genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655430--655457	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
655410--655479	33	2.1	33	94	0	122	27	21	12	38	1.90
657943--658062	51	2.4	51	88	2	179	29	29	13	28	1.94
657794--658098	130	2.4	128	79	9	322	28	26	12	33	1.92
658042--658118	28	2.8	28	86	7	95	23	29	19	27	1.98
658101--658219	51	2.3	51	88	2	177	27	25	14	32	1.94
657931--658243	158	2.0	158	83	3	398	27	26	13	31	1.94
660429--660478	21	2.5	20	83	9	66	44	16	18	22	1.87
660437--660477	21	2.0	22	90	9	68	46	14	17	21	1.84
662378--662515	48	2.8	49	81	5	170	34	19	24	21	1.97
662325--662519	52	3.9	48	77	8	176	34	20	24	20	1.96
662583--662899	32	9.9	32	75	6	279	19	17	31	30	1.95
662583--662901	160	2.0	158	85	7	432	19	17	31	31	1.95
664505--664578	7	10.9	7	68	21	50	4	1	14	79	0.94
664505--664582	26	2.9	27	78	16	99	5	1	15	78	0.99
665480--665504	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
665460--665526	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
665600--665728	52	2.5	52	94	0	222	34	16	17	31	1.92
672896--672940	18	2.4	19	82	13	58	82	11	4	2	0.91
672897--672946	21	2.5	20	84	12	68	84	8	6	2	0.86
673898--674246	32	11.3	32	75	13	153	26	31	15	26	1.96
673964--674042	34	2.3	35	86	4	108	25	31	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674033--674248	30	7.3	30	83	7	264	30	31	17	21	1.96
674033--674248	58	3.7	60	84	7	264	30	31	17	21	1.96
674033--674248	89	2.5	88	90	1	326	30	31	17	21	1.96
674540--674564	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
674520--674586	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
674640--674788	52	2.9	53	87	2	178	34	18	17	30	1.94
691119--691175	21	2.8	20	84	10	71	47	8	14	29	1.74
691223--691276	20	2.6	21	76	2	56	29	14	11	44	1.80
696112--698696	906	2.9	898	87	4	3608	29	23	17	30	1.97
700752--701495	79	9.4	79	88	1	1048	31	14	26	27	1.95
702895--703099	35	5.9	35	95	0	374	20	30	5	42	1.75
703554--703657	42	2.5	41	81	10	122	44	11	27	16	1.82
703667--703773	41	2.5	41	77	8	108	44	14	21	18	1.86
703550--703772	119	1.9	117	80	9	256	43	14	23	19	1.87
703789--704048	61	4.4	59	79	10	259	26	20	26	26	1.99
703960--704144	94	2.0	94	86	8	261	24	19	30	25	1.98
704066--704198	55	2.4	54	88	6	196	21	21	27	28	1.99
703908--704497	149	3.9	149	93	2	934	23	19	30	26	1.98
704214--704343	55	2.4	56	86	3	192	20	20	30	28	1.98
704066--704819	204	3.6	204	73	18	680	24	20	29	26	1.99
704361--704608	55	4.4	56	84	7	313	21	20	28	28	1.98
704362--704613	117	2.2	110	84	6	319	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704625--704827	61	3.5	59	78	17	221	28	21	25	25	1.99
704692--704786	49	1.9	49	97	0	181	23	23	24	29	1.99
704216--704827	266	2.3	259	85	7	817	25	20	28	25	1.99
724575--724613	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
724734--724780	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
726414--726477	32	2.0	32	100	0	128	37	3	28	31	1.73
726501--726540	20	1.9	22	90	10	66	35	2	27	35	1.71
727357--727382	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
727337--727400	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
732177--732253	38	2.0	38	100	0	154	41	15	12	29	1.85
736177--736202	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
736157--736219	32	1.9	33	90	3	101	26	14	15	42	1.86
737182--737207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
737164--737227	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
738195--738309	53	2.1	54	82	4	135	40	11	21	26	1.87
