genome.fa.s230.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold230
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2055625

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803436--803493	29	2.0	28	83	3	71	58	0	1	39	1.08
807839--807868	11	2.7	11	94	0	51	23	3	33	40	1.71
810463--810504	17	2.3	19	88	8	61	38	0	0	61	0.96
810630--810667	20	1.9	20	84	10	51	28	2	5	63	1.30
810750--810802	21	2.5	22	81	12	65	43	1	0	54	1.11
810793--810853	23	2.7	24	82	10	74	34	1	1	62	1.15
810812--810902	12	7.7	11	70	17	58	39	1	0	59	1.05
810872--810914	18	2.2	20	84	8	54	48	2	0	48	1.14
811585--811618	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
818518--818546	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
823172--823199	14	2.0	14	100	0	56	14	35	21	28	1.92
823861--823900	20	2.0	20	85	5	53	50	0	0	50	1.00
823837--823909	31	2.5	29	79	14	78	43	0	1	54	1.08
823898--823942	20	2.2	20	84	11	56	35	0	2	62	1.08
823919--823987	36	1.9	35	85	8	95	42	0	4	53	1.20
824594--824639	12	3.8	12	82	0	56	71	4	0	23	1.03
824594--824644	24	2.1	25	85	3	68	68	3	0	27	1.07
824866--824931	24	2.6	25	71	19	64	31	0	4	63	1.14
828049--828087	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
828973--828998	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
829290--829342	9	5.9	9	86	4	63	47	0	3	49	1.19
829288--829342	4	12.5	4	78	17	56	49	0	3	47	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829288--829342	13	4.2	13	81	9	58	49	0	3	47	1.19
829287--829348	14	4.5	13	78	15	63	51	0	3	45	1.17
829388--829452	18	3.8	16	70	18	51	47	0	1	50	1.10
829627--829671	23	2.0	22	91	4	72	82	0	17	0	0.68
829627--829671	18	2.3	20	85	7	58	82	0	17	0	0.68
829712--829750	20	2.0	20	90	5	62	53	0	0	46	1.00
829757--829814	24	2.4	24	82	8	64	24	1	6	67	1.25
829885--829947	19	3.5	19	74	10	60	38	1	1	58	1.17
829940--830002	23	2.6	26	76	19	73	25	1	7	65	1.29
829947--830002	24	2.4	23	76	8	60	23	1	8	66	1.30
829697--830022	160	2.0	162	86	4	453	33	1	3	61	1.23
830715--830790	28	2.7	26	74	13	71	27	3	2	65	1.23
830853--830901	17	2.8	17	82	11	64	57	0	0	42	0.99
830849--830892	17	2.6	18	85	10	65	54	0	0	45	0.99
830879--830957	34	2.3	36	76	12	94	46	1	0	51	1.08
835679--835748	32	2.2	33	82	10	83	40	0	2	57	1.14
835700--835806	14	6.3	18	67	29	58	39	0	0	58	1.11
835727--835776	18	2.5	19	81	12	57	40	0	0	60	0.97
835760--835801	22	1.9	22	90	0	66	33	2	0	64	1.07
837177--837216	19	2.2	18	86	13	55	37	0	15	47	1.45
838123--838162	19	2.1	19	86	9	55	40	0	2	57	1.12
838284--838344	31	1.9	32	83	9	81	40	1	1	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840600--840643	20	2.2	20	87	0	61	34	0	9	56	1.31
844356--844389	17	2.0	17	88	0	50	38	0	8	52	1.33
845486--845535	25	1.9	27	84	15	70	40	4	0	56	1.18
846171--846215	21	2.0	24	87	12	69	62	0	0	37	0.96
846560--846610	11	4.7	11	78	9	52	45	0	0	54	0.99
847190--847219	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
847417--847458	19	2.0	21	82	13	52	47	0	0	52	1.00
847687--847715	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85
847710--847758	21	2.3	21	92	0	89	48	10	6	34	1.62
852424--852456	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
857756--857809	24	2.2	24	86	0	72	24	14	46	14	1.83
857848--857922	21	3.6	21	72	13	73	20	13	48	18	1.81
857828--857912	42	2.0	42	90	0	134	18	9	48	23	1.77
858051--858104	18	2.7	21	77	16	69	24	5	51	18	1.67
