genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1811518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857308--857350	13	3.5	13	75	18	56	39	4	0	55	1.20
857308--857351	23	1.9	23	95	0	79	40	4	0	54	1.21
857837--857870	17	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
858038--858085	24	2.0	25	84	12	64	52	2	4	41	1.32
858256--858319	30	2.2	29	81	15	71	60	6	3	29	1.36
859229--859275	23	2.0	23	100	0	94	44	12	4	38	1.62
861808--861859	26	2.0	26	100	0	104	38	7	11	42	1.70
864421--864472	23	2.3	23	96	3	97	67	9	0	23	1.20
865396--865434	2	19.5	2	94	0	69	53	0	46	0	1.00
867194--867592	198	2.0	200	91	0	640	42	19	12	25	1.86
868327--868375	3	16.3	3	95	0	89	0	32	2	65	1.04
868735--868759	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
869855--869880	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
869975--870000	5	5.2	5	100	0	52	57	0	0	42	0.98
875602--875674	21	3.3	21	76	19	62	46	0	38	15	1.46
875602--875675	33	2.2	33	85	0	94	47	0	37	14	1.45
877705--877759	19	2.9	19	94	0	92	34	12	14	38	1.84
877799--877824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
877779--877845	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
880304--880372	27	2.5	27	88	2	93	24	34	18	21	1.96
880357--880527	52	3.3	51	76	8	166	29	25	11	32	1.91
880516--880586	28	2.5	28	86	8	92	22	32	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880188--880584	212	1.9	212	88	3	611	28	27	12	30	1.93
880540--880746	81	2.6	79	82	3	227	23	29	16	29	1.97
894187--895082	55	16.0	55	87	7	1054	27	29	20	23	1.98
895760--895811	20	2.6	20	84	0	68	42	13	11	32	1.80
896767--897177	28	14.5	28	82	5	459	21	16	31	30	1.95
896720--897177	56	8.0	56	79	7	449	22	16	31	30	1.96
896771--897177	201	2.0	197	83	4	505	21	16	31	30	1.95
898394--898446	23	2.3	23	90	0	79	0	1	13	84	0.69
898394--898431	8	4.9	8	87	6	51	0	0	13	86	0.56
911863--911939	20	3.9	19	80	8	91	42	14	12	29	1.83
911874--912010	40	3.7	38	71	20	128	41	13	14	29	1.85
911834--912010	91	1.9	91	85	4	241	42	13	14	28	1.84
911957--912010	20	2.7	20	85	0	72	38	12	12	35	1.82
911883--912092	72	2.9	72	89	3	316	42	12	14	30	1.83
915887--915940	18	2.8	19	75	18	58	68	1	1	27	1.10
916509--916569	32	2.0	29	84	9	77	42	0	0	57	0.98
916527--916612	29	3.1	28	70	20	81	41	2	1	54	1.20
916718--916750	13	2.4	14	90	5	50	57	0	0	42	0.98
917302--917365	28	2.3	27	78	10	67	39	1	1	57	1.17
917341--917415	33	2.3	32	84	13	91	44	1	1	53	1.17
918674--918698	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
922853--922891	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924717--924759	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
927580--927604	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
927919--927979	10	6.2	10	73	3	52	52	3	1	42	1.27
929217--929273	19	2.9	19	78	17	64	68	8	1	21	1.26
929703--929744	21	2.0	22	90	4	68	38	0	2	59	1.10
930180--930224	20	2.3	19	80	3	54	77	4	4	13	1.07
935101--935176	37	2.1	36	82	9	91	57	0	3	38	1.17
936678--936781	31	3.3	31	80	6	102	40	6	5	47	1.54
936701--936781	31	2.6	32	84	3	103	39	4	4	50	1.46
937189--937269	29	2.8	29	77	9	92	48	1	2	48	1.23
937381--937425	17	2.6	18	82	10	58	37	0	2	60	1.09
937380--937435	20	2.8	20	75	20	62	39	0	1	58	1.08
937455--937497	20	2.2	19	87	4	59	62	0	0	37	0.95
942291--942335	21	2.1	22	83	4	56	24	2	2	71	1.09
942405--942448	16	2.8	16	83	10	54	45	2	0	52	1.13
947480--947550	20	3.5	20	86	7	108	23	16	15	43	1.87
