genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1811518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3848--3896	21	2.3	22	80	20	59	40	4	22	32	1.73
7009--7046	6	6.3	6	87	0	58	84	13	2	0	0.73
7648--7719	24	2.8	25	83	8	92	38	0	2	58	1.13
7695--7728	16	2.1	16	94	0	59	38	0	2	58	1.13
7832--7882	19	2.7	19	84	6	59	35	0	1	62	1.06
8213--8275	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
9868--9918	25	2.0	25	100	0	102	50	3	23	21	1.65
11890--11934	18	2.5	18	82	10	56	35	28	4	31	1.77
17897--18261	88	4.1	88	80	5	364	29	23	10	36	1.88
22684--22756	32	2.3	32	92	0	119	35	10	16	36	1.84
22773--22814	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
22801--22828	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
25184--25317	52	2.6	52	82	5	173	30	25	11	32	1.91
25333--25531	79	2.5	79	81	3	213	27	29	14	28	1.95
32368--32732	55	6.6	55	87	5	506	28	29	20	21	1.98
33434--33475	21	2.0	21	95	0	75	40	16	9	33	1.81
33512--33607	19	5.7	19	67	26	81	33	13	17	35	1.89
33513--33620	32	3.4	32	94	0	189	33	14	17	34	1.91
33532--33621	13	6.0	13	69	26	54	33	15	17	33	1.92
36038--36134	50	1.9	51	86	14	139	31	21	9	37	1.85
36168--36344	80	2.2	80	85	5	234	25	29	16	28	1.97
36275--36444	52	3.3	51	80	2	196	29	27	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36037--36624	290	2.1	284	85	5	792	27	27	13	31	1.93
41244--41502	28	9.0	28	88	1	329	23	16	27	32	1.96
41424--42189	27	27.8	27	82	4	550	28	14	30	25	1.95
41289--42178	28	32.2	28	80	7	329	28	14	30	26	1.95
41694--41903	57	3.7	58	79	4	225	26	16	30	26	1.97
41693--41883	86	2.2	86	83	3	233	24	16	31	27	1.96
47933--47965	17	1.9	17	93	0	57	51	15	15	18	1.77
57317--57432	51	2.2	51	84	6	144	38	14	18	27	1.90
57367--57871	79	6.4	79	89	0	778	33	14	24	27	1.94
59083--59269	35	5.4	35	96	0	331	18	31	5	44	1.73
60081--60174	36	2.6	36	81	6	118	38	18	20	23	1.93
60197--60371	61	2.9	61	81	9	232	28	19	26	25	1.99
60320--60492	94	1.8	95	90	6	280	26	20	28	25	1.99
60256--60553	155	1.9	152	85	9	406	26	20	28	24	1.99
60411--61026	61	10.3	61	88	5	879	25	19	28	25	1.99
60197--60614	210	1.9	215	82	8	528	27	19	27	25	1.99
60912--60999	29	3.1	29	67	15	85	25	19	28	27	1.99
67119--67234	51	2.2	51	84	6	144	37	14	20	26	1.92
67087--67234	53	2.8	51	77	8	156	38	13	21	26	1.91
67169--67672	79	6.4	79	93	0	866	32	14	25	26	1.95
67169--67672	236	2.1	237	94	0	875	32	14	25	26	1.95
68884--69140	35	7.4	35	94	0	453	19	30	6	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71237--71298	29	2.1	30	96	3	117	33	14	3	48	1.60
73273--73323	22	2.3	21	83	12	59	31	0	1	66	1.03
73290--73323	11	3.0	12	83	16	54	32	0	0	67	0.91
76546--76571	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
77615--77662	21	2.3	20	80	19	55	47	0	0	52	1.00
79250--79293	21	2.0	21	86	8	61	43	0	0	56	0.99
79256--79298	21	2.0	21	91	8	70	41	0	0	58	0.98
79293--79335	19	2.3	19	84	8	52	55	0	0	44	0.99
79955--80007	17	3.2	17	76	23	60	56	1	1	39	1.21
84081--84130	19	2.5	20	83	3	66	34	16	14	36	1.88
87743--87882	51	2.7	51	94	2	235	35	27	3	33	1.74
87795--87882	30	3.2	30	67	26	95	38	26	1	34	1.64
90468--90527	21	2.9	21	79	20	72	20	25	1	53	1.55
90491--90534	21	2.1	21	83	8	54	20	27	0	52	1.47
94881--94982	38	2.7	38	81	6	125	28	10	16	44	1.81
95832--95876	21	2.2	21	92	4	74	44	8	20	26	1.80
96560--96616	22	2.5	23	82	5	71	64	7	0	28	1.19
