genome.fa.s127.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4281254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482413--2482455	16	2.8	15	79	6	50	44	0	0	55	0.99
2482909--2482945	16	2.3	16	95	0	65	59	0	0	40	0.97
2483575--2483629	2	29.5	2	78	14	55	45	1	1	50	1.22
2483570--2483630	31	1.9	32	90	3	97	44	3	1	50	1.28
2484634--2484734	20	5.0	21	76	11	86	40	2	3	52	1.35
2484650--2484708	10	5.6	11	75	16	54	40	1	1	55	1.20
2484642--2484734	10	9.3	9	71	21	53	43	3	2	51	1.29
2484642--2484739	21	4.8	20	78	10	92	41	4	2	52	1.32
2487083--2487121	14	2.8	13	81	11	51	35	0	2	61	1.10
2487079--2487129	14	3.6	14	74	10	50	41	0	1	56	1.10
2488126--2488166	4	10.2	4	100	0	82	75	0	0	24	0.80
2488652--2488696	12	3.8	12	79	5	56	42	2	0	55	1.12
2488642--2488700	23	2.6	23	89	7	86	42	1	0	55	1.09
2488659--2488707	23	2.4	20	76	23	57	44	4	0	51	1.20
2488799--2488840	16	2.8	16	79	20	54	76	4	2	16	1.07
2488978--2489005	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
2489450--2489524	31	2.5	32	81	14	88	56	0	1	42	1.08
2491420--2491470	20	2.4	22	81	18	72	45	0	0	54	0.99
2491429--2491492	20	3.3	20	80	8	71	46	0	0	53	1.00
2491426--2491484	27	2.2	27	84	6	75	45	0	0	54	0.99
2491439--2491488	11	4.7	11	75	9	50	42	0	0	58	0.98
2491680--2491726	23	2.2	22	85	11	62	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495220--2495281	19	3.2	20	77	15	67	38	0	4	56	1.21
2495227--2495299	21	3.6	22	80	10	61	36	0	4	58	1.17
2495296--2495329	16	2.2	15	89	5	50	44	2	0	52	1.16
2497418--2497460	13	3.0	16	78	21	51	48	0	0	51	1.00
2497418--2497473	29	2.0	27	82	6	67	48	0	0	51	1.00
2499634--2499666	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
2500412--2500437	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2500638--2500667	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2504741--2504793	25	2.1	25	82	10	63	39	0	0	60	0.97
2504935--2504969	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
2505487--2505533	23	2.0	23	88	8	69	40	6	0	53	1.27
2506209--2506251	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
2507148--2507191	14	3.3	13	87	12	63	45	2	0	52	1.13
2509422--2509500	28	2.9	26	78	15	72	62	1	1	35	1.12
2510168--2510198	15	2.1	15	94	5	55	35	0	0	64	0.94
2510648--2510686	14	2.8	14	85	11	53	7	10	0	82	0.86
2510648--2510686	21	1.9	20	89	5	60	7	10	0	82	0.86
2510954--2511035	37	2.1	39	84	10	107	54	0	1	43	1.07
2512412--2512446	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2513196--2513230	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2513798--2513982	34	5.5	34	87	3	248	40	25	7	26	1.82
2518048--2518110	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518415--2518598	34	5.4	34	86	3	246	40	26	7	26	1.82
2521995--2522019	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2522729--2522762	16	2.0	18	88	11	54	41	0	0	58	0.98
2523696--2523738	19	2.3	18	80	11	50	55	2	4	37	1.33
2525408--2525442	11	3.1	12	88	12	56	65	0	0	34	0.93
2525412--2525515	16	6.8	16	66	22	62	60	0	0	38	1.03
2525406--2525521	27	4.1	27	70	23	78	61	0	0	37	1.02
2525394--2525442	19	2.4	19	86	10	62	65	0	2	32	1.04
2525427--2525509	32	2.6	30	78	16	87	59	1	0	39	1.05
2525545--2525569	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2526058--2526107	21	2.5	20	75	18	59	60	0	0	40	0.97
2526617--2526692	34	2.2	35	82	13	88	46	1	1	51	1.17
2528686--2528753	28	2.6	27	80	17	72	52	2	0	44	1.16
2528720--2528773	22	2.5	22	76	8	58	48	0	0	51	1.00
2536900--2536935	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
