genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009633.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608659

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365964--2366319	185	1.9	186	95	0	642	39	14	14	31	1.87
2366887--2366941	22	2.5	22	87	0	92	41	14	10	32	1.81
2369372--2369591	114	1.9	114	95	0	395	32	19	13	35	1.90
2371733--2371809	9	8.3	9	76	9	75	1	14	3	80	0.92
2371740--2371813	26	3.0	26	75	11	77	2	13	6	77	1.08
2374631--2374669	14	2.8	14	88	11	62	61	5	17	15	1.51
2374636--2374681	21	2.1	21	88	4	65	63	4	15	17	1.47
2376721--2376772	17	3.5	15	82	14	63	75	0	3	21	0.97
2376730--2376774	17	2.5	18	82	10	65	75	0	4	20	0.97
2376737--2376773	17	2.2	17	95	4	67	75	0	5	18	0.99
2377390--2377433	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
2377643--2377674	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2377684--2377717	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
2377723--2377755	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2377986--2378029	20	2.2	20	100	0	88	31	0	31	36	1.58
2378031--2378055	10	2.5	10	100	0	50	8	20	32	40	1.81
2379088--2379158	27	2.6	28	68	19	69	30	21	14	33	1.92
2379629--2379688	3	20.3	3	80	10	70	41	0	0	58	0.98
2379629--2379688	13	4.5	14	78	15	65	41	0	0	58	0.98
2379629--2379696	26	2.7	26	84	15	90	44	0	0	55	0.99
2381154--2381207	3	17.3	3	80	3	54	61	3	1	33	1.25
2381429--2381630	93	2.2	92	81	8	234	33	17	14	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381519--2381777	134	1.9	134	82	4	317	34	15	17	32	1.92
2382113--2382699	233	2.5	231	84	4	732	31	17	16	35	1.92
2384466--2384527	31	2.0	30	93	3	106	4	14	0	80	0.87
2384405--2384529	44	2.9	43	75	19	116	5	19	0	75	1.00
2384415--2384529	6	18.3	6	77	13	90	5	18	0	76	0.97
2384443--2384531	13	6.4	13	75	16	81	4	16	0	78	0.91
2384449--2384531	7	11.7	7	74	14	73	4	15	0	79	0.89
2395402--2395463	9	7.0	9	90	7	92	77	0	12	9	0.99
2395402--2395455	19	3.0	19	86	13	87	77	0	11	11	0.99
2395406--2395454	8	5.8	8	95	4	71	79	0	10	10	0.93
2395406--2395463	17	3.4	17	88	9	82	79	0	12	8	0.94
2396744--2397279	55	9.8	55	88	2	722	32	15	23	28	1.95
2397427--2397499	3	24.3	3	74	10	60	36	5	1	56	1.31
2397468--2397509	22	1.9	22	85	9	59	28	7	4	59	1.44
2401234--2401373	75	1.9	75	83	5	185	38	10	5	45	1.63
2407918--2407973	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
2408177--2408253	4	19.8	4	83	15	99	76	0	22	1	0.86
2408177--2408253	11	6.6	11	85	8	91	76	0	22	1	0.86
2408175--2408252	23	3.5	22	78	13	97	76	0	21	1	0.85
2410766--2410842	6	13.8	5	77	22	50	75	5	1	18	1.06
2410776--2410842	11	5.8	12	78	18	63	74	5	1	17	1.09
2410776--2410853	11	6.7	11	79	16	61	71	7	1	19	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2412571--2412701	39	3.4	39	84	5	176	36	16	14	32	1.89
2412777--2412853	23	3.6	23	70	21	76	18	28	9	44	1.80
2412767--2412863	40	2.4	40	96	0	176	19	26	8	45	1.78
2417536--2417594	24	2.5	24	94	0	100	44	10	15	30	1.79
2420535--2420662	51	2.5	53	83	12	167	29	10	18	40	1.85
2420933--2420991	19	3.1	19	64	22	50	35	16	13	33	1.88
2420922--2421517	39	15.3	39	85	3	745	31	16	15	36	1.90
2420970--2421035	22	3.3	21	64	24	52	34	18	16	30	1.93
2420922--2421517	157	3.8	157	85	2	767	31	16	15	36	1.90
2420922--2421506	118	5.0	118	86	2	761	31	16	15	36	1.90
2421539--2421658	58	2.1	59	85	4	163	29	30	15	25	1.96
