genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  1  of  11  ( 1217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3248--3322	20	3.7	20	79	13	80	37	10	14	37	1.81
3349--3402	21	2.7	20	77	8	65	33	16	12	37	1.87
3347--3402	19	2.8	19	76	7	67	32	16	12	39	1.85
7104--7180	21	3.6	22	96	3	140	37	10	24	27	1.88
7168--7198	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
7070--7198	42	3.0	42	77	14	138	36	10	25	27	1.89
7222--7357	53	2.6	53	89	3	202	27	16	18	37	1.92
7345--7398	20	2.7	20	80	8	65	29	14	16	38	1.89
7437--7477	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
15045--15194	79	1.9	79	82	5	187	32	14	25	28	1.94
15154--15267	50	2.3	51	81	7	135	32	12	22	32	1.91
15071--15475	131	3.1	129	86	1	531	32	12	26	28	1.93
15278--15397	51	2.3	52	81	1	143	30	12	27	29	1.93
21940--21980	13	3.2	13	82	0	55	34	14	19	31	1.92
22099--22161	32	1.9	32	87	3	90	38	14	17	30	1.89
22263--22303	22	2.0	21	85	9	57	41	4	9	43	1.59
23324--23368	20	2.2	21	84	11	58	53	20	11	15	1.72
25312--25361	21	2.4	21	79	0	55	26	16	4	54	1.59
25372--25426	21	2.6	21	82	0	65	18	18	0	63	1.31
25387--25429	21	2.0	21	90	0	68	20	11	0	67	1.22
27508--27533	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27527--27574	24	2.0	24	87	0	69	39	12	27	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30637--30662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32778--32827	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
34624--34654	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
36735--36772	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
38390--38432	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
42138--42169	17	1.9	16	93	6	55	31	18	12	37	1.88
46732--46834	44	2.3	44	100	0	206	25	19	12	42	1.86
46813--46970	44	3.6	43	72	10	129	25	23	11	39	1.88
46774--46985	89	2.4	88	85	0	289	25	23	11	39	1.88
47755--47951	56	3.6	55	75	3	155	30	15	19	34	1.92
48331--48407	31	2.5	31	81	6	86	20	24	15	38	1.92
50413--50457	23	2.0	22	82	4	54	26	0	4	68	1.08
56968--57017	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
56975--57017	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
61530--61563	9	3.8	9	84	0	50	29	20	0	50	1.49
64270--64590	143	2.3	140	82	5	376	44	11	10	33	1.76
67546--67677	42	3.1	43	75	11	137	46	12	23	17	1.81
67774--68266	47	10.5	47	79	1	371	41	16	20	20	1.90
67807--68232	141	3.0	141	77	0	438	42	17	19	20	1.90
84058--84097	20	2.0	20	90	0	62	60	5	27	7	1.45
84746--84772	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
84758--84818	19	3.2	19	84	11	81	32	14	16	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84729--84791	32	1.9	33	90	3	101	28	14	14	42	1.84
87922--88039	50	2.3	51	81	5	132	40	15	12	31	1.84
88228--88268	20	2.0	21	90	9	66	31	12	7	48	1.68
95604--95656	12	4.5	12	84	11	65	1	18	1	77	0.96
95613--95655	10	3.9	10	82	17	50	2	20	0	76	0.89
95603--95655	24	2.3	24	87	6	74	3	18	1	75	1.05
96270--96302	16	2.0	17	88	5	50	57	9	3	30	1.45
96228--96694	167	2.8	165	81	8	448	52	8	10	28	1.65
96305--96714	167	2.4	169	86	4	569	51	6	11	30	1.64
97296--97384	31	2.9	31	70	0	88	16	25	29	28	1.97
97373--97869	28	17.5	28	81	6	538	23	16	28	31	1.96
97373--97868	113	4.4	111	84	6	584	23	16	28	31	1.96
99172--99214	11	3.8	11	84	6	59	6	2	2	88	0.68
105051--105123	36	2.0	36	100	0	146	42	5	35	16	1.71
105709--105781	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
105727--105802	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
105709--105802	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
105841--105866	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109928--109958	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
112037--112075	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
113896--113968	36	2.0	36	100	0	146	42	5	35	16	1.71
114554--114626	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114572--114647	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
114554--114647	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
114686--114711	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118447--118886	170	2.6	168	86	4	609	52	7	10	29	1.62
121772--121817	20	2.3	20	85	7	58	41	13	13	32	1.82
124474--124546	37	2.0	37	97	0	137	35	9	30	24	1.87
130539--130584	20	2.3	20	100	0	92	23	15	15	45	1.84
130587--130644	19	3.0	19	92	2	89	29	15	17	37	1.90
130673--130726	20	2.7	20	88	5	74	37	12	14	35	1.85
133108--133143	10	3.5	10	85	7	54	0	11	2	86	0.68
133528--133823	164	1.8	164	80	5	357	47	9	12	31	1.72
133782--134286	167	3.0	166	78	7	470	48	9	11	30	1.71
135351--135846	60	8.3	60	73	11	383	38	11	26	23	1.89
135443--135603	30	5.3	30	68	10	103	42	13	24	20	1.87
135352--135842	121	4.1	121	85	3	604	38	11	25	24	1.89
140720--141121	164	2.4	165	77	11	403	46	9	13	30	1.74
140713--141550	166	5.1	165	73	11	485	47	9	12	30	1.72
145193--145260	31	2.2	31	97	0	127	47	5	13	33	1.67
155001--155054	19	2.8	19	86	8	65	29	12	14	42	1.83
155083--155147	33	2.0	32	88	11	96	35	15	18	30	1.92
155103--155127	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
160330--160355	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160312--160375	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
164938--165008	20	3.6	19	85	9	81	32	15	16	35	1.91
165055--165132	32	2.4	32	100	0	156	42	12	12	32	1.81
170056--170081	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
170120--170195	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
170140--170213	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
170120--170213	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
176573--176617	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
178831--178856	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
178895--178970	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
178915--178988	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
178895--178988	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
185600--185649	20	2.5	20	87	9	68	42	18	12	28	1.85
185596--185649	19	2.8	19	86	8	74	40	18	12	27	1.87
195443--195500	19	3.1	18	80	11	71	34	15	13	36	1.87
202527--202560	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
203823--203876	20	2.7	20	82	5	65	37	20	11	31	1.88
203904--203957	19	2.8	19	86	10	74	35	12	14	37	1.85
205900--205928	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
206897--206970	20	3.7	20	87	0	94	40	13	13	32	1.84
206936--207013	20	3.9	19	78	8	84	33	11	14	41	1.81
206956--207132	71	2.5	70	79	3	183	32	16	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221017--221099	19	4.2	18	80	14	85	84	12	2	1	0.78
221020--221099	33	2.4	34	83	12	103	83	12	2	1	0.80
221017--221099	25	3.2	25	83	11	89	84	12	2	1	0.78
221020--221099	40	2.0	40	83	11	101	83	12	2	1	0.80
221015--221099	23	3.9	22	78	15	79	83	12	2	1	0.80
221015--221099	18	4.6	18	77	12	75	83	12	2	1	0.80
222313--222970	28	22.5	28	78	11	572	29	30	17	22	1.96
222313--222970	119	5.6	117	80	9	596	29	30	17	22	1.96
223080--223245	48	3.5	47	84	2	138	20	26	18	34	1.96
223114--223244	48	2.7	48	87	0	190	19	27	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11