genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold139
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1720190

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1132788--1132843	16	3.7	15	84	11	71	67	3	0	28	1.07
1132818--1132843	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1136700--1136758	18	3.3	18	75	13	50	76	0	22	1	0.88
1136711--1136767	23	2.4	25	85	5	73	78	0	21	0	0.74
1137680--1137850	81	2.1	83	84	5	240	34	18	20	26	1.96
1139531--1140427	156	5.8	154	77	7	777	39	19	16	25	1.91
1139544--1140482	309	3.0	310	81	4	1036	39	19	16	25	1.92
1142492--1142847	164	2.2	165	80	4	398	51	6	10	30	1.63
1143842--1143890	2	26.0	2	78	19	52	51	0	4	44	1.20
1143846--1143901	29	1.9	29	100	0	112	51	0	5	42	1.24
1146150--1146332	79	2.3	79	82	3	242	33	14	24	27	1.94
1146185--1146349	79	2.1	78	83	5	206	38	12	21	28	1.89
1146257--1146577	130	2.5	128	80	8	344	32	12	25	29	1.93
1146436--1146703	51	5.2	51	70	11	186	30	10	27	30	1.90
1146533--1146607	28	2.7	27	89	6	107	26	18	32	22	1.97
1146405--1146732	156	2.1	158	91	2	536	30	11	28	29	1.92
1146643--1146940	157	1.9	154	84	3	400	32	13	25	28	1.93
1146643--1146940	79	3.8	78	84	4	345	32	13	25	28	1.93
1149240--1149299	20	3.0	20	75	4	66	38	11	16	33	1.85
1149281--1149310	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1149344--1149373	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1149355--1149411	20	2.8	20	94	0	105	43	15	15	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1152530--1152994	236	2.0	239	88	2	704	47	7	15	29	1.73
1154629--1154663	18	1.9	18	88	0	52	2	17	0	80	0.84
1155378--1155458	22	3.7	22	72	15	62	38	14	2	44	1.59
1156410--1156461	16	3.2	16	80	0	50	48	21	9	21	1.78
1156972--1157400	221	2.0	214	90	3	678	44	11	8	34	1.72
1157370--1157417	22	2.2	22	92	7	80	43	20	10	25	1.83
1166847--1166922	32	2.4	32	95	0	134	26	21	19	32	1.97
1166931--1166955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1167017--1167041	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1166996--1167060	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
1166998--1167081	19	4.7	19	80	18	108	36	17	11	33	1.87
1168941--1168966	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1168920--1168986	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1169006--1169073	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1169028--1169052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1169009--1169071	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1170074--1171172	55	19.9	55	90	3	1638	20	20	30	28	1.97
1170818--1170905	26	3.3	26	68	20	81	19	18	34	28	1.95
1170981--1171125	26	5.3	26	64	21	82	20	18	32	28	1.96
1172154--1172212	24	2.5	24	80	8	75	0	8	8	83	0.83
1172170--1172212	11	3.8	11	80	17	52	0	6	6	86	0.72
1172179--1172211	13	2.5	13	95	0	57	0	9	3	87	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1184078--1184144	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1184098--1184122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1184185--1184209	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1184198--1184336	52	2.7	50	84	9	165	33	18	15	32	1.93
1184218--1184336	52	2.3	51	91	4	186	34	18	15	31	1.93
1191119--1191196	1	78.0	1	71	0	57	85	14	0	0	0.59
1191120--1191196	14	5.6	14	79	11	97	85	14	0	0	0.59
1191119--1191196	18	4.3	18	84	10	90	85	14	0	0	0.59
1191120--1191196	25	2.9	25	84	9	100	85	14	0	0	0.59
1191435--1191466	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
1192417--1192501	30	2.8	31	83	3	109	24	25	17	31	1.97
1192465--1193254	34	24.3	33	78	14	674	20	33	12	33	1.91
1192512--1193218	61	11.0	62	84	12	698	20	34	12	32	1.91
1192814--1192869	27	2.1	26	90	3	85	21	33	14	30	1.93
1192875--1192930	27	2.1	26	90	3	85	21	33	14	30	1.93
