genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009633.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608659

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1960624--1960667	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
1960740--1960908	60	2.8	60	81	1	187	31	17	4	46	1.67
1964259--1964323	33	2.0	33	90	6	105	30	15	10	43	1.81
1968867--1969103	115	2.1	115	99	0	465	49	7	6	35	1.58
1970792--1970816	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
1971771--1971817	14	3.4	14	84	0	58	19	14	42	23	1.88
1978663--1978716	24	2.2	24	77	6	56	25	9	24	40	1.85
1980978--1981025	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1994342--1994373	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
1994345--1994373	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1995158--1995197	21	2.0	20	90	5	62	67	2	0	30	1.04
1995919--1996671	374	2.0	377	96	2	1412	31	15	11	41	1.83
1998186--1998220	3	11.7	3	87	0	52	34	28	31	5	1.81
2003760--2003819	29	2.0	29	87	3	84	40	11	21	26	1.88
2006698--2006835	70	2.0	70	100	0	276	26	7	33	32	1.84
2007689--2007809	45	2.8	43	78	6	127	24	9	6	58	1.54
2007734--2008077	42	7.9	43	73	14	126	25	15	7	50	1.70
2007734--2008077	43	7.9	42	74	14	218	25	15	7	50	1.70
2008050--2008110	28	2.1	28	90	6	95	29	13	11	45	1.78
2009590--2009628	17	2.3	17	90	0	60	46	2	0	51	1.14
2009579--2009679	26	4.0	26	69	23	67	47	1	0	50	1.12
2009730--2009774	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2009743--2009919	91	2.0	89	79	8	189	49	3	0	46	1.24
2011035--2011094	27	2.3	26	81	16	70	35	0	6	58	1.24
2013755--2013793	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2015999--2016035	16	2.3	16	90	0	65	37	18	5	37	1.74
2019105--2019147	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2019137--2019451	39	8.3	38	81	10	299	42	9	5	42	1.60
2019141--2019421	77	3.7	74	82	9	275	41	8	6	42	1.61
2019311--2019392	42	2.0	41	90	2	128	47	8	7	36	1.62
2030609--2030639	14	2.2	14	94	0	53	77	0	16	6	0.97
2032813--2032857	23	1.9	24	86	4	65	73	2	4	20	1.11
2032837--2032890	15	3.7	15	78	7	58	72	1	1	24	1.05
2032933--2033169	39	5.9	38	79	13	113	41	10	4	43	1.59
2032939--2033169	78	2.9	80	80	13	260	42	10	4	42	1.60
2033033--2033169	39	3.5	39	94	4	233	41	8	5	44	1.57
2033097--2033221	65	1.9	64	85	7	173	43	9	4	42	1.58
2033136--2033232	23	4.4	23	75	17	98	43	10	5	41	1.61
2033158--2033262	40	2.8	37	83	9	142	40	8	6	43	1.61
2033238--2033304	35	1.9	36	88	8	104	37	10	5	46	1.63
2035005--2035064	16	4.0	16	70	16	56	56	5	5	33	1.42
2035006--2035074	28	2.4	29	88	7	106	57	2	5	33	1.37
2037045--2037079	12	2.9	12	91	0	52	40	8	0	51	1.33
2041634--2041765	62	2.1	62	81	5	151	44	9	11	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2045511--2045602	3	30.7	3	84	0	121	33	0	0	66	0.92
2047116--2047155	18	2.2	19	95	4	73	30	0	0	70	0.88
2047985--2048044	23	2.6	23	83	0	66	40	6	18	35	1.77
2047885--2048119	87	2.7	87	93	0	380	42	9	14	34	1.78
2048121--2048800	198	3.4	199	88	3	976	31	16	14	38	1.88
2048986--2049106	54	2.2	54	77	11	133	31	3	4	61	1.31
2049275--2049316	21	2.0	21	90	0	66	40	21	0	38	1.53
2049591--2049684	28	3.2	30	80	10	88	51	1	1	46	1.15
2049700--2049768	24	2.9	25	75	18	67	42	1	2	53	1.24
2050022--2050071	23	2.2	23	85	0	64	32	14	12	42	1.82
2050004--2050236	87	2.7	87	86	2	342	33	13	9	42	1.77
2050186--2050275	23	3.9	23	85	0	117	34	17	10	37	1.84
2050195--2050285	23	4.0	23	85	0	110	36	16	10	36	1.84
2050120--2050380	133	2.0	133	92	0	432	33	16	9	40	1.80
2050319--2050380	23	2.7	23	89	0	88	35	20	4	38	1.74
