genome.fa.s165.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold165
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947055

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  7  of  11  ( 1218 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1317462--1317528	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1319871--1320205	52	6.4	51	70	13	216	29	25	12	32	1.92
1320189--1320265	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
1319866--1320308	211	2.1	210	88	2	649	27	26	13	32	1.94
1319933--1320344	107	3.9	107	73	8	302	27	27	14	31	1.95
1320219--1320423	79	2.6	79	81	3	225	24	29	16	29	1.97
1321965--1322361	156	2.6	156	83	1	501	23	16	22	37	1.93
1321965--1322417	155	2.9	153	81	4	514	24	17	21	37	1.94
1324458--1325325	49	18.7	48	80	11	967	31	17	25	25	1.97
1324458--1325324	92	9.4	92	93	1	1414	31	17	25	25	1.97
1324636--1324703	21	3.2	20	66	25	50	29	16	27	26	1.97
1325329--1325473	32	4.5	33	91	1	204	15	19	35	28	1.93
1325469--1325901	34	13.3	33	75	16	254	33	14	30	21	1.93
1325469--1325555	36	2.5	35	85	9	108	33	10	34	21	1.88
1325556--1325907	34	10.9	31	79	10	289	34	15	30	20	1.93
1325454--1325908	65	7.0	66	77	12	392	33	14	30	20	1.93
1325488--1325908	66	6.5	63	77	10	347	33	14	31	20	1.92
1327151--1327180	15	2.0	15	93	0	51	0	0	16	83	0.65
1329179--1329615	30	14.6	30	75	10	281	25	28	12	34	1.92
1329177--1329405	92	2.5	92	83	3	293	24	30	13	31	1.94
1329179--1329403	61	3.7	61	83	2	258	24	30	13	31	1.94
1329365--1329634	29	9.1	28	74	12	159	25	27	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329365--1329634	58	4.6	58	74	13	212	25	27	11	35	1.90
1329578--1329666	32	2.9	30	80	8	90	26	32	8	31	1.87
1329625--1329925	32	9.4	32	76	5	160	31	26	15	26	1.96
1329625--1329916	96	3.0	96	76	7	227	31	27	15	26	1.96
1329650--1329943	64	4.6	64	78	5	288	31	25	17	25	1.97
1329675--1329911	129	1.8	129	82	1	305	31	25	17	25	1.97
1330054--1330456	52	7.7	52	82	3	373	24	23	14	37	1.93
1330028--1330466	156	2.8	156	80	5	458	24	23	15	36	1.93
1331151--1331204	20	2.7	20	82	2	63	37	11	20	31	1.88
1331261--1331449	50	3.7	50	79	8	195	30	12	12	44	1.79
1331261--1331430	52	3.3	50	83	5	198	30	12	11	44	1.79
1339406--1339854	168	2.7	167	83	6	550	41	11	11	35	1.78
1340578--1340611	10	3.4	10	91	0	50	5	14	0	79	0.91
1340586--1340638	15	3.9	13	81	13	54	1	16	3	77	1.01
1340601--1340638	15	2.6	15	95	4	69	0	21	5	73	1.02
1341270--1341869	166	3.6	166	85	4	762	51	9	12	27	1.68
1342764--1342816	20	2.6	20	87	3	70	33	15	11	39	1.83
1346607--1346659	20	2.7	20	88	8	74	37	18	11	32	1.87
1355194--1355332	20	6.9	20	70	12	88	33	15	16	33	1.91
1355274--1355331	19	3.1	18	85	11	80	32	15	15	36	1.89
1355315--1355341	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1355296--1355357	32	1.9	33	90	3	99	38	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1358018--1358192	79	2.2	79	82	8	212	37	12	22	27	1.90
1358045--1358240	79	2.5	79	82	5	209	33	15	25	26	1.95
1358490--1358658	51	3.3	50	79	11	164	32	9	26	31	1.88
1358382--1358675	52	5.6	50	70	11	196	31	11	26	30	1.91
1360108--1360187	19	4.3	19	89	9	128	33	15	11	40	1.82
1362485--1362510	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1364878--1364935	23	2.6	22	89	7	91	65	8	8	17	1.45
1364878--1364935	22	2.7	23	92	7	95	65	8	8	17	1.45
1365865--1365919	20	2.8	20	74	0	56	43	9	9	38	1.68
1365842--1365919	40	2.0	39	84	2	102	41	10	11	37	1.75
1366880--1367016	42	3.2	42	80	7	134	39	13	27	18	1.89
1367001--1367229	122	1.9	121	87	2	334	24	20	27	26	1.99
1367000--1367234	61	3.9	61	82	4	280	25	20	28	25	1.99
1367123--1367570	154	2.8	155	82	8	453	25	20	26	27	1.99
1367274--1367912	55	11.4	55	85	5	802	24	20	26	27	1.99
