genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1265702--1266248	28	19.4	28	78	3	380	26	16	27	30	1.97
1265702--1266252	56	9.8	56	80	4	455	26	16	27	30	1.97
1268034--1268070	18	2.1	18	100	0	74	29	32	10	27	1.90
1280538--1280568	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
1280960--1281005	20	2.3	20	96	3	85	0	28	0	71	0.86
1286629--1286746	52	2.3	51	85	5	168	27	14	14	43	1.84
1288321--1288501	50	3.7	46	84	7	157	27	19	12	40	1.88
1288360--1288501	50	2.8	50	89	1	194	28	20	11	38	1.88
1288389--1288501	51	2.2	50	92	1	181	26	20	13	39	1.89
1290840--1291079	79	3.1	77	77	10	252	27	22	12	37	1.91
1297095--1297132	11	3.5	11	82	7	51	7	13	0	78	0.94
1297095--1297180	21	4.2	20	75	13	77	8	12	0	79	0.94
1297103--1297181	20	3.8	20	73	14	63	7	13	0	78	0.95
1298203--1298291	41	2.2	41	87	0	133	35	17	22	23	1.95
1298748--1298835	42	2.1	42	93	0	149	30	18	19	31	1.95
1301896--1301937	22	1.9	22	85	9	59	14	42	23	19	1.87
1302788--1302828	10	4.0	10	87	3	55	2	12	2	82	0.86
1302800--1302869	17	3.8	17	75	15	68	8	12	0	78	0.96
1307168--1307258	36	2.7	34	79	14	109	29	24	14	31	1.94
1307697--1307740	20	2.2	20	88	4	63	38	18	13	29	1.89
1307719--1307831	56	2.1	54	88	3	163	39	10	23	25	1.87
1307787--1307845	10	5.7	10	75	15	57	42	8	25	23	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307765--1307843	32	2.5	32	93	0	131	40	8	25	25	1.84
1307878--1307902	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1309702--1309746	23	1.9	24	86	4	65	20	11	0	68	1.19
1309739--1309803	29	2.3	27	86	5	85	10	10	0	78	0.97
1312323--1312397	14	5.1	15	78	12	66	60	0	0	40	0.97
1312344--1312404	30	2.0	31	87	9	90	57	0	0	42	0.98
1312332--1312401	14	4.8	15	78	15	67	62	0	0	37	0.95
1312904--1312935	15	2.1	15	94	0	55	75	0	3	21	0.95
1313678--1313752	16	4.8	16	83	6	100	54	1	1	42	1.17
1313729--1313783	25	2.2	24	81	6	65	58	0	1	40	1.09
1313708--1313801	14	6.7	14	72	17	61	56	1	2	40	1.18
1315745--1315820	38	2.0	38	92	0	125	31	19	21	27	1.97
1319422--1319455	16	2.1	16	94	0	59	38	0	2	58	1.13
1321952--1322006	20	2.8	20	97	0	101	27	14	12	45	1.81
1324412--1324634	51	4.3	52	83	1	288	30	27	11	30	1.92
1324412--1324635	103	2.2	103	97	0	430	29	27	12	30	1.92
1324566--1324795	79	2.9	80	83	3	277	26	27	15	30	1.96
1327843--1327868	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1330402--1330440	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1330426--1330504	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1332511--1332548	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
1334352--1334396	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336614--1336639	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1342130--1342498	155	2.4	157	80	6	387	40	21	14	23	1.90
1344389--1344445	22	2.7	21	76	7	62	10	19	35	35	1.86
1348028--1348079	20	2.6	20	100	0	104	34	19	15	30	1.93
1357827--1357915	1	89.0	1	77	0	70	86	5	7	0	0.70
1357846--1357903	17	3.5	17	81	13	84	86	3	10	0	0.69
1357828--1357915	33	2.6	34	91	8	146	86	5	7	0	0.71
1357825--1357916	29	3.0	30	88	11	143	83	5	10	0	0.79
1360893--1360931	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1367087--1367151	33	2.0	33	84	6	87	29	13	15	41	1.86
1368698--1368775	20	3.9	20	81	6	95	41	12	11	34	1.80
1369794--1370044	79	3.2	77	83	6	297	32	15	25	26	1.96
1369997--1370068	28	2.6	28	100	0	144	22	18	37	22	1.94
1369919--1370123	107	1.9	106	84	5	270	30	14	28	26	1.95
1370055--1370170	51	2.3	51	82	11	148	33	11	25	30	1.90
1372581--1372712	50	2.7	49	88	2	185	42	15	15	26	1.87
