genome.fa.s121.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold121
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076282

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74--113	12	3.6	12	74	19	50	77	7	0	15	0.98
73--122	21	2.5	20	87	9	75	78	6	2	14	1.03
459--506	6	8.2	6	95	4	89	83	0	0	16	0.65
451--506	17	3.2	17	92	5	94	82	1	0	16	0.76
451--506	12	4.9	11	93	4	85	82	1	0	16	0.76
1136--1182	23	2.1	22	84	4	58	38	0	0	61	0.96
1364--1415	21	2.7	19	83	13	70	40	3	0	55	1.18
3240--3265	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
16975--17069	33	2.9	33	96	0	181	51	12	8	27	1.68
18468--18516	20	2.5	19	80	9	53	34	2	0	63	1.06
18537--18599	32	2.0	32	87	6	92	44	1	0	53	1.10
18923--18990	33	2.0	34	91	8	113	47	1	1	50	1.19
18937--18989	16	3.2	16	73	5	61	50	0	0	49	1.00
18998--19041	13	3.3	13	81	12	54	50	0	4	45	1.22
19029--19084	29	1.9	29	89	7	87	50	0	0	50	1.00
19241--19289	2	24.5	2	95	0	89	46	0	2	51	1.12
19885--19933	18	2.7	18	78	9	55	65	4	6	24	1.33
20331--20430	33	3.0	33	86	1	137	19	22	11	48	1.79
22468--22505	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
23709--23748	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
24181--24266	6	14.3	6	87	0	118	50	6	0	43	1.29
24181--24266	16	5.2	16	90	5	136	50	6	0	43	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24181--24266	10	8.6	10	89	0	118	50	6	0	43	1.29
25903--25938	12	3.0	12	91	0	54	44	2	5	47	1.41
27292--27331	21	2.0	19	85	9	53	75	0	2	22	0.93
28126--29865	593	2.9	593	85	5	2234	37	12	12	36	1.81
33501--33548	17	2.8	17	81	6	53	45	4	6	43	1.48
36963--37111	52	2.9	52	81	9	187	32	16	18	31	1.94
37165--37231	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
37187--37211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
42360--42402	22	2.0	22	86	9	61	76	2	6	13	1.08
42582--42635	18	2.9	18	83	5	72	55	0	0	44	0.99
42955--43080	47	2.7	47	85	7	159	43	3	13	38	1.63
43331--43508	34	5.3	34	84	2	207	26	8	25	39	1.84
45784--45832	24	2.0	24	100	0	98	38	24	20	16	1.92
47958--48176	34	6.5	34	84	2	271	26	7	24	41	1.82
47958--48176	102	2.2	101	90	1	348	26	7	24	41	1.82
48518--48623	47	2.3	47	85	3	133	37	7	16	37	1.78
48913--48948	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
50000--50032	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
57479--57605	30	4.3	30	71	16	111	48	0	0	49	1.12
57541--57601	19	3.4	18	75	20	56	47	0	1	50	1.10
57490--57594	39	2.7	40	77	8	108	50	0	0	47	1.14
57573--57654	23	3.4	23	78	6	83	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57605--57654	25	1.9	25	88	8	73	52	0	0	48	1.00
57752--57803	14	3.7	14	85	7	70	51	1	0	46	1.12
57751--57814	29	2.2	30	83	16	89	51	1	0	46	1.10
57762--57809	15	3.3	15	78	21	57	52	0	0	47	1.00
57810--57854	22	2.0	22	86	0	63	44	4	2	48	1.35
57824--57941	41	3.0	37	80	10	103	47	1	0	50	1.17
57867--57915	17	2.6	19	81	15	66	53	0	0	46	1.00
57884--57939	17	4.0	15	73	26	52	46	0	0	53	1.00
57882--57940	26	2.3	27	80	17	79	49	0	0	50	1.00
58230--58279	16	3.1	16	94	2	82	52	0	2	46	1.12
59169--59220	20	2.7	20	77	17	56	63	0	5	30	1.18
59293--59419	36	3.4	37	73	11	109	49	1	5	43	1.35
59426--59473	8	6.2	8	88	9	73	68	0	0	31	0.90
59426--59470	22	2.0	23	91	4	74	68	0	0	31	0.89
59546--59604	31	1.9	31	82	6	75	44	0	8	47	1.33
60047--60089	22	2.0	22	95	4	79	41	0	2	55	1.12
