genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783393--784087	92	7.5	92	96	1	1230	26	24	17	31	1.97
783988--784141	52	2.9	53	80	4	184	25	24	14	35	1.94
784784--784837	19	2.8	19	91	0	90	37	11	16	35	1.84
788238--788263	13	2.0	13	100	0	52	15	30	23	30	1.95
798053--798092	13	3.1	13	85	0	62	30	12	12	45	1.79
798219--798258	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
801339--801363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
801734--801888	71	2.2	71	95	0	274	36	20	16	27	1.93
802226--802250	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
802319--802386	33	2.1	32	86	8	93	36	13	14	35	1.85
805493--805544	20	2.7	20	88	8	72	38	15	15	30	1.88
806320--806372	13	4.5	13	71	26	55	32	11	16	39	1.85
806308--806372	33	2.0	33	87	6	96	32	12	18	36	1.88
807972--808040	20	3.4	20	76	4	75	31	15	15	36	1.90
809154--809178	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809131--809198	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
809230--809282	20	2.6	21	90	3	81	26	16	15	41	1.88
809270--809294	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
809848--809893	23	2.0	23	91	4	76	32	30	4	32	1.77
811741--811775	13	2.7	13	90	0	52	37	20	11	31	1.88
811979--812004	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
817961--817985	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817938--818005	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
818039--818093	26	2.1	27	89	3	85	27	16	14	41	1.87
818083--818107	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
826505--826545	20	2.0	22	85	9	59	17	29	39	14	1.89
833129--833193	33	2.0	33	87	6	96	35	18	12	33	1.88
833223--833278	19	2.9	19	83	2	67	35	14	16	33	1.88
838980--839013	3	11.3	3	87	0	50	29	29	0	41	1.57
840415--840444	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
840490--840580	20	4.6	20	73	13	73	39	14	15	30	1.87
840489--840542	19	2.8	20	82	2	74	40	14	14	29	1.86
842810--842849	19	2.1	19	90	9	64	42	0	12	45	1.42
844975--845039	33	2.0	33	87	0	94	36	15	13	33	1.87
845599--845768	34	5.0	35	85	7	217	34	11	25	28	1.91
845603--845770	69	2.5	68	90	2	248	33	11	25	29	1.92
850743--850871	52	2.5	52	92	0	213	31	17	14	36	1.91
850743--850891	52	2.9	52	82	6	185	32	16	15	35	1.91
850880--850904	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
850922--850958	19	1.9	19	94	0	65	40	18	8	32	1.80
855087--855152	34	1.9	34	87	6	98	33	13	24	28	1.93
856992--857117	58	2.2	58	80	0	144	49	14	7	29	1.70
859233--859271	17	2.3	17	86	0	51	2	15	2	79	0.95
860965--861235	136	2.0	135	87	5	395	41	11	12	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861416--861550	33	4.2	33	64	25	81	34	17	17	30	1.93
866262--866381	51	2.3	52	92	1	206	29	17	17	35	1.93
866262--866401	52	2.7	50	86	5	192	30	17	17	34	1.93
866390--866414	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
866478--866502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
867430--868749	43	29.7	43	68	19	603	33	16	24	25	1.96
867473--868330	309	2.8	309	96	0	1574	33	16	25	24	1.96
867856--867923	22	3.1	22	62	19	52	30	17	25	26	1.97
867781--868024	92	2.6	92	92	2	398	32	16	25	25	1.96
867834--868770	444	2.1	440	92	3	1594	32	16	24	25	1.96
868090--868459	92	4.0	92	91	3	563	31	18	24	25	1.98
868349--868417	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
868371--868438	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
868352--868422	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
868534--868765	92	2.5	94	91	4	362	31	18	24	25	1.97
868587--868770	43	4.1	43	83	10	226	30	18	25	25	1.98
868758--868862	33	3.3	32	88	9	144	17	18	33	31	1.94
869005--869121	61	1.9	61	96	0	216	27	15	35	22	1.94
868950--869497	231	2.4	231	95	0	981	34	12	32	20	1.90
869067--869415	129	2.7	129	84	7	409	33	13	32	20	1.91
868871--869484	34	18.5	33	76	12	537	33	13	33	20	1.91
869469--869616	62	2.4	63	90	3	237	27	16	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869463--869624	32	5.2	30	83	9	182	30	15	31	22	1.95
877950--877990	13	3.2	13	89	0	64	29	14	17	39	1.89
879835--879885	25	2.0	25	88	0	75	37	0	21	41	1.54
880436--880494	28	2.1	27	84	12	75	27	15	22	35	1.94
881514--881570	19	2.9	19	78	2	69	31	17	17	33	1.93
881516--881582	20	3.4	20	78	10	75	31	14	17	35	1.91
887702--887748	14	3.2	14	81	6	58	72	0	27	0	0.85
895007--895143	53	2.6	53	92	1	238	27	16	18	37	1.92
895113--895183	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
895223--895263	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
895997--896128	64	2.1	63	98	1	255	33	25	7	33	1.84
896980--897004	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
900726--900751	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
900814--900950	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
900920--900990	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
901030--901070	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
904169--904439	134	2.0	134	91	0	443	28	16	23	31	1.96
904484--904540	20	2.8	21	94	5	100	43	10	15	29	1.80
905266--905831	28	20.2	28	86	3	557	23	15	32	28	1.96
905266--905831	113	5.1	112	84	3	595	23	15	32	28	1.96
905284--905821	141	3.8	141	83	2	568	23	16	31	28	1.96
905423--905893	28	17.0	27	85	4	334	26	15	30	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907304--907366	20	3.1	20	74	17	58	11	12	6	69	1.34
915102--915761	330	2.0	330	91	0	1070	29	15	23	32	1.95
926123--926250	28	4.7	26	82	7	130	25	28	13	32	1.93
926124--926573	27	16.0	28	82	6	315	24	32	15	27	1.95
926123--926610	55	8.7	56	76	9	318	25	31	15	27	1.95
926223--926290	34	2.0	34	100	0	136	17	32	20	29	1.96
926346--926589	82	3.0	81	82	3	272	25	34	14	26	1.94
926199--927110	28	31.8	28	78	9	513	29	30	16	23	1.96
927010--927143	60	2.2	60	83	0	178	29	29	17	23	1.97
926613--927116	265	1.9	264	80	5	597	32	28	17	21	1.96
927039--927149	32	3.6	32	69	9	95	30	26	17	26	1.97
927843--927886	19	2.2	20	85	14	65	70	0	11	18	1.16
929494--929546	21	2.6	21	85	8	74	30	16	13	39	1.87
929534--929558	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
932021--932045	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
938193--938218	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
938173--938236	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
938277--938329	21	2.6	21	85	8	74	30	16	13	39	1.87
941362--941451	43	2.1	43	87	6	130	24	16	20	38	1.92
942967--943057	20	4.6	19	80	5	92	37	13	17	31	1.88
945224--945281	22	2.6	22	97	0	107	62	17	8	12	1.54
945489--945515	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949218--949335	52	2.3	52	95	0	209	30	17	16	34	1.93
949215--949355	52	2.7	51	87	4	203	31	17	17	33	1.94
949344--949368	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
949433--949457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
949411--949477	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
969246--969270	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
969223--969290	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
969344--969393	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
971312--971354	20	2.1	20	82	4	50	6	25	46	20	1.76
971796--971834	13	3.0	13	88	0	51	33	12	17	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13