genome.fa.s165.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold165
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947055

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  9  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1604423--1604666	61	4.1	61	76	11	222	38	12	24	25	1.90
1604497--1605091	52	11.1	52	74	10	401	38	13	22	25	1.91
1604433--1604713	113	2.5	113	83	3	334	36	13	23	26	1.92
1604629--1604978	156	2.2	156	88	1	495	38	13	22	25	1.91
1605159--1605309	33	4.8	32	83	6	166	19	15	33	31	1.93
1607923--1607985	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1607909--1607998	32	2.8	32	94	0	153	33	13	16	36	1.88
1607910--1607999	13	6.0	13	70	26	54	34	13	16	35	1.88
1608037--1608062	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1608092--1608134	20	2.1	21	91	4	70	34	23	9	32	1.87
1610417--1610653	51	4.6	51	86	2	316	29	27	11	31	1.92
1610417--1610653	102	2.3	102	89	2	352	29	27	11	31	1.92
1610717--1610788	28	2.6	28	82	8	92	18	30	22	29	1.97
1612416--1612441	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1612398--1612461	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1612899--1612965	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1615465--1615507	18	2.3	19	96	4	79	18	0	11	69	1.17
1616163--1616187	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1617013--1617080	30	2.2	32	89	5	104	29	4	29	36	1.77
1618204--1618229	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1618186--1618249	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1618667--1618733	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1619944--1619974	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
1629149--1629211	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1629135--1629219	32	2.7	32	94	0	143	31	15	16	36	1.90
1629168--1629192	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1631254--1631278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1631322--1631362	21	2.0	21	100	0	82	43	9	19	26	1.82
1633724--1634368	51	12.4	52	68	14	321	28	25	12	33	1.92
1633726--1634480	262	2.9	262	91	0	1212	28	26	12	32	1.93
1634381--1634615	79	3.0	78	78	4	265	27	28	14	30	1.95
1637448--1637503	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
1637555--1637618	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
1637573--1637598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1637555--1637618	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
1641101--1641131	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1645625--1645680	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
1645732--1645795	32	2.0	33	87	3	94	43	15	12	28	1.83
1646787--1646833	23	2.0	23	100	0	94	29	25	8	36	1.86
1646787--1646840	23	2.5	22	90	6	83	33	25	7	33	1.84
1646877--1646928	21	2.5	21	81	6	61	36	5	19	38	1.76
1646966--1647075	51	2.2	52	86	3	152	30	13	11	43	1.80
1651692--1651722	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1651672--1651738	33	2.0	33	88	5	100	35	16	13	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1651767--1651822	19	2.9	19	89	2	76	33	19	16	30	1.94
1651807--1651833	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1660199--1660265	33	2.0	33	88	11	102	34	17	11	35	1.87
1660227--1660264	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
1660219--1660244	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1660294--1660349	20	2.8	20	97	0	103	33	19	12	33	1.89
1665453--1665520	33	2.1	33	86	8	95	32	13	16	38	1.87
1668002--1668040	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1673909--1673935	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1674287--1674354	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1674308--1674332	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1674289--1674351	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1674374--1674428	20	2.8	20	82	0	74	23	14	16	45	1.84
1676928--1677100	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
1676753--1677097	51	6.6	52	69	10	184	30	26	11	31	1.92
1677080--1677161	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
1676764--1677171	211	1.9	211	87	3	597	29	27	12	30	1.93
1694066--1694135	27	2.5	28	86	13	101	24	32	20	22	1.97
1694121--1694293	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
1693946--1694290	51	6.6	52	70	11	204	30	26	11	31	1.91
1694273--1694354	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
1693957--1694364	211	1.9	211	86	3	572	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1697310--1697594	145	2.0	145	100	0	570	16	19	37	25	1.93
1697969--1697994	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1699912--1699983	34	2.1	34	100	0	144	37	13	25	23	1.92
1701940--1701984	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1704205--1704230	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1705693--1705717	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1705670--1705737	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
1711425--1712360	28	32.9	28	76	10	618	29	30	17	23	1.97
1711423--1712360	56	16.5	56	77	8	688	29	30	17	23	1.97
1711425--1712360	86	11.0	84	76	10	611	29	30	17	23	1.97
1711931--1712173	134	1.8	133	84	2	335	28	30	16	23	1.97
1713126--1713176	18	2.8	18	90	0	75	39	5	23	31	1.79
1713236--1713354	53	2.3	51	88	4	184	24	17	17	40	1.91
1719208--1719233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1719293--1719365	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1719272--1719365	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1719272--1719347	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1720000--1720041	21	2.0	21	100	0	84	52	19	4	23	1.65
1721829--1721864	13	2.8	13	95	0	63	30	13	19	36	1.91
1721855--1721932	20	3.7	20	74	15	66	42	14	15	28	1.85
1723941--1723971	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1728033--1728058	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1728118--1728190	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1728097--1728190	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
1728097--1728172	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
1731802--1731980	51	3.5	51	77	2	173	29	22	12	35	1.91
1732048--1732118	28	2.6	26	82	8	79	21	25	22	30	1.98
1732048--1732128	28	3.0	26	72	20	67	20	23	19	35	1.96
1737210--1737338	52	2.5	52	94	0	231	28	18	17	35	1.93
1737347--1737371	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1737632--1737666	16	2.2	16	94	0	61	57	8	8	25	1.57
1745081--1745106	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1745090--1745146	19	2.9	19	84	2	69	35	15	15	33	1.90
1745191--1745221	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
1745175--1745243	33	2.1	33	83	5	86	30	14	18	36	1.91
1751402--1751427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1753878--1753942	32	2.0	33	84	3	87	30	16	10	41	1.83
1753907--1753963	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
1753995--1754045	20	2.5	20	90	6	77	33	13	17	35	1.89
1758346--1758385	21	1.9	21	85	10	55	12	35	15	37	1.85
1760645--1761446	79	10.2	79	79	5	628	28	24	12	34	1.92
1760645--1761429	237	3.3	236	79	4	762	28	24	12	34	1.93
1760645--1761446	158	5.1	156	79	5	738	28	24	12	34	1.92
1769203--1769486	155	1.8	155	83	1	381	40	21	14	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1769546--1769622	38	2.0	38	97	0	145	44	7	19	28	1.78
1771368--1771412	11	4.0	11	82	5	63	2	28	0	68	1.01
1771535--1771573	19	2.0	19	90	5	60	17	7	5	69	1.32
1771909--1772329	166	2.5	165	78	8	372	49	9	10	31	1.69
1772055--1772488	167	2.6	166	77	5	403	49	8	11	29	1.69
1773886--1774164	42	6.6	42	76	5	204	35	18	26	19	1.95
1773889--1773976	43	2.0	43	82	4	106	37	19	23	19	1.94
1774163--1774290	42	3.0	42	82	4	150	32	13	32	21	1.92
1774220--1774305	42	2.0	42	84	0	109	33	15	30	20	1.93
1774014--1774322	84	3.7	84	74	3	235	34	16	28	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11