genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  10  of  11  ( 1217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1672608--1672669	32	1.9	32	86	0	88	43	16	16	24	1.87
1672693--1672762	19	4.1	18	77	22	87	37	15	11	35	1.84
1672715--1672739	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1672696--1672758	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1672796--1672872	21	3.7	21	87	3	102	35	16	12	35	1.88
1679106--1679180	27	2.8	27	86	10	100	25	33	18	22	1.97
1679133--1679308	79	2.2	80	87	1	246	28	26	14	30	1.95
1679246--1679359	51	2.2	51	80	6	124	33	25	10	30	1.90
1679348--1679414	28	2.4	28	87	0	89	26	31	16	25	1.96
1679058--1679490	237	1.8	237	85	3	611	28	26	13	31	1.94
1679371--1679548	79	2.3	79	83	5	209	27	25	14	32	1.94
1679058--1679627	237	2.4	235	80	7	582	28	26	12	32	1.93
1684331--1684380	25	2.0	25	100	0	100	40	20	12	28	1.87
1684334--1684388	25	2.2	25	93	0	92	40	23	9	27	1.85
1685768--1686640	61	14.5	60	74	14	612	25	27	19	27	1.99
1685762--1686212	123	3.7	121	85	8	596	25	28	19	27	1.98
1685764--1686215	179	2.5	179	87	7	664	25	27	19	27	1.98
1686157--1686400	94	2.6	93	91	3	382	25	29	18	26	1.98
1686320--1686634	54	5.6	54	76	11	283	26	26	20	27	1.99
1686347--1686633	115	2.5	114	84	6	373	26	25	20	27	1.99
1686636--1686863	45	5.2	45	73	13	161	19	29	10	39	1.86
1686610--1686870	42	6.1	43	75	17	197	19	29	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1687567--1687619	19	2.8	19	100	0	106	37	20	11	30	1.88
1687761--1687786	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1687773--1687827	20	2.8	20	97	0	101	25	16	14	43	1.86
1687741--1687806	33	2.0	33	84	0	87	25	15	15	43	1.85
1690216--1690390	79	2.2	79	87	2	244	26	25	16	32	1.96
1690326--1690442	51	2.3	51	83	0	153	31	27	12	28	1.93
1690425--1690500	28	2.7	28	87	0	98	26	34	15	23	1.95
1690138--1690572	237	1.8	237	87	2	651	27	26	14	31	1.94
1690377--1690575	107	1.9	107	84	6	269	28	27	13	30	1.94
1690148--1690708	237	2.4	236	82	6	618	27	26	13	32	1.93
1692069--1692529	79	5.8	78	81	5	480	35	13	23	27	1.92
1698260--1698303	22	2.0	22	86	0	61	11	13	6	68	1.39
1704973--1704998	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1705456--1705522	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1708615--1708639	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1710331--1710356	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1710814--1710880	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1714538--1714615	8	9.6	8	79	8	86	84	10	2	2	0.81
1714537--1714586	1	50.0	1	79	0	55	90	8	0	2	0.54
1715826--1716097	28	9.5	28	84	6	330	29	33	16	20	1.95
1715826--1716110	86	3.3	85	83	6	367	29	32	17	20	1.96
1716175--1716295	49	2.6	46	78	7	118	23	27	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1717002--1717080	40	2.0	41	90	7	126	32	15	11	40	1.83
1717002--1717078	20	3.8	20	86	10	104	32	15	11	40	1.84
1721294--1721346	20	2.5	20	84	6	61	43	3	15	37	1.64
1721337--1721387	20	2.5	20	87	3	66	29	13	11	45	1.79
1721993--1722443	61	7.4	61	86	2	550	28	18	26	26	1.98
1721995--1722443	181	2.5	182	85	4	584	28	18	26	26	1.98
1725837--1725893	13	3.9	13	72	24	51	33	14	19	33	1.91
1725836--1725920	32	2.7	32	96	0	152	31	12	18	36	1.89
1725850--1725912	19	3.7	18	74	24	64	31	12	19	36	1.89
1725964--1725990	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1725944--1726008	33	1.9	34	87	3	96	29	18	12	40	1.87
1737077--1737112	4	8.5	4	96	3	54	77	0	0	22	0.76
1739174--1739652	79	6.1	78	77	12	383	40	11	20	27	1.87
1739285--1739693	79	5.2	77	79	10	339	39	11	21	28	1.88
1739174--1739693	157	3.3	158	79	10	509	39	11	20	28	1.87
1741525--1741569	23	2.0	23	86	8	65	33	4	33	28	1.77
