genome.fa.s9617.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117005_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3386631

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2653256--2653303	20	2.4	20	100	0	96	20	31	18	29	1.97
2653794--2653836	11	4.0	11	80	17	54	11	23	2	62	1.40
2653790--2653831	21	2.0	21	95	0	75	14	21	0	64	1.29
2658581--2658919	169	2.0	170	99	0	671	27	10	14	46	1.78
2659282--2659439	85	1.9	85	93	0	271	31	13	20	33	1.92
2659418--2659452	13	2.7	13	95	0	61	34	17	20	28	1.95
2662440--2662484	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2663327--2663374	2	24.0	2	95	0	87	50	0	2	47	1.12
2664100--2664405	149	2.1	149	97	0	576	26	17	20	34	1.95
2681700--2681830	44	3.0	44	90	0	208	32	17	4	45	1.69
2682048--2682086	20	2.0	20	89	0	60	12	15	17	53	1.72
2683117--2683157	20	2.1	20	90	4	66	56	0	4	39	1.21
2683390--2683417	14	2.0	14	100	0	56	21	42	28	7	1.79
2683386--2683486	44	2.2	46	91	5	161	24	34	30	9	1.88
2683385--2683461	24	3.4	22	75	21	79	24	37	28	9	1.86
2683434--2683466	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
2683458--2683532	33	2.3	33	92	0	123	28	25	38	8	1.84
2683542--2683604	33	1.9	33	86	0	90	11	38	22	28	1.88
2683541--2683614	33	2.2	33	80	0	85	10	36	25	27	1.89
2683596--2683642	14	3.4	14	96	0	85	6	29	40	23	1.79
2683629--2683682	20	2.7	20	97	0	99	9	27	37	25	1.87
2683669--2683696	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683629--2683682	10	5.4	10	79	16	67	9	27	37	25	1.87
2683673--2683880	113	1.8	113	95	0	380	19	26	33	20	1.96
2685442--2685616	87	2.0	87	98	0	341	26	21	13	38	1.90
2690772--2690824	27	2.0	27	100	0	106	41	3	13	41	1.62
2692089--2692135	18	2.6	17	86	6	67	29	12	10	46	1.76
2693327--2693395	23	3.0	23	77	8	68	34	24	21	18	1.96
2694934--2695031	20	4.8	20	80	14	92	25	24	19	30	1.98
2698746--2698814	23	3.0	23	79	8	77	33	24	23	18	1.97
2700359--2700425	20	3.3	20	95	0	116	25	19	20	34	1.96
2700351--2700487	20	6.7	21	85	9	103	24	24	18	32	1.97
2700437--2700486	19	2.6	19	100	0	100	22	30	18	30	1.97
2702083--2702122	21	1.9	21	100	0	80	15	22	20	42	1.88
2706428--2706480	24	2.3	24	83	6	65	7	16	15	60	1.57
2716436--2716480	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2717496--2717525	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2718178--2718240	13	5.5	13	65	27	52	19	26	26	26	1.99
2718174--2718254	22	3.6	22	96	1	144	18	27	29	24	1.98
2721426--2721470	21	2.1	21	84	8	56	33	26	24	15	1.95
2722482--2722527	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2723179--2723259	22	3.6	22	93	1	135	18	25	29	25	1.98
2724574--2724633	27	2.2	27	82	11	70	35	3	1	60	1.23
2724586--2724632	18	2.5	19	89	3	69	36	4	0	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2724543--2724941	200	2.0	200	90	1	629	25	9	16	48	1.75
2724786--2724832	18	2.5	19	86	3	60	36	4	2	57	1.30
2725768--2725799	15	2.1	15	94	0	55	37	0	12	50	1.41
2726061--2726115	16	3.4	16	97	0	101	23	32	18	25	1.97
2729383--2729412	10	3.0	10	100	0	60	20	10	20	50	1.76
2729755--2729795	21	2.0	21	90	0	64	48	21	9	19	1.77
2729793--2729871	32	2.5	32	81	8	81	43	25	13	17	1.86
2730526--2730556	16	1.9	16	93	0	53	32	22	16	29	1.95
2731487--2731560	37	2.0	36	86	2	103	52	13	8	25	1.67
2731649--2731739	30	2.9	30	91	4	137	41	16	14	27	1.87
2735007--2735044	17	2.2	17	86	9	51	21	15	5	57	1.57
2735209--2735255	21	2.2	20	85	7	58	53	17	0	29	1.44
2735190--2735274	14	6.1	14	69	9	50	48	20	0	31	1.50
2735219--2735283	21	3.1	21	80	2	60	49	20	0	30	1.49
2735196--2735284	28	3.2	28	81	0	106	48	21	0	30	1.50
2736953--2737075	7	17.6	7	68	18	51	43	25	0	30	1.55
2736955--2737095	42	3.4	41	80	5	149	43	26	0	29	1.60
2736953--2737070	14	8.4	14	70	15	84	44	25	0	29	1.54
