genome.fa.s127.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4281254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729798--729832	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
729898--729931	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
730891--730919	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
734041--734117	30	2.6	28	74	10	73	45	0	0	54	0.99
735147--735223	30	2.6	30	91	2	120	62	1	0	36	1.04
735202--735260	19	3.1	19	87	0	73	66	1	0	32	1.02
736556--736615	31	1.9	32	83	10	79	41	5	1	51	1.33
736860--736889	11	2.8	11	95	5	53	53	0	0	46	1.00
737189--737233	14	3.3	14	81	3	56	42	0	0	57	0.98
737182--737225	13	3.3	14	78	9	56	38	0	0	61	0.96
740016--740127	41	2.7	42	80	12	106	58	0	2	38	1.12
740049--740107	21	2.9	22	70	12	54	55	0	0	44	0.99
741718--741857	70	2.0	70	92	0	235	35	10	15	39	1.81
745805--745865	25	2.3	25	80	8	68	52	0	0	47	1.00
749662--749703	22	2.0	22	85	4	59	47	4	0	47	1.23
749716--749753	19	2.2	18	86	13	53	65	0	0	34	0.93
752268--752564	150	2.0	151	93	0	515	26	11	24	37	1.89
756497--756552	15	3.4	17	82	12	71	39	0	0	60	0.97
756497--756534	18	2.2	18	95	4	69	39	0	0	60	0.97
756517--756591	29	2.7	27	78	11	89	34	1	0	64	1.02
756497--756578	17	5.1	17	72	20	70	36	0	0	63	0.95
760234--760262	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764016--764055	19	2.2	19	86	4	55	45	0	0	55	0.99
767130--767194	2	35.5	2	78	17	70	46	1	1	50	1.20
767885--767938	4	13.5	4	96	0	72	42	0	7	50	1.30
773376--773422	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
773981--774018	18	2.1	18	90	0	58	36	2	39	21	1.67
779124--779150	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
779443--779490	17	2.8	17	81	6	62	35	0	2	62	1.07
779459--779514	29	1.9	28	85	7	76	32	0	0	67	0.91
779476--779513	13	3.0	13	84	3	51	28	0	0	71	0.87
781095--781121	4	6.8	4	100	0	54	48	0	25	25	1.52
781293--781321	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
782439--782472	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
784163--784193	13	2.3	14	94	5	55	80	0	12	6	0.89
784813--784899	31	2.8	31	78	15	92	55	1	0	43	1.07
784815--784888	28	2.6	30	72	16	68	58	0	0	41	0.98
787022--787049	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
787072--787098	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
787401--787442	16	2.6	16	82	10	50	33	4	0	61	1.17
787694--787741	21	2.2	22	78	14	55	54	0	2	43	1.12
790040--790065	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
793293--793318	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
793570--793602	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794834--794874	12	3.2	13	76	16	50	46	0	0	53	1.00
795580--795632	16	3.1	16	86	8	70	39	3	0	56	1.17
795642--795727	37	2.3	37	76	9	86	40	6	9	43	1.64
795739--795782	17	2.7	16	85	3	61	45	0	6	47	1.29
796230--796271	15	2.7	16	82	13	52	33	0	14	52	1.42
796598--796641	15	2.9	15	79	0	61	50	4	2	43	1.35
796626--796683	17	3.5	16	79	13	64	46	0	0	53	1.00
798077--798106	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
807769--808416	322	2.0	322	99	0	1287	37	16	17	27	1.92
808534--808598	31	2.1	31	100	0	130	50	12	12	24	1.74
811928--811984	13	4.6	13	84	4	66	59	0	0	40	0.97
811928--811980	26	2.1	26	89	6	83	58	0	0	41	0.98
811918--811989	26	2.6	27	73	20	69	55	0	0	44	0.99
823285--823349	30	2.1	30	88	2	94	15	29	12	43	1.83
826099--826190	11	9.1	11	69	20	67	60	0	0	39	0.97
826098--826198	38	2.7	37	84	9	125	62	0	0	37	0.96
826097--826202	49	2.1	49	80	11	119	63	0	0	36	0.95
