genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1811518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172562--172730	41	4.1	41	70	8	121	40	10	26	21	1.86
172744--172852	40	2.7	40	77	4	112	48	12	19	19	1.80
173376--173595	77	2.9	75	76	8	210	44	12	17	25	1.84
174106--174188	30	2.7	31	69	10	73	50	15	15	18	1.78
174239--174333	30	3.2	30	73	11	88	45	18	16	18	1.86
174524--174613	30	3.0	30	69	16	87	47	16	16	18	1.82
174114--174659	60	9.2	60	76	11	337	46	17	16	19	1.84
174734--174802	35	2.0	35	97	0	129	37	13	11	37	1.80
175112--175266	44	3.6	43	71	15	138	47	12	17	22	1.82
175163--175306	44	3.3	42	70	13	130	45	11	17	25	1.82
175135--175458	88	3.7	88	84	2	402	45	13	16	24	1.83
175498--175715	110	2.0	110	97	0	409	37	14	16	31	1.89
178932--178986	20	2.8	20	82	0	74	38	14	14	32	1.87
182755--182808	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
183040--183082	20	2.0	20	82	13	50	4	13	0	81	0.84
183058--183082	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
183397--183430	5	6.4	5	90	10	50	82	0	0	17	0.67
183397--183430	11	3.2	11	95	4	61	82	0	0	17	0.67
183397--183430	16	2.1	17	94	5	61	82	0	0	17	0.67
183722--183754	16	2.1	15	94	5	57	48	0	3	48	1.17
184576--184913	29	11.5	31	79	12	127	24	19	28	27	1.99
184630--185791	28	41.5	29	81	9	862	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184630--185791	57	20.7	58	82	7	811	27	15	28	28	1.96
184715--185028	29	11.0	27	83	14	165	24	17	28	29	1.97
184950--185108	79	2.0	78	82	3	194	27	17	25	29	1.97
185030--185791	82	9.1	84	83	4	492	28	14	28	27	1.96
185364--185780	55	7.6	54	89	2	496	30	13	30	25	1.94
185123--185780	82	8.0	82	85	4	544	29	14	28	26	1.96
187109--187172	22	2.8	23	83	4	85	6	9	9	75	1.20
187111--187156	12	3.9	12	78	16	51	8	8	4	78	1.09
188848--188912	32	2.0	33	88	8	98	27	12	15	44	1.82
188874--188934	20	3.1	19	79	6	77	32	9	18	39	1.83
188963--189015	20	2.7	20	93	0	97	35	15	18	30	1.92
191492--191545	21	2.6	21	96	0	99	46	14	12	25	1.81
191553--191578	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
191603--191657	20	2.7	22	89	10	82	32	12	12	41	1.81
197744--197770	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
202458--202557	51	2.0	50	82	4	119	37	6	23	34	1.79
202572--202678	51	2.1	50	87	6	153	32	11	26	29	1.91
202671--202743	28	2.6	27	87	8	85	23	16	34	26	1.95
202730--202844	51	2.3	51	90	4	187	31	11	26	30	1.91
202542--202839	158	1.9	158	83	4	395	31	12	27	28	1.93
202543--202873	158	2.1	157	81	4	380	31	13	26	28	1.94
202782--203004	79	2.8	76	78	6	230	32	13	24	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205302--205408	20	5.7	19	76	18	100	42	14	14	27	1.85
205326--205390	33	2.0	33	96	0	121	43	15	13	27	1.85
205306--205408	53	1.9	53	84	7	138	42	15	14	27	1.86
205395--205466	29	2.5	29	100	0	144	36	19	19	25	1.95
209484--210187	28	24.8	28	78	7	545	25	16	28	28	1.97
210034--210367	27	12.1	27	80	6	255	29	15	29	24	1.96
210337--210505	32	5.1	33	79	5	180	35	10	30	23	1.89
210337--210495	66	2.4	66	90	3	241	33	11	30	24	1.90
211832--211901	22	3.2	22	78	13	74	5	11	10	72	1.26
211811--211901	44	2.1	43	84	10	114	6	8	10	73	1.24
218099--218166	20	3.4	20	79	0	82	44	14	10	30	1.79
219818--220025	104	2.0	104	96	1	382	43	13	11	31	1.80
221071--221137	24	2.7	24	75	11	64	67	4	1	26	1.19
221071--221122	6	8.7	6	75	8	52	67	3	1	26	1.18
223234--223392	67	2.4	67	77	4	151	44	13	24	18	1.85
223265--223398	67	2.0	67	82	5	164	43	13	24	18	1.86
223717--223915	67	3.0	67	80	6	258	44	10	24	20	1.82
224175--224314	40	3.5	40	78	1	138	49	13	18	18	1.80