2737481--2737521	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
2740979--2741011	17	1.9	17	100	0	66	12	9	24	54	1.66
2741118--2741196	34	2.3	34	86	4	106	22	13	17	45	1.84
2741882--2741919	16	2.3	17	95	4	69	50	0	2	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742916--2742969	23	2.3	23	90	0	81	33	18	25	22	1.97
2742975--2743058	23	3.7	23	81	0	87	35	21	23	19	1.96
2744128--2744294	60	2.8	59	81	2	183	41	16	9	32	1.80
2747039--2747065	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2759024--2759107	40	2.1	40	84	8	109	32	23	8	35	1.85
2759980--2760013	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
2760139--2760192	24	2.2	24	83	0	63	25	16	16	40	1.89
2762884--2762926	20	2.2	20	86	0	59	30	20	16	32	1.95
2771273--2771317	20	2.2	20	88	0	63	33	20	15	31	1.93
2772734--2772775	18	2.3	18	91	0	66	54	23	2	19	1.55
2772935--2772986	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2773042--2773235	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2773038--2773235	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2773042--2773234	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2773616--2773686	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2773807--2773861	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2773807--2773877	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
2773873--2773937	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
2773895--2773982	14	5.7	14	69	27	63	9	25	23	42	1.83
2773878--2773990	33	3.5	33	90	4	194	9	23	21	45	1.81
2773873--2773983	19	6.8	18	68	27	70	9	24	22	43	1.83
2775687--2776157	185	2.6	185	98	0	917	22	12	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775687--2776157	92	5.1	93	97	1	903	22	12	18	46	1.83
2776201--2776327	19	7.3	19	73	20	116	45	29	16	8	1.77
2776237--2776327	31	2.8	32	91	5	148	46	28	17	7	1.76
2776323--2776457	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2776345--2776401	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2776328--2776420	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2778355--2778390	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2778497--2778597	19	5.6	19	84	13	142	43	17	23	14	1.87
2778626--2778918	19	16.4	19	82	14	383	14	20	18	47	1.82
2778604--2778918	52	5.9	52	86	9	321	14	20	18	46	1.83
2778626--2778890	128	2.1	122	83	12	185	14	20	16	47	1.82
2781378--2781424	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2782098--2782466	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
2782927--2782985	20	3.0	20	89	0	82	42	20	8	28	1.81
2782979--2783072	20	4.7	20	87	0	134	21	11	19	47	1.80
2789746--2789792	24	2.0	23	83	4	58	36	0	2	61	1.08
2790551--2790587	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2790669--2790739	21	3.5	20	74	14	74	32	28	19	19	1.97
2790618--2790758	40	3.5	41	89	5	209	30	26	19	23	1.98
2791539--2791583	23	2.0	23	91	4	74	28	20	17	33	1.95
2791779--2791825	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
2791966--2791992	14	1.9	14	100	0	54	44	29	18	7	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2794032--2794450	140	3.0	140	95	1	747	28	12	15	43	1.83
2794421--2794557	20	6.8	20	86	0	184	31	19	19	29	1.97
2794599--2794692	20	4.8	20	88	1	127	14	19	23	42	1.88
2794744--2794891	61	2.4	60	87	10	201	50	16	2	30	1.57
2794869--2794905	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
2796278--2796370	42	2.2	42	84	5	118	20	19	36	23	1.95
2796278--2796347	21	3.3	21	73	0	68	20	20	35	24	1.96
2796308--2796388	41	2.0	42	82	2	101	23	17	37	22	1.94
2796873--2796912	18	2.2	19	90	4	64	52	25	7	15	1.68
2796900--2796945	20	2.4	20	89	7	69	34	28	17	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16