genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009633.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608659

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737188--737320	41	3.2	41	82	6	128	20	19	21	39	1.93
737247--737322	21	3.7	21	76	3	91	15	23	18	42	1.89
737273--737339	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
737247--737339	41	2.3	41	98	0	177	17	23	18	40	1.90
738093--738117	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
741961--742000	20	2.0	20	95	0	71	20	17	20	42	1.89
745598--745632	18	1.9	18	88	0	52	28	34	17	20	1.95
745891--745951	2	31.0	2	96	3	115	50	0	0	49	1.00
749053--749112	31	1.9	31	100	0	120	36	16	23	23	1.94
749903--750042	74	1.9	72	86	2	199	42	7	7	42	1.59
752964--753027	31	2.1	31	90	0	101	28	7	6	57	1.51
754138--754200	13	4.5	13	75	21	56	65	7	1	25	1.29
754238--754328	42	2.1	44	89	4	141	45	7	7	39	1.62
754350--754403	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
755436--755509	21	3.6	21	72	3	69	21	20	24	33	1.97
755432--755532	41	2.5	41	95	0	175	19	20	22	36	1.95
755460--755529	20	3.5	20	74	3	77	14	22	24	38	1.91
755521--755614	22	4.4	22	78	8	122	19	19	24	37	1.94
755480--755634	63	2.5	62	84	6	152	20	18	23	38	1.94
755460--755589	41	3.1	41	88	6	149	16	21	23	38	1.93
755713--755745	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
755746--755781	5	7.4	5	93	6	65	38	22	38	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756369--756434	19	3.5	19	91	0	114	43	18	18	19	1.88
756355--756434	38	2.3	33	83	12	90	43	17	16	22	1.87
756369--756451	38	2.2	38	88	0	121	40	20	18	20	1.91
756441--756541	41	2.5	41	91	0	166	39	23	16	19	1.92
756441--756545	21	5.1	21	67	3	79	40	24	16	19	1.91
760729--760860	60	2.2	60	81	5	151	40	5	20	34	1.75
763812--763902	30	3.0	30	85	4	112	39	6	10	42	1.66
765045--765120	3	24.7	3	77	10	73	39	1	0	59	1.06
765606--765647	15	2.8	15	89	7	59	76	2	21	0	0.90
765606--765647	20	2.1	20	86	8	59	76	2	21	0	0.90
766507--766546	17	2.4	17	86	0	53	57	0	0	42	0.98
766525--766564	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
777923--778019	16	5.8	17	77	13	103	80	0	18	1	0.77
777924--778010	17	5.2	16	81	15	90	81	0	17	1	0.75
777922--778010	9	10.8	8	81	13	101	82	0	16	1	0.74
777919--778010	33	2.8	32	82	17	125	81	0	17	1	0.75
777922--778018	26	3.8	24	81	15	106	81	0	17	1	0.75
777922--778019	42	2.3	41	86	8	135	80	0	18	1	0.77
779378--779971	83	7.2	83	95	0	1026	28	13	21	36	1.91
780761--782221	113	13.0	113	90	2	1998	35	14	18	31	1.91
780761--782221	225	6.5	225	92	2	2005	35	14	18	31	1.91
782027--782082	17	3.2	17	69	18	51	50	8	21	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782135--782190	17	3.2	17	69	18	51	50	8	21	19	1.75
782173--782356	84	2.2	82	81	3	199	38	16	17	27	1.91
782515--782608	3	30.7	3	84	8	118	37	1	0	61	1.03
783105--783136	15	2.1	15	94	0	55	78	0	21	0	0.76
783998--784037	17	2.4	17	86	0	53	57	0	0	42	0.98
784016--784055	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
796997--797164	21	8.2	21	79	5	173	20	18	26	34	1.96
796997--797164	82	2.0	82	95	0	300	20	18	26	34	1.96
796957--797104	61	2.4	61	88	2	217	21	17	25	35	1.95
797400--797480	21	4.0	20	76	7	83	23	19	22	34	1.96
797111--797524	53	7.8	53	86	7	579	20	20	22	36	1.95
797326--797542	114	2.0	108	83	7	274	21	18	23	36	1.95
798007--798044	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
798677--798783	34	3.2	33	80	6	124	54	3	3	38	1.36
800187--800220	14	2.5	14	90	4	52	55	2	0	41	1.15
806860--806894	2	17.5	2	88	11	54	48	2	0	48	1.16
