genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331634--2332325	200	3.5	197	82	5	800	40	14	15	30	1.86
2332328--2332488	87	1.9	87	93	0	277	32	16	12	39	1.85
2336340--2336365	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2342900--2343334	36	11.8	37	86	9	461	45	3	6	45	1.46
2342900--2343302	75	5.5	72	85	9	439	46	3	6	44	1.45
2343359--2343416	3	19.0	3	82	10	73	27	0	3	68	1.05
2344640--2344698	28	2.1	28	81	12	68	16	6	1	74	1.11
2344746--2344779	4	9.0	4	87	12	54	26	0	0	73	0.83
2351882--2351928	21	2.2	21	88	0	67	23	0	4	72	1.02
2351898--2351937	15	2.8	13	88	11	53	20	0	2	77	0.88
2356904--2356937	13	2.6	13	90	0	59	44	20	17	17	1.87
2364521--2364919	204	2.0	204	96	0	735	41	6	7	44	1.59
2373726--2373766	21	2.0	21	85	0	55	53	2	4	39	1.35
2374469--2374501	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
2384254--2384310	30	2.0	30	83	13	75	28	19	3	49	1.65
2394390--2394429	14	2.9	14	84	0	53	55	0	37	7	1.29
2396660--2396710	27	1.9	26	92	4	84	54	5	3	35	1.43
2399986--2400026	21	2.0	21	90	0	64	29	19	17	34	1.94
2400135--2400190	20	2.6	20	80	11	58	30	19	25	25	1.98
2401615--2401681	23	2.9	23	79	0	80	22	20	25	31	1.98
2404069--2404139	20	3.5	20	84	0	88	32	18	15	33	1.92
2406542--2406589	17	2.6	17	77	22	53	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406510--2406599	45	2.0	45	89	8	139	56	1	4	37	1.27
2408506--2408559	2	27.0	2	84	0	72	0	3	46	50	1.19
2409511--2409578	23	3.0	23	84	0	91	19	26	25	29	1.98
2410494--2410623	67	1.9	69	92	3	219	24	10	11	53	1.69
2429472--2429507	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
2435078--2435125	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2435432--2435505	31	2.4	31	88	0	103	32	10	29	27	1.90
2437139--2437233	42	2.3	42	90	3	147	38	7	13	40	1.73
2439726--2439804	21	3.8	21	74	3	79	30	34	15	20	1.93
2440226--2440266	14	2.9	15	75	14	50	21	0	17	60	1.35
2441573--2441606	15	2.4	14	85	9	50	11	58	17	11	1.62
2442497--2442545	22	2.3	21	79	6	53	57	0	4	38	1.18
2446403--2446461	27	2.2	27	84	6	75	15	1	20	62	1.40
2446445--2446537	45	2.1	44	89	2	141	27	2	20	49	1.60
2466334--2466562	45	5.2	45	94	3	392	14	21	30	32	1.94
2466334--2466562	87	2.6	88	90	4	370	14	21	30	32	1.94
2471557--2471671	59	1.9	59	92	0	194	40	16	10	32	1.82
2479256--2479301	23	2.0	23	87	8	67	41	6	6	45	1.56
2479831--2479868	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
2480283--2480486	107	1.9	107	95	4	376	44	14	15	25	1.85
2480425--2480672	124	2.0	124	92	6	418	43	10	18	27	1.82
2485486--2485553	32	2.3	31	90	10	106	16	11	10	61	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490339--2490369	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2491524--2491574	21	2.3	21	86	10	66	45	1	0	52	1.12
2498872--2498936	28	2.3	28	89	0	94	21	16	26	35	1.95
2501537--2501582	24	1.9	24	86	8	67	28	6	26	39	1.81
2502939--2502963	7	3.6	7	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2505105--2505157	24	2.1	27	82	10	67	32	3	3	60	1.32
2506217--2506261	23	2.0	23	81	0	54	48	17	22	11	1.78
2508247--2508284	18	2.1	18	100	0	76	23	21	26	28	1.99
2508243--2508316	23	3.4	23	80	19	88	25	18	21	33	1.96
2514420--2514682	21	12.6	21	73	15	215	35	26	19	19	1.95
2514388--2514667	42	6.7	42	92	2	447	36	25	18	20	1.95
2527127--2527187	2	32.0	2	87	9	92	47	0	1	50	1.10
2527127--2527187	13	4.6	14	86	10	92	47	0	1	50	1.10
2532501--2532902	202	2.0	199	96	2	743	28	18	24	29	1.98
2535383--2535511	29	4.4	29	78	14	133	41	20	5	32	1.75
2535391--2535510	30	4.1	30	80	13	119	41	20	5	31	1.76
