genome.fa.s128.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold128
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1835488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1217 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390509--1390656	32	4.6	32	82	1	163	28	31	20	20	1.97
1390509--1390656	64	2.3	64	82	2	190	28	31	20	20	1.97
1390795--1390982	104	1.8	104	80	2	225	24	20	16	38	1.92
1390849--1390987	52	2.7	52	82	0	179	23	19	17	39	1.92
1390928--1391049	61	2.0	61	80	3	138	22	18	17	41	1.90
1391070--1391197	53	2.4	53	81	5	152	25	25	15	33	1.95
1391149--1391275	61	2.1	61	89	2	193	25	24	11	39	1.88
1394857--1394882	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1394839--1394902	33	2.0	33	90	3	103	45	17	10	26	1.81
1397101--1397150	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
1398948--1398978	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1400858--1400923	29	2.3	29	100	0	132	31	3	24	40	1.70
1400872--1400924	17	3.4	17	65	24	53	33	1	22	41	1.65
1401086--1401111	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1403029--1403054	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1403011--1403074	33	2.0	33	90	3	103	43	15	12	28	1.83
1408830--1408892	32	1.9	33	87	9	94	30	19	14	36	1.91
1411098--1411138	21	2.0	21	90	9	66	53	9	17	19	1.70
1414790--1414863	29	2.4	30	78	19	82	18	1	20	59	1.45
1416596--1416793	19	11.7	19	75	23	183	33	13	17	34	1.89
1416597--1416801	32	6.2	32	89	6	311	33	13	18	34	1.90
1416616--1416704	13	5.9	13	72	27	70	34	15	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416629--1416793	51	3.2	51	76	19	198	33	13	18	34	1.89
1416750--1416774	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1416846--1416871	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1416859--1416987	52	2.5	52	97	0	249	34	18	18	27	1.95
1421991--1422090	50	2.0	50	100	0	200	26	12	32	30	1.92
1422791--1422816	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1422877--1422949	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1422855--1422949	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1425388--1425426	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1425412--1425490	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1427506--1427536	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1430850--1430949	50	2.0	50	100	0	200	26	12	32	30	1.92
1431650--1431675	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1431736--1431808	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1431714--1431808	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
1432264--1432330	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1432284--1432308	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1432374--1432398	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1432407--1432527	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1445958--1446283	28	11.4	28	84	5	384	31	33	17	18	1.94
1445958--1446257	57	5.2	57	91	1	474	31	33	17	18	1.94
1445954--1446256	115	2.6	115	94	0	516	31	33	17	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1446303--1446853	49	11.6	49	80	8	640	24	24	18	31	1.98
1446303--1446853	92	5.9	92	89	3	805	24	24	18	31	1.98
1446303--1446860	190	3.0	190	92	2	905	25	24	18	31	1.98
1447595--1447619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1447575--1447641	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1447682--1447771	13	7.9	13	68	28	80	28	16	15	38	1.90
1447726--1447791	20	3.7	20	73	26	83	27	18	15	39	1.90
1447682--1447792	33	3.4	33	97	1	206	27	17	15	39	1.89
1447780--1447904	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
1450968--1451091	52	2.4	52	94	0	221	37	19	14	29	1.91
1456358--1456396	13	3.0	13	82	14	53	23	20	23	33	1.97
