genome.fa.s9633.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009633.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117032_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608659

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154270--2154384	48	2.4	49	75	10	128	24	25	15	34	1.95
2154369--2154454	25	3.4	25	96	0	154	20	25	18	34	1.96
2156396--2156481	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
2157369--2157422	5	11.4	5	79	15	53	16	0	5	77	0.94
2157368--2157429	19	3.2	20	76	19	69	16	0	8	75	1.02
2157379--2157430	29	1.9	28	85	14	74	15	0	7	76	0.99
2158539--2158576	19	2.0	19	100	0	76	15	15	21	47	1.82
2162643--2162681	20	2.0	20	85	10	53	28	12	5	53	1.60
2164699--2164753	20	2.8	20	91	0	92	27	20	18	34	1.95
2165583--2165621	19	2.0	20	95	5	71	15	15	30	38	1.88
2166652--2166693	20	2.0	21	95	4	77	16	14	33	35	1.89
2168558--2168628	31	2.3	31	97	0	133	42	22	11	23	1.86
2169184--2169281	37	2.6	37	85	0	124	41	14	11	32	1.81
2169753--2169797	19	2.3	20	81	11	58	33	0	4	62	1.15
2169950--2169987	18	2.2	18	86	9	53	23	2	5	68	1.23
2169920--2170052	60	2.2	58	80	12	142	30	3	3	63	1.27
2171095--2171132	20	1.9	20	100	0	76	31	36	31	0	1.58
2171093--2171138	20	2.3	20	84	0	74	30	32	36	0	1.58
2174589--2174659	16	4.8	14	76	19	72	81	5	12	0	0.85
2174589--2174671	13	6.3	13	74	12	62	79	6	14	0	0.91
2174614--2174657	20	2.2	20	87	4	61	81	4	13	0	0.83
2175263--2175317	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176340--2177098	106	7.2	106	89	0	1106	34	24	18	23	1.96
2177850--2177950	37	2.7	37	87	0	130	41	12	14	30	1.84
2178589--2178637	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2178770--2178804	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2178764--2178835	8	9.4	8	82	11	53	36	1	0	62	1.04
2178932--2178998	25	2.7	24	76	15	64	25	8	1	64	1.31
2180472--2180517	22	2.1	22	84	8	58	34	4	2	58	1.30
2181216--2181240	13	1.9	13	100	0	50	20	8	8	64	1.46
2189116--2189149	14	2.4	14	90	0	59	14	35	26	23	1.94
2190260--2190291	15	2.1	15	94	0	55	12	18	12	56	1.67
2192308--2192467	21	7.6	21	72	15	134	20	20	24	35	1.96
2192314--2192492	42	4.3	42	97	0	322	21	19	22	35	1.96
2192333--2192488	21	7.4	21	70	16	108	21	19	22	36	1.95
2193086--2193112	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
2193209--2193401	21	9.4	21	67	20	122	36	22	19	21	1.95
2193205--2193461	82	3.1	82	92	3	419	36	22	18	21	1.95
2193205--2193461	122	2.1	124	93	1	437	36	22	18	21	1.95
2193205--2193461	40	6.3	42	92	2	409	36	22	18	21	1.95
2193205--2193503	122	2.4	121	88	3	366	36	23	19	21	1.95
2193272--2193543	61	4.4	60	75	9	280	34	25	18	21	1.96
2193205--2193545	122	2.8	120	85	5	337	35	23	19	21	1.96
2193558--2193610	21	2.5	21	93	0	88	18	22	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199408--2199667	131	2.0	131	88	3	389	40	15	10	33	1.81
2200798--2200847	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2210898--2210964	3	22.3	3	100	0	134	65	0	0	34	0.93
2214456--2214492	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2218638--2218670	17	1.9	17	100	0	66	6	21	36	36	1.78
2218696--2218745	3	16.7	3	91	0	82	66	0	2	32	1.03
2221139--2221168	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
2222804--2222872	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
2226218--2226313	3	31.7	3	97	2	183	66	0	0	33	0.92
2227788--2227836	23	2.1	23	100	0	98	28	16	12	42	1.84
2229309--2229370	20	3.3	19	78	14	65	17	1	6	74	1.11
2229337--2229377	22	1.9	21	85	5	55	17	0	4	78	0.93
2229345--2229375	13	2.4	13	94	0	53	12	0	3	83	0.75
2232902--2232951	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2233190--2233298	4	25.8	4	74	18	64	75	0	21	3	0.96