60857--60886	15	2.1	14	93	6	51	60	0	0	40	0.97
65475--65533	31	1.9	31	86	6	84	47	3	1	47	1.29
65514--65590	39	2.0	39	85	10	104	48	0	0	51	1.00
65516--65617	39	2.7	37	76	18	88	48	0	0	51	1.00
66388--66425	3	12.7	3	88	0	58	63	2	2	31	1.22
70406--70468	18	3.3	20	71	24	55	55	1	0	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71025--71053	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
73114--73155	11	4.0	11	81	9	52	73	0	0	26	0.83
73698--73726	7	4.1	7	100	0	58	13	0	0	86	0.58
79377--79405	15	1.9	15	100	0	58	27	0	3	68	1.05
79978--80002	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
81299--81460	82	2.0	82	90	3	254	58	6	6	28	1.50
81299--81462	83	2.0	83	89	4	251	57	6	6	28	1.50
82066--82111	23	2.0	23	86	0	65	39	2	0	58	1.10
82072--82128	23	2.5	23	80	8	64	45	1	0	52	1.11
83259--83285	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
83901--84030	64	2.1	62	82	5	154	49	11	5	33	1.62
87708--88241	267	2.0	266	91	0	861	27	24	13	34	1.93
89009--89135	64	2.0	64	88	0	191	44	13	7	34	1.71
90759--90791	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
91779--91808	14	2.1	14	93	0	51	40	0	0	60	0.97
92392--92430	20	2.0	19	85	5	51	51	0	7	41	1.31
92442--92497	28	2.0	29	82	10	71	57	0	0	42	0.99
92446--92536	31	3.0	30	74	16	96	54	0	1	43	1.07
92557--92940	72	5.3	73	79	6	325	31	2	12	53	1.51
93135--93177	23	1.9	22	85	4	59	53	2	0	44	1.13
94272--94318	23	2.0	23	91	0	76	65	4	0	29	1.11
94728--94770	10	4.1	10	88	11	68	0	13	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94720--94778	22	2.7	22	89	7	86	1	15	0	83	0.74
95044--95087	23	1.9	23	86	9	63	61	6	2	29	1.34
95043--95093	23	2.3	23	80	10	61	58	9	1	29	1.41
95416--95449	14	2.3	15	85	5	52	29	0	0	70	0.87
96332--96373	22	1.9	22	85	9	59	38	2	7	52	1.42
97271--97339	27	2.5	27	80	17	72	39	4	5	50	1.46
102457--102483	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
118501--118530	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
125153--125188	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
129034--129067	5	6.8	5	93	0	59	41	2	0	55	1.15
131285--131312	14	2.0	14	100	0	56	21	0	21	57	1.41
132380--132413	17	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
142359--142466	52	2.1	52	87	0	153	34	8	12	45	1.71
143727--144018	158	1.8	158	88	2	444	33	14	25	27	1.94
143731--144024	79	3.7	79	86	1	401	32	15	24	27	1.95
144035--144217	51	3.6	51	85	3	260	31	12	26	30	1.92
144619--147844	804	4.0	804	96	0	5830	35	18	19	26	1.95
149052--149113	19	3.2	19	72	19	56	32	14	11	41	1.81
155154--155202	20	2.3	21	79	6	55	36	6	10	46	1.63
155714--155806	16	5.7	16	68	21	50	20	2	5	72	1.15
155886--155944	3	20.7	3	89	6	88	32	0	0	67	0.91
156165--156261	33	2.6	37	77	19	98	54	0	1	44	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156273--156355	11	6.6	12	68	20	53	54	1	0	44	1.08
156201--156344	33	4.2	33	68	14	105	53	0	1	44	1.14
156288--156367	26	3.0	25	82	13	90	55	1	0	43	1.08
156318--156379	26	2.3	26	86	8	79	58	0	0	41	0.98
156358--156387	7	4.1	7	95	4	51	70	0	0	30	0.88
156881--156960	29	2.8	28	73	17	74	52	1	1	45	1.16
156873--156935	33	1.9	33	90	6	101	50	1	1	46	1.20
156943--156983	20	2.0	20	86	9	57	43	0	0	56	0.99
156928--157014	26	3.4	26	66	22	67	45	0	0	54	1.00
156977--157081	34	3.1	37	78	11	100	40	0	0	58	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8