1465607--1466209	157	3.9	156	82	5	720	24	15	20	39	1.91
1465651--1466212	312	1.8	310	84	5	756	23	15	20	39	1.92
1468402--1468426	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
1469814--1470264	44	10.3	44	70	7	240	19	23	16	40	1.91
1470018--1470308	44	6.6	44	71	7	178	19	23	17	39	1.92
1471854--1472157	156	2.0	151	84	5	394	30	7	8	52	1.61
1473470--1473527	23	2.4	25	91	8	93	27	5	12	55	1.58
1473484--1473522	11	3.5	11	80	19	53	28	5	10	56	1.54
1473492--1473533	11	3.8	11	80	20	52	30	2	11	54	1.49
1473548--1474066	165	3.1	165	83	5	645	34	11	12	41	1.79
1475069--1475142	21	3.6	20	76	7	60	40	10	18	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1475069--1475113	20	2.2	21	84	11	58	42	6	20	31	1.77
1475195--1475296	52	2.0	52	90	0	159	30	18	11	39	1.87
1481141--1481291	81	1.9	81	94	0	266	47	11	3	37	1.56
1482841--1483123	146	1.9	146	86	2	399	43	11	11	33	1.77
1486617--1487098	167	2.9	164	80	5	493	31	10	8	50	1.67
1487082--1487126	18	2.4	18	81	3	54	33	11	4	51	1.58
1490501--1490689	81	2.3	82	83	5	222	20	23	16	40	1.91
1490501--1490849	41	8.6	41	70	11	175	20	23	14	41	1.89
1490501--1490849	82	4.3	80	74	6	260	20	23	14	41	1.89
1490650--1490965	161	2.0	162	80	8	367	20	23	13	41	1.88
1490714--1491284	284	2.0	284	92	1	948	21	23	13	40	1.89
1491057--1491209	41	3.8	39	71	10	121	22	26	13	37	1.91
1491061--1491211	80	1.9	82	86	8	220	21	25	14	37	1.92
1491057--1491247	82	2.4	79	78	11	208	21	25	14	38	1.91
1493020--1493167	74	2.0	74	93	0	251	25	16	14	44	1.84
1494038--1494081	22	2.0	23	86	8	65	38	11	6	43	1.67
1498206--1498243	19	2.0	20	84	5	51	44	18	7	28	1.78
1498790--1498845	25	2.3	24	84	6	69	32	8	3	55	1.48
1501126--1501521	166	2.4	166	80	5	415	31	10	9	48	1.69
1503960--1504449	75	6.9	73	77	11	400	38	16	21	23	1.92
1504286--1504449	62	2.6	64	82	4	201	37	17	20	24	1.93
1505429--1505461	15	2.3	14	94	5	57	0	0	9	90	0.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1511090--1511388	148	2.0	148	98	0	571	28	21	19	31	1.97
1514880--1514933	20	2.7	20	88	11	76	37	16	12	33	1.87
1515002--1515028	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1514983--1515046	32	2.0	32	90	3	101	39	15	15	29	1.89
1516538--1516827	145	2.0	145	95	1	528	23	18	30	26	1.98
1517655--1517681	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1525606--1526617	123	8.2	124	84	3	1216	24	24	19	30	1.98
1525606--1526618	62	16.4	62	85	3	1218	24	24	19	30	1.98
1525606--1526683	184	5.8	185	82	5	1160	24	24	19	31	1.98
1526738--1526810	38	1.9	38	86	5	103	24	24	8	42	1.82
1526671--1527385	42	17.2	42	77	10	605	21	25	12	40	1.88
1527075--1527337	41	6.5	36	79	14	159	19	27	12	40	1.88
1526701--1527337	85	7.7	79	76	10	462	20	26	12	41	1.87
1526671--1527385	167	4.3	165	80	6	682	21	25	12	40	1.88
1526671--1527323	124	5.2	124	76	10	446	20	25	12	40	1.88
1527113--1527428	87	3.8	85	78	11	329	21	27	12	38	1.90
1529894--1530239	79	4.4	79	82	5	396	28	25	12	34	1.92
1529912--1530239	157	2.1	158	84	2	426	28	24	11	35	1.91
1531208--1531255	15	3.1	15	87	3	60	41	6	16	35	1.74
1533594--1533638	12	3.7	12	82	14	56	80	0	20	0	0.72
1533960--1534026	19	3.3	19	76	12	62	80	1	14	2	0.90
1533970--1534037	26	2.6	25	78	17	68	77	0	16	5	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1533976--1534030	22	2.5	23	79	8	69	78	0	18	3	0.90
1534001--1534030	15	1.9	16	93	6	53	76	0	23	0	0.78
1535069--1535115	24	2.0	24	100	0	94	23	25	0	51	1.49
1535095--1535207	45	2.5	45	79	1	118	19	21	14	45	1.85
1535140--1535448	81	3.8	80	79	2	305	19	24	13	42	1.87
1535483--1535750	81	3.3	80	77	5	272	22	20	12	44	1.85
1535541--1535798	80	3.2	80	78	7	247	21	22	12	43	1.85
1535505--1535794	161	1.8	159	86	4	422	21	21	13	43	1.86
1535736--1535884	44	3.4	45	78	6	137	18	22	18	40	1.91
1537086--1537582	163	3.0	161	80	7	420	30	10	8	50	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11