2233215--2233287	5	14.6	5	75	16	71	78	0	21	0	0.76
2233225--2233299	36	2.1	36	81	15	95	78	0	20	1	0.82
2235157--2235364	42	5.0	42	87	2	301	20	22	22	34	1.97
2235157--2235403	84	2.9	83	85	3	305	20	23	21	34	1.96
2235157--2235403	42	5.8	41	84	3	269	20	23	21	34	1.96
2242506--2242713	42	5.0	42	94	0	335	19	23	24	32	1.97
2252184--2252230	21	2.2	21	84	0	58	14	21	23	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259635--2259718	3	28.0	3	95	0	150	66	0	0	33	0.92
2259906--2260484	133	4.3	133	81	2	638	32	15	20	31	1.93
2259912--2260490	268	2.2	269	84	0	766	32	15	20	31	1.93
2260374--2260571	45	4.4	44	68	9	130	32	13	20	33	1.91
2268266--2268528	132	2.0	132	88	0	391	41	15	10	32	1.81
2270531--2270686	3	53.0	3	85	3	210	63	3	1	32	1.18
2279735--2279782	25	2.0	24	84	12	62	43	0	2	54	1.12
2285046--2285089	12	3.5	12	84	9	61	43	6	9	40	1.63
2285146--2285178	17	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
2285570--2285673	44	2.4	44	88	0	145	28	18	21	31	1.96
2290380--2290535	65	2.4	64	82	5	190	30	16	23	30	1.96
2296155--2296207	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2303892--2303928	9	3.9	10	86	10	51	35	2	0	62	1.10
2305413--2305527	30	3.9	30	84	5	126	19	14	7	58	1.61
2305433--2305569	60	2.3	60	82	7	154	18	14	9	56	1.65
2305433--2305569	30	4.6	30	76	8	127	18	14	9	56	1.65
2310336--2310373	19	2.0	20	89	5	60	57	7	7	26	1.54
2310593--2310632	16	2.5	16	87	0	53	52	22	0	25	1.47
2311340--2311467	67	1.9	68	82	6	163	29	20	12	37	1.89
2311499--2311939	131	3.3	131	81	6	523	26	30	17	24	1.97
2311499--2312044	131	4.1	132	78	8	423	27	30	16	25	1.97
2313561--2313707	30	5.0	30	85	2	163	17	14	7	60	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313555--2313733	59	3.0	59	80	4	164	19	13	6	60	1.55
2313581--2313734	30	5.2	30	85	3	168	18	12	7	61	1.54
2313557--2313746	89	2.1	89	79	7	199	18	13	7	60	1.56
2314809--2315570	139	5.5	139	85	3	991	25	19	17	36	1.94
2314843--2315570	277	2.6	277	87	3	1004	25	20	17	36	1.94
2315497--2315650	80	1.9	80	86	2	220	25	20	16	38	1.92
2315975--2316544	196	2.9	194	87	4	788	38	11	15	34	1.84
2321445--2321508	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
2326289--2326344	28	2.0	28	100	0	112	32	10	10	46	1.73
2327497--2327553	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2335896--2335946	21	2.4	21	93	0	84	50	17	15	15	1.78
2342590--2342700	36	3.1	35	82	3	150	36	22	18	22	1.95
2342590--2342700	35	3.1	35	82	3	141	36	22	18	22	1.95
2348453--2348517	29	2.2	30	83	8	80	76	6	1	15	1.05
2350146--2350850	39	18.1	39	87	1	948	35	17	17	29	1.93
2350825--2351055	76	3.0	77	82	7	276	41	10	15	32	1.81
2352360--2352455	14	7.3	13	77	19	101	2	15	7	75	1.12
2352360--2352455	26	3.7	26	82	13	108	2	15	7	75	1.12
2353751--2353808	20	2.9	20	69	5	55	41	10	27	20	1.85
2353976--2354229	137	1.9	137	83	1	339	20	23	20	35	1.96
2354850--2354905	28	2.0	28	96	0	103	53	7	8	30	1.59
2354975--2355281	80	3.8	80	90	2	445	31	25	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359586--2359650	32	2.0	32	93	0	112	35	9	18	36	1.83
2360548--2360578	5	6.2	5	92	0	53	77	3	0	19	0.90
2361829--2361896	24	2.8	24	88	0	100	19	14	35	30	1.92
2363650--2363693	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
2363903--2363939	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
2363953--2363986	17	2.0	17	88	11	52	64	0	5	29	1.17
2363992--2364024	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
2365245--2365307	3	21.3	3	75	15	60	57	0	0	42	0.99
2365461--2366023	229	2.5	228	97	0	1054	34	22	19	23	1.97
2365461--2366023	76	7.4	76	98	0	1045	34	22	19	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13