genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6185--6243	29	2.0	29	87	12	86	32	11	16	38	1.86
8765--8835	27	2.6	28	86	6	92	23	33	21	21	1.97
8973--9055	28	3.0	28	80	7	98	24	32	16	26	1.96
23328--23409	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
23392--23562	51	3.3	50	78	6	180	33	11	25	29	1.91
26086--26111	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26065--26131	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
26151--26218	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
26173--26197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26154--26216	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
26358--26414	13	3.9	13	74	24	51	35	15	15	33	1.90
33055--33106	11	4.5	11	80	17	52	73	0	23	3	1.00
33058--33105	24	2.0	25	95	4	89	72	0	22	4	1.01
33899--34796	162	5.6	162	84	5	1188	32	11	14	41	1.81
33899--34796	314	2.8	315	88	4	1301	32	11	14	41	1.81
35599--35654	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
35651--35724	20	3.7	20	74	13	80	40	14	16	28	1.88
35653--35745	40	2.3	40	98	0	177	36	15	18	30	1.91
35673--35744	20	3.6	20	75	14	85	31	15	20	31	1.94
38149--38175	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
44311--44350	20	2.0	20	90	0	62	37	15	10	37	1.80
44672--44708	20	1.9	20	88	5	58	21	13	10	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44743--45108	162	2.3	162	87	2	547	37	9	13	39	1.77
47878--47951	21	3.6	21	78	7	71	41	12	14	31	1.83
47971--48011	20	2.0	20	90	0	64	51	9	9	29	1.67
54696--54767	20	3.7	19	83	7	74	37	16	15	30	1.90
55325--55365	22	2.0	20	85	9	55	34	24	4	36	1.77
55722--55788	33	2.0	33	82	5	82	29	13	29	26	1.94
57103--57152	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
57110--57152	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
57142--57176	10	3.4	10	88	7	52	45	0	22	31	1.53
63412--63465	20	2.7	19	86	11	65	37	18	12	31	1.89
64478--65224	52	14.6	52	76	5	536	36	15	23	25	1.93
64478--65127	257	2.5	256	94	1	1129	36	14	23	25	1.93
64552--65176	205	3.0	206	81	5	606	36	15	23	25	1.94
67607--67992	79	4.9	78	81	2	407	28	23	12	36	1.91
67607--67992	158	2.4	159	82	3	492	28	23	12	36	1.91
69066--69165	33	3.0	33	79	0	128	25	17	30	28	1.97
69165--69237	27	2.7	27	82	8	94	35	13	31	19	1.91
69248--70038	34	25.1	33	75	13	483	39	12	27	20	1.89
69356--69460	27	3.7	27	80	14	97	31	15	32	20	1.94
69259--69697	189	2.3	188	82	6	530	36	12	29	21	1.90
69172--69663	223	2.2	224	82	7	589	36	13	28	21	1.91
69585--69750	27	5.9	27	75	14	147	34	13	28	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69356--69946	277	2.1	277	84	7	752	38	12	27	20	1.89
69604--69726	62	2.0	62	88	0	183	35	12	30	21	1.90
69545--69785	89	2.7	87	84	5	288	38	12	26	21	1.90
69720--70038	67	5.0	64	76	15	259	42	11	25	20	1.86
69854--69974	27	4.1	28	75	10	84	40	12	25	21	1.88
69888--70061	27	6.0	27	74	13	105	39	13	25	21	1.90
69854--70095	61	4.0	61	77	12	167	40	11	25	21	1.87
70097--70185	33	2.7	33	85	3	117	41	12	26	19	1.87
73912--74125	97	2.2	97	84	5	288	33	12	26	27	1.92
75281--75317	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
76518--76560	9	4.8	9	80	11	52	20	2	0	76	0.89
77374--77437	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
77392--77417	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
77374--77437	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
85848--85902	20	2.8	19	88	5	74	38	16	16	29	1.90
85955--86018	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
85973--85998	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85955--86018	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
101312--101351	21	1.9	21	89	0	62	40	7	12	40	1.71
101482--101535	19	2.8	20	91	2	83	33	20	11	35	1.88
104597--104621	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104577--104641	33	2.0	33	87	3	96	38	16	13	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105871--105938	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
105892--105916	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105873--105935	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
105978--106003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105958--106024	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
108477--108545	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
108366--108702	51	6.4	52	71	13	208	29	25	12	31	1.93
108360--108701	105	3.2	104	71	14	338	29	26	12	31	1.93
108635--108810	80	2.2	80	87	2	253	28	26	14	30	1.95
108771--108842	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
113050--113086	15	2.4	16	86	9	58	48	18	16	16	1.81
115167--115202	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
115302--115353	21	2.5	21	100	0	104	34	19	3	42	1.69
115354--115394	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
116954--117140	95	2.0	95	96	0	347	37	5	24	31	1.79
117107--117191	37	2.3	37	95	0	152	34	8	27	30	1.86
117852--117876	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
117832--117896	33	2.0	33	87	3	96	36	18	13	30	1.90
121769--121838	34	2.1	34	88	0	104	30	18	4	47	1.68
123144--123170	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
123208--123266	20	3.3	20	69	30	69	35	15	16	32	1.90
123216--123279	13	5.4	13	75	21	68	34	15	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123208--123300	33	2.8	33	93	3	152	34	13	17	34	1.89
129457--129483	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
129902--129948	20	2.3	20	96	0	85	19	38	25	17	1.92
131355--131396	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
132073--132108	13	2.8	13	95	0	63	41	16	11	30	1.83
132547--132719	42	4.1	42	74	5	136	19	30	16	34	1.93
132625--133147	42	12.5	42	68	10	165	21	24	14	39	1.91
132946--133149	84	2.4	83	74	9	191	21	23	14	40	1.90
140459--140499	16	2.8	14	82	13	55	82	17	0	0	0.66
140775--140819	9	4.8	9	84	10	63	88	6	4	0	0.61
140773--140818	17	2.5	17	82	10	56	86	8	4	0	0.68
140775--140820	20	2.3	20	88	7	67	89	6	4	0	0.60
141882--141906	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
141953--141991	20	2.0	20	94	0	69	43	12	12	30	1.81
146093--146232	52	2.7	52	85	4	192	30	18	17	33	1.94
146221--146245	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146310--146334	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
146392--146433	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
147819--147883	27	2.4	27	100	0	130	27	43	12	16	1.84
148999--149122	42	3.0	42	80	8	119	19	28	18	33	1.95
149746--149825	20	3.8	22	80	8	78	40	13	7	38	1.73
153166--153237	20	3.6	20	80	0	90	41	11	13	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157221--157806	165	3.5	164	85	5	786	29	9	7	53	1.60
157221--157881	164	4.0	163	82	7	721	29	9	8	51	1.64
159611--159649	20	2.0	20	85	5	53	38	25	10	25	1.87
165203--165282	20	3.8	20	67	15	61	30	13	15	41	1.85
165269--165306	13	2.9	13	88	11	60	31	18	18	31	1.95
165427--165472	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
166934--166983	20	2.5	20	87	6	66	44	18	12	26	1.84
171146--171263	52	2.3	52	95	0	209	30	17	16	34	1.93
171139--171283	52	2.8	51	87	4	202	30	17	17	34	1.93
171272--171296	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13