genome.fa.s165.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold165
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947055

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  3  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677536--678045	94	5.3	96	73	13	264	38	13	28	20	1.90
678065--678290	59	3.8	59	85	5	276	29	16	33	21	1.95
678006--678290	30	9.5	31	69	17	156	29	16	32	21	1.95
678056--678308	120	2.1	118	82	5	305	30	15	32	21	1.94
678715--678768	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
683086--683151	23	3.0	22	78	19	66	4	10	10	74	1.21
683102--683143	22	2.0	20	86	9	57	0	11	9	78	0.96
687592--687710	51	2.3	50	80	7	141	27	28	11	31	1.92
687723--687838	51	2.3	51	82	4	137	31	23	8	36	1.85
687582--687916	130	2.6	129	84	3	424	29	25	11	34	1.90
687774--688081	78	3.9	78	78	9	302	27	24	12	34	1.92
695105--695159	20	2.8	20	83	5	67	40	12	14	32	1.84
695182--695213	13	2.5	13	94	0	55	37	15	12	34	1.85
695901--695973	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
695919--695994	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
695901--695994	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
696033--696058	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
700121--700151	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
702166--702243	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
702230--702268	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
704714--704787	21	3.6	21	79	3	96	41	12	17	28	1.85
704694--704786	41	2.3	41	88	3	134	43	13	16	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704826--704851	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
713732--713767	10	3.5	10	88	3	54	86	11	2	0	0.68
714734--714983	61	4.1	62	83	7	314	25	27	17	30	1.97
714734--714983	121	2.0	123	83	7	314	25	27	17	30	1.97
714948--715060	45	2.7	43	79	14	137	21	30	14	34	1.93
715031--715138	42	2.5	43	85	4	139	21	21	16	40	1.91
714972--715244	40	6.6	40	72	17	136	19	26	12	41	1.86
718127--718245	51	2.3	51	81	2	150	30	26	10	31	1.91
718067--718451	130	3.0	129	85	5	517	29	24	11	33	1.91
718259--718372	51	2.2	51	87	0	156	31	21	12	34	1.91
718310--718624	79	4.0	78	79	7	314	27	25	13	34	1.93
718310--718619	158	2.0	159	83	5	396	27	24	13	34	1.93
726904--726962	21	2.9	20	85	7	66	44	13	13	28	1.82
732458--732513	22	2.6	22	83	13	73	39	12	14	33	1.83
733134--733549	49	8.4	49	80	4	440	33	17	24	25	1.96
733567--733614	25	2.0	24	91	4	78	43	10	31	14	1.79
733728--733868	27	5.1	27	78	9	115	34	12	31	21	1.90
733768--733894	59	2.2	59	87	5	177	33	11	33	21	1.90
733596--734218	281	2.2	278	90	3	975	36	11	31	21	1.88
734008--734306	27	10.2	28	73	16	191	35	11	31	21	1.90
733591--734475	34	28.4	32	71	14	359	36	11	30	21	1.88
733975--734306	179	1.8	182	84	3	456	36	11	30	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733713--734307	88	6.5	88	74	13	447	35	11	31	21	1.89
734307--734777	65	7.4	63	83	7	503	37	13	29	19	1.90
734275--734812	65	8.4	66	81	7	456	37	13	29	19	1.90
734295--734812	98	5.4	99	78	8	502	37	13	29	19	1.90
734307--734812	33	15.9	33	79	7	503	37	13	29	19	1.90
735799--735831	16	2.0	17	88	5	50	3	12	6	78	1.04
743099--743152	21	2.7	20	77	8	65	35	14	12	37	1.85
749765--750103	30	11.4	30	79	7	293	23	25	16	34	1.95
749753--750432	30	22.8	29	73	13	275	24	27	14	33	1.95
749780--750362	61	9.8	58	75	11	211	24	27	14	33	1.94
749753--750103	61	5.9	59	78	8	293	23	25	16	33	1.96
750096--750232	29	4.5	30	74	17	106	29	29	10	29	1.91
750018--750480	30	15.6	28	71	16	179	24	28	13	33	1.93
750096--750480	61	6.5	58	77	10	300	25	28	12	32	1.93
750156--750327	55	3.0	55	84	4	173	26	30	12	29	1.93
