genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  1  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--41	16	2.2	16	90	0	54	36	2	0	61	1.11
4--344	121	2.8	122	78	15	372	41	2	1	53	1.26
1250--1298	11	4.5	11	79	2	55	38	0	0	61	0.96
1249--1312	22	3.0	21	86	4	74	39	0	0	60	0.97
4567--4921	88	3.9	93	85	6	489	32	17	8	41	1.80
4572--4921	176	2.0	179	89	3	546	33	17	8	40	1.81
4865--4978	57	2.0	57	89	0	174	32	18	9	39	1.83
4801--5070	149	1.8	148	91	2	452	32	17	8	41	1.79
4921--5125	92	2.2	92	85	2	279	35	16	7	40	1.76
5731--6079	119	2.9	120	80	13	380	51	2	2	43	1.29
9439--9490	18	2.7	19	88	5	70	38	11	13	36	1.81
9542--9666	20	5.7	20	73	18	106	43	9	16	30	1.80
9508--9680	71	2.4	71	84	1	213	43	9	17	30	1.80
10425--10592	48	3.6	47	87	4	214	35	17	26	20	1.94
10415--10626	48	4.5	46	83	5	212	34	18	25	21	1.96
10740--11070	28	11.4	28	81	8	358	21	16	30	31	1.96
10740--11056	88	3.6	88	80	7	399	21	17	30	30	1.96
10728--11075	177	2.0	176	90	1	545	22	17	29	30	1.97
12324--12396	13	5.5	13	78	18	53	4	1	12	82	0.88
12340--12382	9	4.9	9	80	13	54	0	0	13	86	0.58
12336--12396	20	3.1	20	77	15	65	1	1	13	83	0.79
12349--12379	16	1.9	16	100	0	62	0	0	16	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12339--12411	11	6.8	11	77	13	55	1	2	15	80	0.89
16492--16560	33	2.1	33	89	5	104	40	20	10	28	1.85
17229--17270	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
19144--19170	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
23063--23105	21	2.1	20	86	4	59	25	16	6	51	1.69
25395--25450	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
33260--33326	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
33280--33304	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33366--33511	52	2.8	52	83	8	190	34	18	16	30	1.93
36606--36666	28	2.2	28	96	0	113	29	22	16	31	1.96
38330--38358	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
40071--40147	20	3.8	20	81	6	93	41	11	14	32	1.82
40131--40189	31	1.9	31	93	6	102	49	10	16	23	1.77
40800--40889	23	3.9	22	77	16	76	33	2	2	62	1.20
40879--40951	32	2.2	35	78	11	82	47	2	1	47	1.24
40829--41109	118	2.5	114	85	10	371	41	2	1	54	1.21
40937--40999	22	2.9	21	79	15	58	38	0	1	60	1.07
40829--41141	118	2.8	109	77	17	311	42	2	1	53	1.21
46468--46493	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
47254--47299	22	2.0	23	84	12	60	43	0	0	56	0.99
47437--47481	22	2.2	20	84	8	54	42	2	2	53	1.25
47943--47973	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50282--50338	22	2.6	21	77	22	64	40	3	1	54	1.28
50807--50994	95	2.0	96	94	1	333	40	6	8	43	1.62
51843--51888	12	3.8	12	94	0	74	26	0	54	19	1.44
51843--51888	6	7.7	6	90	0	65	26	0	54	19	1.44
52121--52154	16	2.1	16	89	10	52	29	2	0	67	1.05
52287--52314	6	4.7	6	100	0	56	0	17	64	17	1.30
52686--52764	41	1.9	42	82	7	99	46	0	1	51	1.08
53275--53316	20	2.2	19	86	4	57	50	9	0	40	1.35
53730--53781	10	4.9	10	75	13	50	57	3	0	38	1.17
53724--53777	23	2.4	23	96	3	101	53	3	0	42	1.18
54892--54997	49	2.1	49	87	1	149	42	13	11	33	1.79
55011--55187	49	3.6	48	80	3	165	36	10	16	35	1.84
55019--55257	49	4.8	49	74	11	146	39	12	14	33	1.84
55134--55242	55	2.0	55	87	0	155	41	11	11	34	1.79
55949--55991	11	4.0	11	81	6	52	2	11	0	86	0.67
55956--55992	14	2.5	15	80	20	51	2	13	0	83	0.74
55947--55989	21	2.0	23	86	9	63	2	13	0	83	0.74
57261--57313	20	2.7	19	83	13	63	32	15	15	37	1.88
