genome.fa.s121.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold121
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076282

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678828--678867	21	1.9	21	84	0	53	40	5	7	47	1.54
678860--678907	21	2.3	21	88	0	69	43	16	12	27	1.84
713027--713101	32	2.4	31	84	6	107	53	30	0	16	1.43
713027--713096	31	2.2	31	87	7	97	54	30	0	15	1.42
714925--714969	22	2.1	22	95	4	83	51	13	4	31	1.61
718578--718628	25	2.0	25	96	0	93	37	11	1	49	1.51
718940--718966	8	3.4	8	100	0	54	37	11	0	51	1.37
719062--719098	16	2.2	17	86	13	51	81	10	2	5	0.96
719690--719745	23	2.4	23	82	8	69	39	1	1	57	1.20
720096--720139	21	2.1	21	83	8	54	54	2	6	36	1.40
722770--722803	2	16.0	2	88	11	50	47	2	2	47	1.32
725198--725231	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
728686--728746	22	2.7	23	74	7	61	44	0	0	55	0.99
728731--728773	19	2.4	18	84	7	52	46	0	0	53	1.00
728794--728864	23	3.0	24	70	17	67	45	0	0	54	0.99
728841--728897	29	1.9	30	85	3	80	49	0	0	50	1.00
729993--730017	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
730373--730423	13	3.9	13	76	19	52	41	0	0	58	0.98
731274--731339	14	4.5	15	74	22	68	39	1	0	59	1.07
731376--731422	16	2.8	17	78	21	55	36	0	0	63	0.94
731680--731772	36	2.5	35	79	10	89	39	1	1	58	1.13
732924--732953	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732964--732997	17	2.1	17	88	5	52	23	0	2	73	0.97
733641--733681	22	1.9	21	85	14	57	43	0	0	56	0.99
734752--734801	14	3.7	14	76	17	61	30	0	0	70	0.88
734732--734801	26	2.8	26	83	12	76	30	0	1	68	0.98
735114--735181	28	2.3	31	85	7	88	32	1	0	66	1.01
735734--735770	18	2.0	19	89	5	58	37	0	0	62	0.96
735735--735777	18	2.3	18	84	8	50	41	0	0	58	0.98
735767--735819	13	3.8	13	73	26	54	64	1	0	33	1.05
735764--735857	30	3.2	29	81	10	102	57	2	1	39	1.18
735879--735917	21	1.9	21	89	5	62	33	0	0	66	0.92
735886--735920	11	3.3	11	84	8	54	31	0	0	68	0.90
735847--735920	26	2.9	24	78	15	78	36	0	0	63	0.95
736405--736440	18	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
736447--736513	10	6.7	10	73	11	57	61	2	0	35	1.12
736451--736560	41	2.7	40	82	9	125	58	2	0	39	1.13
739028--739095	30	2.2	30	76	21	70	39	8	13	38	1.75
740549--740595	14	3.4	14	78	0	58	46	2	0	51	1.13
740540--740609	28	2.5	28	84	9	106	42	1	0	55	1.08
741296--741331	3	12.3	3	88	5	56	30	2	0	66	1.06
741962--742006	11	4.3	10	79	20	56	40	0	0	60	0.97
741953--742000	23	2.0	23	84	4	60	39	0	4	56	1.19
742400--742452	16	3.3	16	86	0	79	50	22	5	20	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742407--742463	16	3.6	16	76	9	62	47	22	8	21	1.78
742400--742463	32	2.0	32	87	0	92	48	23	7	20	1.75
742596--742658	27	2.3	27	77	2	63	47	3	0	49	1.17
742625--742696	33	2.3	31	77	13	85	45	0	0	54	0.99
746530--746571	22	1.9	22	85	9	59	42	9	2	45	1.49
746893--746927	2	16.5	2	88	11	52	45	2	2	48	1.32
746893--746934	11	3.8	11	90	9	59	45	4	2	47	1.36
747390--747415	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
747763--747797	14	2.5	13	86	13	52	88	2	8	0	0.61
747763--747797	18	1.9	18	88	0	52	88	2	8	0	0.61
758257--758295	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
764319--764362	20	2.3	19	84	7	54	45	0	2	52	1.13
764797--764835	15	2.6	16	84	12	55	61	0	0	38	0.96
767055--767088	16	2.2	16	89	5	52	64	2	0	32	1.08
767063--767105	23	1.9	22	90	4	68	65	0	0	34	0.93
768351--768408	23	2.6	22	81	10	73	53	0	0	46	1.00
768732--768758	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
