genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  11  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1611623--1611831	76	2.7	74	88	5	231	39	13	27	19	1.89
1611874--1612029	61	2.5	61	82	6	190	30	18	25	25	1.98
1611947--1612126	100	1.8	100	85	4	256	27	18	26	27	1.98
1611841--1612337	161	3.2	153	80	7	479	28	17	27	26	1.98
1612100--1612278	94	1.9	94	83	0	232	27	17	27	27	1.98
1612200--1612387	55	3.4	56	82	2	227	23	19	27	29	1.98
1612051--1612547	205	2.4	206	83	6	583	26	17	28	27	1.98
1612405--1612542	62	2.4	56	81	8	170	25	21	26	27	1.99
1612283--1612700	156	2.7	155	86	5	552	26	18	28	26	1.98
1612468--1612639	94	1.8	95	88	3	267	27	18	26	27	1.98
1612563--1612748	55	3.3	55	84	5	239	23	20	27	28	1.99
1612432--1612824	207	1.9	210	86	5	571	26	18	28	25	1.98
1611890--1612842	363	2.6	360	86	4	1261	26	18	28	26	1.98
1613807--1613877	1	71.0	1	74	0	61	0	1	11	87	0.61
1613809--1613877	8	8.6	8	84	9	88	0	1	11	86	0.62
1613807--1613877	25	2.8	26	85	10	103	0	1	11	87	0.61
1626326--1626559	122	1.9	122	85	3	328	32	13	26	28	1.93
1626477--1626591	51	2.3	51	78	6	117	33	11	24	31	1.90
1626607--1626778	78	2.2	80	91	5	278	30	17	25	26	1.97
1626607--1626801	78	2.5	77	86	7	214	32	15	24	26	1.96
1629310--1629378	33	2.1	33	94	0	120	40	14	15	28	1.87
1632114--1632169	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1632220--1632271	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
1636318--1636348	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1640867--1640922	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
1640992--1641017	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1640974--1641037	32	2.0	33	90	3	103	43	14	12	29	1.81
1642815--1642862	20	2.4	20	86	6	62	33	12	16	37	1.86
1642897--1642951	19	2.8	20	88	5	85	36	18	14	30	1.91
1642897--1642972	20	3.9	19	87	6	91	38	15	14	31	1.88
1642897--1642972	39	1.9	39	86	5	109	38	15	14	31	1.88
1645802--1645853	20	2.5	21	90	3	79	30	13	17	38	1.88
1646526--1646574	23	2.2	22	81	3	53	65	14	6	14	1.45
1646846--1646957	51	2.2	51	79	6	129	34	13	21	30	1.92
1646795--1647033	130	1.8	130	84	3	329	33	11	23	30	1.91
1646876--1647188	79	3.9	79	82	4	364	34	11	23	30	1.90
1647051--1647321	128	2.1	130	80	5	318	35	10	22	31	1.88
1647125--1647241	51	2.3	51	88	4	166	35	10	23	31	1.88
1646795--1647399	286	2.1	286	83	6	776	34	11	22	30	1.90
1647178--1647399	79	2.8	77	80	2	219	36	10	21	31	1.88
1647342--1647449	50	2.1	51	89	5	166	33	13	23	29	1.93
1646958--1647608	208	3.1	207	83	4	735	34	11	22	30	1.90
1647385--1647618	79	3.0	78	82	3	290	32	12	25	29	1.93
1652337--1652824	79	6.2	77	81	5	512	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652338--1652795	237	1.9	236	85	4	638	29	25	13	31	1.93
1652329--1652832	158	3.2	157	83	3	636	28	24	13	32	1.94
1654362--1655044	61	11.4	61	86	3	831	28	19	26	25	1.99
1654362--1655044	182	3.8	182	85	3	863	28	19	26	25	1.99
1654371--1655044	243	2.8	242	86	4	940	28	19	26	25	1.98
1656028--1656079	1	52.0	1	76	0	50	1	5	3	88	0.68
1656021--1656079	23	2.6	23	84	7	68	1	8	3	86	0.75
1656016--1656076	18	3.2	19	88	6	79	1	9	3	85	0.78
1668417--1668531	51	2.2	52	85	10	157	36	10	21	31	1.87
1668379--1669128	130	5.8	127	74	9	552	35	10	23	30	1.89
