genome.fa.s127.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4281254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174--206	17	1.9	17	93	0	57	24	0	27	48	1.51
197--237	12	3.3	12	82	3	55	14	0	41	43	1.45
188--252	24	2.6	25	85	11	80	15	3	38	43	1.62
295--347	26	2.0	26	82	7	63	5	5	54	33	1.47
326--424	7	14.7	7	79	8	98	4	12	52	31	1.57
297--444	27	5.6	27	74	8	83	4	10	52	33	1.54
387--753	7	53.6	7	71	12	82	5	9	48	36	1.59
387--445	20	2.9	20	87	7	75	0	10	52	37	1.35
489--553	34	1.9	34	83	0	85	0	12	52	35	1.39
492--546	19	2.8	20	86	10	69	0	14	49	36	1.44
852--923	23	3.1	21	80	16	54	13	0	50	36	1.43
2601--2661	13	4.2	16	81	12	55	13	6	42	37	1.70
2802--2845	13	3.4	13	81	12	54	9	4	38	47	1.56
2899--3012	12	8.8	12	75	9	66	6	7	45	40	1.58
482--5775	7	752.0	7	77	14	2835	7	8	44	40	1.62
5858--6055	100	2.0	99	84	6	258	7	78	2	12	1.02
6032--6229	6	29.8	6	67	21	53	11	74	2	11	1.15
5858--6295	7	60.0	7	71	15	232	10	75	2	11	1.13
6066--6177	46	2.4	46	82	5	118	16	69	1	11	1.26
6143--6216	8	9.6	8	73	14	50	10	78	0	10	0.97
6142--6179	16	2.4	16	91	8	60	18	71	0	10	1.14
6150--6230	26	3.1	26	77	13	85	8	80	0	11	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6144--6284	75	1.9	77	82	11	184	10	76	1	11	1.08
18938--18997	25	2.6	23	81	7	68	50	0	1	48	1.11
19032--19104	34	2.2	34	81	13	89	39	0	4	56	1.19
19110--19147	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
19900--19936	15	2.2	18	86	13	53	27	0	5	67	1.12
20880--20922	22	2.0	22	90	9	70	37	2	4	55	1.33
21566--21640	2	39.0	2	73	17	61	44	4	2	49	1.35
27944--27977	12	2.8	12	86	0	50	32	0	0	67	0.91
28392--28455	26	2.7	23	75	13	65	56	9	1	32	1.41
29876--29901	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
30419--30460	22	1.9	22	100	0	84	40	9	2	47	1.49
32323--32371	15	3.2	15	77	13	55	59	0	0	40	0.98
34678--34714	17	2.2	17	90	0	56	48	0	2	48	1.15
35823--35862	6	6.7	6	91	0	62	27	2	2	67	1.16
35999--36026	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
36550--36589	19	2.2	17	86	8	53	0	35	0	65	0.93
36775--36808	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
45501--45535	17	2.1	17	88	0	52	8	31	11	48	1.69
48824--48871	10	4.5	10	80	12	51	6	6	87	0	0.67
54202--54231	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92
57285--57317	13	2.6	13	95	4	59	36	30	6	27	1.81
57863--57919	26	2.2	26	80	3	60	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58044--58083	17	2.4	17	87	4	55	67	7	0	25	1.16
58037--58084	15	3.0	16	87	6	62	62	6	0	31	1.20
58614--58647	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
59428--59461	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
62284--62339	28	2.0	28	96	0	103	23	10	16	50	1.76
62341--62389	24	2.0	24	92	0	80	18	6	22	53	1.66
65103--65143	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
65522--65554	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
72928--72985	30	1.9	31	89	3	91	24	27	15	32	1.95
72953--73098	46	3.0	46	87	8	175	23	30	12	33	1.91
73005--73224	27	8.0	27	91	2	350	22	34	14	29	1.93
73004--73221	110	2.0	110	92	3	368	22	33	14	29	1.94
73207--73714	32	15.8	32	93	1	840	31	33	18	16	1.93
74950--74990	11	3.5	11	81	12	55	78	0	19	2	0.87
75368--75402	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
80263--80345	28	3.0	28	98	0	157	18	12	21	48	1.80
80350--80395	24	1.9	24	90	0	74	19	6	26	47	1.73
80263--80369	56	1.9	55	83	10	139	19	9	22	48	1.77
80965--81013	21	2.3	21	86	6	64	32	8	8	51	1.61
