genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  5  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728440--728465	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
730569--730610	22	1.9	22	90	9	68	33	0	28	38	1.58
730838--730879	22	1.9	22	90	9	68	33	0	28	38	1.58
730555--731358	269	2.9	269	97	2	1466	39	9	21	30	1.84
731107--731151	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
731706--731730	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
731718--731768	19	2.6	20	87	3	77	39	13	15	31	1.87
731810--731835	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
731790--731856	32	2.1	32	94	5	118	35	17	13	32	1.89
731791--731854	19	3.7	19	73	26	70	37	18	12	31	1.88
734579--734621	22	2.0	23	86	9	63	51	2	23	23	1.60
735212--735238	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
736665--736706	11	3.9	11	84	6	59	78	0	21	0	0.75
739909--739966	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
739910--739965	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
739994--740044	20	2.5	20	90	6	77	31	7	19	41	1.80
741651--741676	12	2.2	12	100	0	52	42	0	26	30	1.56
742273--742312	21	1.9	21	85	10	55	52	7	15	25	1.68
746343--746384	21	2.0	22	85	4	59	30	23	0	45	1.53
748753--748779	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
748735--748798	32	2.0	32	90	3	101	29	15	15	39	1.89
748763--748820	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748764--748819	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
751840--751874	18	1.9	18	88	11	54	82	2	14	0	0.77
751822--751869	23	2.1	23	84	0	60	81	8	10	0	0.88
752205--752263	15	4.1	14	79	16	68	86	1	11	0	0.65
752212--752263	1	52.0	1	76	0	50	88	0	11	0	0.52
752783--752808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
755028--755072	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
756874--756904	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
758923--759002	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
758988--759026	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
759148--759194	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
759150--759192	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
761576--761601	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
763260--763408	44	3.4	43	74	12	124	22	17	12	46	1.82
763637--763835	79	2.5	79	83	1	229	29	16	28	25	1.97
763850--763983	52	2.6	51	85	3	196	32	9	26	31	1.88
766341--766381	21	2.0	21	100	0	82	26	19	9	43	1.82
766398--766469	31	2.3	32	87	2	119	33	16	13	36	1.89
768272--768322	28	1.9	27	84	11	70	21	29	19	29	1.98
775261--775324	20	3.2	20	86	0	101	45	7	12	34	1.71
775261--775332	20	3.6	20	81	7	83	45	8	12	33	1.72
776488--776672	52	3.4	51	70	15	136	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776795--776910	34	3.5	33	78	9	119	25	17	31	25	1.97
776887--777485	28	21.1	28	74	8	358	26	17	28	28	1.97
776915--777484	84	6.7	84	76	7	445	25	17	27	28	1.97
776915--777284	174	2.2	170	79	8	398	27	17	26	28	1.98
777178--777282	52	2.0	52	84	0	138	25	20	23	29	1.99
776914--777490	56	10.1	56	76	7	459	26	16	28	28	1.97
777504--777566	25	2.6	23	78	11	72	36	15	11	36	1.84
791719--791793	20	3.8	20	74	0	78	38	9	14	37	1.79
801318--801437	51	2.4	51	91	0	186	31	14	27	26	1.95
805557--805846	52	5.7	52	84	5	380	32	17	25	24	1.97
805847--806123	48	5.9	47	81	10	318	28	19	27	24	1.99
805709--806119	135	3.0	136	88	3	583	29	19	26	24	1.98
805898--806064	87	1.9	87	93	0	289	26	20	27	25	1.99
806184--806756	34	17.8	32	76	13	209	36	12	30	20	1.90