858153--858194	21	2.0	21	90	0	66	14	14	57	14	1.66
857830--858301	246	1.9	246	90	1	750	21	14	42	22	1.88
858398--858563	33	5.0	33	71	5	129	7	10	38	42	1.69
858418--858576	66	2.4	66	88	0	228	8	10	37	42	1.71
858561--858930	66	5.6	65	81	8	241	5	11	38	44	1.64
858624--858860	33	7.2	33	68	1	161	6	12	39	42	1.68
858520--858695	84	2.1	84	79	4	203	5	8	38	47	1.58
858398--858790	216	1.8	216	87	4	587	7	10	38	43	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858592--858938	132	2.6	130	83	5	417	5	11	39	43	1.63
858833--858930	33	3.0	33	70	0	97	5	9	40	44	1.58
858606--858942	66	5.1	65	85	5	374	5	11	39	43	1.64
860625--860681	30	1.9	30	82	3	71	45	3	3	47	1.37
860638--860711	30	2.5	30	86	4	96	43	4	2	50	1.35
861058--861103	17	2.7	17	93	0	74	43	0	0	56	0.99
861292--861346	19	2.9	19	75	5	58	65	0	0	34	0.93
861303--861382	32	2.6	30	80	11	90	53	1	0	45	1.08
861585--861693	57	1.9	56	80	14	127	54	0	0	45	1.00
867534--867605	25	2.8	25	81	6	74	47	1	1	50	1.18
868482--868539	21	2.7	22	72	25	61	58	0	0	41	0.98
869056--869092	18	2.1	18	100	0	74	27	16	16	40	1.89
872527--872554	6	4.7	6	100	0	56	17	35	0	46	1.49
874899--874954	18	3.2	17	83	14	69	50	5	1	42	1.35
874905--874959	19	2.9	18	82	15	67	45	7	1	45	1.41
876117--876184	28	2.4	28	85	4	84	23	14	11	50	1.76
876186--876216	15	2.0	16	93	6	55	29	6	12	51	1.65
876234--876570	172	2.0	172	93	1	586	38	10	9	41	1.72
877058--877113	11	5.3	11	76	8	62	60	0	0	39	0.97
877058--877110	10	5.2	10	82	13	56	60	0	0	39	0.97
877058--877113	21	2.7	20	83	5	67	60	0	0	39	0.97
877691--877730	19	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878899--878939	21	1.9	22	90	5	66	53	0	7	39	1.29
880574--880649	36	2.1	36	83	13	95	50	0	0	50	1.00
882000--882052	22	2.3	23	80	9	63	45	0	0	54	0.99
882324--882355	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
882335--882404	36	1.9	36	97	0	131	35	12	5	45	1.66
882814--882865	12	4.6	12	76	13	56	36	0	0	63	0.95
882800--882868	33	2.1	31	82	12	77	36	0	2	60	1.11
891606--891647	16	2.6	16	88	7	59	42	21	16	19	1.89
894061--894103	16	2.7	16	79	13	52	32	2	4	60	1.30
894215--894265	12	4.7	12	77	20	58	60	0	5	33	1.21
898906--898962	21	2.6	21	78	15	62	29	1	0	68	1.00
898902--898962	23	2.8	22	80	14	72	29	1	0	68	0.99
898952--899040	38	2.3	39	81	13	103	44	1	0	53	1.07
898994--899045	16	3.2	16	76	10	61	48	0	0	51	1.00
899164--899221	20	2.8	20	76	2	62	51	0	0	48	1.00
900343--900418	37	2.2	33	81	9	80	52	0	1	46	1.08
904909--904946	18	2.1	19	90	5	60	57	0	0	42	0.98
905010--905064	15	3.4	16	75	14	51	61	1	0	36	1.06
905011--905051	16	2.7	15	82	17	50	56	2	0	41	1.13
911743--911775	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
925283--925318	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
925483--925549	31	2.2	29	80	17	75	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927553--927612	26	2.3	27	82	2	77	60	6	0	33	1.23
928642--928712	35	2.1	35	81	7	83	61	2	2	32	1.24
929169--929201	16	2.1	16	88	11	50	54	3	0	42	1.15
929286--929326	20	2.0	20	85	0	55	2	19	0	78	0.87
929631--929680	16	3.2	16	81	18	61	0	14	2	84	0.72
929932--930021	5	17.2	5	74	17	58	64	2	1	32	1.13
929920--930038	11	10.6	11	72	19	86	66	1	0	31	1.07
929933--930024	19	5.3	18	72	23	74	64	2	1	32	1.13
929889--930019	11	12.0	11	69	12	58	64	2	1	32	1.15
929836--930073	79	3.0	79	71	19	201	61	2	0	35	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14