genome.fa.s121.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold121
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076282

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157000--157096	38	2.6	41	71	20	102	45	0	1	53	1.07
158554--158604	26	1.9	27	92	4	86	56	0	0	43	0.99
158554--158604	27	1.9	26	88	4	75	56	0	0	43	0.99
158584--158615	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
163964--163998	16	2.2	16	94	0	61	48	0	0	51	1.00
163962--163991	11	2.8	11	95	5	53	46	0	0	53	1.00
165426--165455	14	2.1	14	93	0	51	43	0	0	56	0.99
166199--166237	18	2.2	18	86	4	53	58	5	30	5	1.41
171297--171690	155	2.6	155	79	5	399	36	18	19	26	1.95
171417--171732	155	2.0	154	80	2	364	37	19	17	25	1.93
173129--173248	59	2.0	59	91	3	195	15	20	17	46	1.84
173664--174366	165	4.2	164	76	9	549	48	8	10	32	1.68
176630--176800	87	2.0	86	80	9	195	33	11	11	43	1.77
177139--177186	15	3.2	15	82	8	62	10	12	22	54	1.68
180231--180257	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
180837--181019	34	5.5	34	77	10	173	51	0	2	44	1.19
180867--180933	29	2.4	28	78	16	75	52	1	4	41	1.31
180937--181019	17	4.9	17	70	11	71	51	0	1	46	1.08
180924--181062	66	2.1	65	80	10	149	56	2	1	40	1.20
181188--181230	21	2.0	21	91	8	70	34	20	25	18	1.96
181823--181863	21	2.0	21	90	4	66	43	0	0	56	0.99
181842--181904	29	2.2	29	85	5	83	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181817--181917	50	2.0	50	83	11	127	46	2	0	49	1.23
181989--182028	16	2.3	18	87	8	57	70	0	5	25	1.08
182196--182273	33	2.5	30	75	15	77	60	1	1	37	1.13
183212--183272	21	2.9	21	79	16	63	36	0	0	63	0.94
183993--184047	14	3.8	14	73	17	58	5	41	7	45	1.55
184008--184059	2	26.0	2	78	7	52	5	46	3	44	1.45
183994--184050	16	3.7	16	77	17	75	7	42	7	43	1.58
183995--184059	30	2.2	30	94	0	112	6	44	6	43	1.54
183994--184059	16	4.4	15	75	11	64	6	43	6	43	1.53
185599--185637	20	2.0	19	85	14	53	58	0	2	38	1.12
186212--186246	18	1.9	18	88	11	54	42	5	2	48	1.41
187000--187026	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
187492--187531	21	1.9	21	85	10	55	42	2	2	52	1.28
187660--187708	20	2.4	21	80	16	59	40	4	6	48	1.47
187837--187877	19	2.1	20	86	4	57	43	4	0	51	1.23
188000--188029	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
188511--188549	18	2.2	18	86	9	53	46	0	5	48	1.24
188450--188601	73	2.1	72	86	3	218	38	3	5	52	1.43
188663--188713	22	2.3	23	83	10	70	52	0	0	47	1.00
190751--190780	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
201864--201897	13	2.5	14	85	9	52	64	0	0	35	0.94
201881--201917	18	1.9	19	89	10	58	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203635--203680	22	2.0	24	83	8	60	54	2	0	43	1.12
203658--203700	16	2.9	14	77	12	50	48	0	0	51	1.00
203667--203734	16	4.4	16	72	20	63	44	2	0	52	1.16
203658--203742	30	2.9	31	73	23	85	44	2	0	52	1.13
203934--203973	16	2.5	16	87	0	53	55	5	2	37	1.35
203949--204001	16	3.3	16	86	0	70	60	5	0	33	1.20
208142--208178	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
211132--211184	2	27.5	2	88	7	83	49	0	0	50	1.00
212997--213087	46	2.0	46	100	0	182	24	21	16	37	1.94
216318--216368	16	3.2	16	78	10	59	54	5	7	31	1.53
219260--219379	31	3.9	31	78	4	125	29	16	20	33	1.95
219489--219522	17	2.0	17	88	11	52	47	0	8	44	1.34
220160--220202	16	2.6	17	82	10	54	53	6	0	39	1.28
220283--220346	24	2.5	24	78	16	67	62	1	3	32	1.20
220973--221016	17	2.5	17	81	3	52	61	13	2	22	1.43
