genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1583509--1583549	18	2.5	15	85	14	55	19	0	2	78	0.87
1584630--1585187	51	11.1	51	93	4	976	18	17	4	59	1.53
1584693--1584771	19	4.4	19	64	23	53	21	16	5	56	1.59
1584630--1585187	100	5.6	102	93	4	976	18	17	4	59	1.53
1584630--1585187	151	3.7	151	95	3	1000	18	17	4	59	1.53
1585193--1585257	27	2.4	28	80	10	73	24	1	7	66	1.27
1585712--1586573	42	20.7	41	74	9	534	38	18	28	15	1.90
1586016--1586079	33	1.9	33	87	0	92	40	18	28	12	1.87
1585975--1586120	75	1.9	75	88	0	220	39	19	28	12	1.88
1585932--1586144	117	1.8	117	89	0	336	38	19	29	12	1.89
1586096--1586313	85	2.6	84	80	4	242	37	18	28	15	1.91
1586176--1586440	127	2.1	127	86	4	365	37	18	28	15	1.91
1595323--1595364	19	2.2	19	100	0	84	16	26	11	45	1.82
1599242--1599282	18	2.5	15	85	14	55	19	0	2	78	0.87
1600360--1600819	51	9.1	51	90	4	736	19	16	3	60	1.51
1600360--1600819	151	3.0	153	89	4	729	19	16	3	60	1.51
1600350--1600819	202	2.3	202	93	2	786	19	16	3	60	1.51
1601820--1601862	22	1.9	23	85	4	61	65	4	11	18	1.42
1602001--1602206	109	1.9	109	91	0	340	60	1	18	18	1.45
1602168--1602201	13	2.4	15	90	9	54	55	0	23	20	1.43
1601997--1602227	109	2.1	105	86	9	338	64	1	17	16	1.38
1602947--1602990	13	3.2	13	77	22	54	56	0	4	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1602833--1603003	27	6.2	28	72	6	127	48	5	8	36	1.58
1603038--1603104	28	2.4	28	87	7	91	43	2	5	47	1.43
1603056--1603114	28	2.1	28	83	0	73	47	3	10	38	1.54
1604011--1604143	71	1.9	72	82	1	169	18	8	27	45	1.77
1604336--1604384	15	3.4	15	80	11	57	55	0	4	40	1.19
1604241--1604422	55	3.4	54	75	11	156	50	2	7	40	1.42
1604225--1604555	27	12.4	27	71	9	153	49	3	6	40	1.48
1604334--1604425	26	3.5	26	80	7	96	51	1	3	44	1.25
1605371--1605523	75	2.0	77	93	2	265	20	27	6	45	1.76
1607309--1607378	34	2.1	34	97	0	131	38	21	14	25	1.91
1611075--1611137	21	3.0	21	95	2	110	15	12	17	53	1.72
1613812--1613962	76	2.0	76	80	5	171	29	13	14	43	1.83
1614111--1614144	17	2.0	17	88	0	50	29	5	11	52	1.61
1625176--1625748	165	3.5	163	78	9	475	50	8	10	30	1.67
1630593--1630627	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
1630598--1630636	17	2.4	17	86	4	53	46	0	0	53	1.00
1635877--1635919	22	1.9	23	85	4	61	37	11	2	48	1.52
1637655--1637689	13	2.7	13	86	0	52	45	0	0	54	0.99
1638527--1638576	20	2.5	20	81	12	66	48	0	0	52	1.00
1646385--1646473	17	5.0	19	75	16	75	46	1	0	52	1.07
1646383--1646460	17	4.5	17	78	12	86	42	0	0	57	0.98
1646383--1646458	16	4.4	16	79	11	62	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1646383--1646473	37	2.6	36	77	10	107	45	1	0	53	1.07
1646535--1646573	14	2.9	14	88	3	53	51	0	0	48	1.00
1646860--1647038	16	11.5	15	68	16	73	46	1	2	50	1.21
1646905--1646956	24	2.1	25	85	3	70	44	0	3	51	1.19
1646916--1646959	14	3.1	14	80	6	52	40	0	2	56	1.11
1646936--1647020	31	2.9	29	75	14	84	45	1	2	50	1.22
1647015--1647094	37	2.1	38	84	13	103	50	0	2	47	1.14
1647333--1647385	26	2.0	27	85	14	74	43	1	0	54	1.11
1647315--1647387	30	2.6	31	81	12	79	43	1	0	54	1.08
1647367--1647437	32	2.2	32	87	5	97	45	0	0	54	0.99
1648027--1648060	17	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
1648652--1648695	14	2.9	14	84	15	61	34	0	0	65	0.93
1648801--1648855	5	10.6	5	84	7	65	58	0	1	40	1.09
1648811--1648854	22	2.0	22	86	0	61	56	0	2	40	1.11
1648855--1648887	17	1.9	17	88	11	50	48	3	0	48	1.17
1648942--1648991	17	2.7	18	78	12	57	52	0	0	48	1.00
1649464--1649518	26	2.1	26	100	0	110	21	21	16	40	1.91
