genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9007--9093	11	7.7	11	78	8	95	77	1	18	3	0.98
9003--9074	32	2.3	32	83	7	94	79	0	16	4	0.89
10864--11016	70	2.2	70	91	0	243	30	24	11	33	1.90
11067--11253	97	1.9	97	93	0	320	29	27	12	30	1.93
22875--22958	17	4.9	16	82	8	96	85	8	2	3	0.79
22876--22948	25	3.0	25	90	7	114	86	6	2	4	0.78
22883--22940	26	2.3	24	96	3	89	87	6	1	3	0.70
22875--22941	1	67.0	1	75	0	62	88	7	1	2	0.68
24146--24553	28	14.5	28	85	5	425	32	26	16	24	1.96
26074--26110	13	2.7	14	91	4	58	83	2	13	0	0.74
26074--26130	16	3.6	16	80	4	62	80	1	17	0	0.79
26074--26119	14	3.4	13	88	8	65	82	2	15	0	0.76
26087--26126	11	3.3	12	86	10	55	80	0	20	0	0.72
26096--26130	12	3.0	12	87	8	54	77	0	22	0	0.78
27833--28017	97	1.9	97	85	3	257	29	27	11	31	1.92
31165--31752	81	7.3	80	79	9	551	33	11	24	29	1.91
31165--31752	236	2.4	236	82	11	660	33	11	24	29	1.91
33375--33470	19	5.7	19	70	26	90	32	12	18	36	1.89
33376--33475	32	3.1	32	97	0	182	33	12	19	36	1.88
33427--33451	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33543--33671	52	2.5	52	96	0	240	34	18	18	28	1.95
42974--43103	52	2.5	52	92	0	215	30	16	16	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43174--43266	32	2.9	32	90	4	143	38	17	9	34	1.82
51148--51198	21	2.5	20	84	9	68	84	0	15	0	0.63
51162--51204	14	3.2	13	87	12	61	83	2	13	0	0.74
51148--51250	24	4.4	22	72	21	75	82	5	11	0	0.83
51149--51249	10	9.9	10	74	6	78	82	5	11	0	0.84
51183--51250	19	3.4	20	78	6	84	83	8	7	0	0.80
51146--51256	53	2.1	51	83	9	136	81	7	10	0	0.86
52708--52957	30	8.6	29	83	6	276	31	31	16	20	1.95
52708--52957	58	4.3	58	85	7	312	31	31	16	20	1.95
52709--52957	117	2.1	114	86	5	347	30	31	16	20	1.95
53702--53766	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
53704--53771	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
53723--53747	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
53819--53843	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53852--53980	52	2.5	52	94	0	240	35	18	17	27	1.94
58093--58133	20	2.1	19	90	4	64	34	17	7	41	1.77
58989--59400	164	2.5	165	78	7	374	29	11	9	49	1.71
60023--60057	11	3.1	11	92	8	61	88	0	11	0	0.51
60023--60082	15	3.8	16	82	10	70	83	0	15	1	0.73
60023--60082	8	7.5	8	80	12	70	83	0	15	1	0.73
60023--60082	23	2.6	23	84	10	77	83	0	15	1	0.73
62028--62094	27	2.5	27	80	9	82	25	17	32	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63687--63712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
63669--63733	34	2.0	33	90	6	105	43	16	12	27	1.84
69869--69906	13	2.9	13	92	0	58	39	18	10	31	1.85
70020--70062	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
72352--72406	20	2.7	21	80	2	67	36	10	20	32	1.87
72454--72479	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72436--72500	34	2.0	33	90	6	105	43	16	12	27	1.84
74698--74737	16	2.5	16	87	0	53	80	0	20	0	0.72
76421--76666	96	2.5	97	88	2	361	28	28	12	30	1.93
85453--85506	20	2.6	21	91	2	83	40	11	16	31	1.84
85453--85526	21	3.6	21	83	7	80	39	10	17	32	1.84
85460--86205	374	2.0	374	93	1	1273	34	17	13	34	1.88
87627--87666	21	1.9	21	85	10	55	32	15	2	50	1.57
90920--91363	162	2.7	162	85	4	570	42	12	9	35	1.75
96037--96092	6	8.7	6	77	14	58	73	1	16	8	1.17
97351--97893	60	9.1	60	76	10	418	24	24	11	39	1.89
97358--97700	30	11.3	30	69	15	156	23	23	12	40	1.88
97351--97933	121	4.9	121	79	6	537	23	23	12	39	1.89
