genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1728321--1728387	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1728341--1728365	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1728428--1728452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1728461--1728590	52	2.5	52	90	3	192	32	19	16	32	1.94
1734974--1735297	28	11.5	28	82	7	352	26	16	26	30	1.96
1734980--1735292	56	5.5	56	88	3	396	26	15	26	31	1.96
1735680--1735705	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1737923--1737967	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1739771--1739801	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1742762--1742787	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1742847--1742919	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1742826--1742919	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1742826--1742901	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1745059--1745179	52	2.3	52	95	0	215	28	19	17	34	1.94
1745059--1745199	52	2.7	51	89	4	203	30	18	17	33	1.94
1745188--1745212	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1745252--1745321	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1745277--1745301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1746594--1746673	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1746660--1746710	13	3.9	13	97	0	93	31	19	15	33	1.93
1746831--1746877	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1746833--1746875	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749224--1749267	22	2.0	22	100	0	88	36	22	13	27	1.92
1749274--1749299	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1750052--1750299	28	8.6	28	83	6	293	24	17	27	31	1.97
1750052--1750551	56	8.8	56	83	7	402	27	15	29	28	1.96
1750052--1750537	84	5.7	84	81	7	365	27	15	29	27	1.96
1750115--1750551	28	15.4	28	83	4	322	27	15	29	28	1.96
1751920--1751970	25	2.1	23	85	7	66	5	9	5	78	1.08
1751946--1751984	21	1.9	20	84	5	51	2	10	10	76	1.10
1759749--1759840	22	4.3	21	73	15	66	7	13	8	70	1.33
1759772--1759840	22	3.2	22	78	14	81	8	11	7	72	1.28
1764611--1764676	27	2.4	27	94	0	114	24	13	34	27	1.93
1765334--1765390	26	2.2	26	100	0	114	49	10	12	28	1.73
1766879--1766976	20	4.1	24	69	30	68	44	10	16	28	1.80
1766879--1766995	51	2.3	52	96	1	218	44	10	16	29	1.80
1766879--1766963	20	3.7	20	71	28	71	43	10	16	29	1.81
1767452--1767477	10	2.6	10	100	0	52	7	0	7	84	0.77
1771891--1771940	15	3.4	15	72	5	57	68	0	0	32	0.90
1771894--1771943	14	3.5	14	81	5	64	68	0	0	32	0.90
1771895--1771939	21	2.1	21	84	8	56	68	0	0	31	0.89
1771890--1771944	29	1.9	28	92	0	83	63	0	0	36	0.95
1772171--1772224	27	2.0	27	92	0	90	25	20	16	37	1.93
1772420--1772519	51	2.0	50	80	7	112	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1773122--1773155	17	1.9	18	94	5	61	50	0	0	50	1.00
1774165--1774237	23	3.3	22	69	16	62	56	0	1	42	1.08
1774065--1774342	118	2.5	109	82	9	317	53	1	2	42	1.23
1774281--1774366	22	3.8	22	82	8	100	59	0	2	38	1.10
1774292--1774368	23	3.3	24	82	8	79	59	0	2	37	1.11
1774440--1774509	31	2.5	26	79	20	86	55	0	0	44	0.99
1774595--1774654	20	3.3	18	71	17	52	58	3	0	38	1.15
1774481--1774833	123	2.9	119	85	10	443	53	1	1	43	1.19
1775568--1775618	20	2.4	21	87	12	70	41	0	1	56	1.10
1777077--1777121	22	2.1	22	87	4	65	37	0	2	60	1.09
1779146--1779178	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
1779431--1779493	26	2.4	26	82	10	76	50	3	0	46	1.17
1779680--1779743	23	2.8	24	75	13	64	64	3	1	31	1.19
1782465--1782570	50	2.1	50	96	0	194	32	16	10	40	1.83
1785953--1786012	29	2.1	29	93	0	102	35	8	18	38	1.81
