genome.fa.s127.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold127
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4281254

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761006--2761038	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2762111--2762158	7	7.0	7	86	13	73	83	0	2	14	0.74
2762116--2762163	13	3.8	12	89	10	69	83	0	2	14	0.74
2762296--2762328	16	2.1	16	94	0	57	39	0	0	60	0.97
2762363--2762400	18	2.1	18	90	5	58	57	0	0	42	0.98
2762579--2762687	12	9.6	11	69	24	59	68	3	0	27	1.06
2762576--2762810	45	5.2	46	69	23	119	65	2	0	31	1.10
2762670--2762736	32	2.2	32	86	7	95	61	0	2	35	1.12
2762727--2762774	25	1.9	25	95	0	87	70	2	0	27	0.98
2762700--2762775	17	4.2	19	73	17	63	65	1	1	31	1.09
2762669--2762811	18	8.7	18	67	23	75	62	0	1	35	1.09
2762621--2762806	16	11.6	16	69	21	72	63	1	1	33	1.11
2762871--2762908	11	3.5	11	85	7	51	0	36	0	63	0.95
2763719--2763767	16	2.9	18	78	21	54	38	0	0	61	0.96
2763719--2763758	16	2.3	18	91	8	66	40	0	0	60	0.97
2765821--2765856	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98
2766548--2766595	13	3.6	13	81	13	62	68	0	2	29	1.01
2766535--2766603	27	2.4	29	75	20	74	63	0	1	34	1.03
2767428--2767467	19	2.1	19	90	0	62	45	0	0	55	0.99
2767429--2767483	28	2.1	24	83	12	65	41	1	0	56	1.10
2771844--2771875	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2772206--2772241	12	2.8	14	80	20	51	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772203--2772242	13	2.9	14	81	11	55	32	0	0	67	0.91
2772217--2772249	16	2.0	17	88	5	50	33	0	0	66	0.92
2772194--2772260	28	2.3	30	80	15	77	38	0	0	61	0.96
2772930--2772977	22	2.2	24	79	20	61	62	0	2	35	1.07
2772909--2772981	23	3.2	22	78	21	71	60	0	1	38	1.06
2773427--2773451	12	2.1	12	100	0	50	28	8	32	32	1.86
2775727--2775773	21	2.2	20	82	10	58	34	0	0	65	0.93
2775859--2775883	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2776394--2776433	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2778006--2778068	30	2.1	30	88	5	92	42	0	0	57	0.99
2778016--2778087	27	2.9	23	74	20	65	44	0	0	55	0.99
2779367--2779406	16	2.5	16	91	0	62	52	0	45	2	1.14
2779374--2779406	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
2781959--2782106	36	3.9	38	78	11	162	58	0	2	38	1.17
2781983--2782035	17	3.1	17	73	10	54	66	0	0	33	0.92
2781961--2782098	73	1.9	74	87	4	208	57	0	2	38	1.19
2782062--2782129	28	2.5	27	83	9	84	58	0	4	36	1.18
2781943--2782148	111	1.9	111	81	10	251	59	0	2	37	1.16
2783807--2783837	16	1.9	16	93	0	53	83	0	3	12	0.75
2784480--2784504	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2785461--2785495	16	2.2	16	95	5	63	22	0	0	77	0.78
2785430--2785492	21	3.0	21	70	19	60	30	0	1	68	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786381--2786444	28	2.4	26	79	18	78	39	1	0	59	1.07
2788667--2788708	22	2.0	22	86	13	61	42	2	0	54	1.13
2788911--2789011	52	2.0	51	90	2	157	39	14	9	35	1.80
2792177--2792202	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2793479--2793519	19	2.0	20	86	9	57	58	0	2	39	1.11
2794667--2794718	21	2.4	21	84	9	61	61	1	0	36	1.07
2794676--2794718	22	2.0	21	86	4	59	65	2	0	32	1.06
2794699--2794734	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98
2795068--2795117	2	25.0	2	95	0	91	48	0	0	52	1.00
2797371--2797414	23	1.9	23	86	9	63	47	6	0	45	1.29
2797614--2797666	3	17.7	3	96	0	97	64	0	1	33	1.05
2797790--2797881	30	3.1	30	80	6	80	38	13	1	47	1.49
2797800--2797895	30	3.2	30	76	14	99	39	12	1	46	1.49
2800010--2800039	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2803987--2804026	2	20.0	2	94	0	71	52	0	47	0	1.00