1742136--1742173	20	1.9	20	94	0	67	28	18	5	47	1.70
1742193--1742264	21	3.5	20	84	7	74	29	9	13	47	1.75
1742213--1742266	20	2.7	20	88	8	74	29	11	12	46	1.77
1743602--1743639	20	1.9	20	88	0	58	34	10	21	34	1.87
1743670--1743709	21	2.0	21	90	5	64	42	17	10	30	1.82
1744302--1744414	46	2.4	46	85	1	136	29	18	9	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749034--1749079	12	3.6	14	80	16	55	43	0	0	56	0.99
1750551--1750592	3	14.0	3	94	0	75	33	0	2	64	1.07
1750954--1750984	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1751098--1751140	15	2.9	15	82	10	52	25	0	2	72	0.97
1754897--1754940	23	1.9	23	85	0	61	63	4	4	27	1.33
1754950--1754994	15	3.1	15	78	15	58	0	20	2	77	0.87
1760204--1760262	23	2.7	20	76	21	55	37	0	5	57	1.21
1761093--1761128	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1761567--1761623	18	3.0	18	80	17	62	56	5	1	36	1.32
1761565--1761623	19	2.9	20	80	17	68	55	5	1	37	1.32
1762130--1762164	13	2.8	13	91	4	54	34	8	8	48	1.64
1763157--1763187	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1763137--1763200	33	1.9	33	87	12	96	31	17	14	37	1.89
1763232--1763288	19	2.9	19	86	5	69	35	15	15	33	1.90
1763254--1763316	32	1.9	33	90	3	101	39	14	17	28	1.89
1769306--1769367	20	3.2	20	67	28	62	24	20	4	50	1.68
1771443--1771498	19	2.8	20	81	8	69	35	16	14	33	1.88
1771484--1771510	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1771465--1771529	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
1771636--1771689	23	2.3	23	96	0	99	48	9	9	33	1.67
1773119--1773532	80	5.2	80	77	3	381	34	11	25	28	1.91
1774019--1774074	20	2.7	21	83	10	71	35	14	3	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1777976--1778018	22	2.0	22	86	4	61	46	11	6	34	1.67
1779476--1779542	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1780013--1780037	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1780128--1780168	10	4.1	10	93	0	64	41	4	29	24	1.75
1780192--1780328	53	2.6	53	92	1	220	27	16	18	37	1.92
1780408--1780448	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
1781295--1781324	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
1789725--1789749	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1789692--1789768	33	2.4	33	93	2	129	35	19	11	33	1.88
1789707--1789768	19	3.5	19	73	26	73	35	19	11	33	1.87
1791357--1791420	28	2.4	28	87	10	89	54	4	20	20	1.62
1795084--1795108	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
1795065--1795128	33	1.9	33	87	6	94	40	10	15	32	1.82
1795095--1795132	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
1795587--1795630	22	2.0	22	82	4	54	47	13	9	29	1.74
1795719--1795782	33	2.0	33	87	3	94	32	15	12	39	1.85
1798719--1798856	62	2.2	63	90	3	217	29	23	16	29	1.96
1798915--1798967	20	2.6	20	81	3	61	30	24	15	30	1.95
1802738--1802784	24	2.0	24	100	0	94	46	27	0	25	1.53
1804757--1804796	20	2.0	21	90	5	64	35	20	10	35	1.86
1809906--1810257	28	12.6	27	76	11	110	24	17	27	29	1.97
1810004--1811051	28	37.4	28	77	7	596	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1810004--1811051	84	12.5	82	78	8	815	24	18	28	28	1.98
1809898--1811051	56	20.6	55	77	6	691	24	18	28	28	1.98
1812190--1812283	1	94.0	1	69	0	62	85	7	6	1	0.80
1812190--1812248	20	3.0	20	83	11	70	86	11	0	1	0.65
1812190--1812278	17	5.5	15	83	12	88	85	7	5	1	0.79
1812190--1812286	35	2.8	34	80	13	99	84	7	7	1	0.82
1813285--1813759	61	7.8	61	87	3	604	26	27	19	26	1.99
1813285--1813759	120	3.9	120	85	5	605	26	27	19	26	1.99
1813743--1813843	41	2.5	41	86	0	139	25	24	13	35	1.93
1813815--1813989	74	2.3	76	82	4	203	21	22	12	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11