genome.fa.s165.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold165
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947055

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

This is table  8  of  11  ( 1218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442566--1443186	166	3.8	164	77	9	548	29	9	9	52	1.64
1442567--1443186	332	1.9	332	80	7	738	29	9	9	52	1.65
1442544--1443350	166	4.9	164	77	8	493	30	9	9	50	1.67
1444941--1445004	32	2.0	33	87	3	94	28	14	15	42	1.86
1445530--1445625	35	2.8	35	93	1	167	33	12	21	32	1.91
1447034--1447270	86	2.8	85	86	3	325	42	16	27	13	1.86
1447043--1447375	42	7.7	43	72	6	201	40	16	29	14	1.87
1447062--1447400	128	2.6	129	80	3	407	40	16	28	14	1.88
1447455--1447890	51	8.4	52	76	6	366	33	16	24	25	1.95
1447455--1447890	103	4.2	103	85	1	498	33	16	24	25	1.95
1448162--1448363	50	4.0	51	87	4	268	39	13	23	24	1.90
1448178--1448363	100	1.8	103	89	3	297	38	13	24	23	1.91
1448546--1448766	34	6.7	32	76	10	122	31	17	26	23	1.97
1448432--1449304	93	9.2	96	77	8	336	24	17	29	28	1.97
1448464--1449330	61	13.7	66	78	10	330	24	17	29	28	1.97
1448431--1450189	32	57.3	31	76	11	1067	24	17	29	28	1.98
1448669--1450189	89	16.7	91	75	12	693	23	18	29	28	1.97
1448431--1450144	330	5.1	331	78	10	1464	24	17	29	28	1.97
1448856--1450266	30	46.9	29	77	11	833	23	18	29	29	1.97
1450037--1450291	87	2.9	87	74	8	239	23	17	28	30	1.97
1457400--1457494	19	5.6	19	72	27	106	35	18	11	33	1.87
1457393--1457494	32	3.2	32	98	0	195	36	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457419--1457475	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
1458262--1458590	49	6.7	49	74	8	226	33	17	24	25	1.96
1458352--1458595	49	5.0	49	75	8	230	33	16	23	26	1.96
1458355--1458545	101	1.9	101	85	2	267	34	16	23	26	1.95
1458607--1458786	27	6.5	27	85	8	197	18	17	31	32	1.94
1458607--1458787	55	3.3	55	80	13	201	19	17	30	32	1.95
1460218--1460297	14	5.5	15	76	14	69	0	1	15	83	0.70
1460221--1460297	22	3.4	23	87	5	95	0	1	15	83	0.72
1460219--1460297	28	2.9	28	81	12	101	0	1	15	83	0.71
1460218--1460297	41	2.0	40	85	7	108	0	1	15	83	0.70
1460231--1460296	1	66.0	1	72	0	51	0	1	12	86	0.64
1469399--1469484	43	2.0	43	97	0	163	19	27	12	39	1.88
1474228--1474311	20	4.6	20	69	22	67	41	14	13	30	1.84
1474280--1474355	20	3.8	20	85	3	100	39	11	14	34	1.83
1480079--1480788	30	23.8	28	72	13	241	30	29	16	22	1.96
1480133--1480422	121	2.4	119	86	3	393	31	29	16	23	1.96
1480079--1480799	32	24.1	30	75	11	440	30	29	16	23	1.96
1480251--1480602	178	2.0	180	90	1	564	30	30	16	22	1.96
1480429--1480788	121	3.0	120	86	3	478	29	30	16	22	1.96
1480080--1480775	299	2.3	298	88	2	1000	30	30	16	22	1.96
1481927--1482077	20	7.8	20	69	15	93	35	12	15	35	1.86
1481927--1482154	96	2.4	97	91	3	370	37	12	15	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482101--1482276	71	2.5	70	87	3	244	29	16	12	41	1.85
1482172--1482228	20	2.8	20	97	0	105	29	17	10	42	1.83
1485485--1485610	63	2.0	62	89	1	189	24	19	17	38	1.92
1485613--1485663	27	1.9	26	84	11	68	17	0	5	76	0.98
1485606--1485663	28	2.2	26	84	12	73	17	0	5	77	0.94
1485606--1485669	18	3.5	19	83	8	71	17	0	6	76	0.98
1491600--1491624	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
1497120--1497187	34	2.0	34	94	0	118	36	10	16	36	1.82
1497219--1497270	19	2.7	19	87	0	77	40	15	11	32	1.83
1501193--1501374	79	2.3	80	79	5	190	31	14	27	26	1.95
1501440--1501663	80	2.8	79	87	1	313	30	14	26	28	1.95
1501599--1501781	51	3.6	50	84	5	242	33	11	25	29	1.91
1504142--1504167	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1504220--1504271	19	2.6	21	90	6	81	32	15	11	40	1.83
1505112--1505530	55	7.4	55	90	2	552	23	21	28	26	1.99
1505447--1505532	26	3.2	26	66	15	75	22	20	31	25	1.98
1505506--1505608	40	2.5	40	95	1	179	24	20	34	20	1.96
1506643--1506706	1	64.0	1	74	0	56	1	6	4	87	0.72
