genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158539--2158595	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
2158517--2158688	33	4.8	38	82	8	177	9	20	24	45	1.81
2160604--2160639	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2160746--2160862	19	6.7	18	78	18	115	43	17	24	13	1.86
2160746--2160862	52	2.2	52	95	4	209	43	17	24	13	1.86
2160852--2161112	19	14.7	19	76	18	269	15	22	17	44	1.86
2160858--2161126	105	2.6	103	88	4	380	14	22	17	45	1.85
2160858--2161126	52	5.1	53	88	6	388	14	22	17	45	1.85
2160879--2161112	72	3.3	71	79	13	254	14	22	17	45	1.85
2163387--2163411	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2163583--2163629	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2164319--2164547	20	11.4	20	86	1	244	19	17	26	36	1.94
2171092--2171171	29	2.8	29	96	0	142	32	15	18	33	1.92
2174413--2174540	18	6.9	18	83	5	157	20	17	30	31	1.96
2174413--2174540	36	3.5	36	85	5	175	20	17	30	31	1.96
2174413--2174534	57	2.2	54	88	4	172	18	18	30	32	1.95
2181944--2181974	15	2.1	15	93	0	53	48	6	19	25	1.72
2182085--2182223	21	6.8	20	72	8	82	36	25	17	20	1.94
2182191--2182419	20	11.4	20	80	5	221	37	25	17	19	1.93
2183112--2183158	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2183333--2183357	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2185686--2185915	19	12.7	19	81	15	292	45	16	23	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185641--2185909	52	5.1	51	89	5	371	46	17	22	13	1.84
2185641--2185909	105	2.6	104	91	4	418	46	17	22	13	1.84
2185886--2186001	53	2.2	52	86	3	160	18	22	18	39	1.92
2185924--2186011	19	4.8	19	79	14	114	13	21	15	48	1.80
2187966--2188086	19	6.6	19	73	10	108	45	22	19	12	1.84
2187982--2188081	33	2.9	33	85	7	119	48	21	20	11	1.80
2188098--2188156	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
2188082--2188205	33	3.7	33	91	1	185	8	17	27	45	1.78
2188082--2188173	19	5.4	18	72	24	83	7	17	28	46	1.75
2188131--2188187	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
2188253--2188626	185	2.0	185	97	1	707	45	19	12	22	1.84
2188253--2188626	93	4.1	93	98	1	709	45	19	12	22	1.84
2190266--2190362	20	5.2	20	72	18	100	46	17	24	11	1.81
2190264--2190328	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
2190313--2190369	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2190264--2190386	33	3.5	33	90	8	165	46	18	24	10	1.81
2190414--2190506	21	4.6	20	81	7	116	13	20	18	47	1.82
2190414--2190506	42	2.3	40	87	5	132	13	20	18	47	1.82
2190586--2190656	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2191035--2191107	20	3.7	20	80	7	85	13	19	27	39	1.89
2199954--2199978	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2211381--2211462	37	2.4	31	75	21	83	48	2	0	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216325--2216396	35	2.0	36	84	10	94	50	1	4	44	1.30
2216542--2216579	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2219858--2219995	68	2.0	68	91	0	222	42	18	7	31	1.79
2220929--2220986	25	2.3	24	85	8	80	70	5	0	24	1.07
2220939--2220995	25	2.2	26	87	12	82	64	8	0	26	1.22
2221169--2221202	17	2.1	16	88	5	50	23	0	5	70	1.09
2221487--2221542	29	1.9	29	89	7	87	37	8	21	32	1.84
2223372--2223398	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
2246223--2246295	35	2.1	35	84	0	92	35	24	28	10	1.90
2246271--2246306	16	2.2	16	90	0	54	33	25	27	13	1.94
2246281--2246324	16	2.6	17	89	3	63	38	20	20	20	1.94
2247501--2247534	16	2.1	16	100	0	68	35	8	26	29	1.87
2259610--2259640	9	3.4	9	90	0	53	0	54	0	45	0.99
2260880--2260919	14	2.9	14	85	3	55	57	27	12	2	1.48
2261171--2261216	14	3.1	14	87	6	65	54	17	13	15	1.71
