genome.fa.s15381.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015381.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130428, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2291099

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718609--718901	96	3.1	95	84	4	367	35	12	25	26	1.92
718798--719590	347	2.3	344	82	6	930	34	15	26	23	1.95
718798--719590	114	6.9	114	82	4	869	34	15	26	23	1.95
727767--727883	20	6.3	19	70	24	72	33	0	0	66	0.92
727775--727871	18	5.2	18	71	18	74	34	0	0	65	0.93
727812--727883	10	7.4	10	70	21	55	34	0	0	65	0.93
727769--727880	47	2.4	47	86	11	167	33	0	0	66	0.92
727812--727884	28	2.5	29	80	10	87	34	0	0	65	0.93
729181--729220	15	2.7	15	76	0	53	30	52	12	5	1.60
729715--729841	59	2.2	59	88	0	182	34	6	8	50	1.58
730020--730483	176	2.9	154	79	13	556	58	3	7	31	1.41
730086--730438	176	2.0	176	93	1	611	58	2	6	32	1.36
730226--730285	23	2.6	23	94	0	102	65	1	0	33	1.03
730225--730304	23	3.5	23	86	6	92	65	1	1	32	1.09
730396--730458	23	2.7	23	76	23	69	65	0	1	33	1.03
730510--730558	14	3.5	14	78	21	50	61	12	0	26	1.31
730556--730584	14	2.0	15	93	6	51	51	13	0	34	1.42
730536--730575	20	2.0	20	95	0	71	52	20	0	27	1.46
737695--737744	18	2.6	20	75	9	59	48	0	6	46	1.27
740112--740144	16	2.1	16	100	0	66	39	6	6	48	1.53
740117--740152	16	2.2	16	90	0	54	44	8	5	41	1.58
743108--743178	24	3.2	24	62	25	64	54	18	15	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743108--743203	43	2.2	43	98	0	183	53	16	15	14	1.74
744246--744302	27	2.1	27	96	0	105	36	10	22	29	1.88
746424--746640	29	7.3	29	75	5	94	31	5	29	33	1.82
746455--746805	59	5.9	58	73	13	236	34	5	25	33	1.79
746512--746790	29	9.4	28	72	13	161	36	5	23	34	1.77
746677--746827	29	5.1	29	72	15	89	35	4	23	36	1.76
748709--748783	17	4.4	17	82	0	96	54	5	1	38	1.31
750003--750362	59	6.1	59	85	5	469	29	2	32	35	1.71
750013--750357	29	11.7	30	73	11	250	29	2	32	35	1.70
752228--752300	17	4.3	16	76	15	67	50	5	1	42	1.34
752941--753003	18	3.5	18	82	0	72	23	17	20	38	1.93
759875--759919	18	2.4	18	81	3	54	24	22	24	28	1.99
761926--761974	14	3.4	14	72	5	53	20	24	36	18	1.94
761910--761990	29	2.8	28	90	7	101	27	20	32	19	1.97
761939--761989	15	3.5	15	72	5	59	25	19	35	19	1.95
765493--765543	18	3.0	17	81	13	52	0	35	0	64	0.94
769772--769837	33	2.0	33	100	0	132	30	9	18	42	1.81
775714--775744	16	1.9	16	100	0	62	19	22	0	58	1.40
777465--778401	468	2.0	468	95	0	1703	30	22	15	31	1.95
783624--783671	24	2.0	24	100	0	96	37	20	8	33	1.83
787605--787656	24	2.1	25	82	10	63	59	1	36	1	1.19
788066--788116	17	3.0	18	73	23	56	19	19	11	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794229--794305	21	3.7	21	82	6	102	32	27	11	28	1.92
794230--794315	42	2.0	42	82	4	102	33	26	10	29	1.90
807730--807757	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
810390--810462	10	7.5	10	73	15	55	27	0	2	69	1.02
810392--810469	22	3.3	22	69	19	59	28	0	2	69	1.02
810392--810461	18	4.2	18	69	23	62	27	0	2	70	1.02
810392--810493	27	3.9	27	78	17	101	30	0	1	67	1.01
810932--811002	21	3.4	21	86	1	99	29	26	12	30	1.93
811636--811712	36	2.1	36	85	4	102	24	23	14	37	1.92
819565--819596	17	1.9	17	93	6	57	59	9	12	18	1.59
822012--822109	36	2.7	35	87	4	151	23	26	15	34	1.94
825010--825041	15	2.1	15	94	0	55	28	50	0	21	1.49
825232--825368	59	2.3	59	94	0	238	32	7	9	51	1.62
825580--825639	23	2.7	21	77	17	59	65	1	1	31	1.13
825523--825969	151	3.0	150	87	4	659	56	4	8	31	1.48