2055002--2055085	32	2.7	32	81	1	89	15	27	32	25	1.95
2054998--2055102	31	3.4	31	77	3	95	15	25	30	28	1.96
2055028--2055102	32	2.4	32	82	4	91	14	25	30	29	1.95
2066080--2066130	17	2.9	18	85	8	61	43	9	7	39	1.67
2069856--2069953	22	4.7	21	68	22	64	21	16	35	26	1.94
2069877--2069952	20	3.8	20	81	8	82	21	15	36	26	1.93
2072604--2072657	23	2.4	23	81	6	67	33	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075802--2076112	82	3.8	83	75	6	310	35	16	19	28	1.93
2075734--2076074	164	2.1	166	89	3	519	33	15	20	30	1.94
2075994--2076199	42	5.0	39	71	12	114	37	18	15	28	1.91
2075990--2076118	42	3.1	42	72	11	131	37	19	14	28	1.91
2076105--2076202	40	2.4	40	83	6	126	35	14	16	33	1.89
2076124--2076200	40	1.9	41	91	2	129	38	15	16	28	1.90
2092237--2092291	23	2.5	22	82	8	67	23	23	16	36	1.94
2092711--2092755	20	2.2	20	84	7	56	17	0	13	68	1.20
2095875--2095899	13	1.9	13	100	0	50	20	8	8	64	1.46
2097387--2097458	17	4.2	17	78	3	72	38	8	15	37	1.77
2105691--2105728	13	2.9	13	96	0	67	18	47	13	21	1.82
2105690--2105739	13	3.8	13	89	0	55	20	46	16	18	1.85
2106957--2106992	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2108133--2108227	24	4.0	24	84	0	118	18	14	17	48	1.81
2108156--2108225	12	5.8	12	81	6	79	14	15	18	51	1.77
2108119--2108227	48	2.3	48	85	3	139	18	16	17	47	1.83
2110291--2110351	31	2.0	31	96	0	113	21	49	14	14	1.79
2110286--2110355	18	4.2	18	75	17	69	21	50	15	12	1.78
2110309--2110344	13	2.8	13	86	0	54	19	50	16	13	1.79
2111556--2111591	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
2112755--2112824	12	5.8	12	78	6	70	15	14	18	51	1.77
2112718--2112822	48	2.2	48	82	3	122	19	16	17	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112718--2112826	24	4.5	24	77	2	94	19	15	17	47	1.82
2114891--2114960	18	4.2	18	78	17	96	18	50	18	12	1.78
2114913--2114949	13	2.8	13	83	0	56	18	48	18	13	1.80
2114895--2114960	31	2.1	31	91	0	114	18	48	19	13	1.81
2117367--2117436	12	5.8	12	78	6	70	15	14	18	51	1.77
2117330--2117434	48	2.2	48	82	3	122	19	16	17	47	1.83
2117330--2117438	24	4.5	24	77	2	94	19	15	17	47	1.82
2119712--2119939	114	2.0	114	100	0	456	23	22	23	29	1.99
2127538--2127562	12	2.1	12	100	0	50	60	32	0	8	1.26
2135377--2135412	16	2.4	14	83	16	54	47	8	22	22	1.77
2135382--2135413	16	2.0	16	100	0	64	43	12	25	18	1.85
2140855--2140904	24	2.3	23	80	16	61	58	16	8	18	1.62
2143856--2143912	15	3.7	15	77	9	69	22	33	28	15	1.95
2143856--2143924	32	2.2	32	91	0	111	23	31	27	17	1.97
2143856--2143924	15	4.3	16	75	10	52	23	31	27	17	1.97
2143963--2144003	15	2.6	16	88	3	66	26	29	31	12	1.92
2144191--2144359	59	2.8	59	82	8	175	32	20	5	41	1.75
2144178--2144359	60	3.1	58	78	10	181	32	20	5	41	1.75
2146069--2146152	25	3.2	27	79	12	79	39	3	1	55	1.25
2146090--2146159	26	2.6	27	82	8	81	38	1	1	58	1.16
2146092--2146164	25	2.6	27	79	18	78	38	1	1	58	1.15
2146297--2146335	20	2.0	20	94	0	69	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147473--2148089	81	7.6	81	90	1	959	29	24	11	34	1.90
2148255--2148456	55	3.7	54	83	1	233	31	18	12	37	1.89
2148887--2148938	20	2.6	20	96	0	86	19	34	11	34	1.88
2150554--2150597	22	2.0	22	86	0	61	59	0	2	38	1.10
2150681--2150727	21	2.4	19	82	7	58	46	0	4	48	1.21
2152746--2152795	21	2.4	21	96	0	91	42	24	12	22	1.87
2152865--2152914	21	2.4	21	93	0	82	20	34	18	28	1.95
2152988--2153041	25	2.2	25	96	0	99	40	9	18	31	1.82
2154192--2154383	24	7.9	24	72	11	115	22	22	15	38	1.92
2154191--2154384	97	2.0	98	81	5	232	23	22	15	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13