806310--807037	34	22.8	34	79	11	414	35	12	30	21	1.91
806113--806693	95	6.1	94	78	10	437	37	12	30	20	1.90
806344--806727	61	6.1	61	75	14	273	36	12	30	20	1.89
806204--807037	129	6.6	128	79	10	570	35	13	30	21	1.91
806405--806819	95	4.3	93	82	7	413	35	12	30	21	1.90
806185--806757	257	2.2	255	86	3	810	36	12	29	20	1.90
806731--807231	31	16.1	30	80	9	488	32	13	30	23	1.93
806728--807228	188	2.7	182	83	8	589	32	13	30	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806728--807228	93	5.4	93	83	8	572	32	13	30	23	1.93
806727--807228	62	8.0	62	83	7	545	32	13	30	23	1.93
808504--808543	16	2.6	15	84	4	53	5	0	10	85	0.75
815856--815969	51	2.3	51	84	7	144	31	10	24	33	1.89
815902--816184	78	3.6	78	78	4	304	34	12	25	27	1.91
815779--816046	128	2.1	130	80	4	301	34	12	24	28	1.92
821420--821490	1	71.0	1	71	0	52	85	7	7	0	0.73
821420--821487	17	3.8	18	78	17	72	85	7	7	0	0.75
821404--821476	29	2.5	29	84	8	94	83	6	6	2	0.89
821420--821491	37	1.9	37	86	5	101	84	6	8	0	0.77
821405--821491	29	3.0	27	82	14	86	82	6	8	2	0.91
822814--823057	33	7.6	33	81	6	169	20	29	15	34	1.93
822819--823082	66	4.1	66	81	6	290	19	30	15	34	1.93
823029--823408	34	11.8	33	69	17	219	22	31	12	33	1.91
823059--823272	27	7.1	27	70	18	106	22	31	12	33	1.91
823029--823150	61	2.0	61	84	12	162	20	29	13	36	1.92
823044--823340	156	1.9	156	87	1	434	21	32	12	34	1.90
823158--823367	68	3.3	60	85	7	242	23	32	12	30	1.92
823246--823408	68	2.4	69	92	1	274	22	31	11	33	1.90
822965--823408	34	13.8	33	71	17	177	22	31	12	33	1.92
823383--823432	26	1.9	26	87	0	73	24	26	16	34	1.95
823090--823512	224	1.9	225	85	3	595	22	30	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823500--823581	33	2.5	33	88	9	116	37	35	14	12	1.84
823500--823590	32	2.8	32	83	11	114	35	34	17	13	1.89
823599--824088	52	9.9	49	75	12	365	25	24	16	34	1.95
823717--823972	142	1.8	141	87	0	386	26	23	15	35	1.94
823619--824076	245	1.9	240	83	4	589	25	24	15	34	1.95
824040--824173	61	2.2	60	86	4	187	23	27	14	35	1.93
824040--824198	61	2.6	61	81	0	165	23	28	15	32	1.95
824854--824931	20	3.8	20	74	14	61	34	14	10	41	1.79
827992--828041	10	5.2	10	80	9	68	8	10	2	80	0.99
827983--828044	28	2.2	28	94	0	106	9	11	3	75	1.14
827998--828055	28	2.1	28	87	3	82	5	17	1	75	1.06
834297--834371	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
834297--834374	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
835612--835666	22	2.4	24	79	17	71	60	9	9	21	1.55
837501--837535	18	1.9	18	88	11	54	82	2	14	0	0.77
837483--837530	23	2.1	22	85	14	62	83	6	10	0	0.81
837860--837902	6	7.7	6	87	7	56	88	0	11	0	0.52
837862--837911	22	2.2	23	89	10	77	86	0	14	0	0.58
837860--837896	15	2.5	15	81	0	56	89	0	10	0	0.49
837853--837910	29	2.0	30	90	10	93	84	1	13	0	0.70
837853--837925	31	2.5	28	84	8	83	82	2	12	2	0.89
838956--839104	44	3.4	43	74	12	124	22	17	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843762--843954	79	2.4	79	79	1	190	30	15	27	26	1.96
843920--843996	28	2.7	27	82	11	84	23	18	33	24	1.96
843976--844112	52	2.6	51	82	7	186	32	10	25	31	1.89
846467--846492	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
846479--846520	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
848248--848453	81	2.5	79	78	9	193	30	27	12	29	1.93
848756--848803	22	2.2	22	85	7	62	22	4	6	66	1.32
856962--857081	34	3.6	34	86	3	165	22	17	32	27	1.96
856957--857130	34	5.5	31	80	13	162	24	17	29	28	1.97
857040--857680	28	22.5	28	73	8	307	26	17	27	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11