2540343--2540425	40	2.1	40	93	0	139	22	33	15	27	1.95
2542573--2542731	29	5.4	29	82	5	113	40	23	3	31	1.72
2547493--2547616	29	4.4	29	76	9	112	39	23	5	31	1.78
2547533--2547610	28	2.8	28	84	5	95	38	20	6	34	1.78
2553209--2553473	138	1.9	137	86	0	377	33	12	8	45	1.72
2556939--2556967	13	2.2	13	100	0	58	24	37	20	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557809--2557874	30	2.2	30	100	0	132	28	3	13	54	1.54
2558024--2558302	20	14.9	20	74	12	207	23	19	20	35	1.96
2557985--2558126	54	2.6	54	87	0	194	23	19	21	35	1.96
2558026--2558294	74	3.6	74	78	7	294	23	19	20	36	1.95
2558120--2558274	54	2.9	54	86	3	213	21	20	20	38	1.94
2558477--2558511	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
2560759--2560812	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2561633--2561780	20	7.3	20	79	8	156	25	20	25	29	1.99
2561633--2561780	61	2.4	61	91	4	244	25	20	25	29	1.99
2561711--2561801	41	2.2	41	96	0	164	23	21	25	29	1.99
2561790--2561842	20	2.7	20	90	0	88	20	18	18	41	1.91
2561916--2561962	19	2.4	19	82	3	58	25	14	29	29	1.95
2561928--2561964	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2570651--2570704	23	2.3	23	78	12	58	48	1	1	48	1.23
2570697--2570741	19	2.5	19	82	7	58	55	2	0	42	1.12
2570732--2570790	22	2.9	19	69	16	55	54	0	1	44	1.10
2570751--2570815	28	2.2	29	84	13	89	52	0	0	47	1.00
2570770--2570827	28	2.1	27	87	9	82	46	1	0	51	1.11
2573756--2573796	22	1.9	21	90	5	64	24	0	2	73	0.96
2573967--2574036	35	2.0	35	100	0	140	20	37	14	28	1.91
2576280--2576314	15	2.3	15	95	0	61	28	34	20	17	1.95
2585762--2585824	25	2.5	24	82	12	72	77	6	14	1	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585786--2585823	8	4.6	8	87	6	58	84	5	10	0	0.77
2585786--2585823	17	2.3	17	90	4	60	84	5	10	0	0.77
2587562--2587718	66	2.5	63	81	8	167	26	18	14	40	1.89
2589792--2589838	13	3.4	14	80	8	51	48	17	6	27	1.71
2596682--2596754	18	3.9	18	82	7	101	28	31	20	19	1.97
2598608--2598641	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2598746--2598792	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2599178--2599211	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
2599183--2599238	29	2.0	26	83	10	67	69	7	1	21	1.22
2599492--2599521	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2599398--2599647	134	1.9	131	87	6	375	37	8	5	48	1.57
2602001--2602077	35	2.2	35	85	0	109	35	0	22	42	1.54
2608664--2608714	27	1.9	27	92	4	86	47	9	1	41	1.48
2610944--2611021	31	2.5	32	78	4	86	35	14	15	34	1.87
2613183--2613219	17	2.2	17	95	0	65	43	2	27	27	1.68
2615811--2615960	60	2.5	60	80	8	187	41	23	14	20	1.89
2615953--2616005	19	2.7	19	91	5	79	35	22	13	28	1.92
2615754--2615986	100	2.3	100	89	5	346	39	22	15	21	1.91
2615754--2616011	20	12.9	20	73	14	153	39	22	15	22	1.91
2616856--2616911	24	2.3	24	93	0	94	21	19	19	39	1.93
2619348--2619393	20	2.3	20	100	0	92	8	15	23	52	1.70
2621160--2621258	21	4.7	21	71	13	78	23	16	34	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621160--2621258	42	2.4	42	76	6	110	23	16	34	26	1.95
2627435--2627505	32	2.2	32	87	2	99	50	12	12	23	1.75
2630212--2630311	47	2.1	48	83	12	127	61	0	3	36	1.12
2630255--2630311	16	3.6	16	84	15	66	64	0	0	35	0.93
2630212--2630311	30	3.2	31	78	14	107	61	0	3	36	1.12
2630277--2630324	20	2.5	19	77	9	53	62	0	0	37	0.95
2630373--2630445	4	18.0	4	72	13	51	65	0	1	32	1.01
2630201--2630646	151	2.9	151	85	9	573	57	0	2	39	1.17
2630517--2630606	16	5.6	16	72	20	64	57	1	1	40	1.13
2632050--2632096	21	2.2	21	92	0	76	44	12	21	21	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16