825892--825933	23	2.0	22	86	13	61	61	0	2	35	1.09
826009--826048	20	2.0	21	95	5	73	50	20	0	30	1.49
826008--826064	21	2.8	20	84	10	73	54	19	0	26	1.44
826904--826947	19	2.3	18	81	14	52	56	0	6	36	1.26
833968--834010	20	2.2	20	95	0	77	60	4	9	25	1.47
834887--834939	22	2.5	22	85	8	67	49	3	13	33	1.60
839737--839766	15	2.1	14	93	6	51	6	10	6	76	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842808--842858	20	2.5	20	75	6	50	52	25	0	21	1.47
842981--843046	30	2.2	31	81	8	73	69	1	6	22	1.19
850458--850515	11	5.3	11	78	19	59	81	1	17	0	0.78
850426--850516	6	14.7	6	72	15	60	80	2	15	2	0.91
850444--850516	17	4.2	17	78	18	71	79	1	19	0	0.81
850426--850516	30	3.1	29	79	13	89	80	2	15	2	0.91
851460--851784	49	6.6	49	77	5	289	36	16	25	20	1.94
851473--851785	98	3.2	98	86	1	448	37	16	26	20	1.93
852993--853126	51	2.6	51	85	0	178	32	12	23	31	1.92
854424--854716	96	3.1	96	85	3	385	35	15	24	23	1.94
854628--855403	114	6.8	114	83	1	841	34	15	26	23	1.95
854624--855403	347	2.3	342	82	3	918	34	15	26	23	1.95
859885--859971	17	5.4	17	72	15	60	37	0	6	55	1.27
859920--859962	18	2.4	17	88	7	59	39	0	4	55	1.20
860405--860496	46	2.2	41	84	13	116	35	23	14	26	1.93
860672--860719	3	16.3	3	80	4	53	60	0	4	35	1.16
860630--860701	24	3.1	23	74	22	62	61	0	6	31	1.23
861737--862491	29	26.0	28	75	11	422	35	27	2	34	1.72
861756--862520	88	8.8	85	76	10	622	34	27	3	34	1.74
861763--862749	58	17.0	58	74	12	576	33	27	4	34	1.78
861777--862490	262	2.7	263	77	10	684	35	27	3	34	1.73
862590--862698	30	3.7	30	74	12	93	27	25	9	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862649--862748	28	3.4	29	78	13	116	35	26	5	34	1.78
861803--862748	29	32.6	29	73	10	276	33	27	4	34	1.78
865766--865805	14	2.7	15	84	3	55	22	0	32	45	1.53
870629--870703	28	2.7	28	78	0	78	46	29	2	21	1.65
870685--870774	41	2.2	41	83	2	108	46	34	0	18	1.50
871015--871050	18	2.1	18	89	5	56	44	0	5	50	1.25
872253--872397	30	4.8	30	78	6	120	40	4	21	33	1.72
872400--872564	30	5.6	29	71	12	104	36	3	22	36	1.72
872402--872536	60	2.2	60	81	5	157	38	2	22	36	1.69
873547--873573	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
874077--874154	42	1.9	40	92	5	129	47	2	7	42	1.46
874083--874152	17	3.7	17	72	27	61	50	1	5	42	1.35
874633--874941	78	4.0	77	85	3	262	24	19	30	25	1.98
874737--874980	117	2.1	117	80	4	260	23	18	32	25	1.97
874737--874944	78	2.7	78	92	0	344	24	17	32	25	1.97
874731--874980	39	6.4	39	77	5	236	23	18	32	25	1.97
874737--874980	78	3.1	77	84	4	303	23	18	32	25	1.97
877684--877758	28	2.7	28	78	0	78	46	29	2	21	1.65
877740--877829	41	2.2	41	83	2	108	46	34	0	18	1.50
878070--878105	18	2.1	18	89	5	56	44	0	5	50	1.25
879308--879452	30	4.8	30	78	6	120	40	4	21	33	1.72
879455--879619	30	5.6	29	71	12	104	36	3	22	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879457--879591	60	2.2	60	81	5	157	38	2	22	36	1.69
880602--880628	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
881132--881209	42	1.9	40	92	5	129	47	2	7	42	1.46
881138--881207	17	3.7	17	72	27	61	50	1	5	42	1.35
881688--881996	78	4.0	77	85	3	262	24	19	30	25	1.98
881775--882269	39	12.7	39	75	6	349	23	19	32	25	1.98
881786--882249	78	5.9	78	84	4	393	22	18	32	25	1.97
881981--882273	156	1.9	155	88	2	444	22	18	34	24	1.96
881981--882289	78	4.0	77	88	2	399	22	19	32	25	1.97
897476--897977	30	17.1	29	77	9	344	38	24	0	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8