genome.fa.s158.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold158
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1811518

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1497 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725528--725552	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
726361--726420	30	2.0	30	93	0	102	30	3	30	36	1.74
727518--727543	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
731914--731990	28	2.8	28	86	4	93	24	18	32	24	1.97
731973--732317	52	6.6	51	68	18	185	31	11	26	29	1.92
731975--732316	104	3.3	102	72	16	304	32	11	25	30	1.92
732126--732201	27	2.8	28	85	2	100	22	21	32	23	1.98
732209--732305	50	1.9	51	89	4	151	37	10	20	31	1.86
731909--732309	211	1.9	212	89	4	623	31	12	26	28	1.93
734674--734699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
734653--734719	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
734739--734806	19	3.9	18	75	23	74	39	14	10	35	1.80
734761--734785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
734742--734804	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
734862--734918	21	2.7	21	86	0	87	38	17	8	35	1.81
735964--736003	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
736737--736784	18	2.5	19	76	10	62	56	2	0	41	1.11
739870--739914	22	2.0	22	82	0	54	57	6	0	35	1.25
741082--741156	27	2.8	27	100	0	150	17	18	29	34	1.94
743260--743301	3	13.7	3	95	5	75	30	0	0	69	0.89
743824--743862	21	2.0	21	85	10	55	69	0	0	30	0.89
743979--744019	12	2.9	15	75	20	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
744119--744145	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
744347--744408	24	2.6	24	80	10	72	43	17	17	20	1.88
744451--744541	29	3.2	29	71	21	77	36	1	2	60	1.16
744551--744603	18	3.0	17	78	8	52	52	1	1	43	1.23
745001--745087	35	2.5	35	83	12	99	42	1	0	56	1.07
745015--745074	10	6.3	10	77	18	58	43	1	0	55	1.10
744994--745085	27	3.4	27	73	18	84	42	1	0	56	1.06
745238--745299	27	2.3	27	77	5	63	43	1	0	54	1.09
745450--745485	17	2.1	17	89	0	54	66	0	2	30	1.06
745815--745871	13	4.4	13	72	16	55	35	1	0	63	1.05
745836--745895	14	4.3	14	74	14	61	36	0	0	63	0.95
747503--747541	19	2.0	21	90	10	64	48	0	5	46	1.24
748562--748599	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
750059--750084	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
750710--750829	51	2.3	52	88	1	170	30	15	10	43	1.80
750813--750866	20	2.7	20	94	0	90	38	14	7	38	1.75
752192--752231	13	3.1	13	92	0	71	32	15	15	37	1.88
753508--753553	21	2.2	21	100	0	92	32	28	13	26	1.93
756794--757026	96	2.4	96	85	4	290	27	24	14	34	1.94
758628--758666	21	1.9	21	89	5	62	71	7	0	20	1.10
759773--759828	21	2.7	21	97	0	103	39	5	26	28	1.78
766030--766073	15	2.7	16	79	13	54	52	2	2	43	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768039--768090	19	2.7	20	90	3	79	25	17	15	42	1.88
768061--768107	19	2.4	19	85	3	58	31	19	10	38	1.86
768156--768238	13	7.3	13	65	29	64	33	14	18	33	1.91
768140--768205	33	2.0	33	96	0	123	30	13	21	34	1.92
768140--768258	53	2.2	53	89	5	179	33	12	20	33	1.90
768189--768259	33	2.2	33	100	0	142	36	12	16	33	1.87
768171--768258	20	4.8	19	77	21	98	35	12	19	32	1.89
770315--770349	15	2.3	15	90	0	52	54	2	11	31	1.51
774334--774372	20	1.9	21	89	5	62	38	12	15	33	1.85
777624--777780	20	7.8	20	97	0	278	42	10	17	29	1.83
780706--780746	20	2.0	20	100	0	82	41	19	19	19	1.91
784116--784140	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
784509--784563	19	2.8	20	86	2	76	32	16	12	38	1.86
784591--784643	20	2.7	20	88	5	72	35	11	18	33	1.87