88797--88839	23	1.9	23	95	4	79	32	6	16	44	1.74
88837--88880	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
89893--89923	11	2.9	11	95	4	55	48	9	6	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90269--90300	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
92512--92552	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
96748--96794	3	15.7	3	81	0	58	57	6	34	2	1.36
96746--96798	6	8.8	6	91	0	61	54	9	33	1	1.43
97147--97189	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
108281--108329	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
111469--111842	69	5.4	69	86	0	442	29	19	26	24	1.98
111469--111842	207	1.8	207	82	0	487	29	19	26	24	1.98
120542--120589	5	9.0	5	78	13	51	4	41	2	52	1.32
123111--123146	6	6.0	6	93	0	54	27	0	55	16	1.42
123665--123694	3	10.0	3	92	0	51	36	0	30	33	1.58
128218--128346	52	2.5	52	98	0	249	27	19	17	34	1.95
128451--128475	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
133787--133818	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
133822--133846	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
144964--144998	11	3.1	11	91	4	52	71	0	0	28	0.86
144962--145004	12	3.5	13	84	12	54	69	0	0	30	0.88
144995--145055	19	3.2	19	73	17	54	60	3	0	36	1.13
145193--145251	19	3.1	18	77	18	57	61	1	0	37	1.07
144934--145289	196	1.8	197	89	4	565	58	5	0	35	1.25
145134--145226	24	3.6	28	69	19	85	65	5	0	29	1.14
148209--148312	32	3.2	32	90	4	165	35	12	17	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148207--148304	19	5.8	18	69	28	81	35	12	16	35	1.86
148390--148518	52	2.5	52	90	0	213	35	17	17	28	1.93
149371--149420	20	2.5	20	100	0	100	20	16	10	54	1.70
149371--149429	20	3.0	20	90	5	66	23	16	10	49	1.77
159911--159957	23	2.0	23	100	0	94	25	12	25	36	1.92
163491--163532	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
163532--163591	2	29.5	2	79	3	66	40	0	10	50	1.36
168816--168883	11	5.7	12	79	17	79	60	0	0	39	0.97
168828--168886	8	7.9	8	78	14	72	61	0	0	38	0.96
168826--168889	15	4.3	15	80	9	78	60	0	0	39	0.97
168816--168883	20	3.4	20	74	18	61	60	0	0	39	0.97
168817--168886	23	3.0	23	87	12	90	60	0	0	40	0.97
169394--169434	19	2.1	20	86	13	59	39	0	0	60	0.96
175539--175616	6	13.5	6	74	17	60	32	2	0	65	1.06
175723--175777	28	1.9	29	85	3	76	52	0	3	43	1.18
187428--187462	7	5.0	7	100	0	70	28	14	28	28	1.95
187858--187891	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
190596--190692	48	2.0	49	93	2	169	23	19	12	44	1.85
197018--197042	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
197550--197574	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
202763--202787	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
205684--205772	24	3.7	24	70	18	60	52	3	0	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205758--205788	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
208610--208651	20	2.2	20	91	4	68	45	0	0	54	0.99
208756--208787	10	3.1	10	91	8	55	81	0	0	18	0.70
208758--208785	11	2.5	11	100	0	56	85	0	0	14	0.59
208758--208792	11	2.9	12	91	8	54	80	0	0	20	0.72
210076--210105	4	7.5	4	92	0	51	73	3	0	23	0.98
210207--210238	14	2.4	13	94	5	55	59	0	3	37	1.13
211089--211118	3	9.7	3	92	7	51	0	33	0	66	0.92
220683--220707	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
234812--234859	3	16.0	3	86	0	69	33	6	0	60	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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