2536902--2536940	19	2.1	19	95	0	69	53	2	0	43	1.14
2536900--2536945	23	2.0	23	91	0	74	54	2	0	43	1.12
2538926--2538999	31	2.4	31	80	13	82	63	1	1	33	1.11
2539450--2539513	26	2.4	26	81	5	65	65	3	0	31	1.08
2540241--2540277	17	2.3	17	86	9	51	0	16	0	83	0.64
2542451--2542485	13	2.7	13	86	0	52	60	0	2	37	1.12
2544324--2544426	13	7.1	14	72	21	70	47	0	3	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544363--2544426	16	4.3	15	77	15	69	45	0	4	50	1.22
2546544--2546568	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2548750--2548790	2	21.0	2	90	5	66	48	2	0	48	1.14
2548964--2549019	18	3.3	17	75	7	53	30	1	1	66	1.12
2548964--2549047	15	5.4	15	68	18	64	33	2	2	61	1.21
2550555--2550603	22	2.2	22	85	7	64	44	0	0	55	0.99
2551221--2551254	18	1.9	17	88	5	50	41	0	0	58	0.98
2551561--2551601	20	2.0	20	90	0	64	48	2	4	43	1.37
2552106--2552137	13	2.5	13	94	0	55	46	0	0	53	1.00
2553398--2553431	5	7.0	5	86	6	52	17	0	0	82	0.67
2558972--2559003	14	2.3	14	100	0	64	34	12	6	46	1.67
2562406--2562459	19	2.9	18	81	8	72	57	0	0	42	0.98
2562426--2562509	27	3.1	27	72	16	75	46	1	0	52	1.08
2562401--2562462	19	3.3	18	69	8	52	61	0	0	38	0.96
2569460--2569527	33	2.1	33	86	5	93	48	2	0	48	1.16
2572321--2572403	44	1.9	41	83	13	105	51	1	0	46	1.08
2572319--2572412	42	2.3	38	74	18	89	48	1	0	50	1.07
2573107--2573135	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
2573113--2573155	21	2.1	20	86	4	59	41	0	2	55	1.12
2573118--2573192	21	3.6	21	77	8	82	42	0	1	56	1.08
2573605--2573644	19	2.1	19	86	9	55	62	2	0	35	1.09
2574285--2574310	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576306--2576341	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2584727--2584766	17	2.3	18	83	12	57	35	0	2	62	1.09
2584737--2584769	17	1.9	17	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2586637--2586693	20	2.7	21	78	5	62	45	3	0	50	1.18
2586942--2586982	13	2.9	14	92	7	66	70	2	0	26	0.99
2586939--2586990	14	3.8	13	85	7	68	69	1	0	28	0.99
2588438--2588472	17	2.1	16	89	5	52	57	0	0	42	0.99
2589358--2589407	23	2.2	23	82	7	57	20	6	10	64	1.45
2590066--2590116	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
2590171--2590222	10	5.6	10	76	19	51	65	1	0	32	1.04
2590171--2590281	9	12.4	9	68	25	58	59	1	0	37	1.14
2590154--2590222	27	2.5	26	81	11	66	68	2	0	28	1.04
2590251--2590303	21	2.6	20	77	11	54	58	0	0	41	0.98
2590188--2590301	60	1.9	58	80	8	131	56	1	0	41	1.16
2590310--2590337	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2590739--2590834	28	3.4	28	75	16	81	39	6	1	53	1.33
2592414--2592439	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2593131--2593179	19	2.7	18	79	17	57	51	0	0	48	1.00
2593132--2593172	17	2.6	16	78	21	50	53	0	0	46	1.00
2593432--2593461	13	2.4	13	94	5	53	53	0	0	46	1.00
2593451--2593497	13	3.7	13	75	13	53	65	0	0	34	0.93
2593427--2593509	18	4.4	20	76	11	77	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593499--2593550	26	2.0	26	88	7	79	40	0	0	59	0.97
2594392--2594447	25	2.2	25	87	9	78	39	0	5	55	1.23
2595815--2595869	17	3.3	17	74	18	53	38	0	1	60	1.08
2596039--2596101	22	2.8	22	77	15	67	34	1	9	53	1.43
2596576--2596632	22	2.5	22	76	18	55	54	3	0	42	1.17
2597160--2597267	20	5.7	20	68	12	66	52	0	0	47	1.00
2597366--2597407	21	2.0	21	81	9	50	57	2	0	40	1.12
2597896--2597950	16	3.4	17	82	7	62	45	0	0	54	0.99
2598800--2598918	2	65.5	2	74	21	93	50	0	1	47	1.17
2598805--2598871	27	2.5	27	86	9	93	46	0	1	52	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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