1192936--1192991	27	2.1	26	90	3	85	21	33	14	30	1.93
1193256--1193362	33	3.2	34	92	5	184	28	34	16	20	1.95
1193362--1193788	49	8.8	49	85	4	544	25	26	17	29	1.98
1193816--1194051	49	4.8	49	87	0	292	26	26	18	29	1.98
1193700--1193912	116	1.8	116	85	0	300	25	25	15	33	1.95
1193640--1193953	165	1.9	165	93	0	538	24	26	16	32	1.96
1193805--1194022	98	2.2	98	98	0	418	25	27	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1193548--1194124	263	2.2	263	97	0	1082	25	26	16	32	1.96
1194928--1194994	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1194948--1194972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1195035--1195059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1195048--1195186	52	2.7	50	84	9	165	33	18	15	32	1.93
1195068--1195186	52	2.3	51	91	4	186	34	18	15	31	1.93
1198305--1198372	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1198327--1198351	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1198308--1198370	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1201014--1201162	52	2.9	52	90	0	244	30	16	18	33	1.94
1201151--1201175	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1201216--1201282	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1201238--1201262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1202100--1202377	48	5.6	52	79	10	185	32	17	24	25	1.97
1202244--1202388	49	3.0	49	86	4	204	31	16	26	26	1.97
1202148--1202385	97	2.5	94	85	7	302	32	16	24	26	1.96
1202157--1202385	48	4.8	47	80	10	252	31	17	24	26	1.97
1202429--1202715	59	4.8	59	75	10	199	25	16	28	29	1.97
1202429--1202715	30	9.7	30	79	9	259	25	16	28	29	1.97
1204154--1204238	1	85.0	1	73	0	62	0	0	14	85	0.59
1204154--1204236	9	9.4	9	78	19	70	0	0	14	85	0.60
1204154--1204238	19	4.2	20	84	15	113	0	0	14	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1204156--1204237	26	3.2	25	81	11	103	0	0	14	85	0.60
1204154--1204238	32	2.8	30	87	8	136	0	0	14	85	0.59
1218031--1218179	52	2.9	51	88	4	226	30	16	18	33	1.94
1218168--1218192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1218233--1218299	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1218255--1218279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1226325--1226406	42	2.0	42	95	0	146	54	4	26	13	1.59
1227562--1227635	29	2.3	33	77	13	84	54	0	0	45	1.00
1227618--1227686	32	2.1	34	86	5	97	56	7	1	34	1.36
1227616--1227695	32	2.5	31	82	9	90	55	7	1	36	1.36
1227708--1227777	32	2.2	32	82	5	79	35	22	11	30	1.90
1227808--1227869	19	3.2	20	76	15	67	35	0	3	61	1.12
1228026--1228095	28	2.4	29	76	9	72	37	0	8	54	1.31
1229275--1229315	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1232103--1232143	19	2.2	19	95	4	75	39	2	0	58	1.11
1232140--1232200	28	2.3	27	82	5	79	62	8	1	27	1.33
1232174--1232242	19	3.5	19	75	13	59	62	7	1	28	1.31
1234112--1234149	20	1.9	20	84	10	51	52	5	0	42	1.24
1238457--1238505	13	3.8	13	82	12	57	51	0	0	48	1.00
1247015--1247066	12	4.5	11	77	17	52	7	17	0	75	1.03
1248090--1248180	20	4.6	19	74	10	76	40	13	15	30	1.85
1248374--1248412	21	1.9	21	89	5	62	25	12	12	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1248745--1248799	17	3.2	17	89	5	92	47	7	0	45	1.30
1248745--1248799	18	3.1	18	92	2	94	47	7	0	45	1.30
1254541--1254837	148	2.0	148	98	0	576	26	14	6	52	1.65
1256906--1256959	20	2.7	20	88	0	72	35	16	12	35	1.87
1258980--1259379	166	2.4	163	83	6	463	30	10	11	48	1.72
1263118--1263217	48	2.1	48	96	0	182	34	17	27	22	1.95
1263312--1263350	10	3.8	10	96	3	69	53	0	10	35	1.35
1263989--1264026	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1264406--1264452	9	5.2	9	79	7	51	0	25	0	74	0.82
1264420--1264453	14	2.5	13	86	9	50	0	35	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11