1506640--1506706	11	5.8	12	87	8	68	1	7	4	86	0.75
1506637--1506695	24	2.5	22	81	10	64	0	10	5	84	0.76
1506659--1506704	19	2.4	19	92	3	74	2	2	6	89	0.64
1519051--1519232	79	2.3	79	81	1	195	33	15	24	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1519372--1519669	52	5.7	50	72	14	244	32	12	26	28	1.92
1519098--1519602	238	2.1	239	85	3	669	32	14	26	26	1.94
1527666--1527726	4	15.0	4	93	3	68	1	49	8	40	1.42
1532938--1533230	146	2.0	142	80	9	326	50	9	6	33	1.62
1534412--1534476	33	2.0	33	85	11	89	30	16	15	36	1.90
1534530--1534578	20	2.5	20	86	3	64	42	16	12	28	1.84
1534527--1534578	19	2.7	19	84	3	68	42	15	13	28	1.85
1535613--1535638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1536262--1536341	39	2.0	40	83	7	101	35	25	5	35	1.78
1538246--1538301	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
1538353--1538416	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
1538371--1538396	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1538353--1538416	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
1542622--1542646	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1542602--1542668	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1542709--1542733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1542742--1542922	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
1548836--1548910	20	3.7	20	74	13	71	40	10	12	37	1.77
1549631--1549874	61	4.1	61	75	11	231	38	13	23	25	1.90
1549705--1550299	52	11.1	52	73	10	347	38	13	22	25	1.90
1549641--1549899	113	2.3	112	84	4	324	37	13	22	25	1.91
1549837--1550152	156	2.0	156	88	1	463	37	13	21	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1549865--1550186	156	2.1	156	87	2	459	40	13	21	25	1.89
1550359--1550516	33	5.0	31	81	6	165	19	18	31	30	1.96
1550359--1550518	64	2.5	63	81	7	162	19	18	31	30	1.96
1555576--1555800	51	4.4	51	89	2	337	29	28	12	29	1.93
1555858--1555928	28	2.5	28	86	4	90	22	25	21	30	1.98
1555889--1556056	79	2.1	79	84	0	210	31	24	10	33	1.90
1564325--1564391	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1564345--1564369	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1564432--1564456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1570502--1570566	4	16.0	4	93	3	76	1	49	7	41	1.41
1575311--1575336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1575517--1576312	396	2.0	396	99	0	1583	33	15	19	31	1.93
1577940--1577984	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1579787--1579817	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1581895--1581920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1584719--1584743	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1584699--1584767	33	2.1	33	88	0	102	33	11	14	40	1.82
1584809--1584833	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1584842--1584962	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1588188--1588230	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
1593189--1593812	33	18.3	31	79	12	284	21	33	12	32	1.90
1593213--1593812	34	17.5	35	83	8	670	20	33	11	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1593218--1593787	105	5.5	104	87	6	715	21	33	12	33	1.90
1593866--1594482	49	12.7	49	86	6	817	24	26	17	31	1.97
1593866--1594481	150	4.2	149	86	5	850	24	25	17	31	1.97
1595425--1595449	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1595405--1595473	33	2.1	33	88	0	102	33	11	14	40	1.82
1595515--1595539	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1595548--1595668	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1598810--1598835	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1603628--1603702	20	3.7	20	74	13	71	40	10	12	37	1.77
1603731--1603782	21	2.6	20	76	8	61	36	15	11	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11