831086--831118	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
839229--839313	28	3.0	28	81	3	109	23	23	11	41	1.87
842204--842233	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
842345--842427	26	2.8	30	72	22	86	53	0	0	46	1.00
842344--842422	28	2.7	29	77	16	83	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843374--843404	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
843440--843472	17	1.9	18	88	11	52	54	0	0	45	0.99
844218--844261	19	2.2	20	80	4	54	54	0	0	45	0.99
845899--845943	17	2.6	18	80	20	60	33	0	0	66	0.92
845908--845940	15	2.1	17	88	11	52	33	0	0	66	0.92
845897--845946	21	2.5	19	81	18	57	32	0	0	68	0.90
846549--846579	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
848629--848725	34	2.9	33	84	3	115	44	0	2	53	1.12
848639--848702	13	3.6	19	69	28	59	48	0	1	50	1.10
848637--848689	16	3.2	16	75	17	56	45	0	1	52	1.11
854611--854641	15	2.1	15	100	0	62	29	12	19	38	1.89
854274--855886	358	4.9	354	84	15	2104	31	22	18	27	1.97
854964--854993	15	2.1	15	93	6	53	30	10	20	40	1.85
855275--855304	14	2.1	15	93	6	53	30	13	20	36	1.90
858202--858244	21	2.2	20	84	16	54	72	4	9	13	1.26
863018--863085	16	4.0	16	66	26	50	51	0	0	48	1.00
865588--865626	16	2.4	16	86	4	51	17	0	7	74	1.05
866212--866292	32	2.5	33	84	6	94	40	3	1	54	1.26
869850--869889	21	1.9	21	84	0	53	30	15	47	7	1.72
874087--874128	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
875399--875442	18	2.3	20	84	15	74	9	20	22	47	1.78
875405--875447	18	2.4	18	100	0	86	11	23	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876055--876103	21	2.3	21	85	0	62	48	4	0	46	1.20
876067--876100	18	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
878500--878532	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
878717--878759	17	2.7	15	82	10	50	74	0	0	25	0.82
880411--880536	49	2.7	49	80	15	133	58	0	0	41	0.98
880430--880539	18	6.5	18	71	16	74	58	0	0	41	0.98
880410--880539	29	4.2	29	72	19	102	59	0	0	40	0.98
882229--882271	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
884549--884584	17	2.1	18	89	5	56	61	0	0	38	0.96
884524--884587	25	2.5	26	78	12	71	56	0	1	42	1.09
885716--885741	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
892048--892100	24	2.2	23	78	15	54	73	5	3	16	1.17
892438--892478	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
892438--892492	24	2.3	22	77	17	56	9	20	0	70	1.13
892833--892877	22	2.0	22	82	4	54	17	17	15	48	1.81
893582--893687	45	2.2	48	81	6	128	29	21	30	18	1.97
893720--894607	32	28.8	32	87	4	1126	18	18	32	30	1.95
893777--894607	303	2.7	303	94	2	1394	18	18	32	30	1.95
894590--895544	27	35.0	27	93	2	1633	27	14	35	21	1.93
894590--895544	82	11.7	81	94	1	1633	27	14	35	21	1.93
894590--895544	109	8.8	109	94	2	1629	27	14	35	21	1.93
895503--895596	46	2.0	46	95	0	170	36	10	28	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895564--895621	30	1.9	31	89	3	91	32	15	27	24	1.95
903411--903451	11	3.5	11	81	12	55	2	19	0	78	0.87
903411--903465	24	2.3	22	77	17	56	9	20	0	70	1.13
907122--907167	2	23.5	2	95	4	85	52	0	0	47	1.00
908590--908628	21	1.9	20	89	5	60	35	2	5	56	1.35
911377--911465	40	2.2	41	80	11	96	46	1	1	51	1.15
912054--912084	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
912665--912712	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
918208--918234	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
918566--918652	11	8.3	11	71	25	55	63	0	0	36	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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