2261426--2261480	26	2.1	26	100	0	110	32	18	10	38	1.85
2274300--2274571	27	9.7	28	67	17	120	25	22	26	26	2.00
2274252--2274548	56	5.3	55	80	6	296	26	22	25	25	2.00
2274664--2274821	81	2.0	81	92	2	264	31	21	31	16	1.95
2278989--2279034	19	2.3	20	81	7	58	30	28	15	26	1.96
2279140--2279274	20	6.7	20	83	5	128	32	25	17	24	1.96
2279137--2279253	61	1.9	61	85	0	162	35	24	17	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279160--2279294	41	3.3	41	77	6	139	34	25	16	24	1.95
2279462--2279505	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
2279769--2279837	20	3.5	20	93	0	111	20	18	26	34	1.96
2279769--2279847	20	4.0	20	91	0	95	18	18	22	39	1.93
2281164--2281208	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2281690--2281756	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2281745--2281803	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
2281729--2281820	33	2.8	33	98	0	175	47	21	18	11	1.80
2281729--2281825	19	5.6	19	71	22	97	46	21	19	12	1.83
2281863--2281906	20	2.3	19	80	7	52	20	22	18	38	1.93
2281872--2281918	20	2.3	20	96	0	85	14	21	25	38	1.92
2281885--2281943	20	3.0	20	79	0	64	18	15	25	40	1.90
2283818--2283853	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2283993--2284057	19	3.7	19	80	15	86	47	18	20	13	1.82
2284076--2284153	20	3.9	20	94	0	138	15	21	24	38	1.92
2284489--2284583	20	4.7	20	80	7	102	22	18	26	32	1.97
2284510--2284604	41	2.3	41	87	3	129	20	20	25	34	1.96
2286228--2286264	13	2.8	13	83	0	56	18	45	21	13	1.84
2289108--2289181	31	2.4	30	77	4	76	16	25	31	27	1.96
2291283--2291319	13	2.8	13	83	0	56	18	45	21	13	1.84
2294172--2294245	31	2.4	30	77	4	76	16	25	31	27	1.96
2296351--2296399	13	3.8	13	91	0	80	18	46	18	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2296377--2296412	18	2.0	18	94	0	63	19	47	22	11	1.80
2296399--2296441	8	5.6	8	89	10	72	13	37	25	23	1.92
2296402--2296440	7	5.3	7	90	9	60	12	35	25	25	1.92
2296402--2296441	15	2.7	15	100	0	80	12	37	25	25	1.91
2299267--2299340	31	2.4	30	77	4	76	16	25	31	27	1.96
2301448--2301496	13	3.8	13	91	0	80	18	46	18	16	1.84
2301474--2301509	18	2.0	18	94	0	63	19	47	22	11	1.80
2301496--2301538	8	5.6	8	89	10	72	13	37	25	23	1.92
2301499--2301537	7	5.3	7	90	9	60	12	35	25	25	1.92
2301499--2301538	15	2.7	15	100	0	80	12	37	25	25	1.91
2304364--2304437	31	2.4	30	79	4	85	14	25	32	27	1.95
2305378--2305425	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
2309975--2310022	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
2312828--2312909	28	2.9	28	98	0	155	42	14	17	25	1.87
2312992--2313025	17	2.0	17	94	0	59	55	5	11	26	1.58
2313478--2313566	20	4.4	20	72	8	72	16	16	30	35	1.92
2317276--2317754	182	2.6	182	90	2	721	42	13	15	27	1.85
2317809--2317863	21	2.6	21	100	0	110	43	23	14	18	1.87
2319546--2319602	24	2.5	23	77	8	62	43	0	5	50	1.24
2319892--2319922	15	2.1	15	93	0	53	29	6	51	12	1.65
2320005--2320069	21	3.1	21	93	0	103	43	10	30	15	1.81
2320117--2320182	33	2.0	33	93	0	114	30	0	46	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321358--2321406	4	12.2	4	100	0	98	24	0	26	48	1.51
2321976--2322024	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
2322398--2323337	200	4.7	199	85	2	1061	37	14	15	31	1.89
2323652--2323691	18	2.2	18	95	0	71	25	47	0	27	1.52
2326342--2326382	21	2.0	20	85	4	55	26	12	12	48	1.75
2326229--2327337	200	5.6	200	89	2	1632	39	13	14	32	1.85
2326225--2327337	389	2.8	392	88	3	1633	39	13	14	32	1.85
2326931--2326971	21	2.0	20	85	4	55	26	12	12	48	1.75
2327184--2327504	167	1.9	167	88	0	489	40	13	15	30	1.85
2329123--2329156	17	2.0	17	88	0	50	29	0	23	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16