221172--221217	19	2.2	21	85	11	60	52	13	8	26	1.69
221316--221370	10	5.6	9	78	19	56	1	18	0	80	0.81
221316--221360	17	2.9	16	83	9	58	2	17	0	80	0.82
221318--221369	26	1.9	28	88	7	81	1	19	0	78	0.84
221825--221867	8	5.4	8	86	8	52	2	16	0	81	0.79
221824--221892	15	4.6	14	80	12	75	1	18	0	79	0.80
221824--221892	23	3.0	22	77	14	77	1	18	0	79	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221835--221892	30	1.9	31	92	3	100	1	18	0	79	0.82
221835--221892	4	15.0	4	78	7	66	1	18	0	79	0.82
222350--222402	16	3.1	16	75	19	54	1	22	0	75	0.90
222359--222400	4	10.8	4	79	5	50	2	23	0	73	0.94
220953--222402	529	2.8	506	80	9	1588	48	10	5	35	1.61
222832--222882	4	12.8	4	83	8	59	1	21	0	76	0.88
222383--223301	481	1.9	479	89	1	1430	48	9	7	35	1.64
224070--224124	21	2.6	22	72	11	53	54	0	0	45	0.99
225868--225910	20	2.2	20	91	0	68	60	0	0	39	0.97
226235--226288	20	2.8	20	75	13	58	62	0	37	0	0.95
226248--226330	23	3.5	23	70	16	62	68	1	28	1	1.04
226383--226481	11	9.4	11	70	18	50	24	0	3	72	0.98
226433--226487	18	2.9	19	83	8	76	27	0	1	70	0.97
226389--226481	16	5.6	16	68	22	59	23	0	3	73	0.98
226428--226486	10	6.1	10	75	13	52	25	0	3	71	1.02
227598--227648	23	2.1	23	85	7	66	62	0	0	37	0.95
227676--227720	18	2.4	20	82	14	60	35	2	8	53	1.45
229118--229147	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
229247--229292	24	2.0	24	91	4	76	47	0	13	39	1.42
230548--230575	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
237046--237084	19	2.1	18	86	13	53	48	7	10	33	1.66
237096--237142	25	1.9	25	86	4	69	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246373--246429	20	2.8	20	84	5	71	40	14	14	31	1.85
256999--257034	9	3.9	9	88	3	54	88	8	2	0	0.59
257001--257057	21	2.7	20	82	17	71	84	8	5	1	0.84
257003--257045	19	2.2	20	91	4	70	86	9	4	0	0.71
258278--258509	28	8.2	28	82	5	288	28	31	18	21	1.97
258268--258509	56	4.3	56	85	1	322	27	31	18	23	1.97
258268--258509	85	2.9	84	84	1	322	27	31	18	23	1.97
259069--259143	20	3.8	20	77	7	89	32	14	12	41	1.83
259069--259146	40	2.0	39	87	7	113	32	14	12	41	1.83
262688--262756	22	3.1	22	89	0	102	27	13	31	27	1.93
263712--263786	20	3.8	20	78	0	87	34	14	12	38	1.83
264698--264753	23	2.5	23	91	2	96	17	8	8	64	1.48
279085--280324	28	42.9	29	83	8	1390	27	31	17	23	1.97
279082--280277	316	3.8	318	88	3	1602	27	31	17	22	1.97
280886--280960	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
280886--280963	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
281873--281929	24	2.5	22	86	10	87	17	8	8	64	1.46
281879--281929	24	2.1	24	96	0	93	15	5	7	70	1.30
286149--286203	22	2.5	22	80	8	58	63	0	3	32	1.12
286351--286436	28	3.1	28	83	6	104	50	4	5	39	1.47
286631--286669	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
286879--286919	20	2.0	21	85	4	57	75	2	4	17	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287385--287431	19	2.5	18	77	16	51	65	2	4	27	1.22
287350--287415	29	2.3	29	79	10	80	68	1	3	27	1.13
287506--287551	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
288359--288423	30	2.2	30	94	5	114	38	1	0	60	1.07
288373--288423	18	3.2	18	69	30	60	41	0	0	58	0.98
290417--290574	42	3.7	42	76	8	151	20	23	16	39	1.91
290392--290606	43	5.0	43	71	8	145	20	26	17	35	1.95
290400--290963	85	6.7	85	75	8	362	19	26	16	36	1.94
290396--290946	170	3.3	170	77	6	447	19	27	17	36	1.94
290812--290945	42	3.2	42	80	0	160	18	31	17	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8