225341--226127	60	13.3	60	74	10	365	47	17	15	19	1.83
226002--226098	30	3.2	30	70	11	90	46	16	18	18	1.84
229677--229801	52	2.4	52	94	0	214	28	16	18	36	1.93
229677--229821	52	2.8	51	88	4	202	28	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229873--229930	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
230702--230729	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
230862--231701	49	17.6	49	84	5	1089	32	17	24	25	1.97
231740--232028	34	8.8	34	85	8	334	30	13	35	21	1.91
231770--232028	97	2.7	96	86	7	362	31	12	34	21	1.91
231740--232028	131	2.2	132	85	4	372	30	13	35	21	1.91
231975--232152	62	2.9	61	85	5	207	30	17	27	24	1.97
232006--232152	31	4.7	31	85	7	183	29	18	27	25	1.98
234135--234160	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234115--234185	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
234221--234246	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234113--234321	86	2.4	86	96	0	384	29	16	17	36	1.92
236618--236664	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
236785--236810	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
238884--238913	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
242990--243015	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
242970--243040	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
243076--243101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
242968--243176	86	2.4	86	96	0	384	29	16	17	36	1.92
250329--250453	52	2.4	52	94	0	214	28	16	18	36	1.93
250329--250473	52	2.8	51	88	4	202	28	16	19	35	1.94
250462--250486	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250525--250582	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
251353--251380	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
251514--252255	49	15.6	49	84	6	940	31	17	25	25	1.97
251513--252260	92	7.9	92	93	2	1012	31	17	25	25	1.97
252255--252324	33	2.1	35	89	5	108	22	17	34	25	1.96
252322--252847	34	15.9	34	81	10	403	32	12	34	20	1.90
252540--252593	27	2.0	27	88	0	81	24	14	37	24	1.93
252594--252848	63	4.0	63	88	4	327	30	12	35	21	1.91
252361--252881	97	5.3	97	80	11	559	32	12	33	20	1.91
252629--253006	31	12.0	31	84	9	232	30	14	32	23	1.94
252624--253006	97	4.0	94	81	12	266	30	14	32	22	1.93
253567--253591	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
253630--253687	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
253982--254291	88	3.5	88	78	5	250	45	12	15	26	1.82
254893--255112	108	2.0	107	80	5	246	34	14	16	35	1.89
255372--255405	15	2.3	15	90	10	52	2	8	0	88	0.62
258168--258626	166	2.8	161	80	9	482	27	12	8	50	1.70
258959--258983	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
259305--259354	25	2.0	25	85	14	68	74	0	24	2	0.93
259306--259353	12	3.7	13	79	17	55	75	0	22	2	0.91
259306--259354	11	3.9	14	77	22	54	75	0	22	2	0.90
266932--266985	22	2.5	20	82	11	63	9	27	27	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270538--270568	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
271482--271610	32	4.0	32	96	0	240	26	24	11	37	1.89
271576--271629	22	2.5	22	90	0	90	31	22	9	37	1.86
271544--271654	54	2.1	54	91	0	177	28	21	10	38	1.87
276395--276419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
276375--276443	32	2.1	33	94	2	122	36	11	17	34	1.86
276481--276505	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
276514--276642	52	2.5	52	97	0	240	34	17	18	28	1.94
290497--290566	11	6.2	11	82	14	81	82	15	1	0	0.73
290480--290566	6	14.0	6	78	17	72	82	13	3	0	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13