2804172--2804206	5	6.8	5	87	6	52	0	80	2	17	0.84
2804172--2804206	16	2.2	16	94	0	61	0	80	2	17	0.84
2804327--2804401	18	4.0	18	75	10	60	53	0	0	46	1.00
2804494--2804540	15	2.9	16	75	9	51	55	2	0	42	1.12
2804549--2804579	12	2.7	12	95	5	55	58	0	0	41	0.98
2805000--2805042	16	2.7	16	78	10	52	39	0	0	60	0.97
2805064--2805088	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2805560--2805676	34	3.5	34	89	1	173	40	26	6	26	1.81
2809742--2809804	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
2810109--2810223	34	3.4	34	89	1	169	40	26	6	26	1.81
2810924--2811463	177	3.0	175	80	2	616	43	11	7	37	1.68
2810804--2811463	355	1.9	355	84	3	900	43	10	7	38	1.67
2813702--2813731	13	2.4	12	94	5	51	70	0	0	30	0.88
2814123--2814162	7	5.9	7	88	2	55	55	0	0	45	0.99
2817429--2817472	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2818466--2818490	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
2818496--2818534	11	3.6	11	80	19	55	76	0	0	23	0.78
2818476--2818534	21	2.8	21	82	10	66	71	3	1	23	1.11
2818499--2818539	22	1.9	22	95	5	75	78	0	0	21	0.76
2820293--2820334	11	3.8	11	78	12	50	66	0	0	33	0.92
2821019--2821095	38	2.1	37	82	7	93	54	2	2	40	1.28
2822183--2822226	21	2.0	21	83	12	54	59	0	0	40	0.98
2822947--2823028	41	2.0	41	92	0	137	40	9	15	34	1.81
2823009--2823041	15	2.1	16	88	5	50	39	0	24	36	1.56
2827455--2827501	18	2.6	18	80	16	60	68	0	0	31	0.90
2829311--2829339	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2829989--2830025	2	19.0	2	88	5	58	51	2	0	45	1.15
2833269--2833296	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2836146--2836187	11	4.4	10	80	20	54	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836136--2836186	19	2.7	19	85	8	61	35	0	1	62	1.06
2836133--2836186	17	3.1	17	82	10	72	33	0	1	64	1.04
2836133--2836202	36	2.0	35	85	2	95	37	0	1	61	1.05
2838184--2838220	10	3.5	11	82	17	51	37	0	0	62	0.96
2839018--2839070	11	4.7	11	77	13	63	33	0	1	64	1.05
2841665--2841714	25	2.0	24	84	3	64	42	4	2	52	1.31
2842087--2842149	23	2.8	22	78	7	65	39	1	6	52	1.37
2842342--2842369	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2842635--2842667	16	2.0	17	94	5	59	48	0	0	51	1.00
2843289--2843325	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2846453--2846511	19	3.2	19	73	2	57	59	3	1	35	1.24
2847197--2847230	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2850645--2850688	21	2.0	22	83	12	56	34	2	0	63	1.07
2853064--2853140	23	3.2	23	78	17	68	63	1	1	33	1.11
2853081--2853155	23	3.0	24	80	7	71	57	1	1	40	1.16
2853118--2853156	20	1.9	21	89	5	62	53	0	2	43	1.14
2853194--2853251	22	2.7	21	81	10	55	50	3	0	46	1.18
2853250--2853300	17	2.9	18	80	11	61	60	0	0	39	0.97
2853262--2853300	19	2.1	19	90	9	62	66	0	0	33	0.92
2854475--2854533	20	2.8	21	74	7	66	54	1	1	42	1.20
2855626--2855669	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2856302--2856374	36	2.0	36	100	0	146	21	19	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856716--2856746	16	1.9	16	93	0	53	19	6	0	74	1.03
2864086--2864133	20	2.4	20	89	6	71	58	0	0	41	0.98
2864575--2864645	16	4.3	16	74	15	65	50	2	0	46	1.16
2864577--2864653	30	2.5	31	83	10	97	50	2	0	46	1.15
2864658--2864701	19	2.3	19	80	0	52	59	4	2	34	1.30
2875553--2875614	11	6.0	11	74	14	51	35	0	0	64	0.94
2875557--2875594	19	2.0	19	94	0	67	28	0	0	71	0.87
2875560--2875602	19	2.3	19	83	0	50	37	0	0	62	0.95
2875600--2875654	16	3.4	16	72	25	53	41	1	1	54	1.21
2875590--2875705	32	3.9	29	72	23	84	42	1	1	54	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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