785528--785557	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
786080--786105	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
790797--790833	18	2.0	19	94	5	67	32	21	10	35	1.88
791722--791798	2	38.5	2	79	10	68	38	6	1	53	1.35
791923--791965	10	4.4	9	80	13	50	74	0	9	16	1.06
792817--792841	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
793821--793889	26	2.8	25	89	6	79	46	2	8	42	1.49
793833--793889	26	2.2	26	100	0	114	47	3	10	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793964--794000	7	5.3	7	96	0	65	16	0	0	83	0.64
797272--797300	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
797424--797465	16	2.6	16	78	14	50	50	4	7	38	1.51
799536--799569	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
804373--804424	21	2.5	20	87	9	70	32	9	11	46	1.73
804302--804500	92	2.2	93	81	2	231	33	13	13	40	1.83
804630--804660	12	2.5	13	94	5	55	48	6	0	45	1.28
805900--805979	27	2.9	28	86	1	108	27	17	30	25	1.97
805907--805979	28	2.7	27	86	2	92	26	17	30	26	1.98
805963--806348	51	7.4	51	71	12	244	32	12	24	30	1.92
805961--806184	52	4.3	51	81	9	211	33	12	24	29	1.91
806167--806239	27	2.6	28	86	2	103	21	21	31	24	1.98
808701--808731	13	2.5	13	94	5	55	38	16	16	29	1.90
808685--808751	33	2.0	33	91	0	107	44	13	14	26	1.83
808771--808838	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
808793--808817	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
808774--808836	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
809671--810354	55	12.1	55	84	9	707	22	19	30	27	1.98
809800--809882	26	3.1	26	67	13	69	15	18	31	34	1.92
809840--809934	47	2.0	47	89	4	147	15	20	29	34	1.93
809887--809969	26	3.0	29	69	16	93	19	19	31	30	1.96
809887--810354	115	4.0	110	84	9	444	23	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809670--810350	238	3.0	227	83	9	835	22	19	30	27	1.98
811315--811374	1	60.0	1	76	0	57	0	5	6	88	0.63
811324--811364	17	2.4	17	91	0	64	0	2	9	87	0.62
811315--811373	21	2.8	20	82	14	73	0	5	6	88	0.64
811323--811375	9	6.0	9	82	10	65	0	3	9	86	0.68
817037--817070	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
823780--823859	27	2.9	28	88	1	117	26	17	31	25	1.97
823842--824064	52	4.3	51	81	9	236	34	12	23	29	1.91
823841--824064	105	2.2	103	83	4	272	34	12	23	29	1.91
824047--824122	27	2.8	28	83	2	91	25	21	30	23	1.99
825981--826012	11	2.8	11	95	4	55	0	3	6	90	0.53
826527--826593	20	3.7	20	74	25	85	38	17	14	28	1.90
826548--826572	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
826528--826627	33	3.0	33	89	2	148	40	17	14	29	1.88
826580--826605	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
829455--829481	11	2.5	11	100	0	54	70	7	7	14	1.32
833895--834035	37	4.0	36	77	10	157	17	23	29	30	1.97
833900--834065	68	2.5	68	80	3	192	17	23	28	30	1.97
833895--834350	99	4.6	101	69	9	235	17	23	29	30	1.97
834192--834358	31	5.2	31	71	11	120	17	23	29	28	1.97
834222--834455	68	3.4	68	85	3	249	20	22	26	29	1.99
834250--834387	37	3.9	37	72	11	135	18	22	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834156--834402	99	2.5	93	73	15	206	19	24	27	28	1.98
833902--834402	31	15.2	31	65	14	85	17	23	28	30	1.97
834482--834565	34	2.4	34	80	5	98	35	17	20	26	1.95
843145--843193	19	2.5	20	93	3	82	36	10	18	34	1.85
845529--845608	39	2.1	39	95	0	142	27	16	13	42	1.86
848000--848050	20	2.5	20	87	6	68	27	13	17	41	1.87
850948--850988	22	2.0	20	90	9	64	41	2	2	53	1.27
855994--856032	20	2.0	20	85	10	53	53	12	5	28	1.60
856913--856951	20	1.9	20	89	5	60	28	12	0	58	1.34
857211--857265	25	2.2	25	78	12	60	25	5	5	63	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13