genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  4  of  11  ( 1217 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
615025--615065	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
616708--616732	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
618934--619804	433	2.0	433	99	0	1715	23	22	21	32	1.98
620051--620117	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
620587--620625	13	3.0	13	88	0	60	35	17	17	28	1.94
620689--620729	21	2.0	21	100	0	82	34	9	26	29	1.88
620725--620755	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
620779--620915	53	2.6	53	91	1	229	27	18	18	36	1.94
620903--620956	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
620995--621035	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
623313--623386	20	3.8	19	80	5	67	39	8	12	40	1.72
626526--626581	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
626640--626665	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
627180--627220	20	2.0	20	95	0	73	26	17	14	41	1.88
630489--630514	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
633056--633081	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
645185--645260	30	2.5	31	86	2	109	47	10	13	28	1.76
646249--646376	33	4.0	33	91	4	208	24	18	28	28	1.98
646259--646387	31	4.1	31	91	4	154	26	20	24	27	1.99
646303--647077	28	26.5	28	74	12	383	23	17	29	29	1.97
646254--647075	59	13.9	59	74	12	463	22	17	29	29	1.97
647321--647377	26	2.2	26	80	0	60	28	7	26	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648334--648366	12	2.6	13	90	4	50	0	0	15	84	0.61
648334--648367	13	2.4	15	90	9	54	0	0	14	85	0.60
660439--660492	20	2.7	20	88	2	72	38	11	14	35	1.82
660540--660615	20	3.7	20	80	13	73	32	15	13	38	1.86
666585--666612	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
666657--666712	19	2.9	19	86	2	85	37	14	17	30	1.90
666848--666901	22	2.5	22	93	0	90	38	14	16	29	1.89
667441--667472	15	2.1	16	94	5	57	6	25	6	62	1.42
675560--675615	19	2.9	19	83	2	76	37	10	19	32	1.86
676398--676445	25	1.9	25	86	0	69	62	2	0	35	1.07
681602--681640	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
687830--687854	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
688294--688335	22	1.9	22	85	9	59	38	2	2	57	1.25
689543--689572	14	2.2	13	94	5	51	76	0	0	23	0.78
693776--693801	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
697705--697749	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
699966--699991	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
700050--700105	20	2.8	20	86	5	69	32	16	12	39	1.85
701029--701061	14	2.4	14	85	5	50	66	30	0	3	1.06
704826--704890	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
704828--704897	32	2.2	32	97	0	131	32	12	17	37	1.87
704847--704871	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718843--718955	23	5.0	22	83	14	124	83	15	0	0	0.70
718840--718955	47	2.5	48	83	10	150	82	16	0	0	0.71
718842--718943	1	102.0	1	70	0	60	84	14	0	0	0.68
720393--720631	34	7.0	34	83	3	293	20	34	12	32	1.90
720604--720799	57	3.4	58	93	2	322	29	31	17	21	1.96
720604--720804	29	6.9	29	93	2	314	28	31	16	22	1.96
720604--720845	29	8.3	29	90	3	292	30	31	16	21	1.95
720714--720855	30	4.8	30	88	9	102	30	31	17	20	1.96
720865--721104	53	4.6	51	76	5	198	24	26	16	33	1.96
721767--721849	19	4.7	19	78	17	106	32	10	18	38	1.85
721768--721830	32	2.0	32	96	0	117	33	11	19	36	1.87
727814--727871	20	2.9	20	92	0	89	41	6	17	34	1.76
727910--728049	50	2.8	50	86	6	210	26	15	16	42	1.87
728021--728083	33	1.9	33	84	9	85	23	14	19	42	1.87
730256--730322	27	2.5	27	75	0	80	25	37	11	25	1.90
732039--732149	59	1.9	59	85	9	156	25	17	16	41	1.89
734796--734891	47	2.0	47	92	4	158	30	21	16	31	1.96
738027--738063	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
739773--739816	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
740532--740586	2	28.0	2	81	3	58	54	1	3	40	1.28
740553--740594	21	2.0	21	100	0	84	61	4	0	33	1.17
744165--744466	150	2.0	148	83	5	374	35	15	19	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744239--744661	235	1.8	234	84	3	582	35	16	19	28	1.93
745720--745995	102	2.7	102	79	9	308	38	13	21	26	1.90
745981--746024	21	2.1	21	100	0	88	25	31	25	18	1.97
747460--747509	20	2.4	21	76	3	57	42	6	22	30	1.77
748695--748732	17	2.1	18	85	9	51	36	13	18	31	1.89
748695--748758	32	2.0	33	87	3	94	42	14	15	28	1.86
754327--754352	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
756780--756805	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
756999--757134	66	2.1	66	100	0	272	49	17	22	10	1.77
759089--759133	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
760937--760967	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
763037--763075	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
765597--765621	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
771947--771972	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
772084--772129	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
773997--774022	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
773979--774042	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
774838--774958	51	2.3	55	78	11	151	44	13	14	27	1.83
774851--774958	51	2.1	51	89	0	162	44	12	15	26	1.83
775019--775069	20	2.5	21	90	3	86	31	17	9	41	1.82
775924--776318	166	2.5	156	79	11	431	30	10	5	52	1.60
775987--776358	166	2.3	165	84	4	464	27	11	6	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777491--777566	37	2.1	37	97	0	143	30	25	17	27	1.97
783401--783454	20	2.7	20	88	5	74	33	14	14	37	1.88
792954--793104	52	2.9	52	88	3	200	49	12	21	17	1.79
792952--793112	51	3.1	50	83	4	187	47	12	21	18	1.81
793784--793962	78	2.3	77	81	3	189	31	26	15	27	1.95
794572--794830	42	6.2	41	73	7	193	18	28	18	34	1.95
794577--794777	82	2.4	83	82	5	235	18	28	17	34	1.94
794915--794998	42	2.0	43	88	6	127	15	27	17	39	1.90
799539--799652	51	2.3	50	92	3	185	46	11	14	28	1.78
800812--800841	12	2.5	12	94	0	51	80	0	13	6	0.91
805407--805742	129	2.6	127	86	7	448	33	11	12	42	1.78
805407--805770	127	2.8	128	84	6	452	33	11	13	41	1.81
808741--809062	151	2.1	155	80	9	367	38	19	17	24	1.92
809125--809505	143	2.7	140	85	3	512	44	11	10	33	1.74
810748--810777	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
810946--811329	166	2.3	163	81	6	409	47	6	11	34	1.67
812181--812480	158	1.9	157	81	2	368	39	18	15	27	1.90
821251--821276	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
822698--822723	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
822762--822837	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
822783--822855	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
822762--822855	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825308--825346	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
825332--825410	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
827425--827455	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
831518--831543	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
831582--831657	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
831603--831675	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
831582--831675	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
837448--837486	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
840053--840078	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
840034--840097	33	2.0	33	90	3	103	40	17	14	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11