1373842--1373964	42	2.9	41	75	4	113	33	12	29	25	1.92
1373842--1374056	84	2.5	84	78	13	210	35	13	27	23	1.92
1373981--1374234	42	6.1	43	78	8	188	42	14	25	17	1.87
1373913--1374192	84	3.3	85	81	5	284	40	12	26	20	1.88
1374036--1374234	84	2.4	84	84	7	257	43	14	25	17	1.86
1374272--1375567	42	30.8	42	75	5	614	43	16	23	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1374272--1375567	84	15.4	84	76	5	834	43	16	23	17	1.88
1374318--1375150	296	2.8	294	76	5	768	42	15	23	17	1.88
1374318--1375567	254	4.9	253	74	7	830	43	16	23	17	1.88
1375227--1375473	125	2.0	124	82	5	302	46	18	19	14	1.83
1375220--1375503	125	2.3	126	79	6	301	44	19	20	15	1.86
1375559--1375632	36	2.0	38	84	5	98	45	16	20	17	1.85
1375822--1376109	88	3.3	87	82	0	351	40	15	24	20	1.90
1375980--1376239	132	2.0	132	83	4	337	39	15	25	19	1.91
1376090--1376372	88	3.2	88	81	5	279	38	16	24	20	1.92
1375822--1376244	44	9.6	43	69	11	209	39	15	24	20	1.91
1376401--1376480	39	2.1	39	90	0	124	50	18	17	13	1.79
1376454--1376525	36	2.0	36	86	5	101	50	9	20	19	1.76
1378602--1378631	15	2.0	15	93	0	51	0	16	0	83	0.65
1383414--1383476	31	2.0	31	87	3	90	38	0	17	44	1.49
1385300--1385408	28	3.3	34	70	18	104	6	24	8	60	1.49
1385290--1385454	65	2.6	62	84	7	213	6	22	7	64	1.41
1385396--1385472	28	2.8	27	78	11	84	6	18	9	66	1.41
1385873--1385951	33	2.5	33	80	8	85	34	22	21	21	1.97
1396165--1396247	23	3.4	23	67	15	58	31	18	2	48	1.61
1403568--1403630	19	3.7	18	72	24	64	34	15	12	36	1.86
1403580--1403635	16	3.5	16	69	26	55	33	14	10	41	1.80
1403561--1403632	32	2.2	32	95	0	126	34	15	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1404004--1404042	20	2.0	20	85	10	53	33	23	0	43	1.54
1409736--1409771	15	2.5	14	86	4	54	36	13	2	47	1.58
1411250--1411274	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1414501--1414542	20	2.1	20	86	0	57	35	14	7	42	1.73
1416579--1416627	24	2.1	22	85	7	62	61	0	4	34	1.15
1419722--1419764	22	2.0	21	82	13	52	18	2	6	72	1.19
1421746--1421795	24	2.1	25	85	7	68	50	0	4	46	1.20
1422425--1422473	24	2.0	24	84	11	64	40	26	0	32	1.56
1428388--1428422	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1429040--1429066	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1430530--1430568	14	2.9	14	80	3	53	30	5	0	64	1.15
1431529--1431569	21	2.0	21	95	0	73	56	4	9	29	1.53
1431697--1432364	163	4.1	163	79	7	657	30	7	17	44	1.76
1433605--1434156	202	2.7	200	82	5	664	37	8	20	33	1.83
1434033--1434293	92	2.9	92	82	10	329	34	9	24	31	1.87
1437355--1438165	73	11.0	73	75	6	567	28	13	27	30	1.94
1439423--1439474	14	3.5	15	75	15	54	0	1	13	84	0.70
1439421--1439489	16	4.5	15	75	10	59	1	1	11	85	0.73
1439421--1439489	21	3.4	19	80	13	75	1	1	11	85	0.73
1439439--1439489	17	3.1	16	83	8	57	1	1	7	88	0.67
1439419--1439488	26	2.7	26	84	8	81	1	2	11	84	0.80
1451789--1451827	21	1.9	20	94	5	69	46	10	10	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452643--1453357	237	3.0	237	95	0	1288	31	24	9	34	1.87
1454323--1454429	54	2.0	54	98	0	205	30	22	21	25	1.99
1455559--1455598	14	2.9	14	88	3	64	62	0	0	37	0.95
1457243--1457321	39	2.0	39	100	0	158	20	15	17	46	1.83
1459775--1459839	33	2.0	33	87	6	96	36	18	10	33	1.86
1459877--1459926	19	2.6	20	78	9	59	34	18	16	32	1.92
1460551--1460584	17	2.0	17	88	0	50	35	17	8	38	1.81
1460744--1460781	18	2.2	18	85	4	51	63	7	7	21	1.47
1461372--1461426	21	2.7	21	83	10	62	47	0	21	30	1.51
1474164--1474351	20	8.9	20	69	21	98	44	12	14	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11