949842--949980	51	2.7	51	81	4	138	28	23	12	35	1.92
950136--950249	51	2.2	50	85	11	144	31	22	11	34	1.90
952123--952408	93	3.1	93	76	8	223	33	17	7	41	1.78
952417--952622	103	2.0	102	88	2	306	35	17	8	37	1.81
952852--952949	39	2.6	36	79	6	88	44	12	1	41	1.48
953260--953300	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953558--953591	5	7.0	5	90	3	52	20	0	0	79	0.73
953954--953992	19	2.0	21	90	10	64	28	0	15	56	1.40
953946--954204	137	1.9	137	95	0	464	33	4	10	51	1.57
954122--954297	21	8.0	22	72	17	105	38	7	6	47	1.58
954435--954480	20	2.2	21	84	3	58	39	0	6	54	1.26
954428--954567	62	2.2	64	80	7	153	37	5	8	49	1.55
954491--954586	42	2.3	43	77	10	108	35	6	10	47	1.63
954789--954882	31	3.1	31	71	18	97	44	6	3	45	1.45
954781--954971	11	18.3	10	66	23	83	45	3	3	48	1.36
954755--954969	21	10.2	20	74	13	157	43	3	3	49	1.36
954783--954971	32	6.0	32	68	20	89	44	3	3	48	1.36
955802--955866	25	2.6	25	81	15	82	58	3	0	38	1.14
958389--958616	75	3.0	75	87	4	300	39	21	7	32	1.80
958495--958613	36	3.2	36	69	11	105	39	23	5	31	1.78
959045--959085	15	2.7	15	92	0	73	12	9	53	24	1.68
965052--965155	14	6.7	15	73	18	56	61	0	0	36	1.09
965047--965119	16	4.4	17	76	11	71	60	1	0	38	1.06
965086--965148	18	3.5	18	81	10	67	63	0	0	36	0.95
965481--965507	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
972514--972571	12	4.8	12	78	6	55	63	3	3	29	1.27
972782--972816	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
979663--979712	24	2.1	22	82	10	55	54	2	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979944--980004	17	3.6	17	71	6	61	62	0	1	36	1.05
980191--980222	13	2.4	14	94	5	57	28	0	3	68	1.04
988593--988631	18	2.2	17	86	4	51	48	2	2	46	1.29
988710--988741	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
990377--990407	12	2.6	12	89	0	53	25	16	6	51	1.68
991856--991910	21	2.6	21	83	13	69	49	0	0	50	1.00
991882--993548	433	3.9	429	74	13	1306	44	7	4	43	1.52
993274--993320	19	2.5	20	86	10	71	38	0	6	55	1.26
995126--995166	21	2.0	21	95	0	73	31	9	12	46	1.74
995358--995397	17	2.3	18	86	4	55	25	2	7	65	1.32
995376--995709	78	4.3	76	69	13	216	38	2	5	52	1.38
995591--995672	19	4.3	18	69	15	58	34	2	8	54	1.44
995259--995763	233	2.2	229	82	7	599	40	2	6	50	1.40
995259--995771	232	2.2	232	82	7	573	40	2	6	50	1.40
1002847--1002961	58	2.0	58	94	0	203	28	19	25	26	1.98
1002857--1002973	58	2.0	56	83	6	144	29	21	24	24	1.99
1004076--1004130	21	2.6	21	83	11	67	60	9	7	23	1.52
1007349--1007394	22	2.2	20	84	7	56	47	8	19	23	1.77
1009468--1010040	79	7.3	78	76	11	456	36	11	23	28	1.90
1009625--1009678	28	2.0	26	82	10	65	35	12	25	25	1.92
1009468--1010013	158	3.4	158	81	7	574	36	11	23	28	1.90
1009906--1010141	127	1.9	128	85	7	338	36	11	22	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1014402--1014477	39	1.9	39	86	0	107	47	10	9	32	1.70
1015001--1015025	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1015298--1015323	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1015249--1015341	47	2.0	46	81	10	109	59	2	0	38	1.10
1015398--1015449	23	2.1	23	82	10	59	59	1	3	34	1.27
1015485--1015531	24	2.0	25	83	8	62	2	14	4	78	0.99
1016122--1016167	2	23.5	2	84	4	58	52	2	2	43	1.25
1016721--1016815	16	5.5	16	71	19	75	67	0	0	32	0.91
1016717--1016814	27	3.6	27	73	20	78	66	0	0	33	0.92
1016717--1016793	27	2.8	28	80	13	79	64	0	0	35	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13