genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  7  of  11  ( 1217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1211240--1211316	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
1210874--1211364	261	1.9	262	94	0	867	27	28	13	30	1.94
1211268--1211472	79	2.6	79	79	3	225	25	28	16	29	1.96
1211192--1211395	107	1.9	107	81	2	248	26	29	15	28	1.96
1216621--1216649	11	2.5	12	94	5	51	0	10	24	65	1.23
1218915--1219158	41	6.0	40	77	7	195	17	20	18	43	1.89
1218892--1219081	81	2.3	82	88	3	276	17	22	18	41	1.91
1218892--1219241	163	2.2	163	80	5	388	19	22	16	42	1.89
1219450--1219640	41	4.7	40	70	11	120	21	26	14	37	1.92
1219454--1219640	82	2.3	82	81	7	222	21	25	14	37	1.92
1219106--1219678	284	2.0	285	91	0	932	21	23	14	40	1.90
1219422--1219640	80	2.7	78	80	9	219	22	24	13	39	1.90
1219431--1219667	82	2.9	78	77	9	201	21	25	14	37	1.92
1221411--1221558	74	2.0	74	93	0	251	25	16	14	44	1.84
1222429--1222472	22	2.0	23	86	8	65	38	11	6	43	1.67
1232383--1232524	67	2.1	67	85	7	189	39	15	18	26	1.90
1232332--1232708	73	5.2	72	75	16	242	41	14	20	23	1.89
1232342--1232708	149	2.5	138	80	12	382	41	14	19	23	1.89
1232637--1232858	62	3.5	62	83	3	257	33	15	22	27	1.95
1233323--1233376	19	2.8	20	91	5	92	27	12	12	46	1.79
1236186--1236220	15	2.2	16	90	5	54	14	20	14	51	1.76
1242381--1242461	9	9.1	9	74	12	69	1	1	14	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1242381--1242461	20	3.9	19	81	15	90	1	1	14	82	0.79
1242402--1242459	24	2.5	24	88	5	84	0	1	15	82	0.74
1242381--1242472	12	7.4	12	79	19	50	1	3	13	82	0.84
1256296--1256334	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
1257021--1257059	20	1.9	21	85	15	55	46	5	17	30	1.70
1257124--1257242	52	2.3	52	91	0	184	31	17	11	39	1.86
1260814--1260890	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
1260949--1260998	19	2.6	19	93	0	82	36	14	14	36	1.86
1261050--1261075	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1261030--1261096	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
1263427--1263821	51	7.6	51	72	9	280	28	28	12	30	1.93
1263548--1263618	28	2.5	28	83	0	88	22	39	16	21	1.92
1263804--1263880	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
1263438--1263930	261	1.9	262	94	1	873	27	29	12	30	1.94
1263834--1264036	79	2.6	79	79	3	221	26	29	15	29	1.96
1263756--1263959	107	1.9	107	82	2	257	26	29	15	28	1.96
1265483--1265529	24	2.0	24	95	0	85	10	23	38	27	1.88
1273298--1273322	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1273387--1273411	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1273420--1273539	52	2.3	52	95	0	213	35	19	17	28	1.94
1280275--1280319	12	3.7	12	85	11	56	84	8	4	2	0.84
1280272--1280321	14	3.6	14	78	10	59	84	10	4	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1280274--1280321	13	3.8	12	78	15	53	85	8	4	2	0.80
1280256--1280321	11	5.8	11	75	12	62	83	10	4	1	0.86
1281289--1282115	55	14.4	54	83	10	893	26	27	20	25	1.99
1281584--1281669	27	3.1	27	62	15	68	25	25	20	27	1.99
1281294--1282114	171	4.8	171	88	5	1146	27	28	20	24	1.99
1281320--1282115	226	3.5	224	85	8	1024	27	28	20	24	1.99
1282959--1283021	19	3.6	19	74	24	75	34	12	15	36	1.86
1282978--1283002	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1282957--1283029	32	2.3	32	97	0	137	35	12	16	35	1.86
1283053--1283109	21	2.8	21	83	2	71	22	17	12	47	1.81
1285454--1286101	52	12.4	52	69	14	341	29	27	12	31	1.93
1285561--1285637	28	2.7	29	88	4	104	24	36	18	20	1.95
1285667--1286101	51	8.4	51	72	11	321	29	27	12	31	1.93
1285823--1285897	28	2.7	28	80	0	78	25	34	17	22	1.96
1285456--1286210	261	2.9	262	95	0	1368	28	28	12	30	1.94
