genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856769--856799	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
858603--858647	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
860867--860892	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
861632--861658	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
861725--861755	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
861709--861775	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
869715--869803	29	3.1	29	100	0	178	41	3	6	48	1.46
869806--869862	19	2.8	20	84	10	71	33	3	36	26	1.74
870411--870436	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
870391--870455	32	2.0	32	87	3	94	27	20	16	35	1.94
870422--870477	19	2.8	21	86	8	80	33	14	17	33	1.90
870522--870552	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
870506--870569	33	1.9	32	87	12	94	35	12	18	32	1.89
873589--873657	27	2.6	27	100	0	138	23	13	33	30	1.92
880833--880876	13	3.5	12	82	11	52	84	13	2	0	0.73
880811--880876	23	2.8	23	80	15	64	78	13	4	3	1.02
880825--880876	13	4.4	11	77	15	50	82	15	1	0	0.75
882215--882808	27	19.2	27	72	18	207	20	31	11	35	1.89
882215--882505	60	4.8	60	80	10	351	23	32	10	33	1.89
882157--882874	33	22.8	33	76	12	466	20	32	11	35	1.89
882157--882818	94	7.0	94	81	7	700	20	31	11	35	1.89
882277--882681	154	2.6	152	79	11	473	21	31	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882369--882521	60	2.5	60	88	0	234	24	32	9	33	1.87
882215--882775	181	3.0	181	83	6	687	21	32	11	35	1.89
882616--882881	127	2.1	127	84	5	344	19	32	12	35	1.89
882871--883679	39	17.9	48	74	11	517	26	25	18	29	1.98
883024--883796	39	17.9	39	73	14	358	26	26	18	28	1.98
882976--883847	87	10.0	86	80	10	839	26	25	18	29	1.98
883121--883437	126	2.5	119	76	13	323	26	28	19	25	1.99
883397--883680	98	2.9	97	86	1	388	25	23	17	32	1.97
882872--883990	361	3.1	354	83	7	1277	26	25	18	30	1.98
883758--883990	49	4.7	49	78	6	238	24	24	18	33	1.97
895473--895521	14	3.4	14	75	8	53	28	2	24	44	1.65
895706--896133	152	2.8	150	79	6	429	42	19	15	23	1.88
900999--901032	18	1.9	18	88	5	52	58	14	17	8	1.61
908922--908976	19	2.8	20	88	5	85	36	16	16	30	1.91
910121--910174	20	2.7	20	88	5	74	35	18	12	33	1.89
910203--910253	20	2.6	20	87	3	68	37	13	13	35	1.85
910243--910269	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
910869--910909	22	1.9	22	90	5	66	21	34	4	39	1.75
912775--912900	13	11.1	13	63	27	72	39	12	17	30	1.87
912789--912917	20	7.5	20	67	32	111	38	11	18	31	1.87
912776--912917	33	4.3	33	100	0	284	38	11	18	30	1.87
916736--916778	20	2.1	20	87	12	61	23	13	6	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918991--919058	33	2.1	33	86	5	93	38	17	13	30	1.88
919087--919141	19	2.8	20	80	5	67	40	16	12	30	1.86
924010--924064	19	2.8	20	78	8	67	36	14	12	36	1.84
926970--927018	23	2.1	23	88	0	71	34	0	6	59	1.22
927173--927200	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
927311--927343	9	3.7	9	88	11	50	0	9	0	90	0.44
927311--927348	15	2.6	14	88	12	58	2	7	0	89	0.57
929204--929228	10	2.5	10	100	0	50	12	0	0	88	0.53
931379--931453	19	3.9	19	84	3	105	28	16	16	40	1.89
932652--932718	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
933368--933504	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
933584--933624	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
935394--935446	20	2.8	18	83	10	79	47	7	5	39	1.56
938919--938956	19	2.0	20	89	5	60	47	7	0	44	1.32
940388--940425	19	2.0	20	89	5	60	47	7	0	44	1.32