63146--63171	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
63159--63208	19	2.6	19	100	0	100	28	16	16	40	1.89
63934--63995	19	3.3	19	66	20	58	48	16	1	33	1.56
63922--63995	37	2.0	37	100	0	148	45	16	2	35	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65811--65890	20	3.8	20	73	15	70	41	13	15	30	1.85
72002--72027	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72578--72603	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74830--74874	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
76679--76709	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
78780--78818	13	3.0	13	96	0	69	28	15	15	41	1.87
81365--81390	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85983--86010	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
85963--86028	33	2.0	33	88	5	98	28	15	15	40	1.87
90142--90185	21	2.0	21	86	4	61	36	13	11	38	1.81
90152--90203	19	2.6	19	87	6	68	38	15	15	30	1.88
90256--90281	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92726--92845	51	2.4	51	87	2	170	30	28	11	29	1.92
92779--92996	79	2.7	78	79	6	231	29	24	12	33	1.92
97852--98355	64	7.9	62	81	8	527	23	27	14	33	1.94
97852--98349	161	3.1	160	88	3	695	24	27	15	33	1.95
98140--99029	34	27.6	33	76	13	576	20	31	13	35	1.91
98360--98928	61	9.0	61	76	15	345	20	31	12	35	1.90
98395--98965	94	6.1	91	75	14	434	20	31	12	35	1.90
98482--98963	127	3.8	128	80	9	509	19	31	12	36	1.90
98737--98853	62	1.9	61	96	1	216	23	36	9	29	1.87
99031--99348	49	6.9	47	74	13	257	27	24	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99076--99348	51	6.0	43	73	15	194	27	25	16	30	1.97
99022--99215	94	2.1	91	86	2	271	26	25	16	31	1.96
99173--99347	88	2.0	87	90	1	278	28	25	16	29	1.97
109822--109877	20	2.8	20	83	0	67	41	14	8	35	1.77
109772--109958	71	2.6	71	88	1	268	42	12	12	32	1.80
109897--109947	20	2.5	20	90	0	75	39	15	11	33	1.84
110555--110616	33	1.9	32	87	9	90	27	12	16	43	1.84
110590--110635	19	2.4	19	85	3	56	32	17	10	39	1.84
110685--110714	13	2.3	13	94	0	51	30	16	16	36	1.91
110669--110737	33	2.1	33	83	0	84	33	13	20	33	1.91
117848--118034	52	3.7	51	87	5	247	41	14	14	29	1.86
118095--118165	20	3.5	20	82	1	88	30	12	9	46	1.74
119518--119583	33	2.0	33	81	0	78	31	13	16	37	1.88
121689--121769	38	2.1	38	100	0	162	28	9	2	59	1.42
124940--125014	34	2.3	33	82	15	93	30	1	2	65	1.15
124970--125019	22	2.5	20	81	12	57	28	0	2	70	0.99
124984--125024	19	2.1	20	82	13	50	21	2	2	73	1.07
125548--125650	42	2.5	42	78	12	115	41	19	25	13	1.88
125868--126029	44	3.7	42	75	12	148	38	14	24	22	1.91
126393--127586	44	27.3	43	72	9	632	41	14	23	20	1.90
126211--127586	88	15.6	87	70	12	605	41	14	22	20	1.90
126393--127586	132	9.1	132	78	7	1044	41	14	23	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133621--133682	20	3.2	19	86	6	88	32	12	17	37	1.88
139902--139927	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142426--142478	19	2.7	21	88	8	76	26	15	16	41	1.88
142507--142560	20	2.7	20	88	11	76	31	12	20	35	1.90
152884--152914	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
152865--152962	33	3.0	33	87	3	144	35	17	12	34	1.87
152898--152963	20	3.7	20	65	32	58	37	16	12	33	1.86
152992--153042	19	2.6	19	87	9	68	41	15	15	27	1.88
154195--154286	36	2.8	33	87	9	127	33	21	13	31	1.92
158837--158914	20	3.9	19	78	8	84	41	12	14	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11