genome.fa.s165.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold165
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947055

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  4  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841138--841258	52	2.3	52	95	0	215	34	18	19	28	1.95
847379--847421	17	2.3	19	88	11	63	83	9	6	0	0.80
848450--848531	37	2.2	37	100	0	164	25	15	14	43	1.85
848890--849257	29	12.9	27	76	12	274	30	29	18	20	1.96
848890--849257	57	6.4	55	77	11	280	30	29	18	20	1.96
849013--849274	57	4.6	57	81	4	305	32	30	18	19	1.96
849272--849422	49	3.0	49	87	2	194	25	29	15	29	1.96
849293--849477	52	3.6	51	79	6	153	26	26	15	31	1.96
850052--850105	19	2.7	21	82	5	76	40	11	14	33	1.82
850165--850191	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
854670--854704	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
856734--856776	13	3.2	13	74	6	50	32	2	2	62	1.20
861168--861211	2	22.0	2	95	0	79	52	0	0	47	1.00
863940--864012	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
863957--864033	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
863940--864033	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
864072--864097	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
868159--868189	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
870262--870300	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
872093--872153	31	2.0	31	100	0	122	26	3	26	44	1.69
872774--872846	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
872791--872867	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872774--872867	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
872906--872931	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
875867--875935	28	2.5	28	90	0	102	20	14	36	28	1.92
878388--878516	51	2.5	52	84	2	163	42	10	15	31	1.81
878581--878633	20	2.6	21	87	6	90	30	16	9	43	1.80
887278--887374	49	2.0	49	89	4	151	24	25	16	32	1.96
887278--887396	49	2.4	49	84	5	134	25	25	16	32	1.96
887446--887588	52	2.8	52	82	2	171	22	23	15	38	1.92
890561--890633	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
890579--890654	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
890561--890654	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
890692--890718	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
890675--890738	32	2.0	33	87	9	96	42	15	15	26	1.87
894781--894811	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
896886--896924	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
899367--899439	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
899385--899460	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
899367--899460	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
899498--899524	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
899481--899544	32	2.0	33	87	9	96	42	15	15	26	1.87
901598--901785	66	2.8	66	81	1	198	44	13	23	18	1.86
901988--902129	66	2.2	66	82	5	178	52	13	17	16	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901666--902232	172	3.3	169	78	7	522	45	13	22	18	1.84
902291--902600	40	7.8	40	78	1	226	46	12	19	21	1.83
902291--902600	80	3.9	80	74	3	255	46	12	19	21	1.83
902296--902600	120	2.5	120	77	4	292	45	13	19	21	1.84
906317--906630	40	7.8	40	76	2	254	45	11	20	22	1.83
906317--906630	80	3.9	80	76	3	290	45	11	20	22	1.83
906325--906630	120	2.5	120	79	3	303	45	12	19	22	1.83
913390--913428	12	3.3	12	82	3	53	38	46	7	7	1.61
915867--916019	32	4.9	32	73	18	124	22	29	11	36	1.90
915853--916019	59	2.7	62	75	19	159	20	29	11	37	1.89
915895--915946	27	1.9	27	92	0	86	26	30	13	28	1.94
915895--915953	27	2.2	27	87	0	82	25	28	11	33	1.91
915921--916006	34	2.6	32	78	10	93	24	32	8	34	1.85
916039--916230	32	6.0	32	79	6	183	31	31	16	20	1.95
916035--916202	63	2.6	64	82	4	198	30	32	16	20	1.95
916279--916378	52	1.9	52	81	0	119	28	25	14	33	1.94
916278--916453	95	1.9	94	84	4	237	27	25	14	32	1.94
916374--916722	52	6.8	50	75	5	236	25	24	15	34	1.95
916377--916620	101	2.4	103	82	2	285	26	25	15	33	1.95
920510--920565	27	2.1	27	86	0	76	28	16	30	25	1.96
922814--922838	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
923549--923953	52	7.7	52	72	9	257	33	17	25	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923432--923644	113	1.9	114	82	4	270	31	15	26	25	1.96
923966--924189	32	7.0	31	78	7	216	21	18	29	30	1.97
924361--924437	28	2.8	27	84	5	93	25	18	27	28	1.98
924453--924525	13	5.5	13	75	14	60	32	19	15	32	1.92
924453--924531	14	5.9	13	77	8	70	32	18	13	34	1.91
929766--929838	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
929745--929838	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
929745--929820	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
930474--930515	21	2.0	21	95	0	75	54	19	4	21	1.62
932304--932341	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
932330--932406	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
934415--934445	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
938508--938533	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
938593--938665	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
938572--938665	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
938572--938647	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
940029--940056	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
941972--942012	21	2.0	21	85	4	57	19	17	17	46	1.85
948934--949011	27	2.9	27	88	5	113	24	19	33	23	1.97
948848--949161	103	3.0	104	84	6	339	29	15	28	26	1.96
949095--949217	51	2.4	52	85	8	153	32	12	22	32	1.91
949644--949673	12	2.5	12	94	0	51	60	0	16	23	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951656--951680	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
951625--951699	31	2.4	32	90	2	116	34	17	13	34	1.89
951756--951813	21	2.8	21	100	0	116	37	20	10	31	1.86
955171--955216	21	2.2	22	88	7	69	73	6	4	15	1.19
955882--955934	18	2.7	20	83	13	58	30	33	20	15	1.93
955938--956010	24	3.1	24	62	18	62	28	32	20	17	1.96
955831--956058	115	2.0	113	86	5	316	30	33	20	15	1.94
955853--955981	68	1.9	68	85	3	179	31	34	18	14	1.91
955917--956134	47	4.7	47	76	5	212	28	31	21	17	1.96
955962--956140	90	2.0	90	85	2	243	29	30	22	17	1.96
956114--956156	22	2.0	22	90	0	68	34	37	20	6	1.80
969331--970392	42	25.0	42	79	3	944	16	28	17	37	1.91
969331--970395	85	12.5	85	81	4	984	16	28	17	37	1.91
971577--971752	47	3.9	48	68	20	135	31	33	18	16	1.93
971561--971722	86	1.9	83	86	6	227	30	34	19	16	1.93
971660--971927	47	5.8	47	76	7	233	30	32	19	16	1.94
971811--971965	22	7.0	22	68	16	79	32	32	20	13	1.92
971804--971874	21	3.2	22	78	13	74	32	32	22	12	1.92
978516--978587	11	6.1	12	80	13	87	81	18	0	0	0.68
978516--978587	14	5.0	13	81	15	72	81	18	0	0	0.68
978517--978597	34	2.4	33	89	10	119	81	18	0	0	0.69
979927--980005	28	2.9	27	76	1	77	30	30	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980185--980461	32	8.7	32	79	9	266	32	31	18	17	1.94
980181--980475	64	4.7	62	82	6	326	31	31	17	18	1.94
980513--981095	52	11.7	52	73	13	307	26	26	16	31	1.96
980776--981181	43	8.8	43	74	13	229	26	26	16	30	1.97
980864--981201	95	3.6	94	77	7	359	26	27	15	31	1.95
980776--981047	147	1.9	147	86	0	391	26	27	16	29	1.97
982826--982866	21	2.0	21	86	13	59	21	14	14	48	1.80
986578--986629	13	4.5	13	73	26	62	36	17	13	32	1.89
986578--986646	33	2.1	33	89	10	106	36	18	14	30	1.91
989097--989146	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11