2422786--2422991	109	1.9	109	88	4	317	24	17	15	42	1.88
2426369--2426778	132	3.1	132	79	4	432	29	16	20	32	1.95
2427134--2427694	232	2.4	230	85	2	716	32	17	15	34	1.92
2429362--2429469	7	14.6	7	75	20	71	6	14	0	77	1.01
2429392--2429469	31	2.6	32	80	11	85	7	15	1	75	1.09
2434946--2434978	15	2.2	15	94	0	57	48	0	6	45	1.27
2439174--2439484	39	8.4	36	74	14	242	41	9	5	43	1.60
2439161--2439484	72	4.4	76	72	17	227	41	9	5	43	1.60
2439160--2439490	116	3.0	115	79	12	295	41	9	5	43	1.60
2439862--2440279	202	2.1	203	81	4	477	28	21	18	32	1.96
2447998--2448056	19	3.1	18	75	20	57	69	1	1	27	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448070--2448137	34	2.0	34	94	0	118	44	8	2	44	1.50
2448184--2448230	23	2.0	24	91	8	78	36	10	4	48	1.57
2448265--2448381	39	3.0	39	81	15	120	44	10	1	43	1.48
2449524--2449813	159	1.8	159	90	3	476	50	14	4	31	1.63
2451925--2452002	3	25.3	3	84	2	93	60	5	1	33	1.27
2456939--2456968	6	5.2	6	92	8	53	16	0	50	33	1.46
2457082--2457147	3	22.0	3	96	0	123	65	0	0	34	0.93
2471542--2471593	21	2.5	20	76	14	52	11	3	1	82	0.88
2478405--2478448	3	14.7	3	90	0	70	31	2	0	65	1.05
2480265--2480559	56	5.3	56	73	13	193	33	10	14	41	1.81
2480397--2480574	56	3.1	55	82	7	214	32	11	15	41	1.82
2480675--2480993	176	1.8	175	91	2	532	28	18	20	32	1.96
2481065--2481171	42	2.6	41	82	4	126	27	20	20	31	1.97
2480795--2481964	241	4.9	241	90	1	1668	31	17	17	33	1.93
2481554--2481653	42	2.4	41	77	8	103	26	20	21	33	1.97
2483342--2483408	20	3.3	20	93	0	116	46	25	7	20	1.77
2494508--2494553	23	1.9	25	86	8	69	54	6	2	36	1.39
2494994--2495061	23	3.0	23	70	8	57	60	2	1	35	1.21
2505531--2505563	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
2515234--2515274	13	3.2	13	85	0	55	36	19	26	17	1.94
2533279--2533332	24	2.2	24	96	0	99	22	24	16	37	1.94
2536874--2536965	25	3.8	25	90	5	127	19	27	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537737--2537864	59	2.2	59	92	0	211	27	17	18	36	1.93
2540483--2540707	24	9.3	24	70	9	82	24	17	16	41	1.89
2544182--2544206	9	2.8	9	100	0	50	24	40	24	12	1.88
2546031--2546078	19	2.5	20	83	16	66	79	4	0	16	0.89
2547273--2547340	23	3.0	23	74	14	70	57	2	2	36	1.29
2548649--2548675	10	2.7	10	100	0	54	7	7	18	66	1.40
2549513--2549541	14	2.1	14	93	6	51	13	27	24	34	1.93
2554653--2554720	27	2.5	28	78	2	75	45	17	13	23	1.84
2559019--2559078	27	2.2	27	79	5	68	50	10	11	28	1.71
2568020--2568080	17	3.3	17	75	20	68	11	19	47	21	1.81
2568027--2568079	22	2.4	22	90	0	88	7	18	50	22	1.72
2568078--2568155	19	4.1	19	80	14	97	26	29	26	16	1.97
2568076--2568154	10	8.3	9	83	6	86	26	29	29	15	1.96
2568077--2568174	29	3.4	28	83	8	99	28	26	27	17	1.98
2575354--2575393	17	2.4	17	95	0	71	15	20	45	20	1.86
2575334--2575364	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
2575393--2575447	19	2.8	19	88	2	83	25	29	29	16	1.97
2575393--2575447	10	5.7	10	79	10	53	25	29	29	16	1.97
2584540--2584567	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
2584540--2584575	16	2.2	16	90	0	54	8	2	2	86	0.77
2587212--2587329	42	2.9	41	69	12	107	27	5	12	54	1.59
2596144--2596189	20	2.2	21	77	11	51	17	8	6	67	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596353--2596394	19	2.2	19	87	8	59	16	4	2	76	1.07
2596405--2596440	5	7.8	5	82	17	51	19	0	0	80	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13

The End!