1786118--1786205	40	2.3	38	84	4	104	51	0	1	47	1.08
1786156--1786190	17	2.1	17	88	0	52	57	0	0	42	0.99
1787467--1787525	27	2.2	27	84	6	84	55	1	1	40	1.20
1787475--1787601	65	2.0	65	96	0	236	52	2	0	44	1.19
1787504--1787601	28	2.9	35	71	28	113	53	2	0	44	1.12
1787912--1788072	83	1.9	84	96	1	297	37	11	15	35	1.83
1788191--1788234	23	1.9	23	90	0	70	47	0	2	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1790181--1790207	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
1792126--1792192	27	2.6	26	84	11	84	55	0	0	44	0.99
1794100--1794147	23	2.1	23	100	0	96	29	27	4	39	1.75
1794543--1794852	153	2.0	153	98	0	593	28	17	17	37	1.92
1795296--1795339	2	22.5	2	95	4	81	47	0	0	52	1.00
1795362--1795400	18	2.2	18	86	9	53	64	0	0	35	0.94
1795361--1795403	19	2.3	18	80	11	52	62	0	0	37	0.95
1795403--1795439	16	2.4	16	90	4	58	43	0	0	56	0.99
1800251--1800410	80	2.0	80	97	0	302	54	13	12	20	1.70
1801938--1801979	20	2.1	20	90	0	66	23	9	35	30	1.87
1803197--1803239	19	2.3	19	87	0	59	46	2	0	51	1.13
1804134--1804171	16	2.5	15	84	16	51	78	2	0	18	0.86
1804798--1804874	8	9.2	8	70	16	50	71	0	27	1	0.94
1804800--1804857	30	2.0	30	86	13	77	70	0	27	1	0.97
1804814--1804871	30	1.9	30	83	13	75	74	0	24	1	0.92
1808542--1808611	21	3.5	20	82	5	79	45	4	17	32	1.67
1811032--1811145	20	5.6	20	71	10	77	33	16	14	35	1.90
1825043--1825083	22	1.9	22	90	5	66	14	14	2	68	1.32
1827087--1827390	48	6.4	48	80	3	301	43	19	19	18	1.89
1827123--1827396	95	2.9	95	87	0	368	43	20	19	16	1.88
1827318--1827463	78	1.9	79	82	1	186	45	20	17	16	1.86
1827270--1827509	126	1.9	126	85	1	329	44	20	18	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1827400--1827939	48	11.3	47	76	4	427	40	17	21	20	1.91
1827400--1827939	95	5.7	95	77	5	507	40	17	21	20	1.91
1829622--1829703	32	2.6	32	100	0	164	25	14	23	36	1.93
1841093--1841184	34	2.7	34	83	6	123	32	22	11	32	1.91
1843188--1843259	20	3.7	20	79	7	76	33	20	12	33	1.90
1846541--1846644	37	2.8	37	97	0	199	23	13	29	33	1.93
1852043--1852068	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
1852674--1852738	32	2.0	33	93	3	114	27	12	15	44	1.82
1855811--1856540	242	3.0	242	94	1	1309	38	15	17	28	1.90
1857540--1857566	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1860018--1860044	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
1860121--1860151	13	2.4	13	100	0	62	41	16	12	29	1.85
1864893--1865027	50	2.7	50	88	0	207	25	16	14	42	1.86
1866855--1866880	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1869240--1869368	52	2.5	52	84	3	179	29	28	13	28	1.94
1869407--1869522	51	2.3	50	81	3	142	32	26	10	30	1.90
1869505--1869579	28	2.7	28	87	8	100	25	33	17	24	1.96
1869247--1869596	158	2.2	159	84	5	458	28	27	13	30	1.94
1869533--1869710	79	2.3	79	78	7	175	26	25	14	33	1.94
1877124--1877264	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
1877253--1877277	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1877343--1877367	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877321--1877387	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1877425--1877466	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1879561--1880250	123	5.7	118	84	8	838	25	28	19	26	1.99
1879562--1880249	61	11.3	61	84	7	838	25	28	19	26	1.99
1880097--1880454	163	2.2	163	93	0	599	24	32	17	25	1.97
1880268--1880409	61	2.3	63	87	2	216	27	28	19	23	1.99
1880451--1880679	61	3.9	61	83	7	260	26	27	20	24	1.99
1880451--1880679	122	1.9	115	83	7	289	26	27	20	24	1.99
1880696--1881463	55	13.5	55	82	7	794	26	26	20	25	1.99
1880701--1881462	110	6.7	110	84	8	880	27	26	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13