738245--738471	79	2.8	79	77	4	224	30	13	26	28	1.94
738406--738522	51	2.3	51	95	0	207	32	12	24	29	1.93
738324--738575	130	1.9	130	90	0	405	30	12	26	30	1.93
738454--738714	79	3.4	78	85	10	396	31	14	26	27	1.95
738645--738698	28	1.9	28	92	7	92	29	22	29	18	1.97
740113--740597	35	13.9	35	97	0	889	20	31	6	41	1.76
740600--740640	13	3.2	13	86	6	57	24	0	2	73	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740601--740628	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
741384--741484	29	3.6	28	79	12	111	23	31	16	27	1.96
741382--742157	32	26.4	29	73	11	297	25	29	12	32	1.92
741434--741611	29	5.9	30	73	12	107	25	26	13	34	1.93
741383--742079	61	11.8	59	71	12	350	25	29	12	32	1.93
741496--741958	175	2.6	174	81	7	506	25	28	12	33	1.92
741463--742083	146	4.2	147	76	8	474	25	28	12	33	1.92
742029--742129	27	3.6	28	78	10	91	24	27	11	35	1.91
741382--742163	382	2.0	379	78	8	800	25	29	12	32	1.92
742208--742357	33	4.7	33	76	4	128	32	30	16	20	1.94
742366--742759	103	3.8	103	76	7	282	24	22	15	37	1.93
742398--742664	52	5.2	51	75	5	189	23	21	15	38	1.92
742571--742818	52	4.8	52	75	6	189	24	22	16	36	1.94
743566--743759	52	3.8	51	81	4	189	28	13	13	43	1.82
750111--750173	33	2.0	31	90	6	99	30	14	15	39	1.87
750131--750155	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
750144--750179	18	2.0	18	94	0	63	30	11	16	41	1.83
750143--750279	53	2.6	53	95	2	240	27	18	18	36	1.94
750360--750399	21	1.9	21	85	10	55	42	10	12	35	1.76
753555--753719	84	2.0	84	83	4	208	24	19	3	52	1.60
754108--754149	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
755796--755830	18	1.9	18	94	0	61	31	11	17	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755763--755824	33	1.9	33	90	6	101	32	14	16	37	1.89
755796--755930	53	2.5	53	95	2	236	27	17	18	36	1.94
755900--755970	20	3.5	20	75	11	65	30	14	15	39	1.87
756010--756050	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
758955--759466	166	3.1	165	84	5	617	29	10	8	51	1.66
759906--759939	13	2.6	13	85	0	50	82	0	17	0	0.67
759905--759946	12	3.5	12	87	9	59	80	0	19	0	0.70
759922--759956	10	3.4	10	88	4	52	82	0	17	0	0.66
759918--759956	19	2.0	20	95	5	71	82	0	17	0	0.68
767673--767828	50	3.1	50	96	0	285	51	17	10	19	1.74
768127--768194	25	2.8	25	78	15	79	2	20	0	76	0.92
768130--768192	19	3.1	19	84	9	63	3	17	0	79	0.86
768129--768192	27	2.5	26	82	10	69	3	17	0	79	0.85
768308--768398	4	23.8	4	70	16	59	2	23	1	73	1.01
768306--768401	37	2.7	35	80	15	106	2	22	1	73	0.99
768497--768522	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
773325--773411	26	3.3	25	72	23	79	52	4	3	39	1.39
773315--773426	54	2.1	54	93	3	190	53	5	2	38	1.38
773317--773403	28	3.2	28	70	18	92	57	4	2	35	1.32
773328--773414	28	3.2	28	66	18	74	51	4	3	40	1.39
773686--773730	22	2.1	21	84	8	56	57	8	0	33	1.30
773662--773740	41	2.0	39	85	7	106	48	10	1	40	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775966--775994	13	2.2	13	100	0	58	17	34	17	31	1.93
782014--782056	20	2.2	20	83	8	52	83	11	4	0	0.78
783050--783262	31	6.8	31	80	11	188	23	31	14	30	1.94
783046--783237	62	3.1	62	84	6	223	22	31	13	31	1.93
783180--783269	34	2.7	34	85	1	110	18	34	13	33	1.90
783237--783296	27	2.2	27	87	0	84	20	31	15	33	1.93
783116--783312	94	2.1	91	81	5	216	22	32	13	31	1.93
783300--783391	33	2.8	33	96	0	166	31	30	19	18	1.96
783392--783460	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
783387--783457	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13