genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  2  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159811--159873	32	2.0	32	90	0	99	28	19	25	26	1.98
159870--160395	28	18.5	28	84	2	629	22	17	31	28	1.97
159870--160694	56	14.9	56	82	7	918	22	17	30	29	1.97
160378--160411	16	2.1	16	94	0	59	17	20	29	32	1.96
160394--160694	28	11.0	27	84	8	367	22	16	30	29	1.96
160296--160694	107	3.8	104	83	9	372	23	17	29	29	1.97
161909--161986	9	8.6	9	78	10	63	0	2	14	83	0.75
161898--161985	22	3.9	22	78	8	88	1	3	13	81	0.87
161923--161987	16	4.4	14	77	21	69	0	1	15	83	0.73
161900--161980	32	2.4	33	84	13	103	1	3	14	80	0.92
161919--161987	23	3.0	22	83	6	93	0	1	15	82	0.74
171349--171387	19	2.1	19	95	0	69	33	10	17	38	1.84
171417--171471	20	2.8	20	88	5	76	32	16	12	38	1.86
179370--179443	20	3.7	20	78	3	78	43	13	13	29	1.82
180174--180319	72	2.0	72	98	0	283	49	11	9	29	1.71
180174--180343	72	2.4	71	90	4	216	50	11	8	29	1.68
181979--182023	21	2.1	21	87	0	63	17	22	0	60	1.37
181994--182037	21	2.1	21	86	0	61	22	15	0	61	1.34
183602--183699	36	2.9	35	79	13	109	29	26	12	31	1.92
184931--184966	18	2.0	18	94	0	63	2	11	27	58	1.46
184964--185010	24	2.0	24	83	8	60	2	10	12	74	1.16
188501--188531	14	2.3	13	94	5	53	6	12	3	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189335--189436	37	2.7	38	79	10	102	17	13	7	60	1.56
194704--194809	49	2.1	49	82	5	124	43	9	16	31	1.79
196623--196653	12	2.5	12	94	5	53	74	0	25	0	0.82
197100--197146	20	2.3	21	78	14	53	17	0	27	55	1.42
197571--197877	142	2.2	143	79	8	349	33	10	12	42	1.77
197609--197923	142	2.2	142	82	7	390	34	10	13	42	1.78
198241--198510	148	1.8	149	89	2	427	23	19	19	38	1.94
208742--208781	13	3.1	13	81	0	53	35	12	12	40	1.81
210222--210293	28	2.6	28	90	0	108	19	25	22	33	1.97
211214--211285	20	3.7	18	82	12	81	27	16	15	40	1.89
211335--211388	20	2.7	20	85	8	74	35	14	18	31	1.91
213224--213249	12	2.2	12	100	0	52	0	15	7	76	0.99
213213--213245	17	2.0	17	88	5	50	3	18	6	72	1.18
216381--216444	35	1.9	34	84	15	89	57	12	15	14	1.65
216718--216756	20	2.0	20	89	0	60	33	25	10	30	1.89
217473--217515	20	2.4	17	79	20	52	39	23	0	37	1.55
217479--217515	20	1.9	19	89	10	58	32	27	0	40	1.57
226342--226652	155	2.0	155	100	0	622	37	16	19	25	1.93
229570--229737	93	1.8	92	81	1	210	32	16	11	40	1.83
229387--229877	186	2.6	186	79	5	476	31	13	13	42	1.82
234126--234151	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234106--234169	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234106--234176	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
234850--234893	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
236696--236721	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
238800--238830	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
240632--240676	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
242886--242937	19	2.7	20	87	6	79	28	13	19	38	1.89
242886--242943	19	3.0	18	82	12	71	25	12	22	39	1.89
245378--245677	166	1.8	166	86	4	435	29	11	9	49	1.71
245401--245758	166	2.2	164	79	7	373	29	11	9	49	1.70
246251--246298	13	3.7	13	88	0	78	77	0	20	2	0.88
246252--246302	24	2.0	25	88	7	77	78	0	19	1	0.85
249777--249811	12	2.9	12	91	0	52	37	25	8	28	1.85
250665--251888	311	3.9	311	95	0	2148	32	17	20	28	1.96
252618--252654	8	4.8	8	90	6	58	83	0	0	16	0.64
252618--252664	15	3.0	16	84	6	60	78	0	2	19	0.85
252618--252652	7	4.7	7	89	10	52	85	0	0	14	0.59
254011--254440	79	5.4	79	79	4	429	32	13	26	27	1.94
254027--254440	157	2.6	158	82	6	516	31	13	26	28	1.94