1668544--1668663	51	2.4	51	85	0	168	34	13	24	28	1.93
1668690--1668788	50	2.0	51	93	2	173	34	5	26	34	1.78
1668740--1668948	79	2.6	79	84	1	267	33	9	25	31	1.88
1668595--1668983	208	1.9	209	86	2	559	34	10	24	31	1.88
1668899--1669052	51	3.0	51	83	3	195	37	11	20	31	1.87
1668986--1669220	79	3.0	78	81	6	285	34	13	23	28	1.93
1672169--1672827	61	10.8	61	89	0	888	29	18	25	26	1.98
1673794--1673864	12	5.9	12	77	11	56	0	12	5	81	0.85
1673796--1673835	17	2.6	16	88	11	57	0	17	0	82	0.67
1673832--1673864	6	5.7	6	89	3	50	0	3	12	84	0.72
1676029--1676176	20	7.8	19	77	17	139	28	16	14	41	1.87
1676087--1676117	13	2.4	13	94	0	53	32	16	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1676067--1676137	33	2.2	33	92	0	115	28	16	16	38	1.91
1676047--1676156	53	2.1	52	89	6	168	27	17	15	40	1.89
1678334--1678395	19	3.6	19	71	24	73	32	9	19	38	1.84
1678335--1678395	32	1.9	32	96	0	113	32	9	19	37	1.85
1678664--1678718	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
1678790--1678815	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1678771--1678835	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1683839--1684099	130	2.0	130	99	0	513	34	17	19	28	1.94
1685111--1685149	13	3.0	13	92	0	60	30	20	15	33	1.94
1685270--1685315	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1687562--1687616	20	2.7	21	80	2	67	38	14	14	32	1.87
1687665--1687690	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1687646--1687710	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1688518--1688643	52	2.4	52	89	0	198	34	19	18	27	1.95
1692037--1692215	51	3.5	50	82	3	191	28	25	11	34	1.90
1692152--1692510	79	4.6	79	78	7	356	28	25	12	33	1.92
1698651--1699279	55	11.0	55	81	9	604	27	25	20	26	1.99
1698645--1699267	227	2.7	224	83	5	786	27	25	19	27	1.99
1699099--1699284	62	3.0	61	78	6	196	26	25	18	29	1.98
1699323--1699638	61	5.2	61	83	5	363	25	26	18	30	1.98
1698987--1699691	354	2.0	343	82	8	854	25	26	17	30	1.97
1699609--1699751	42	3.5	39	76	14	112	20	27	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1699635--1699761	45	2.9	44	82	9	154	18	27	14	39	1.90
1699630--1699763	42	3.1	42	77	17	148	17	26	13	41	1.87
1700952--1701130	51	3.5	51	84	2	218	27	27	11	33	1.91
1701118--1701195	28	2.8	28	92	5	131	24	30	16	28	1.97
1703116--1703210	32	3.0	32	79	10	113	28	12	25	33	1.92
1705785--1705810	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1705767--1705830	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1715014--1715351	169	2.0	169	92	1	561	29	14	21	34	1.93
1716046--1716099	20	2.7	20	88	5	74	33	16	12	37	1.87
1716126--1716163	20	1.9	20	94	0	67	28	18	13	39	1.88
1717987--1718042	21	2.6	21	88	5	85	39	8	23	28	1.85
1718030--1718060	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1718084--1718220	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
1718190--1718260	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
1718713--1718745	17	2.0	17	94	5	59	60	0	15	24	1.35
1719006--1719036	15	2.1	15	93	0	53	19	9	29	41	1.83
1719076--1719139	16	4.0	16	77	0	65	15	14	28	42	1.86
1719077--1719140	32	2.0	32	87	6	94	17	14	26	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

The End!