1368999--1369044	10	4.3	10	86	13	65	0	2	10	86	0.64
1368988--1369042	16	3.4	16	80	10	67	0	3	10	85	0.72
1368988--1369041	27	2.0	28	89	10	85	0	3	11	85	0.73
1368999--1369044	22	2.1	21	92	4	74	0	2	10	86	0.64
1381398--1381578	79	2.3	79	86	1	238	31	16	27	24	1.96
1381533--1381609	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
1381462--1381657	107	1.8	107	81	4	243	31	16	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1384805--1384830	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1385145--1385338	80	2.5	79	83	3	221	30	14	25	28	1.95
1385273--1385456	51	3.6	51	80	5	217	34	10	23	30	1.89
1386626--1386651	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1386704--1386755	21	2.6	21	90	6	81	34	15	11	38	1.83
1387502--1387553	20	2.6	21	84	9	72	36	17	13	32	1.89
1390648--1390775	52	2.5	52	92	3	215	31	17	17	33	1.93
1390784--1390808	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1390849--1390915	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1390871--1390895	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1391814--1391957	49	2.9	49	85	3	198	33	18	25	23	1.97
1391720--1392179	224	2.1	224	98	0	893	35	14	25	25	1.93
1392038--1392477	49	8.9	49	83	3	569	31	16	26	25	1.97
1392038--1393283	101	12.4	101	88	7	1788	31	16	26	25	1.96
1392558--1393283	49	14.7	49	84	5	957	31	17	26	25	1.97
1391814--1393283	520	2.9	520	93	3	2424	32	16	26	25	1.96
1393099--1393288	43	4.1	44	82	12	238	29	17	27	25	1.97
1393283--1393586	33	9.2	34	91	4	450	18	18	34	28	1.95
1393276--1393586	133	2.4	132	90	5	474	18	18	34	28	1.94
1393588--1393822	34	6.9	34	90	4	348	34	12	34	18	1.88
1407869--1407935	10	7.1	10	78	8	70	86	13	0	0	0.57
1407869--1407944	14	5.4	13	83	13	89	85	13	0	1	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1407869--1407944	28	2.6	30	86	14	115	85	13	0	1	0.66
1407869--1407931	1	63.0	1	74	0	54	87	12	0	0	0.55
1408969--1409053	37	2.3	37	97	0	161	25	14	15	44	1.84
1409407--1409552	28	5.1	29	86	4	172	31	28	16	23	1.96
1409541--1409707	34	5.0	32	81	7	163	17	33	14	34	1.90
1409541--1409699	33	4.7	33	81	9	153	16	33	15	35	1.90
1409541--1409707	67	2.5	67	81	8	180	17	33	14	34	1.90
1409716--1409992	43	6.1	43	74	19	204	26	28	17	27	1.98
1409758--1409833	22	3.2	22	64	25	55	26	28	15	28	1.96
1409768--1409842	22	3.1	23	63	26	55	29	28	17	25	1.97
1409742--1409842	50	2.0	50	100	0	202	30	27	15	25	1.96
1409742--1409821	27	3.1	27	63	26	73	32	27	13	26	1.94
1409712--1410083	138	2.7	136	78	12	355	26	27	17	29	1.98
1409955--1410185	49	4.7	49	82	2	275	24	24	18	32	1.97
1409954--1410185	99	2.4	98	85	0	311	24	25	18	32	1.97
1409716--1410085	187	2.0	186	82	6	431	25	27	18	28	1.98
1416380--1416472	1	93.0	1	78	0	78	0	7	5	87	0.68
1416380--1416473	35	2.7	35	95	3	165	0	8	5	86	0.71
1427377--1427403	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1427387--1427443	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
1427472--1427525	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1432493--1432534	11	3.5	12	77	9	50	76	2	16	4	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1434939--1434963	6	4.2	6	100	0	50	32	52	0	16	1.44
1437505--1438013	168	3.1	164	84	5	648	54	9	9	27	1.63
1438577--1438649	20	3.7	19	88	3	101	30	19	13	36	1.90
1439973--1440068	43	2.2	43	81	3	104	20	27	10	41	1.85
1440119--1440401	84	3.4	85	75	6	209	22	30	12	34	1.91
1440388--1440450	21	3.2	21	65	28	57	19	30	12	38	1.89
1440388--1440475	37	2.4	37	88	0	131	20	31	10	37	1.86
1440530--1440889	84	4.3	85	75	4	286	19	31	14	35	1.91
1440934--1441575	84	7.7	83	75	7	523	19	30	13	35	1.90
1440973--1441575	167	3.6	167	87	3	802	20	30	13	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11