254024--254451	236	1.8	236	83	1	545	32	13	25	28	1.94
258512--258550	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
258558--258584	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
258540--258603	32	2.0	32	90	3	101	28	15	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258570--258626	20	2.9	20	86	2	71	36	12	17	33	1.87
259646--259678	15	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
259697--259737	22	1.9	21	90	5	64	75	2	14	7	1.12
260717--260741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
260750--260878	52	2.5	52	90	0	213	36	16	16	31	1.91
264497--264678	57	3.1	59	84	4	199	25	25	9	39	1.85
264497--264844	61	5.8	60	75	9	282	25	23	9	41	1.84
264818--265067	60	4.2	59	76	5	193	22	22	13	41	1.88
264907--265163	60	4.3	60	77	6	189	24	23	12	40	1.88
264839--265163	120	2.7	119	76	7	329	24	22	11	40	1.87
264914--265241	180	1.8	180	81	3	410	23	21	12	42	1.87
265143--265278	30	4.5	30	68	0	92	26	16	12	44	1.84
266449--266636	65	2.9	64	82	5	229	59	9	18	12	1.59
266872--266943	22	3.1	22	72	27	60	66	19	8	5	1.38
266872--266943	23	3.0	23	72	25	69	66	19	8	5	1.38
267003--267048	23	2.0	23	87	8	67	36	6	28	28	1.82
272017--272064	21	2.5	20	87	12	73	33	12	27	27	1.92
272927--273041	51	2.3	50	86	1	149	45	11	13	29	1.79
277267--277492	34	7.3	34	69	19	197	20	38	11	30	1.87
277301--277472	27	5.9	27	71	17	119	20	39	11	28	1.87
277440--277505	34	1.9	34	87	0	96	19	34	10	34	1.86
277474--277528	27	2.0	27	86	6	76	25	38	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277263--277531	61	4.4	61	94	0	432	21	37	11	29	1.88
277534--277660	33	3.8	33	79	7	150	30	29	18	22	1.97
277667--278956	92	14.0	92	91	2	1948	26	24	16	31	1.96
278011--278078	21	3.2	21	63	19	50	29	25	16	29	1.96
278103--278170	21	3.2	21	64	25	52	26	26	16	30	1.96
278195--278262	21	3.2	21	63	19	50	27	26	16	29	1.97
278379--278446	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
278747--278814	21	3.2	21	66	25	61	26	27	17	27	1.98
279745--279815	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
279764--279788	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
279725--279807	19	4.7	19	80	17	97	34	12	16	36	1.86
279860--279884	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
279873--280013	52	2.7	52	88	2	203	36	18	17	28	1.93
280869--280914	20	2.3	19	82	10	56	23	17	17	41	1.90
284562--284881	156	2.1	156	82	7	400	30	11	7	49	1.67
292894--292972	31	2.6	30	86	4	122	25	13	15	45	1.83
295113--295163	27	2.0	26	85	11	70	23	33	19	23	1.97
295974--296011	20	1.9	20	94	0	67	26	21	21	31	1.98
297231--297284	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
297376--297401	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
297358--297421	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
305431--305494	33	1.9	33	87	0	92	28	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305568--305592	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
305549--305612	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
307292--307329	20	1.9	20	94	0	67	34	10	18	36	1.85
307768--307893	31	3.9	31	86	5	162	31	12	24	30	1.92
307768--307893	62	2.0	66	85	7	179	31	12	24	30	1.92
313135--313627	71	7.0	69	81	8	448	27	24	12	35	1.92
313213--313322	33	3.2	33	65	20	80	24	23	14	37	1.92
313167--313627	210	2.2	210	82	7	551	27	23	13	35	1.93
316877--317227	88	4.0	86	83	5	346	29	22	10	37	1.88
325191--325232	22	2.0	22	85	4	59	45	0	9	45	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11