genome.fa.s15381.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015381.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130428, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2291099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18--80	17	3.8	16	81	10	63	50	4	0	44	1.23
1592--1631	21	1.9	21	89	0	62	30	0	2	67	1.04
6702--6760	26	2.2	26	78	3	64	27	5	6	61	1.43
9654--9688	18	1.9	18	88	0	52	40	22	14	22	1.90
16557--16628	16	4.5	15	81	10	72	29	30	4	36	1.76
16565--16626	32	1.9	32	83	6	81	29	32	1	37	1.67
17026--17069	20	2.3	20	88	7	65	54	0	9	36	1.32
17343--17367	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27296--27341	17	2.7	17	89	0	65	43	0	4	52	1.21
29366--29562	29	6.8	29	77	11	163	34	25	2	37	1.68
29370--29598	59	3.9	57	76	8	176	33	25	3	37	1.73
29371--29561	88	2.2	87	84	4	244	34	26	2	37	1.68
31923--31972	22	2.3	22	82	6	57	74	2	2	22	1.03
42874--42933	31	1.9	32	86	3	86	43	5	8	43	1.56
45468--45535	23	2.9	23	75	18	61	58	5	1	33	1.31
45850--45887	15	2.5	15	83	8	51	76	7	0	15	1.01
46845--47608	49	15.6	49	76	3	545	18	23	17	40	1.91
51938--52053	24	4.8	24	89	0	169	28	24	22	25	1.99
54067--54110	22	1.9	24	86	9	65	2	22	0	75	0.92
61622--61685	29	2.2	29	82	0	83	59	4	3	32	1.34
61945--62008	4	15.2	4	74	18	51	71	3	3	21	1.13
62013--62063	6	8.3	6	80	4	57	76	3	1	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62015--62063	25	2.0	25	87	0	71	77	4	2	16	1.01
62121--62162	15	2.8	16	82	7	52	78	2	2	16	0.96
62152--62200	20	2.6	19	78	18	57	67	2	2	28	1.13
77110--77159	23	2.1	24	92	3	84	28	22	22	28	1.99
81601--81659	24	2.5	23	84	10	75	49	5	3	42	1.41
83893--83948	20	2.5	22	80	13	62	16	3	16	64	1.43
84091--84115	12	2.1	12	100	0	50	16	0	16	68	1.22
97770--97808	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
100646--100688	15	2.8	15	85	3	50	41	0	13	44	1.44
100772--100809	16	2.4	16	86	0	58	55	10	0	34	1.34
108107--108192	23	3.7	23	84	4	102	40	18	11	29	1.86
108128--108197	12	5.8	12	72	11	54	40	18	14	27	1.89
110247--110319	17	4.4	17	87	1	103	43	0	2	53	1.15
110252--110319	6	11.8	6	72	20	56	44	0	2	52	1.16
111071--111097	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
112184--112729	30	18.6	29	74	11	373	33	30	4	32	1.77
112196--112795	59	10.2	58	82	6	465	33	29	4	33	1.78
112196--112795	29	20.5	29	73	12	406	33	29	4	33	1.78
124708--124853	37	3.6	37	69	19	112	34	18	23	23	1.96
124708--124902	86	2.3	86	88	0	291	34	18	24	22	1.96
124812--125231	204	2.1	201	82	4	497	36	21	23	19	1.95
125634--125689	17	3.4	17	87	2	78	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125729--125760	15	2.1	15	94	0	55	43	21	15	18	1.87
126444--126479	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
127574--128032	59	7.7	59	87	2	625	34	29	3	32	1.75
127574--128162	30	20.0	29	77	10	525	33	29	3	33	1.74
128006--128166	59	2.8	60	83	5	188	32	29	3	33	1.75
132528--132589	31	2.0	31	100	0	124	32	6	19	41	1.77
136422--136565	74	2.0	73	94	1	252	31	16	10	40	1.82
139256--139369	40	2.8	40	77	0	120	21	24	18	35	1.96
147470--147507	20	2.0	20	94	5	69	63	5	0	31	1.17
149871--149899	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
152206--152241	12	3.0	12	91	0	54	72	0	25	2	0.98
154446--154535	33	2.7	33	87	0	126	50	22	5	22	1.70
154967--155064	41	2.4	40	76	11	110	43	11	11	33	1.76
159369--159524	50	3.1	48	70	13	127	48	7	3	41	1.48
159352--159554	100	2.0	100	87	3	293	45	7	3	43	1.48