769169--769231	16	4.0	16	71	22	53	49	0	1	49	1.10
769840--769881	14	2.8	15	85	7	50	54	0	2	42	1.13
769849--769919	35	2.1	34	81	7	81	56	0	1	42	1.08
769851--769973	47	2.8	45	72	17	114	55	0	3	41	1.16
769884--769927	19	2.4	18	82	10	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771380--771415	18	2.0	18	89	10	56	58	0	0	41	0.98
773162--773244	20	3.9	21	70	25	66	40	0	1	57	1.06
773493--773529	18	2.1	18	89	0	56	2	13	0	83	0.74
774458--774495	2	19.0	2	94	0	67	0	47	2	50	1.15
776048--776222	90	2.0	88	85	6	237	26	10	18	44	1.83
796536--796661	67	1.9	66	92	7	213	34	16	9	39	1.81
801098--801181	16	4.8	18	75	15	79	44	13	19	23	1.85
801173--801204	8	4.0	8	91	0	55	40	12	21	25	1.88
801521--801625	34	3.1	34	64	5	97	50	7	17	24	1.72
801518--801654	66	2.1	66	97	0	256	53	7	16	23	1.67
809726--809775	24	2.1	24	85	7	66	36	22	10	32	1.87
816564--816595	15	2.1	15	94	0	55	53	6	31	9	1.58
816773--816845	16	4.2	18	76	11	73	46	15	15	23	1.83
817251--817279	14	2.1	14	100	0	58	24	34	20	20	1.97
820150--820187	18	2.1	18	100	0	76	31	28	10	28	1.90
820568--820649	16	4.7	18	79	10	82	46	15	15	21	1.84
820643--820682	16	2.5	16	83	0	53	45	7	20	27	1.78
825800--827154	452	3.0	452	99	0	2692	36	14	20	28	1.92
831940--832012	14	5.1	14	69	14	51	54	4	1	39	1.28
835933--836442	79	6.5	79	76	9	416	36	11	22	28	1.90
839022--839088	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
839546--839571	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839610--839685	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
839630--839703	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
839610--839703	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
840323--840369	23	2.0	23	100	0	94	51	12	4	31	1.59
841520--841544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
842099--842145	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
844691--844757	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
845215--845240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
845279--845354	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
845299--845372	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
845279--845372	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
846048--846102	20	2.6	21	80	8	67	40	9	12	38	1.75
847674--847714	21	2.0	21	85	0	55	17	7	7	68	1.36
851573--851603	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
851925--851960	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
852408--852450	14	3.0	14	90	10	61	51	4	0	44	1.22
852427--852474	17	2.7	18	78	12	55	52	2	0	45	1.12
852873--852910	18	2.1	18	90	9	60	55	0	0	44	0.99
852925--852972	23	2.2	22	85	14	64	47	2	2	47	1.25
852973--853021	25	2.0	24	84	4	62	40	6	0	53	1.26
853368--853411	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
853981--854036	25	2.2	27	87	9	82	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857758--858136	189	2.0	190	91	1	609	48	5	5	40	1.49
858312--858363	16	3.2	16	83	0	68	30	13	11	44	1.79
858320--858369	16	3.1	16	82	0	64	34	12	8	46	1.70
858775--858820	19	2.5	18	82	6	56	41	0	0	58	0.98
861034--861080	24	2.0	24	91	0	76	36	8	17	38	1.80
861292--861343	25	2.0	25	81	7	59	34	0	1	63	1.06
863925--864002	37	2.1	38	90	2	122	39	15	11	33	1.83
864014--864083	32	2.2	32	97	0	131	35	20	5	38	1.76
864857--864899	14	3.1	14	86	6	61	65	4	0	30	1.13
865099--865134	18	1.9	19	88	5	56	33	2	0	63	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8