98014--98060	19	2.5	19	79	6	51	23	8	12	55	1.64
104876--104920	9	5.1	9	86	5	65	84	0	15	0	0.62
106623--106818	97	2.0	97	93	0	338	30	28	10	30	1.90
106798--106835	18	2.1	18	100	0	76	28	26	5	39	1.78
108744--108774	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111780--111855	22	3.5	22	73	7	84	31	21	6	40	1.78
113103--113134	15	2.1	15	100	0	64	34	28	31	6	1.82
117591--117628	13	2.9	13	92	0	67	36	13	15	34	1.87
121413--121463	19	2.7	19	100	0	102	31	11	19	37	1.88
121549--121677	52	2.5	52	97	0	249	34	18	18	27	1.95
122523--122571	20	2.5	20	96	0	89	22	16	8	53	1.69
129519--129786	30	8.6	29	75	12	176	24	29	14	30	1.95
129503--129782	31	9.0	30	75	12	217	25	30	14	30	1.95
129513--129721	95	2.2	95	85	6	273	24	29	14	30	1.95
129519--129751	127	1.8	127	81	9	296	24	29	15	30	1.96
129503--129790	157	1.8	158	81	6	363	24	29	14	31	1.94
129788--129846	27	2.1	28	84	3	75	22	32	13	32	1.92
129816--129947	34	3.9	34	84	4	160	19	31	14	34	1.92
129816--129947	67	2.0	68	82	7	162	19	31	14	34	1.92
129923--130048	30	4.3	30	85	5	161	34	32	15	17	1.92
130071--130946	101	8.8	101	91	2	1355	23	26	17	32	1.97
130071--132282	202	10.9	198	87	6	2441	23	25	17	33	1.96
130071--132282	303	7.3	295	85	8	2397	23	25	17	33	1.96
130946--132282	101	13.3	100	89	4	1946	22	25	17	33	1.96
132986--133101	19	6.7	18	70	27	83	33	12	17	37	1.86
133029--133053	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
133060--133084	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133010--133111	32	3.2	32	95	1	179	32	11	18	37	1.87
139190--139228	16	2.4	16	86	4	51	30	5	2	61	1.31
139202--139234	16	2.1	16	94	0	57	33	0	0	66	0.92
139359--139399	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
141048--141384	132	2.7	129	88	8	473	54	1	2	40	1.26
141266--141461	108	1.8	108	85	8	283	53	1	3	41	1.28
141436--141509	22	3.4	21	78	12	78	62	4	1	32	1.22
141413--141486	22	3.3	22	83	9	87	63	1	1	33	1.11
141264--141486	108	2.1	107	80	9	249	54	1	3	40	1.26
141413--141509	46	2.1	46	85	9	128	61	3	1	34	1.18
144321--144346	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
144385--144456	20	3.7	20	77	7	76	36	15	15	33	1.89
152210--152257	15	3.2	14	82	11	51	41	2	2	54	1.24
152220--152273	15	3.6	14	77	18	54	37	1	0	61	1.07
152220--152273	17	3.2	16	77	12	56	37	1	0	61	1.07
152764--152790	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
153067--153121	16	3.2	17	74	7	58	43	0	0	56	0.99
153097--153159	31	2.0	33	87	6	94	36	6	1	55	1.35
153611--153681	20	3.7	19	73	22	60	49	0	1	49	1.09
161325--161379	25	2.2	25	86	3	74	61	3	3	30	1.30
162930--162954	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
162910--162978	32	2.1	33	91	2	113	37	11	15	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163016--163040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163049--163229	52	3.5	52	96	0	326	36	17	17	28	1.93
166341--166378	10	4.0	10	80	13	53	21	7	2	68	1.28
167828--167884	29	2.0	29	96	0	105	35	19	3	42	1.68
169888--169926	14	2.7	15	80	8	53	69	7	0	23	1.14
170410--170443	10	3.1	11	87	12	52	61	2	0	35	1.11
171775--172092	66	4.8	67	74	7	236	46	13	21	18	1.84
171775--172082	133	2.3	132	77	7	304	46	13	22	18	1.83
172331--172556	65	3.4	65	79	4	186	43	11	23	20	1.85
172409--172556	65	2.3	67	84	5	187	42	12	24	20	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13