genome.fa.s126.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2080828

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1448 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171362--171386	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
172400--172442	18	2.3	19	85	14	63	72	2	2	23	1.08
180196--180234	17	2.2	18	90	4	62	48	12	0	38	1.42
180190--180235	18	2.5	19	82	13	60	47	10	2	39	1.51
181360--181402	21	2.0	21	100	0	86	48	4	4	41	1.44
181809--181835	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
181820--181875	19	2.9	19	86	2	76	30	19	14	35	1.91
188392--188432	13	3.2	13	89	0	64	34	14	17	34	1.90
191918--192068	42	3.6	41	84	3	194	36	15	27	20	1.93
191907--192074	84	2.0	84	86	0	237	36	15	26	20	1.93
192126--192255	42	3.1	41	86	3	172	34	18	27	19	1.95
192101--192287	42	4.5	42	81	6	121	36	17	27	18	1.93
205530--205559	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
205604--205656	19	2.7	20	82	2	72	35	16	16	30	1.92
208190--208229	13	3.1	13	85	0	62	37	12	15	35	1.85
209721--209999	51	5.4	51	71	13	237	30	14	28	26	1.95
209824--209897	28	2.6	28	91	0	112	25	20	32	21	1.97
209692--210063	158	2.4	155	92	3	593	30	15	28	25	1.95
209980--210053	25	2.8	26	84	13	105	25	21	32	20	1.97
209984--210053	29	2.6	28	88	8	101	27	21	30	21	1.98
209933--210126	105	1.8	106	84	5	266	29	14	29	26	1.95
210005--210291	79	3.6	79	87	2	371	30	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210164--210367	107	1.9	106	89	4	320	29	16	27	25	1.97
210244--210318	28	2.7	28	91	0	114	25	20	33	21	1.97
210192--210523	158	2.1	156	88	3	497	29	15	28	26	1.96
210303--210420	51	2.3	51	94	0	209	30	15	27	27	1.96
210401--210474	25	2.8	26	84	13	105	25	21	32	20	1.97
210405--210474	29	2.6	28	88	8	101	27	21	30	21	1.98
209771--210838	421	2.5	421	94	0	1816	30	14	27	27	1.95
210354--210553	105	1.9	106	84	5	269	29	15	29	26	1.96
210426--210712	79	3.6	79	88	1	378	29	14	28	27	1.95
210664--210739	27	2.8	28	85	2	100	21	18	34	26	1.96
210585--210788	107	1.9	107	84	6	270	27	14	29	28	1.95
210720--210853	51	2.6	51	86	3	180	31	10	26	31	1.90
213196--213237	21	2.0	21	90	0	66	42	14	14	28	1.84
219274--219329	20	2.8	19	78	7	67	26	17	12	42	1.85
219354--219409	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
220476--221073	161	3.7	162	78	6	624	39	12	11	36	1.79
221878--221926	16	3.4	15	83	13	59	2	16	0	81	0.78
221878--221926	12	3.5	14	86	10	57	2	16	0	81	0.78
222741--222776	19	1.9	19	88	5	56	41	2	11	44	1.54
222590--222967	165	2.3	163	84	6	489	52	6	9	32	1.59
224644--224866	69	3.2	68	90	5	358	38	10	20	30	1.86
224816--225078	97	2.7	97	87	2	393	35	11	23	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226090--226177	20	4.8	20	78	18	118	37	17	12	32	1.87
226134--226193	13	5.1	13	73	22	60	38	15	13	33	1.86
226110--226209	33	3.0	33	91	2	148	37	17	14	32	1.89
226089--226209	53	2.3	53	87	5	165	37	17	13	32	1.88
226239--226293	19	2.8	19	91	2	83	36	16	16	30	1.91
226278--226304	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
226846--226894	22	2.3	22	85	3	64	26	28	4	40	1.74
228084--228157	20	3.7	20	78	7	69	39	20	13	27	1.90
228240--228265	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
228220--228287	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
236284--236326	22	2.0	22	95	0	77	30	0	30	39	1.57
236882--236906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
237007--237032	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
244096--244160	33	2.0	33	87	6	96	38	15	10	35	1.82
