genome.fa.s127.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4281254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

This is table  12  of  26  ( 3103 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021447--2021511	31	2.0	34	88	8	100	41	1	3	53	1.25
2021456--2021525	31	2.1	31	84	10	86	40	2	4	52	1.36
2021522--2021587	23	2.9	23	76	13	73	27	0	1	71	0.95
2022407--2022446	20	2.0	21	85	14	57	57	0	0	42	0.98
2023205--2023238	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2027207--2027289	43	1.9	43	80	11	98	56	3	2	37	1.30
2027303--2027430	27	4.7	27	72	18	88	57	0	0	42	0.99
2027301--2027438	22	6.9	20	70	15	90	55	0	0	44	0.99
2027301--2027393	5	19.2	5	69	18	63	58	0	0	41	0.98
2027464--2027489	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2028385--2028414	5	5.8	5	96	4	51	20	0	0	80	0.72
2039387--2039448	29	2.1	29	87	0	88	46	8	8	37	1.63
2044546--2044598	18	3.0	18	73	13	56	35	0	0	64	0.94
2045350--2045394	21	2.1	21	84	8	56	37	6	6	48	1.56
2046814--2046839	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
2047351--2047455	50	2.1	50	87	0	147	31	27	15	25	1.95
2052658--2052703	21	2.2	22	81	18	62	45	0	0	54	0.99
2052696--2052734	20	2.0	20	90	5	62	56	0	0	43	0.99
2053087--2053211	62	2.0	62	100	0	250	33	9	19	37	1.84
2053296--2053343	25	2.0	24	83	4	60	41	0	0	58	0.98
2053589--2053619	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2055882--2055914	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056592--2056634	22	2.0	22	86	9	61	27	2	4	65	1.25
2058003--2058030	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2061261--2061309	17	3.0	15	76	21	53	24	0	0	75	0.80
2061274--2061309	17	2.0	18	89	10	56	33	0	0	66	0.92
2061831--2061877	16	2.9	16	90	0	76	53	2	0	44	1.12
2061814--2061877	32	2.0	33	84	3	85	51	6	1	40	1.36
2064824--2065006	34	5.4	34	86	0	242	26	7	26	40	1.81
2065311--2065373	19	3.3	19	88	0	81	28	15	19	36	1.92
2069439--2069657	34	6.5	34	89	0	296	25	7	26	40	1.83
2069443--2069657	102	2.1	102	90	0	333	25	7	26	40	1.83
2070820--2070848	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2071146--2071176	14	2.2	14	100	0	62	35	12	12	38	1.82
2074320--2074354	13	2.7	13	86	0	52	48	0	0	51	1.00
2074352--2074390	20	2.0	20	85	10	53	43	0	0	56	0.99
2074329--2074437	57	1.9	58	83	5	141	48	0	0	51	1.00
2074480--2074505	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2074945--2074986	14	2.7	15	82	14	50	64	0	2	33	1.07
2075826--2075860	7	4.9	7	86	6	52	71	0	0	28	0.86
2075826--2075860	15	2.4	15	90	4	54	71	0	0	28	0.86
2077663--2077733	31	2.3	31	79	13	74	35	2	0	61	1.10
2077679--2077712	13	2.7	13	86	4	52	32	2	0	64	1.08
2079029--2079138	55	2.0	55	89	0	166	40	9	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082159--2082183	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2086369--2086410	15	2.7	15	77	22	50	45	0	0	54	0.99
2087793--2087827	7	4.9	7	86	6	52	0	11	2	85	0.69
2087793--2087827	15	2.4	14	90	4	52	0	11	2	85	0.69
2089563--2089587	12	2.1	12	100	0	50	64	0	8	28	1.22
2090058--2090090	14	2.4	14	94	0	57	51	0	9	39	1.34
2090442--2090487	14	3.1	15	78	15	51	30	0	0	69	0.89
2090442--2090483	16	2.6	16	81	14	50	30	0	0	69	0.89
2091003--2091048	22	2.3	19	85	14	58	58	2	0	39	1.10
2093260--2093292	13	2.5	14	85	14	52	51	0	0	48	1.00
2093953--2093977	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2094235--2094330	28	3.6	27	68	12	72	48	1	1	48	1.15
2095213--2095281	27	2.6	27	75	8	72	53	0	0	46	1.00
2096050--2096079	15	2.0	15	100	0	60	46	0	6	46	1.29
2103426--2103470	18	2.4	18	82	14	56	37	0	2	60	1.09