1286114--1286318	79	2.6	80	77	5	211	25	29	15	28	1.96
1293553--1294025	168	2.8	165	79	6	486	31	10	8	49	1.67
1295141--1295169	11	2.5	12	94	5	51	0	10	24	65	1.23
1297428--1297671	41	6.0	40	77	7	204	17	21	18	42	1.89
1297682--1297859	82	2.2	80	77	11	177	24	24	12	39	1.89
1297967--1298117	80	1.9	82	86	8	220	21	25	14	37	1.92
1297619--1298191	284	2.0	285	91	1	916	21	23	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297969--1298115	41	3.6	41	68	13	117	22	25	13	38	1.91
1297963--1298153	82	2.4	79	78	11	208	21	25	14	38	1.91
1298056--1298360	165	1.8	165	80	5	366	21	22	14	40	1.89
1299929--1300076	74	2.0	74	92	2	244	25	16	14	43	1.85
1300947--1300990	22	2.0	23	86	8	65	38	11	6	43	1.67
1308049--1308347	164	1.8	165	88	2	458	31	12	9	47	1.73
1310868--1311225	73	4.9	72	76	13	340	40	15	19	24	1.90
1310906--1311041	66	2.1	66	86	5	186	37	16	18	27	1.92
1311207--1311375	62	2.7	62	91	0	257	29	15	24	30	1.95
1311840--1311893	19	2.8	20	91	5	92	27	12	12	46	1.79
1314205--1314439	79	3.0	79	82	1	283	26	23	14	34	1.94
1314214--1314473	79	3.3	79	80	4	265	26	23	15	35	1.94
1326588--1327091	61	8.5	61	84	5	524	26	25	19	28	1.99
1327104--1327374	41	6.3	44	72	10	166	21	23	12	42	1.87
1333175--1333242	19	3.9	19	76	21	76	36	10	14	38	1.81
1333196--1333220	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1333177--1333239	32	2.0	32	93	0	108	36	11	15	36	1.84
1333823--1333859	14	2.7	13	91	8	56	86	8	5	0	0.70
1335773--1335848	27	2.8	28	85	2	100	23	32	21	22	1.98
1335667--1336053	52	7.4	51	74	10	257	29	25	12	32	1.93
1335833--1336053	105	2.1	103	82	5	257	29	24	11	33	1.90
1336036--1336112	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1335662--1336163	264	1.9	262	90	2	790	28	26	13	31	1.94
1337372--1337396	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
1342428--1344061	55	28.4	55	82	9	1700	26	29	20	24	1.99
1342430--1344061	116	14.2	114	84	8	1809	26	29	20	24	1.99
1342428--1344061	171	9.5	172	84	8	1851	26	29	20	24	1.99
1344808--1344855	21	2.3	21	96	0	87	33	8	20	37	1.83
1344907--1344978	19	4.2	18	76	21	82	33	11	13	41	1.80
1344928--1344952	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1344909--1344971	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1347505--1347580	27	2.8	28	85	2	100	23	32	21	22	1.98
1347399--1347785	52	7.4	51	73	12	241	29	25	12	33	1.92
1347768--1347844	28	2.8	28	82	4	84	22	35	20	22	1.96
1347394--1347895	264	1.9	263	89	3	778	27	26	13	32	1.94
1349876--1350130	126	2.0	127	96	0	476	19	15	28	36	1.92
1355879--1356250	79	4.8	78	73	13	284	34	15	23	27	1.94
1356190--1356313	50	2.5	50	81	4	133	40	12	20	26	1.88
1356218--1356313	50	1.9	50	89	0	147	41	11	21	25	1.86
1359563--1360124	150	3.7	151	81	6	606	37	18	18	25	1.93
1360730--1360754	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
1361836--1361878	23	2.0	22	82	13	54	2	16	9	72	1.21
1361889--1361959	21	3.3	21	75	14	65	1	21	5	71	1.14
1361927--1361969	19	2.3	19	84	8	52	0	23	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1361985--1362034	27	2.0	26	84	11	68	16	24	12	48	1.79
1362509--1362540	14	2.2	15	94	5	57	28	0	0	71	0.86
1369227--1369656	153	2.8	153	86	2	556	24	16	21	37	1.93
1369519--1369772	137	1.9	137	87	3	377	24	17	18	38	1.92
1374064--1374114	20	2.5	20	96	0	93	33	11	19	35	1.88
1375390--1375414	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1375919--1375962	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1379836--1379866	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1381669--1381713	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
1384474--1384498	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11