1654174--1654232	30	1.9	30	86	6	82	61	3	0	35	1.13
1655565--1655628	21	2.8	22	81	11	67	57	3	0	39	1.14
1656504--1656558	22	2.4	22	85	11	67	50	0	0	49	1.00
1661654--1661716	33	1.9	33	86	0	90	33	12	12	41	1.81
1661759--1661783	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661772--1661915	52	2.8	53	85	5	179	34	18	16	30	1.94
1661792--1661915	52	2.4	52	91	4	198	35	18	16	29	1.93
1667102--1667126	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1667168--1667234	19	3.9	18	76	23	81	37	16	11	34	1.85
1667189--1667213	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1667170--1667232	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
1668947--1668991	22	2.0	22	83	8	56	48	0	2	48	1.13
1673487--1673552	20	3.7	20	69	26	74	31	18	12	37	1.87
1673489--1673566	33	2.4	33	95	0	147	32	19	12	35	1.89
1673594--1673650	19	2.9	19	87	5	87	35	14	15	35	1.88
1673635--1673661	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1673616--1673680	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
1676216--1676240	13	1.9	13	100	0	50	52	16	0	32	1.44
1678959--1679134	92	1.9	92	96	2	327	39	13	11	35	1.80
1682474--1682529	19	2.9	19	89	5	85	35	16	14	33	1.88
1682515--1682541	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1682496--1682560	33	2.0	32	88	8	96	41	15	13	29	1.86
1683385--1683456	20	3.7	19	85	7	74	40	15	13	30	1.86
1681954--1683768	896	2.0	899	95	3	3244	35	15	14	34	1.88
1687099--1687173	20	3.8	20	83	3	98	42	13	12	32	1.80
1688074--1688759	28	23.9	28	83	4	753	23	17	29	29	1.97
1689991--1690048	11	5.5	11	71	19	52	5	3	8	82	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1690014--1690058	18	2.4	18	92	3	72	8	0	6	84	0.78
1690014--1690057	10	4.4	10	83	11	54	9	0	4	86	0.70
1695096--1695121	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1695075--1695141	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1695161--1695228	19	3.9	18	73	23	74	38	13	11	36	1.81
1695164--1695226	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
1695283--1695340	21	2.8	21	97	0	107	37	18	10	32	1.85
1707052--1707093	20	2.1	20	86	0	57	33	0	4	61	1.17
1708188--1708355	87	1.9	87	93	2	293	44	15	7	32	1.75
1710650--1710711	26	2.3	27	86	5	90	64	3	0	32	1.09
1711807--1711849	13	3.2	13	78	12	50	32	4	2	60	1.30
1712130--1712202	32	2.2	33	83	9	87	35	1	1	61	1.13
1712214--1712260	10	4.7	10	82	7	60	51	2	0	46	1.13
1712445--1712499	12	4.8	12	78	19	55	65	0	0	34	0.93
1712496--1712551	12	4.6	13	74	12	57	57	0	0	42	0.99
1712503--1712585	36	2.3	36	83	6	96	56	0	0	43	0.99
1712441--1712654	9	22.6	10	71	15	70	57	0	0	42	1.02
1712826--1713003	9	21.1	8	71	21	91	39	0	0	60	0.97
1712831--1713002	32	5.2	33	71	21	96	39	0	0	60	0.97
1712962--1713002	15	2.8	15	79	17	50	31	0	0	68	0.90
1712989--1713032	19	2.3	19	80	7	54	43	2	2	52	1.26
1719224--1719285	32	1.9	32	96	0	115	41	3	17	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1720866--1720950	29	2.9	30	78	5	102	56	12	3	27	1.53
1720871--1720984	58	2.0	58	84	3	149	54	14	6	25	1.63
1720885--1721099	115	1.9	114	80	11	251	48	12	12	26	1.76
1721890--1721930	11	3.9	11	75	12	50	0	24	0	75	0.80
1721878--1721934	22	2.6	22	86	8	73	0	21	1	77	0.86
1725530--1726737	28	43.5	28	81	7	715	27	14	29	28	1.95
1725934--1726732	27	29.1	27	84	4	753	29	13	29	27	1.94
1725934--1726748	55	14.8	55	83	4	772	29	13	29	26	1.94
1725513--1726580	279	3.8	276	81	7	942	27	15	29	28	1.96
1725934--1726732	82	9.7	82	84	3	804	29	13	29	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13