2105853--2105952	46	2.2	46	80	10	107	43	4	3	50	1.36
2106334--2106373	5	8.0	5	91	0	62	37	20	2	40	1.66
2106666--2106700	17	2.0	18	88	5	54	28	0	0	71	0.86
2106997--2107028	12	2.6	13	80	19	50	50	0	0	50	1.00
2107372--2107404	3	11.0	3	93	0	57	36	0	0	63	0.95
2108373--2108422	13	3.9	13	79	12	59	50	2	0	48	1.12
2108357--2108439	38	2.2	38	81	8	100	44	2	1	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108434--2108473	19	2.2	18	86	4	53	45	0	0	55	0.99
2109199--2109267	34	2.0	35	82	2	86	55	1	4	39	1.29
2109233--2109294	28	2.2	28	85	5	81	56	1	1	40	1.19
2114489--2114556	27	2.6	25	78	17	68	48	0	1	50	1.10
2114534--2114582	23	2.0	25	85	14	68	32	0	0	67	0.91
2114959--2115006	22	2.1	24	84	7	64	45	0	2	52	1.12
2115077--2115121	15	2.6	18	73	26	51	46	0	2	51	1.13
2115084--2115118	15	2.2	16	90	5	54	48	0	2	48	1.16
2116103--2116132	15	1.9	16	93	6	53	50	0	6	43	1.28
2117928--2117958	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
2118642--2118685	1	44.0	1	81	0	52	0	2	6	90	0.51
2119477--2119534	19	3.1	19	77	20	59	53	0	0	46	1.00
2121277--2121316	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2122572--2122607	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2126891--2126935	2	22.5	2	86	0	63	51	6	0	42	1.28
2126935--2126961	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2133504--2133560	5	12.0	5	76	10	57	63	0	0	36	0.95
2133504--2133560	28	2.0	29	89	3	89	63	0	0	36	0.95
2133513--2133601	19	4.9	17	71	18	63	58	0	0	41	0.98
2133512--2133623	28	3.9	28	71	10	84	58	0	0	41	0.98
2135223--2135257	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2137506--2137549	11	3.9	12	82	17	67	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2137506--2137561	17	3.4	17	73	11	53	37	0	0	62	0.95
2138467--2138530	33	1.9	33	84	12	87	48	0	0	51	1.00
2138470--2138530	21	2.9	21	73	7	61	50	0	0	49	1.00
2139922--2139975	23	2.3	24	81	15	69	57	0	0	42	0.98
2140389--2140434	6	7.8	6	78	11	51	52	0	2	45	1.13
2140397--2140431	16	2.1	17	89	5	54	51	0	2	45	1.16
2140798--2140832	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2141328--2141382	21	2.7	21	75	8	60	41	3	5	49	1.43
2142934--2142969	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2149156--2149184	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2151143--2151266	61	2.0	61	100	0	248	42	20	14	22	1.88
2154892--2154936	20	2.3	20	80	3	56	57	2	0	40	1.11
2154944--2154998	23	2.4	22	77	14	58	49	0	0	50	1.00
2154927--2154979	19	3.0	19	78	10	51	45	0	0	54	0.99
2154957--2155002	22	2.0	24	87	8	69	47	0	0	52	1.00
2157302--2157400	54	1.9	50	84	15	130	41	0	1	57	1.05
2157386--2157430	23	1.9	24	86	4	65	31	2	0	66	1.04
2158233--2158311	16	4.9	16	75	13	81	46	0	0	53	1.00
2158224--2158329	50	2.1	50	100	0	212	48	0	0	51	1.00
2158245--2158307	30	2.1	29	82	14	74	49	0	0	50	1.00
2158238--2158329	18	5.2	18	72	19	70	50	0	0	50	1.00
2162356--2162395	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164190--2164219	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2164428--2164458	4	7.8	4	92	0	53	74	3	0	22	0.96
2168289--2168327	2	19.5	2	89	0	60	46	5	0	48	1.24
2174466--2174544	26	3.1	26	92	3	126	44	2	6	46	1.42
2174898--2174927	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2175886--2175925	20	2.0	21	90	5	64	32	0	0	67	0.91
2177272--2177310	13	2.9	14	84	3	53	51	0	0	48	1.00
2178810--2178852	22	2.0	21	86	4	59	62	0	0	37	0.95
2179618--2179655	20	2.0	20	89	5	60	50	0	2	47	1.15
2179966--2179999	18	2.0	16	88	11	50	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26