97807--97894	30	3.0	28	75	12	95	23	27	10	38	1.87
97899--97986	30	2.9	30	78	6	97	23	18	11	46	1.81
98487--99182	348	2.0	347	94	0	1214	34	12	11	42	1.78
99503--99882	166	2.3	165	84	4	487	32	11	8	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99836--99871	19	1.9	18	88	5	54	44	8	2	44	1.48
100175--100214	13	3.1	13	89	7	55	82	0	12	5	0.82
101226--101250	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101205--101268	33	2.0	32	90	3	101	26	17	17	39	1.91
102516--102617	20	5.8	20	70	29	106	27	14	14	43	1.85
102535--102595	13	5.2	13	74	22	71	27	14	14	42	1.85
102516--102627	33	3.4	33	97	0	206	28	14	14	42	1.84
103124--103155	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
104921--105204	145	2.0	144	99	0	559	30	17	19	32	1.95
105277--105304	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
105331--105396	33	2.0	33	85	5	89	30	13	13	42	1.83
108592--108626	15	2.3	15	95	0	61	51	0	20	28	1.47
113138--113164	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
115677--115708	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
115692--115748	19	2.9	19	84	2	78	31	15	15	36	1.90
115905--117253	688	2.0	688	85	4	1871	31	17	16	35	1.92
118103--118148	24	1.9	24	86	8	67	43	2	26	28	1.66
121864--121991	52	2.5	52	92	3	215	30	17	17	34	1.93
122065--122131	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
122087--122111	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
122977--123631	49	13.7	49	84	7	886	30	18	25	25	1.98
122967--123636	97	7.1	93	90	5	947	30	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123672--124522	34	25.3	33	79	13	764	32	12	34	20	1.91
123733--124514	71	11.5	71	82	8	936	32	12	34	20	1.90
124039--124513	37	14.0	35	79	12	460	32	12	34	20	1.91
123945--124513	98	5.7	94	74	18	331	31	12	34	21	1.91
124147--124200	27	2.0	27	88	0	81	24	14	35	25	1.94
124485--124599	31	3.7	32	83	5	112	23	17	32	26	1.97
124509--124599	31	3.0	31	90	3	141	24	17	31	26	1.97
125585--125618	11	3.1	11	91	8	52	0	0	8	91	0.43
125585--125616	13	2.5	13	100	0	64	0	0	6	93	0.34
132865--132992	52	2.5	52	92	3	215	30	17	17	34	1.93
133066--133132	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
133088--133112	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
139243--139285	21	2.0	21	95	0	77	44	9	23	23	1.82
140045--140074	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
141578--141626	3	16.3	3	86	0	71	38	0	28	32	1.57
148171--148217	22	2.2	21	81	11	51	59	10	8	21	1.57
154704--154798	32	2.9	32	72	17	95	20	21	10	48	1.79
154707--155098	66	5.9	66	75	5	285	19	21	12	46	1.83
154704--154799	34	2.9	31	73	11	93	19	20	10	48	1.78
154691--155097	198	2.1	198	79	3	426	19	21	12	46	1.83
154718--155110	132	3.0	131	75	6	371	19	21	12	46	1.83
155020--155318	108	2.8	108	79	5	302	18	20	13	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155929--156459	261	2.0	261	92	1	884	35	16	16	31	1.91
157224--157272	6	8.3	6	90	4	82	28	2	0	69	1.00
157863--157902	20	2.0	21	90	5	64	20	2	22	55	1.56
158459--158515	28	2.0	29	82	3	71	40	3	10	45	1.56
159128--159335	109	1.9	109	86	3	296	25	15	17	41	1.89
158974--159492	262	2.0	262	80	5	584	25	17	18	38	1.92
160042--160098	22	2.6	22	100	0	114	45	12	10	31	1.76
160204--160268	33	2.0	33	84	0	85	38	15	10	35	1.82
165684--165875	20	9.6	20	88	4	156	38	12	17	31	1.87
165679--165875	40	4.9	39	83	7	225	38	12	17	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10