244196--244246	19	2.6	20	84	6	68	35	17	15	31	1.92
244232--244257	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
246484--246590	33	3.2	33	75	10	119	9	20	14	55	1.67
246447--246590	66	2.2	67	88	2	211	9	18	15	56	1.66
247614--247659	19	2.3	20	92	7	76	15	2	4	78	1.01
247614--247659	20	2.3	19	88	7	65	15	2	4	78	1.01
248477--248965	52	9.4	52	79	3	484	34	15	25	24	1.95
248477--248965	155	3.1	155	84	2	570	34	15	25	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248478--248966	207	2.4	208	78	3	556	34	15	25	24	1.95
248959--249416	62	7.5	62	84	2	575	30	17	25	27	1.97
248955--249416	123	3.8	123	86	2	633	30	17	24	26	1.97
248959--249416	185	2.5	183	84	4	607	30	17	25	27	1.97
249388--249451	29	2.2	30	85	5	94	20	18	34	26	1.96
249444--250287	28	30.1	28	79	9	623	22	18	29	29	1.97
253005--253058	20	2.7	20	88	5	74	31	11	18	38	1.86
259141--259196	20	2.8	20	91	0	94	44	10	16	28	1.80
261809--261862	20	2.7	20	85	5	74	29	11	18	40	1.85
264610--264832	69	3.2	69	89	0	347	39	10	19	30	1.86
264782--265027	99	2.5	97	83	7	316	35	10	23	30	1.89
265430--265544	33	3.5	32	77	15	126	11	20	12	55	1.67
265430--265558	34	3.8	33	76	17	124	11	20	12	55	1.68
265426--265572	67	2.2	67	91	1	242	11	20	12	55	1.68
265426--265570	33	4.4	33	71	17	113	11	20	13	55	1.68
266599--266661	20	3.3	19	77	18	67	22	0	3	74	0.96
266612--266673	11	4.8	12	78	18	54	25	0	1	72	0.94
266607--266673	21	3.4	19	77	18	66	23	0	1	74	0.90
266631--266670	14	2.7	16	88	11	59	27	0	0	72	0.85
267101--267130	16	1.9	15	93	6	51	26	0	10	63	1.26
267075--267146	36	1.9	37	86	8	101	25	1	12	61	1.39
267117--267154	20	1.9	20	84	10	51	26	0	10	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267317--267419	54	1.9	54	85	0	143	39	12	10	36	1.78
267310--267430	54	2.2	54	78	8	138	39	11	10	38	1.77
269761--269906	50	2.9	51	78	6	154	32	27	8	31	1.87
269843--270028	80	2.3	80	88	2	286	30	26	11	31	1.92
270101--270248	50	2.9	51	80	4	147	33	23	8	34	1.86
270150--270248	51	2.0	50	83	2	126	32	27	10	30	1.89
270185--270430	79	3.1	78	83	5	300	29	28	12	29	1.93
273083--273134	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
273188--273212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
275572--275754	51	3.6	50	82	10	228	30	26	11	31	1.91
275576--275754	52	3.5	50	84	10	222	30	26	11	31	1.92
275767--275939	79	2.2	80	88	3	251	27	26	15	30	1.96
275638--276139	237	2.1	238	84	4	658	28	25	13	32	1.94
276007--276238	79	2.9	77	75	6	198	28	25	13	32	1.93
288596--288662	1	67.0	1	72	0	53	86	5	4	2	0.77
288596--288665	19	3.8	17	81	10	68	85	5	5	2	0.81
288596--288662	12	5.7	11	83	13	73	86	5	4	2	0.77
289732--290261	55	9.4	55	86	5	602	26	27	21	24	1.99
289786--289871	26	3.2	26	65	20	68	26	29	19	24	1.99
289736--290261	165	3.1	164	84	4	667	26	27	21	24	1.99
291079--291130	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
293571--293741	50	3.6	48	72	22	153	31	27	9	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293633--293715	42	2.0	43	88	7	125	32	27	10	28	1.91
293726--293797	27	2.6	28	84	4	92	25	30	19	25	1.98
293674--293886	107	2.0	107	85	4	286	27	26	15	31	1.95
293754--293919	80	2.1	80	86	0	224	27	25	15	31	1.96
293672--294108	238	1.8	239	82	4	569	27	26	14	31	1.95
293995--294224	78	2.9	79	77	4	241	26	27	13	32	1.93
295808--296208	200	2.0	200	84	5	526	33	15	22	28	1.94
296730--296814	20	4.6	19	72	21	83	32	22	12	31	1.92
296843--296898	19	2.9	19	86	2	85	35	12	19	32	1.89
299438--299472	13	2.7	13	90	0	52	40	14	11	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13