750412--750512	33	3.4	29	75	12	105	21	31	12	33	1.91
750512--750786	33	8.5	33	86	3	346	32	33	14	19	1.92
750512--750786	65	4.3	66	85	3	355	32	33	14	19	1.92
750512--750791	98	2.9	97	85	2	375	32	32	15	19	1.93
750855--751050	52	3.8	51	73	6	153	24	23	18	33	1.97
750856--751054	104	1.9	104	85	4	276	24	23	18	34	1.96
751810--751862	21	2.6	21	84	3	72	35	11	20	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761276--761313	20	1.9	20	88	0	58	31	15	15	36	1.90
761277--761341	33	2.0	33	84	6	87	36	15	13	33	1.87
767488--767514	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
769349--769439	39	2.4	36	83	10	103	36	2	19	41	1.64
769993--770071	33	2.4	33	91	0	122	30	17	12	39	1.87
770055--770111	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
770141--770205	33	2.0	33	90	0	103	36	13	15	33	1.87
772129--772220	39	2.4	38	87	5	123	36	2	18	42	1.63
772774--772852	33	2.4	33	89	0	122	30	17	12	39	1.87
772836--772892	19	2.9	19	84	2	78	33	15	15	35	1.90
772922--772984	33	1.9	33	90	0	99	36	11	15	36	1.84
774544--774577	17	2.0	17	88	0	50	52	29	11	5	1.61
776420--776651	78	2.9	79	80	5	220	28	24	13	34	1.93
779591--779643	19	2.7	20	97	2	99	28	18	16	35	1.93
779672--779757	20	4.7	20	74	21	89	36	11	18	33	1.87
779694--779760	33	2.0	33	100	0	134	38	11	14	34	1.84
781353--781381	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
782400--782424	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
782412--782464	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
788691--788726	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
789172--789212	20	2.0	22	85	9	59	21	48	24	4	1.69
790588--790654	22	3.0	22	95	4	118	35	0	28	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791210--791234	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
795616--795663	21	2.3	20	82	10	53	37	14	2	45	1.57
795751--795794	21	2.1	21	86	0	61	20	13	11	54	1.69
797952--798004	19	2.7	20	91	2	90	26	18	18	35	1.95
800487--800976	62	7.9	62	85	2	635	24	25	19	30	1.98
800982--801095	44	2.6	44	80	8	133	14	30	13	41	1.84
801715--801785	30	2.4	30	90	0	106	30	16	14	38	1.89
801745--801854	51	2.2	51	90	4	170	29	18	13	39	1.89
802349--802373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
802438--802463	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802451--802591	52	2.7	51	86	8	196	33	18	17	30	1.94
802471--802591	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
807769--808021	79	3.2	79	79	1	247	29	22	11	36	1.90
811090--811128	18	2.2	18	85	0	51	17	35	0	46	1.49
818002--818055	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
818043--818068	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
829359--829425	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
829379--829403	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
829467--829491	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
829500--829620	52	2.3	52	95	0	215	34	18	19	28	1.95
836795--836828	15	2.3	15	89	0	50	85	5	8	0	0.75
836868--836893	13	2.0	13	100	0	52	92	7	0	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837838--837919	30	2.7	31	80	1	94	25	24	18	31	1.97
837890--838664	33	23.1	33	82	10	776	20	33	12	33	1.90
837894--838684	98	7.9	96	81	10	651	20	34	12	32	1.90
838067--838154	34	3.0	27	75	20	95	23	36	14	25	1.93
838668--838738	33	2.2	33	94	2	126	26	35	16	21	1.95
838738--840122	49	28.7	49	85	6	1818	24	26	17	30	1.97
838738--840131	241	5.8	239	86	5	1890	24	26	17	30	1.97
840997--841063	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
841017--841041	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
841105--841129	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11