944986--945028	19	2.4	18	88	7	61	37	0	0	62	0.95
945471--945612	70	2.0	70	97	0	266	38	14	7	40	1.73
945741--945778	12	3.1	12	82	17	51	73	2	0	23	0.95
945800--945843	22	2.1	20	87	8	61	50	0	4	45	1.22
945800--945843	13	3.7	13	77	22	51	50	0	4	45	1.22
950003--950099	49	2.0	49	95	0	176	27	8	25	38	1.84
951577--951684	35	3.1	35	66	10	103	36	13	6	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951543--951684	70	2.0	70	100	0	284	35	14	7	43	1.72
953220--953472	78	3.3	77	76	8	244	32	11	16	39	1.85
953204--953534	78	4.3	78	74	10	238	31	11	16	40	1.85
955132--955173	20	2.1	20	90	0	66	45	7	16	30	1.74
955159--955186	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
956919--956956	13	2.9	13	96	0	67	31	13	15	39	1.86
957086--957123	20	1.9	20	94	0	67	36	7	13	42	1.73
958314--958356	3	14.7	3	95	4	79	30	0	0	69	0.88
958735--958794	29	2.1	28	81	12	68	35	8	16	40	1.79
958781--958810	14	2.1	15	93	6	53	36	6	20	36	1.79
960838--960912	20	3.8	20	87	0	114	32	14	13	40	1.85
962757--962790	10	3.3	10	88	8	50	44	0	8	47	1.34
963301--963361	19	3.1	19	73	13	52	40	14	14	29	1.86
963331--963378	19	2.5	19	96	0	87	31	10	18	39	1.85
963405--963446	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
963433--963458	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
965797--966026	103	2.2	101	82	6	284	30	23	11	33	1.90
965793--966030	51	4.6	51	82	7	284	30	24	11	33	1.91
965962--966145	79	2.3	79	92	0	305	27	25	15	32	1.95
965962--966182	79	2.8	79	84	5	286	27	26	15	30	1.96
968283--968327	22	2.1	21	83	4	54	26	0	8	64	1.23
968598--968644	20	2.3	20	100	0	94	12	4	6	76	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969561--969620	10	5.9	10	73	11	50	55	3	0	41	1.16
971953--972025	23	3.2	22	77	12	67	36	1	1	60	1.14
977027--977068	20	2.0	22	86	9	61	50	0	11	38	1.40
978700--978734	17	2.1	17	88	0	52	37	14	5	42	1.69
981880--982185	155	2.0	155	81	2	355	31	14	16	38	1.88
983298--983628	154	2.1	155	83	2	398	28	14	18	38	1.90
983366--983844	154	3.1	154	78	7	445	27	13	18	39	1.89
999255--999309	27	2.0	27	100	0	110	25	14	10	49	1.76
999597--999713	33	3.7	33	78	13	147	15	21	13	49	1.79
999617--999705	27	3.0	28	83	9	99	13	20	14	51	1.75
1005273--1005660	79	4.9	78	77	7	327	32	15	26	25	1.96
1005281--1005661	158	2.4	159	80	3	430	32	15	25	26	1.95
1005600--1005723	50	2.5	50	85	1	149	37	12	22	26	1.90
1008012--1008041	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1008023--1008099	20	3.8	20	89	0	127	44	14	14	27	1.83
1008735--1008824	41	2.2	41	82	11	105	45	11	23	20	1.82
1008776--1008991	86	2.5	85	82	7	229	43	11	24	20	1.85
1008995--1009418	61	7.1	61	81	6	438	28	17	28	25	1.98
1008995--1009443	123	3.8	120	81	6	485	28	18	27	26	1.98
1009254--1009438	55	3.3	54	83	6	181	23	19	28	28	1.98
1011334--1011379	24	1.9	24	86	0	65	43	8	23	23	1.82
1012638--1012694	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1012651--1012713	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1012637--1012721	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
1012766--1012790	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1015740--1015791	27	2.0	26	88	7	79	19	17	38	25	1.93
1017269--1017293	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1017249--1017318	33	2.1	33	89	0	104	35	11	12	40	1.80
1017357--1017381	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1017390--1017510	52	2.3	52	95	0	215	33	18	19	28	1.95
1021525--1021653	52	2.5	52	92	0	222	28	17	17	36	1.93
1021662--1021686	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11