807756--807801	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
809121--809203	28	3.0	28	90	0	130	28	14	20	36	1.92
817857--817891	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
819229--819317	29	3.1	29	85	0	124	17	40	28	13	1.88
819332--819357	10	2.6	10	100	0	52	19	50	19	11	1.77
819342--819419	41	1.9	41	100	0	156	24	43	17	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819377--819452	33	2.3	33	90	2	116	26	40	18	14	1.89
819643--819678	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
819968--820020	28	1.9	27	88	3	79	32	1	16	49	1.57
819967--820031	27	2.3	29	82	10	82	36	1	15	46	1.55
820056--820125	37	2.0	36	86	13	101	40	0	10	50	1.36
820144--820198	18	3.4	18	65	31	52	38	0	9	52	1.33
820226--820265	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
822827--822874	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
822846--823266	60	7.5	49	72	23	196	46	13	0	40	1.45
822895--823324	60	7.2	60	92	5	710	45	14	0	40	1.47
826393--826446	28	1.9	28	96	0	99	57	12	0	29	1.36
826389--826453	28	2.3	28	84	10	96	55	10	0	33	1.35
826423--826471	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
827113--827270	30	5.0	30	78	13	181	11	17	47	23	1.80
827189--827274	10	8.7	10	76	19	67	10	16	50	23	1.76
827177--827255	39	2.0	39	100	0	158	12	16	48	22	1.80
827129--827274	69	2.1	70	92	1	240	10	17	47	23	1.79
827283--827369	29	3.0	29	84	0	120	14	29	39	16	1.88
827251--827369	58	2.0	60	86	4	170	12	26	42	19	1.87
832350--832379	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
851374--851433	27	2.2	27	96	0	111	38	3	11	46	1.57
859909--860055	60	2.4	60	75	7	145	31	12	18	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869891--869916	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
881858--881898	12	3.5	12	83	12	50	56	0	0	43	0.99
890052--890078	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
891770--891826	29	2.0	29	82	0	69	47	7	15	29	1.72
897473--897840	110	3.4	105	78	9	363	29	26	15	28	1.96
897473--897840	55	6.9	51	80	6	317	29	26	15	28	1.96
897850--898036	37	5.1	37	91	1	259	22	19	19	38	1.93
899219--899254	19	1.9	19	94	5	65	11	19	0	69	1.18
899180--899249	24	2.8	24	81	14	72	11	15	0	72	1.11
899205--899296	18	4.6	20	73	18	59	9	13	0	77	1.00
899206--899258	24	2.3	23	81	18	58	9	16	0	73	1.08
899239--899306	23	3.0	22	85	8	84	7	10	0	82	0.85
899239--899300	14	4.1	14	76	15	52	6	9	0	83	0.79
913557--913616	19	3.2	18	79	11	59	71	1	3	23	1.10
913651--913708	13	4.1	14	79	14	57	77	1	3	17	0.99
913669--913709	4	10.0	4	89	5	64	73	2	0	24	0.96
915332--916200	84	10.5	84	78	5	854	25	19	24	30	1.98
915340--916190	165	5.1	164	77	7	761	25	19	24	30	1.98
915290--916195	249	3.6	248	89	1	1303	25	19	24	30	1.98
916310--916745	110	4.0	110	85	1	574	25	17	22	34	1.96
920485--920592	4	25.8	4	75	15	53	69	2	5	22	1.22
920534--920638	37	2.9	37	80	14	114	69	2	6	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920622--920676	27	2.0	27	82	6	67	74	1	3	20	1.06
920648--920687	15	2.4	16	84	16	55	72	0	2	25	0.97
920701--920779	21	3.8	20	74	15	63	75	5	6	12	1.15
920721--920785	11	5.5	12	80	12	64	75	7	6	10	1.19
920711--920764	22	2.4	22	74	20	58	79	5	5	9	1.04
922985--923031	19	2.5	19	86	3	69	68	4	4	23	1.26
922985--923037	19	2.6	21	74	22	58	67	5	3	22	1.28
922985--923027	18	2.4	18	88	7	61	69	4	4	20	1.25
932029--932107	3	26.3	3	100	0	158	65	0	34	0	0.93
933428--933490	30	2.1	30	87	0	90	39	4	20	34	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13