genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009633.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608659

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2665--2689	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2959--3044	44	2.0	44	85	0	118	23	12	24	39	1.89
3586--3615	16	1.9	15	93	6	51	53	0	0	46	1.00
3838--3892	20	2.8	20	94	0	92	40	9	25	25	1.85
6434--6459	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8664--8924	95	2.7	95	83	4	321	33	18	17	31	1.94
10039--10547	84	6.2	84	77	5	477	30	24	20	24	1.99
10077--10582	164	3.1	164	82	3	559	31	24	20	24	1.98
10590--10851	36	7.4	36	76	11	247	26	20	12	40	1.88
10722--10851	37	3.6	36	85	3	188	24	20	15	40	1.91
10904--11033	36	3.6	36	88	2	188	43	19	7	29	1.78
15047--15097	19	2.7	19	96	0	93	25	29	21	23	1.99
15188--15254	20	3.3	20	79	4	89	40	17	22	19	1.92
15185--15280	41	2.3	41	96	0	174	39	16	23	19	1.92
15188--15280	20	4.6	20	75	4	87	38	17	24	19	1.92
15269--15363	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
15266--15343	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
15550--15593	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
15856--15893	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
17213--17257	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
17803--17839	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
19195--19261	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19195--19317	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
21346--21444	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
21321--21486	20	9.1	19	74	16	136	42	22	22	12	1.87
21482--21565	19	4.4	19	89	1	114	10	17	25	46	1.80
22087--22138	20	2.6	20	87	6	70	25	17	28	28	1.97
22149--22241	20	4.6	20	75	4	87	18	23	18	39	1.92
22131--22244	41	2.8	41	90	4	176	18	21	17	42	1.89
27599--27657	29	2.1	29	93	3	102	33	15	13	37	1.86
29065--29218	55	2.8	55	98	0	299	40	12	20	25	1.89
37788--37865	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
37872--38089	103	2.1	103	93	0	373	36	22	14	26	1.93
42849--42926	23	3.3	23	81	1	93	34	23	17	24	1.96
44048--44187	16	8.8	15	65	24	56	46	1	2	49	1.25
44053--44115	31	2.0	31	90	0	99	41	1	3	53	1.26
44903--44955	24	2.2	24	86	0	70	45	35	5	13	1.67
44902--44955	12	4.5	12	73	0	54	44	35	5	14	1.69
44897--44947	18	2.8	18	81	3	57	45	35	5	13	1.68
51750--51902	74	2.1	74	100	0	306	30	15	21	32	1.94
54178--54222	18	2.5	18	86	13	58	42	2	4	51	1.34
54222--54318	6	16.5	6	67	16	51	48	1	3	47	1.24
54222--54318	11	8.2	12	68	15	51	48	1	3	47	1.24
63412--63494	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67891--67973	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
75441--75553	51	2.2	51	81	9	124	18	30	26	24	1.98
85012--85040	13	2.1	14	93	6	51	27	0	6	65	1.18
87800--87847	16	2.9	16	79	14	53	62	2	0	35	1.07
88975--89042	4	17.0	4	90	0	109	26	23	0	50	1.50
89894--90204	43	7.3	42	79	7	263	35	20	20	23	1.96
89891--90204	128	2.4	127	80	5	321	35	20	20	22	1.96
89922--90231	85	3.7	84	81	6	317	34	20	21	23	1.97
89874--90229	43	8.3	42	74	13	164	34	20	21	23	1.97
93878--94166	41	7.0	41	83	5	314	32	17	19	30	1.95
103929--104019	44	2.0	46	93	4	159	32	15	8	42	1.78
107519--107553	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
110184--110281	41	2.4	40	93	3	169	43	8	7	40	1.62
111122--111603	229	2.1	228	96	0	874	44	7	7	40	1.61
111862--111908	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
111709--112122	181	2.3	182	90	0	632	41	14	17	26	1.88
112043--112089	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
112052--112094	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
114325--114389	21	3.1	21	79	0	76	38	13	30	16	1.88
114423--114488	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
116280--116328	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
116447--117815	199	6.9	199	96	0	2485	37	15	16	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116447--117815	596	2.3	597	96	0	2521	37	15	16	31	1.89
118946--119007	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
118946--119037	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
118961--119041	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
118949--119025	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
118949--119037	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
118946--119037	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
120543--121035	183	2.7	182	94	1	878	34	14	17	33	1.91
121761--121787	13	2.1	13	100	0	54	33	22	7	37	1.82
123518--123582	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
123905--123977	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
124404--124440	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
124698--124784	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
125206--125278	23	3.2	23	80	0	83	34	4	21	39	1.73
125424--125490	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
125636--125708	23	3.2	23	86	0	101	32	5	23	38	1.78
125636--125733	46	2.1	45	81	7	108	31	7	20	40	1.79
125003--126488	430	3.5	430	98	0	2828	41	7	12	38	1.71
126066--126138	23	3.2	23	86	0	92	32	4	21	41	1.72
126284--126350	30	2.2	31	82	10	77	52	4	0	43	1.21
126555--126602	23	2.1	23	88	0	69	35	16	10	37	1.83
130548--130625	38	2.1	38	82	4	95	25	8	32	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132387--133204	408	2.0	408	94	0	1431	28	12	17	41	1.86
134337--134361	13	1.9	13	100	0	50	20	16	16	48	1.82
134614--134669	15	3.6	15	81	9	67	44	10	12	32	1.77
134617--134650	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
134621--134659	17	2.3	17	86	0	51	56	10	10	23	1.63
134711--134813	33	3.2	33	91	2	165	44	15	7	32	1.75
134808--134849	21	2.0	21	90	0	66	47	9	14	28	1.75
139478--139556	33	2.4	32	87	4	122	32	8	13	44	1.75
141746--141816	36	1.9	37	85	2	99	23	33	18	23	1.96
153859--153891	15	2.2	15	89	10	50	51	24	9	15	1.72
155628--155652	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
160000--160055	16	3.6	16	85	2	69	41	8	14	35	1.77
160742--160787	16	2.7	17	83	10	58	39	6	26	28	1.81
161253--161291	20	2.0	20	94	0	69	30	30	15	23	1.95
161338--161429	26	3.5	26	96	0	175	25	22	22	29	1.99
167274--167354	24	3.6	23	70	23	73	22	22	23	32	1.98
169478--169517	19	2.0	20	85	9	55	37	0	37	25	1.56
169852--169890	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
171923--171998	31	2.5	31	88	0	107	26	22	13	38	1.91
173741--173790	19	2.5	19	80	6	55	22	14	4	60	1.51
173967--174043	31	2.5	31	86	0	100	27	27	11	33	1.91
174985--175023	2	19.5	2	89	0	60	51	0	5	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181358--181450	26	3.3	26	76	21	107	26	0	18	54	1.43
181376--181595	32	7.7	32	73	25	233	33	0	14	52	1.42
181467--181509	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
181377--181612	54	4.3	54	95	2	400	33	0	13	52	1.41
181521--181563	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
181632--181684	14	3.5	14	72	18	52	37	0	5	56	1.23
181622--181685	32	2.0	32	96	0	119	35	0	10	53	1.36
181700--181758	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
182762--182804	21	2.0	21	90	0	68	6	27	39	25	1.81
182766--182814	21	2.3	20	83	10	62	8	28	38	24	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13