160496--160847	42	8.4	42	84	2	420	38	22	17	22	1.93
160496--160847	126	2.8	125	85	1	470	38	22	17	22	1.93
161249--161297	23	2.2	23	88	3	73	0	16	6	77	0.96
161249--161294	21	2.2	22	84	7	60	0	17	6	76	1.00
167024--167076	21	2.5	21	87	6	72	33	26	9	30	1.88
167687--167765	41	1.9	42	82	10	101	29	21	10	39	1.86
167738--168000	43	6.2	43	87	3	313	27	25	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167738--168000	129	2.1	127	85	6	345	27	25	11	35	1.90
172834--173014	43	4.3	42	86	4	206	28	26	11	34	1.90
172857--173081	43	5.3	43	87	2	235	27	26	12	34	1.92
182573--183092	151	3.5	149	84	5	642	43	10	2	44	1.52
183486--183516	3	10.3	3	92	0	53	61	0	3	35	1.12
186117--186175	25	2.3	25	82	8	66	66	0	0	33	0.92
193430--193465	12	2.8	13	91	8	56	30	0	0	69	0.89
193514--193595	25	3.2	26	69	25	66	60	1	4	32	1.25
196184--196212	13	2.2	13	100	0	58	0	6	0	93	0.36
196562--196604	19	2.3	19	84	8	52	51	2	2	44	1.27
200823--200982	81	2.0	78	89	3	239	38	16	15	30	1.89
201421--201468	15	3.4	14	82	11	53	81	0	18	0	0.70
201407--201496	28	3.1	28	82	4	90	80	0	17	2	0.82
201439--201496	6	9.5	6	80	10	64	81	0	18	0	0.70
201409--201496	24	3.6	24	77	16	83	79	0	18	2	0.83
201868--202102	112	2.1	112	88	3	339	30	20	11	37	1.88
203297--203427	40	3.3	40	90	1	201	28	30	16	25	1.96
203500--204095	40	15.0	40	77	7	536	30	26	17	25	1.97
203500--204095	79	7.5	80	79	5	511	30	26	17	25	1.97
206372--206432	16	3.4	19	71	15	67	47	4	3	44	1.41
206366--206435	35	2.0	35	97	0	131	47	5	2	44	1.41
206374--206448	35	2.1	35	85	0	96	53	4	4	38	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206450--206667	111	2.0	111	82	1	269	29	14	16	39	1.88
209732--209840	40	2.7	40	84	2	130	32	26	14	26	1.95
212544--212577	17	2.1	17	88	5	52	17	2	0	79	0.86
217753--217783	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
218718--218787	36	1.9	37	91	2	115	22	18	31	27	1.97
220136--220429	146	2.0	146	98	0	570	21	14	9	54	1.68
220834--220876	21	2.0	21	95	0	77	48	11	18	20	1.79
243013--243062	10	5.3	10	79	13	52	78	2	20	0	0.86
251637--251776	51	2.8	50	76	8	140	38	20	18	22	1.93
251700--251889	101	1.9	101	85	2	265	33	18	20	26	1.96
251652--251882	51	4.6	50	72	9	182	35	19	19	25	1.95
261053--261086	18	2.0	18	88	11	54	26	17	5	50	1.69
282022--282064	20	2.3	18	80	8	50	76	2	18	2	1.00
291192--291232	20	2.0	20	100	0	82	24	9	24	41	1.85
296858--296897	18	2.3	18	86	4	55	80	0	20	0	0.72
299214--299258	24	1.9	23	86	13	65	8	42	0	48	1.34
301443--301525	43	1.9	43	100	0	166	33	4	30	31	1.79
303378--303426	21	2.3	21	85	0	71	30	14	26	28	1.95
318400--318442	17	2.5	17	84	0	50	16	9	16	58	1.63
319016--319063	10	4.8	9	79	20	51	81	2	14	2	0.88
322180--322253	36	2.1	36	92	0	121	29	20	20	29	1.97
340735--340761	12	2.2	12	100	0	54	51	14	0	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345232--345274	19	2.3	19	100	0	86	20	25	11	41	1.86
353071--353112	20	2.1	20	82	8	50	59	4	4	30	1.39
359126--359161	15	2.4	15	95	0	63	11	22	22	44	1.84
359866--360122	129	2.0	129	89	1	399	28	29	14	28	1.95
361446--361492	22	2.1	22	84	0	58	0	29	6	63	1.19
366982--367021	6	6.7	6	100	0	80	0	15	0	85	0.61
367447--367477	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
368741--368887	59	2.4	61	89	4	219	46	8	12	33	1.71
374363--374429	27	2.5	27	90	0	98	23	25	19	31	1.98
374800--375037	126	1.9	126	93	0	413	34	22	4	37	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8