	18	20	14	47	1.83
2078512--2078621	29	3.8	29	93	2	186	17	20	16	46	1.84
2079024--2079130	46	2.4	45	83	9	128	28	14	19	37	1.92
2088295--2088329	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2088340--2088377	18	2.2	18	85	4	51	21	2	7	68	1.28
2088384--2088495	16	6.9	16	68	26	76	34	3	0	60	1.20
2088488--2088567	20	4.2	19	74	16	58	16	7	3	72	1.22
2088526--2088603	32	2.4	32	79	12	88	19	2	6	71	1.19
2088430--2088599	14	11.4	14	68	23	73	25	4	2	67	1.25
2090063--2090112	21	2.4	21	96	0	91	26	30	22	22	1.99
2098943--2098986	10	4.4	10	91	0	61	68	0	20	11	1.20
2098945--2098983	5	7.8	5	97	0	60	66	0	20	12	1.24
2104258--2104327	14	5.1	14	83	16	94	15	14	15	54	1.72
2104275--2104326	24	2.2	24	100	0	104	15	13	13	57	1.65
2104795--2104837	22	2.0	22	86	9	61	44	2	0	53	1.13
2105114--2105155	18	2.3	18	91	0	75	50	19	2	28	1.60
2108592--2108643	26	2.1	26	85	7	72	23	0	23	53	1.46
2108630--2108692	29	2.2	29	100	0	126	17	3	17	61	1.47
2108797--2108841	19	2.4	19	100	0	90	66	13	4	15	1.39
2108721--2109019	102	2.8	104	85	8	386	44	9	5	40	1.60
2108876--2108908	15	2.1	17	88	11	52	33	12	6	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109122--2109172	19	2.7	19	93	3	86	29	21	23	25	1.99
2109653--2109677	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2115515--2115544	15	2.0	15	100	0	60	66	0	13	20	1.24
2122719--2122766	21	2.3	21	96	0	87	18	14	39	27	1.90
2122734--2122917	41	4.5	41	94	1	316	20	19	25	35	1.95
2122718--2122912	20	9.5	21	73	5	139	18	18	27	35	1.94
2122979--2123062	39	2.1	40	97	2	161	32	15	22	29	1.95
2123173--2123237	6	11.0	6	96	1	114	0	16	52	30	1.45
2123326--2123383	19	3.1	19	70	9	64	43	18	18	18	1.89
2123310--2123383	38	1.9	38	97	0	139	41	18	17	21	1.90
2126509--2126546	20	1.9	20	89	10	60	47	10	0	42	1.38
2127015--2127068	25	2.1	27	86	6	76	57	0	0	42	0.98
2130229--2130267	17	2.3	17	86	8	53	64	0	2	33	1.08
2132834--2133093	102	2.5	102	85	4	319	35	19	14	30	1.91
2133827--2133866	20	1.9	22	85	10	57	27	15	20	37	1.92
2133890--2133940	20	2.7	20	78	6	61	25	15	29	29	1.96
2135994--2136303	157	2.0	157	96	3	570	33	22	7	36	1.82
2141864--2141912	20	2.5	20	80	6	55	36	18	18	26	1.94
2143211--2143254	16	2.8	16	75	0	52	25	9	9	56	1.59
2145645--2145687	20	2.2	20	91	0	68	34	23	16	25	1.95
2151660--2151714	25	2.2	25	87	3	76	49	3	9	38	1.52
2151831--2151917	41	2.1	41	95	4	158	36	13	13	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155531--2155652	20	6.1	20	82	3	138	36	26	18	18	1.94
2156023--2156093	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2156184--2156373	19	9.8	19	91	3	290	48	20	20	11	1.80
2156391--2156447	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2156374--2156497	33	3.5	33	86	10	158	12	24	17	45	1.82
2156432--2156496	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2158463--2158520	19	3.3	19	77	22	81	46	31	15	6	1.72
2158399--2158520	33	3.7	33	90	3	174	45	27	18	9	1.79
2158415--2158505	14	5.9	14	72	20	65	46	26	19	7	1.77
2158517--2158688	19	9.6	19	76	14	159	9	20	24	45	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16